Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 1,678,522 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP042583 | 1,678,522 | 0 | A | T | 99.5% | 478.3 / ‑5.2 | 202 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (90/111); minor base C (1/0); total (91/111) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.50e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.65e-01 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,678,523 | 0 | G | C | 100.0% | 471.5 / NA | 202 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base C (91/111); total (91/111) | |||||||||||
* | CP042583 | 1,678,524 | 0 | T | A | 99.5% | 476.7 / NA | 202 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (91/109); minor base G (0/1); total (91/111) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 202 total aligned reads displayed.
GTTAGGATTATGGTGCTTTGCCTGGGCGACACTGCATTTAACAAGTTACGCATTGCTGGAGCTGGGCGTGAATAATCTGGCGTTATTAGGTAAGGAGTTAATTACCCGGCCTTATTTAACGTTAGGTATTATCAGCTGGGTAATTTTGCTTGCTTTAGCGTTCACTAGTACCCAGGCGATGCAGCGAAAACTCGGCAAGCACTGGCAACAGTTGCATAATTTCGTCTATCTTGTCGCGATTCTGGCCCCAATACATTATCTGTGGTCCGTGAAGATTATTAGTCCGCAGCCGCTCATCTACGCTGGGCTGGCTGTACTGCTTTTAGCCTTACGGTATAAGAAGTTGCGTTCCCTTTTTAACCGGTTACGCAAGCAGGTTCACAACAAATTATCTGTATAACTTCATATTGCCGACAAAGTACGCGTTATCCCTGCCGGATGTGGCGCGAGCGCCCTATCCGGCATACACAGATCGCATCAGGTTATGTTTCGTTTGTCATCAACCTCAAATCACCAAAATAATTTATTTTATTTCAATAAGATAGATAAGTAGAA > CP042583/1678242‑1678796 ||| aGGATTATGGTGCTTTGCCTGGGCGACACTGCATTTAACAAGTTACGCATTGCTGGAGCTGGGCGTGAATAATCTGGCGTTATTAGGTAAGGAGTTAATTACCCGGCCTTATTTAACGTTAGGTATTATCAGCTGGGTAATTTTGCTTGCTTTAGCGTTCACTTCAACCCAGGCGATGCAGCGAAAACTCGGCAAGCACTGGCAACAGTTGCATAATTTCGTCTATCTTGTCGCGATTCTGGCCCCAATACATTATCTGTGGTCCGTGAAGATTATTTCACCGCAGCCg < 1:491018/289‑1 (MQ=255) tATGGTGCTTTGCCTGGGCGACACTGCATTTAACAAGTTACGCATTGCTGGAGCTGGGCGTGAATAATCTGGCGTTATTAGGTAAGGAGTTAATTACCCGGCCTTATTTAACGTTAGGTATTATCAGCTGGGTAATTTTGCTTGCTTTAGCGATCACTTCAACCCAGGCGATGCAGCGAAAACTCGGCAAGCACTGGCAACAGTTGCATAATTTCGTCTATCTTGTCGCGATTCTGGCCCCAATACATTATCTGTGGTCCGTGAAGATTATTTCACCGCAGCCGCTcct > 1:1051864/1‑287 (MQ=255) gCTTTGCCTGGGCGACACTGCATTTAACAAGTTACGCATTGCTGGAGCTGGGCGTGAATAATCTGGCGTTATTAGGTAAGGAGTTAATTACCCGGCCTTATTTAACGTTAGGTATTATCAGCTGGGTAATTTTGCTTGCTTTAGCGTTCACTTCAACCCAGGCGATGCAGCGAAAACTCGGCAAGCACTGGCAACAGTTGCATAATTTCGTCTATCTTGTCGCGATTCTGGCCCCAATACATTATCTGTGGTCCGTGAAGATTATTTCACCGCAGCCGCTCATCTACgc < 1:497055/289‑1 (MQ=255) ttGCCTGGGCGACACTGCATTTAACAAGTTACGCATTGCTGGAGCTGGGCGTGAATAATCTGGCGTTATTAGGTAAGGAGTTAGTTACCCGGCCTTATTTAACGTTAGGTATTATCAGCTGGGTAATTTTGCTTGCTTTAGCGTTCACTTCAACCCAGGCGATGCAGCGAAAACTCGGCAAGCACTGGCAACAGTTGCATAATTTCGTCTATCTTGTCGCGATTCTGGCCCCAATACATTATCTGTGGTCCGTGAAGATTATTTCACCGCAGCCGCTCATCTACgctgg < 2:874411/289‑1 (MQ=255) ttGCCTGGGCGACACTGCATTTAACAAGTTACGCATTGCTGGAGCTGGGCGTGAATAATCTGGCGTTATTAGGTAAGGAGTTAATTACCCGGCCTTATTTAACGTTAGGTATTATCAGCTGGGTAATTTTGCTTGCTTTAGCGTTCACTTCAACCCAGGCGATGCAGCGAAAACTCGGCAAGCACTGGCAACAGTTGCATAATTTCGTCTATCTTGTCGCGATTCTGGCCCCAATACATTATCTGTGGTCCGTGAAGATTATTTCACCGCAGCCGCTCATCTACgctgg < 2:728952/289‑1 (MQ=255) gCGACACTGCAGTTAACAAGTTACGCATTGCTGGACCTGGGCGTGAATAATCTGGCGTTATTAGGTAAGGAGTTACTTACCTGGCCTTATTTAACGTTAGGTATTATCAGCTGGGTAATTTTGCTTGCTTTAGCGTTCACTTCAACCCAGGCGATGCAGCGAAAACTCGTCAAGCACTGGCAACAGTTGCATAATTTCGTCTATCTTGTCGCGATTCTGGCCCCACTACATTATCTGTGGTCCGTGATGATTATGTCACCGCAGCCGCCCATCCACgctgtgctg > 2:1269968/1‑285 (MQ=255) gACACTGCATTTAACAAGTTACGCATTGCTGGAGCTGGGCGTGAATAATCTGGCGTTATTAGGTAAGGAGTTAATTACCCGGCCTTATTTAACGTTAGGTATTATCAGCTGGGTAATTTTGCTTGCTTTAGCGTTCACTTCAACCCAGGCGATGCAGCGAAAACTCGGCAAGCACTGGCAACAGTTGCATAATTTCGTCTATCTTGTCGCGATTCTGGCCCCAATACATTATCTGTGGTCCGTGAAGATTATTTCACCGCAGCCGCTCATCTACGCTGGGCTGGCTGTa < 1:715121/289‑1 (MQ=255) 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aaCAAGTTACGCATTGCTGGAGCTGGGCGTGAATAATCTGGCGTTATTAGGTAAGGAGTTAATTACCCGGCCTTATTTAACGTTAGGTATTATCAGCTGGGTAATTTTGCTTGCTTTAGCGTTCACTTCAACCCAGGCGATGCAGCGAAAACTCGGCAAGCACTGGCAACAGTTGCATAATTTCGTCTATCTTGTCGCGATTCTGGCCCCAATACATTATCTGTGGTCCGTGAAGATTATTTCACCGCAGCCGCTCATCTACGCTGGGCTGGCTGTACTGCTTTTAg > 1:1378289/1‑287 (MQ=255) aCAAGTTACGCATTGCTGGAGCTGGGCGTGAATAATCTGGCGTTATTAGGTAAGGAGTTAATTACCCGGCCTTATTTAACGTTAGGTATTATCAGCTGGGTAATTTTGCTTGCTTTAGCGTTCACTTCAACCCAGGCGATGCAGCGAAAACTCGGCAAGCACTGGCAACAGTTGCATAATTTCGTCTATCTTGTCGCGATTCTGGCCCCAATACATTATCTGTGGTCCGTGAAGATTATTTCACCGCAGCCGCTCATCTACGCTGGGCTGGCTGTACTGCTTTTAGCCt < 1:1660859/289‑1 (MQ=255) aaGTTACGCATTGCTGGGGCTGGGCGTGAATAATCTGGCGTTATTAGGTAAGGAGTTAATTACCCGGCCTTATTTAACGTTAGGTATTATCAGCTGGGTAATTTTGCTTGCTTTAGCGTTCACTTCAACCCAGGCGATGCAGCGAAAACTCGGCAAGCACTGGCAACAGTTGCATAATTTCGTCTATCTTGTCGCGATTCTGGCCCCAATACATTATCTGTGGTCCGTGAAGATTATTTCACCGCAGCCGCTCATCTACGCTGGGCTGGCTGTACTGCTTTTAGCCTTa < 2:109775/289‑1 (MQ=255) aaGTTACGCATTGCTGGAGCTGGGCGTGAATAATCTGGCGTTATTAGGTAAGGAGTTAATTACCCGGCCTTATTTAACGTTAGGTATTATCAGCTGGGTAATTTTGCTTGCTTTAGCGTTCACTTCAACCCAGGCGATGCAGCGAAAACTCGGCAAGCACTGGCAACAGTTGCATAATTTCGTCTATCTTGTCGCGATTCTGGCCCCAATACATTATCTGTGGTCCGTGAAGATTATTTCACCGCAGCCGCTCATCTACGCTGGGCTGGCTGTACTGCTTTTAGCCTTa < 1:1150147/289‑1 (MQ=255) aaGTTACGCATTGCTGGAGCTGGGCGTGAATAATCTGGCGTTATTAGGTAAGGAGTTAATTACCCGGCCTTATTTAACGTTAGGTATTATCAGCTGGGTAATTTTGCTTGCTTTAGCGTTCACTTCAACCCAGGCGATGCAGCGAAAACTCGGCAAGCACTGGCAACAGTTGCATAATTTCGTCTATCTTGTCGCGATTCTGGCCCCAATACATTATCTGTGGTCCGTGAAGATTATTTCACCGCAGCCGCTCATCTACGCTGGGCTGGCTGTACTGCTTTTAGCCTTa < 2:863450/289‑1 (MQ=255) aaGTTACGCATTGCTGGAGCTGGGCGTGAATAATCTGGCGTTATTAGGTAAGGAGTTAATTACCCGGCCTTATTTAACGTTAGGTATTATCAGCTGGGTAATTTTGCTTGCTTTAGCGTTCACTTCAACCCAGGCGATGCAGCGAAAACTCGGCAAGCACTGGCAACAGTTGCATAATTTCGTCTATCTTGTCGCGATTCTGGCCCCAATACATTATCTGTGGTCCGTGAAGATTATTTCACCGCAGCCGCTCATCTACGCTGGGCTGGCTGTACTGCTTTTAGCCTTa < 1:537989/289‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |