| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 1,676,038 | 3 bp→TGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 1,676,038 | 0 | A | T | 99.6% | 669.3 / NA | 279 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,676,039 | 0 | C | G | 100.0% | 668.4 / NA | 279 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base G (123/156); total (123/156) | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,676,040 | 0 | T | A | 100.0% | 674.4 / NA | 279 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base A (123/156); total (123/156) | |||||||||||
Only 100 of 279 total aligned reads displayed.
GCGGAGCCTGCGAATGGCGACGTCCACCGTATTGGTATCACTATCAAAGTTGATTCCCCAAATTTCACTCGCAATAACCGTTCTGGGTATAATTTCGCCAGCTCTGGAGGCCAGTAGCCAAAGTAACTGAAACTCCTTGCGCGTCAGTGTAATACTGATATTGTCCCTGCTCACACTATGACTAACAGAGTCCATTCTTAAGCCGCTGATTTCTAATGTACTATTCAAAGCGTGATGTTGCCTTAATTGTGCCCGAACCCTTGCCAGCAACTCAGAAAAACTAAAAGGTTTTACCAGATAATCATTTGCCCCACTGTCCAGCCCTCTGACTCTGTCATCGACAGAATCCCTTGCAGTAAGGCAAATAACAGGGGTTTGCTTTGCTGTTCTTAACGTTTGTAAGATCTGCCAGCCATCCATACCCGGAAGCATAATATCCAGAATGATCAATGCATAATCATCCTTCAGCGCAAGATAAAGCCCATCTCTGCCATCAGAAACGGCATCGATGACATAACCCGCTTCGGAAAGCCCCTGCGTTACCCATTCCTGGGTCCTTTG > CP042583/1675759‑1676319 ||| aGCCTGCGAATGGCGATGTCCACCGTATTGGTATCACTATCAAAGTTGATTCCCCAAATTTCACTCGCAATAACCGTTCTGGGTATAATTTCGCCAGCTCTGGAGGCCAGTAGCCAAAGTAACTGAAACTCCTTGCGCGTCAGTGTAATACTGATATTGTCCCTGCTCACACTATGACTAACAGAGTCCATTCTTAAGCCGCTGATTTCTAATGTTGAATTCAAAGCGTGATGTTGCCTTAATTGTGCCCGAACCCTTGCCAGCAACTCAGAAAATGAAAAAGGtttt > 1:712879/1‑288 (MQ=255) ccTGCGAATGGCGACGTCCACCGTATTGGTATCACTATCAAAGTTGATTCCCCAAATTTCACTCGCAATAACCGTTCTGGGTATAATTTCGCCAGCTCTGGAGGCCAGTAGCCAAAGTAACTGAAACTCCTTGCGCGTCAGTGTAATACTGATATTGTCCCTGCTCACACTATGACTAACAGAGTCCATTCTTAAGCCGCTGATTTCTAATGTTGAATTCAAAGCGTGATGTTGCCTTAATTGTGCCCGAACCCTTGCCAGCAACTCAGAAAATGAAAAAGGTTTTAcc > 2:1558671/1‑289 (MQ=255) gcaTGTCGAGGTCCCACGTATTGGTATCACAATCAAAGTTGATTCCCCAAATTGCACTCGCAATAACCGTGCTGTGTATAATGTCGCCAGCTCTGGAGGCCAGTAGCCAAAGTAACTGAAACTCCTTGCGCGTCAGTGTAATACTGATATTGTCGCTGCTCACACTATGACTAACAGAGTCCATTCTTAAGCCGCTGATTTCTAATGTTGAATTCAAAGCGTGATGTTGCCTTAATTGTGCCCGAACCCTTGCCAGCAACTCAGAAAATGAAAAAGGTTTTACCAGATa < 2:1712560/287‑1 (MQ=255) gACGTCCACCGTATTGGTATCACTATCAAAGTTGATTCCCCAAATTTCACTCGCAATAACCGTTCTGGGTATAATTTCGCCAGCTCTGGAGGCCAGTAGCCAAAGTAACTGAAACTCCTTGCGCGTCAGTGTAATACTGATATTGTCCCTGCTCACACTATGACTAACAGAGTCCATTCTTAAGCCGCTGATTTCTAATGTTGAATTCAAAGCGTGATGTTGCCTTAATTGTGCCCGAACCCTTGCCAGCAACTCAGAAAATGAAAAAGGTTTTACCAGATAATCAttt > 2:543138/1‑289 (MQ=255) ccACCGTATTGGTATCACTATCAAAGTTGATTCCCCAAATTTCACTCGCAATAACCGTTCTGGGTATAATTTCGTCAGCTCTGGAGGCCAGTAGCCAAAGTAACTGAAACTCCTTGCGCGTCAGTGTAATACTGATATTGTCCCTGCTCACACTATGACTAACAGAGTCCATTCTTAAGCCGCTGATTTCTAATGTTGAATTCAAAGCGTGATGTTGCCTTAATTGTGCCCGAACCCTTGCCAGCAACTCAGAAAATGAAAAAGGTTTTACCAGATAATCATTTGcccc < 2:1103769/289‑1 (MQ=255) cACCGTATTGGTATCACTATCAAAGTTGATTCCCCAAATTTCACTCGCAATAACCGTTCTGGGTATAATTTCGCCAGCTCTGGAGGCCAGTAGCCAAAGTAACTGAATCTCCTTGCGCGTCAGTGTAATACTGATATTGTCCCTGCTCACACTATGACTAACAGAGTCCATTCTTAAGCCGCTGATTTCTAATGTTGAATTCAAAGCGTGATGTTGCCTTAATTGTGCCCGAACCCTTGCCAGCAACTCAGAAAATGAAAAAGGTTTTACCAGATAATCATTTGCCCCa < 1:849661/289‑1 (MQ=255) cACCGTATTGGTATCACTATCAAAGTTGATTCCCCAAATTTCACTCGCAATAACCGTTCTGGGTATAATTTCGCCAGCTCTGGAGGCCAGTAGCCAAAGTAACTGAAACTCCTTGCGCGTCAGTGTAATACTGATATTGTCCCTGCTCACACTATGACTAACAGAGTCCATTCTTAAGCCGCTGATTTCTAATGTTGAATTCAAAGCGTGATGTTGCCTTAATTGTGCCCGAACCCTTGCCAGCAACTCAGAAAATGAAAAAGGTTTTACCAGATAATCATTTGCCCCa < 1:1946650/289‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |