Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 1,681,243 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | CP042583 | 1,681,243 | 0 | A | T | 99.2% | 606.3 / NA | 262 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.27e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.87e-01 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,681,244 | 0 | G | C | 99.2% | 607.8 / NA | 262 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (2/0); new base C (123/137); total (125/137) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.27e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,681,245 | 0 | C | G | 98.8% | 595.5 / NA | 262 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (2/1); new base G (120/136); total (125/137) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.03e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 262 total aligned reads displayed.
AAGTCGGGAGATAAGTCATTGATAAAGTGGCGGAGAGAGGGGGATTTGAACCCCCGGTAGAGTTGCCCCTACTCCGGTTTTCGAGACCGGTCCGTTCAGCCGCTCCGGCATCTCTCCGTTCAGATGGTTGCCATGATGCCAGGAAATTTGGCATTTTAACAGTCCCTGTCCGTGCAATTTTGTTCAAGTGACGAGTTTGCGAGCAAAACGATGATTAAGTGGCCCTGGAAAGTACAAGAAAGTGCACATCAAACTGCCCTTCCCTGGCAGGAAGCACTAAGCATCCCCCTTTTAACGTGTCTGACGGAACAGGAACAAAGCAAATTAGTCACTCTTGCCGAACGTTTTTTACAGCAAAAGCGGCTTGTTCCTTTACAGGGCTTTGAACTGGATAGTTTAAGAAGCTGCCGGATAGCACTTCTATTTTGCCTACCCGTTCTGGAGTTAGGACTGGAATGGCTGGATGGTTTTCATGAAGTCTTAATTTATCCTGCGCCATTTGTGGTCGATGATGAATGGGAAGACGATATCGGTCTGGTGCATAACCAACGTATTGTTCA > CP042583/1680964‑1681523 ||| attCGGGAGATAAGTAGTTGGTAACGTGGCGGGGGGAGGGGGATTTAAACCCCCGGTAGCGTTGCCCCTACTCCGGTTTTCGAGACCGGTCCGTTCAGCCGCTCCGGCATCTCTCCGTTCAGATGGTTGCCATGATGCCAGGAAATTTGGCATTTTAACAGTCCCTGTCCGTGCAATTTTGTTCAAGTGACGAGTTTGCGAGCAAAACGATGATTAAGTGGCCCTGGAAAGTACAAGAATCAGCACATCAAACTGCCCTTCCCTGGCAGGAAGCACTATCGATCCCCCt < 2:1148609/287‑1 (MQ=255) agaTAAGTCATTGATAAAGTGGCGGAGAGAGGGGGATTTGAACCCCCGGTAGAGTTGCCCCTACTCCGGTTTTCGAGACCGGTCCGTTCAGCCGCTCCGGCATCTCTCCGTTCAGATGGTTGCCATGATGCCAGGAAATTTGGCATTTTAACAGTCCCTGTCCGTGCAATTTTGTTCAAGTGACGAGTTTGCGAGCAAAACGATGATTAAGTGGCCCTGGAAAGTACAAGAATCAGCACATCAAACTGCCCTTCCCTGGCAGGAAGCACTATCGATCCCCCTTTTAAc < 2:903300/288‑1 (MQ=255) tAAGTCATTGATCAAGTGGCGGGGGGAGGGGGATTTGAACCCCCGGTAGAGTTGCCCCTACTCCGGTTTTCGAGACCGGTCCGTTCAGCCGCTCCGGCATCTCTCCGTTCAGATGGTTGCCATGATGCCAGGAAATTTGGCATTTTAACAGTCCCTGTCCGTGCAATTTTGTTCAAGTGACGAGTTTGCGAGCAAAACGATGATTAAGTGGCCCTGGAAAGTACAAGAATCAGCACATCAAACTGCCCTTCCCTGGCAGGAAGCACTATCGATCCCCCTTTTAACgtg < 2:321078/288‑1 (MQ=255) aGTCATTGATAAAGTGGCGGAGAGAGGGGGATTTGAACCCCCGGTAGAGTTGCCCCTACTCCGGTTTTCGAGACCGGTCCGTTCAGCCGCTCCGGCATCTCTCCGTTCAGATGGTTGCCATGATGCCAGGAAATTTGGCATTTTAACAGTCCCTGTCCGTGCAATTTTGTTCAAGTGACGAGTTTGCGAGCAAAACGATGATTAAGTGGCCCTGGAAAGTACAAGAATCAGCACATCAAACTGCCCTTCCCTGGCAGGAAGCACTATCGATCCCCCTTTTAACgtg > 1:1682159/1‑286 (MQ=255) 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aGTGGCGGAGAGAGGGGGATTTGAACCCCCGGTAGAGTTGCCCCTACTCCGGTTTTCGAGACCGGTCCGTTCAGCCGCTCCGGCATCTCTCCGTTCAGATGGTTGCCATGATGCCAGGAAATTTGGCATTTTAACAGTCCCTGTCCGTGCAATTTTGTTCAAGTGACGAGTTTGCGAGCAAAACGATGATTAAGTGGCCCTGGAAAGTACAAGAATCAGCACATCAAACTGCCCTTCCCTGGCAGGAAGCACTATCGATCCCCCTTTTAACGTGTCTGACggaacagga > 1:1171837/1‑289 (MQ=255) tGGCGGAGAGAGGGGGATTTGAACCCCCGGTAGAGTTGCCCCTACTCCGGTTTTCGAGACCGGTCCGTTCAGCCGCTCCGGCATCTCTCCGTTCAGATGGTTGCCATGATGCCAGGAAATTTGGCATTTTAACAGTCCCTGTCCGTGCAATTTTGTTCAAGTGACGAGTTTGCGAGCAAAACGATGATTAAGTGGCCCTGGAAAGTACAAGAATCAGCACATCAAACTGCCCTTCCCTGGCAGGAAGCACTATCGATCCCCCTTTTAACGTGTCTGACggaacaggaac > 2:633378/1‑289 (MQ=255) tGGCGGAGAGAGGGGGATTTAAAACCCCGGTAGAGTTGCCCCTACTCCGGTTTTCGAGACCGGTCCGTTCAGCCGCTCCGGCATCTCTCCGTTCAGATGGTTGCCATGATGCCGGGAAATTTGGCATTTTAACAGTCCCTGTCCGTGCAATTTTGTTCAAGTTACGAGTTTGCGCGCAAACCGATGATTAAGTGGCGCTGGAAAGTACAAGAATCAGCACATCAAACTGCCCTTCCCTGGCAGGAAGCACTATCGATCCCCCTTTTAACCTGTTAGACggaactggaaa > 2:1482722/1‑288 (MQ=255) 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agagGGGGATTTGAACCCCCGGTAGAGTTGCCCCTACTCCGGTTTTCGAGACCGGTCCGTTCAGCCGCTCCGGCATCTCTCCGTTCAGATGGTTGCCATGATGCCAGGAAATTTGGCATTTTAACAGTCCCTGTCCGTGCAATTTTGTTCAAGTGACGAGTTTGCGAGCAAAACGATGATTAAGTGGCCCTGGAAAGTACAAGAATCAGCACATCAAACTGCCCTTCCCTGGCAGGAAGCACTATCGATCCCCCTTTTAACGTGTCTGACGGAACAGGAACAAAGCaaa > 1:84036/1‑289 (MQ=255) agGGGGATTTGAACCCCCGGTAGAGTTGCCCCTACTCCGGTTTTCGAGACCGGTCCGTTCAGCCGCTCCGGCATCTCTCCGTTCAGATGGTTGCCATGATGCCAGGAAATTTGGCATTTTAACAGTCCCTGTCCGTGCAATTTTGTTCAAGTGACGAGTTTGCGAGCAAAACGATGCTTAAGTGGCCCTGGAAAGTACAAGAATCCGCACATCAAACTGCCCTTCACGGGCAGGAAGAACAATCGATCCCCCTTTTAACGTGTCTGACGTACACGGAACAACGAAAAtt > 2:1092279/1‑289 (MQ=255) aTTTGAACCCCCGGTAGAGTTGCCCCTACTCCGGTTTTCGAGACCGGTCCGTTCAGCCGCTCCGGCATCTCTCCGTTCAGATGGTTGCCATGATGCCAGGAAATTTGGCATTTTAACAGTCCCTGTCCGTGCAATTTTGTTCAAGTGACGAGTTTGCGAGCAAAACGATGATTAAGTGGCCCGGGAAAGTACAAGAATCAGCACATCAAACTGCCCTTCCCTGCCAGGAAGCACTATCAATCCCCCTTTTAACGTTTCCGACGAAACAGGAACAAATCAAATTCGTCa > 2:1556567/1‑288 (MQ=255) 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tGGCAGGAAGCACTATCCATCCCACTTTTACCGTGTCTGACGGAACAGGAACCAAGCAAATTAGTCACTCTTGCCGAACGTTTTTTACAGCAAAAGCGGCTTGTTCCTTTACAGGGCTTTGAACTGGATTCATTAAGAAGCTGCCGGATAGCACTTCTATTTTGCCTACCCGTTCTGGAGTTAGGACTGGAATGGCTGGATGGTTTTCATGAAGTCTTAATTTATCCTGCGCCATTTGTGGTCGATGATGAATGGGAAGACGATATCGGTCTGGTGCATAACCAACGTa < 2:462691/289‑1 (MQ=255) gCAGGAAGCACTATCGATCCCCCTTTTAACGTGTCTGACGGAACAGGAACAAAGCAAATTAGTCACTCTTGCCGAACGTTTTTTACAGCAAAAGCGGCTTGTTCCTTTACAGGGCTTTGAACTGGATTCATTAAGAAGCTGCCGGATAGCACTTCTATTTTGCCTACCCGTTCTGGAGTTAGGACTGGAATGGCTGGATGGTTTTCATGAAGTCTTAATTTATCCTGCGCCATTTGTGGTCGATGATGAATGGGAAGACGATATCGGTCt > 2:705369/1‑270 (MQ=255) aaGCACTATCGATCCCCCTTTTAACGTGTCTGACGGAACAGGAACAAAGCAAATTAGTCACTCTTGCCGAACGTTTTTTACAGCAAAAGCGGCTTGTTCCTTTACAGGGCTTTGAACTGGATTCATTAAGAAGCTGCCGGATAGCACTTCTATTTTGCCTACCCGTTCTGGAGTTAGGACTGGAATGGCTGGATGGTTTTCATGAAGTCTTAATTTATCCTGCGCCATTTGTGGTCGATGATGAATGGGAAGACGATATCGGTCTGGTGCATAACCAACGTATTGt < 1:1612455/286‑1 (MQ=255) aaGCACTATCGATCCCCCTTTTAACGTGTCTGACGGAACAGGAACAAAGCAAATTAGTCACTCTTGCCGAACGTTTTTTACAGCAAAAGCGGCTTGTTCCTTTACAGGGCTTTGAACTGGATTCATTAAGAAGCTGCCGGATAGCACTTCTATTTTGCCTACCCGTTCTGGAGTTAGGACTGGAATGGCTGGATGGTTTTCATGAAGTCTTAATTTATCCTGCGCCATTTGTGGTCGATGATGAATGGGAAGACGATATCGGTCTGGTGCATAACCAACGTATTGTTCa > 2:656552/1‑289 (MQ=255) aaGCACTATCGATCCCCCTTTTAACGTGTCTGACGGAACAGGAACAAAGCAAATTAGTCACTCTTGCCGAACGTTTTTTACAGCAAAAGCGGCTTGTTCCTTTACAGGGCTTTGAACTGGATTCATTAAGAAGCTGCCGGATAGCACTTCTATTTTGCCTACCCGTTCTGGAGTTAGGACTGGAATGGCGGGACGGTTTTCATGAAGTCTTAATTTATCCTGCGCCATTTGGGGTCGATGTGGATTGGGAAGACGTTATCGGTCTGTTCCATAACCAACGTATTGTTCa > 2:1717481/1‑289 (MQ=255) aGCACTATCGATCCCCCTTTTAACGTGACTGACGAAACAGAAAAAAAGCAAATAAGTCACACTGGCC‑AAAGTTTTTTTAAACCAAAGCGGCTTGTTCCTTTACAGGGCTTTGAACTGGATTCATTAAGAAGCTGCCGGATAGCACTTCTATTTTGCCTACCCGTTCTGGAGTTAGGACTGGAATGGCTGGATGGTTTTCATGAAGTCTTAATTTATCCTGCGCCATTTGTGGTCGATGATGAATGGGAAGACGATATCGGTCTGGTGCATAACCa < 1:1945238/275‑1 (MQ=255) ||| AAGTCGGGAGATAAGTCATTGATAAAGTGGCGGAGAGAGGGGGATTTGAACCCCCGGTAGAGTTGCCCCTACTCCGGTTTTCGAGACCGGTCCGTTCAGCCGCTCCGGCATCTCTCCGTTCAGATGGTTGCCATGATGCCAGGAAATTTGGCATTTTAACAGTCCCTGTCCGTGCAATTTTGTTCAAGTGACGAGTTTGCGAGCAAAACGATGATTAAGTGGCCCTGGAAAGTACAAGAAAGTGCACATCAAACTGCCCTTCCCTGGCAGGAAGCACTAAGCATCCCCCTTTTAACGTGTCTGACGGAACAGGAACAAAGCAAATTAGTCACTCTTGCCGAACGTTTTTTACAGCAAAAGCGGCTTGTTCCTTTACAGGGCTTTGAACTGGATAGTTTAAGAAGCTGCCGGATAGCACTTCTATTTTGCCTACCCGTTCTGGAGTTAGGACTGGAATGGCTGGATGGTTTTCATGAAGTCTTAATTTATCCTGCGCCATTTGTGGTCGATGATGAATGGGAAGACGATATCGGTCTGGTGCATAACCAACGTATTGTTCA > CP042583/1680964‑1681523 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |