Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 1,681,525 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | CP042583 | 1,681,525 | 0 | A | T | 99.6% | 585.3 / NA | 246 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/0); new base T (118/126); total (120/126) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.86e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,681,526 | 0 | G | C | 98.4% | 578.9 / NA | 246 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (117/125); minor base A (3/1); total (120/126) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.60e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,681,527 | 0 | T | A | 99.6% | 585.4 / NA | 246 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (119/125); minor base G (0/1); total (120/126) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 |
Only 100 of 246 total aligned reads displayed.
ATCCCCCTTTTAACGTGTCTGACGGAACAGGAACAAAGCAAATTAGTCACTCTTGCCGAACGTTTTTTACAGCAAAAGCGGCTTGTTCCTTTACAGGGCTTTGAACTGGATAGTTTAAGAAGCTGCCGGATAGCACTTCTATTTTGCCTACCCGTTCTGGAGTTAGGACTGGAATGGCTGGATGGTTTTCATGAAGTCTTAATTTATCCTGCGCCATTTGTGGTCGATGATGAATGGGAAGACGATATCGGTCTGGTGCATAACCAACGTATTGTTCAGAGTGGTCAGAGCTGGCAGCAAGGGCCTATCGTTTTGAACTGGTTGGATATACAAGATTCTTTTGATGCTTCTGGTTTTAACCTGATTATTCATGAAGTCGCTCATAAGCTGGACACCCGTAACGGCGATCGCGCCAGCGGAGTTCCCTTTATTCCGTTGCGTGAGGTTGCTGGCTGGGAACACGATCTTCATGCTGCAATGAACAACATTCAGGAAGAAATCGAATTGGTTGGCGAGAATGCGGCGAGCATTGATGCTTATGCAGCCAGCGATCCTGCTGAA > CP042583/1681246‑1681806 ||| cccccTTTTAACGTGTCTGACGGAACAGGAACAAAGCAAATTAGTCACTCTTGCCGAACGTTTTTTACAGCAAAAGCGGCTTGTTCCTTTACAGGGCTTTGAACTGGATTCATTAAGAAGCTGCCGGATAGCACTTCTATTTTGCCTACCCGTTCTGGAGTTAGGACTGGAATGGCTGGATGGTTTTCATGAAGTCTTAATTTATCCTGCGCCATTTGTGGTCGATGATGAATGGGAAGACGATATCGGTCTGGTGCATAACCAACGTATTGTTCAGTCAGGTCaga > 2:958490/1‑287 (MQ=255) ccccTTTTAACGTGTCTGACGGAACAGGAACAAAGCAAATTAGTCACTCTTGCCGAACGTTTTTTACAGCAAAAGCGGCTTGTTCCTTTACAGGGCTTTGAACTGGATTCATTAAGAAGCTGCCGGATAGCACTTCTATTTTGCCTACCCGTTCTGGAGTTAGGACTGGAATGGCTGGATGGTTTTCATGAAGTCTTAATTTATCCTGCGCCATTTGTGGTCGATGATGAATGGGAAGACGATATCGGTCTGGTGCATAACCAACGTATTGTTCAGTCAGGTCAGAGCt < 1:1620133/289‑1 (MQ=255) tAACGTGTCTGACGGAACAGGAACAAAGCAAATTAGTCACTCTTGCCGAACGTTTTTTACAGCAAAAGCGGCTTGTTCCTTTACAGGGCTTTGAACTGGATTCATTAAGAAGCTGCCGGATAGCACTTCTATTTTGCCTACCCGTTCTGGAGTTAGGACTGGAATGGCTGGATGGTTTTCATGAAGTCTTAATTTATCCTGCGCCATTTGTGGTCGATGATGAATGGGAAGACGATATCGGTCTGGTGCATAACCAACGTATTGTTCAGTCAGGTCAGAGCTGgcagca < 2:414006/289‑1 (MQ=255) tAACGTGTCTGACGGAACAGGAACAAAGCAAATTAGTCACTCTTGCCGAACGTTTTTTACAGCAAAAGCGGCTTGTTCCTTTACAGGGCTTTGAACTGGATTCATTAAGAAGCTGCCGGATAGCACTTCTATTTTGCCTACCCGTTCTGGAGTTAGGACTGGAATGGCTGGATGGTTTTCATGAAGTCTTAATTTATCCTGCGCCATTTGTGGTCGATGATGAATGGGAAGACGATATCGGTCTGGTGCATAACCAACGTATTGTTCAGTCAGGTCAGAGCTGgcagca < 1:649491/289‑1 (MQ=255) 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aacaAAGCAAATTAGTCACTCTTGCCGAACGTTTTTTACAGCAAAAGCGGCTTGTTCCTTTACAGGGCTTTGAACTGGATTCATTAAGAAGCTGCCGGATAGCACTTCTATTTTGCCTACCCGTTCTGGAGTTAGGACTGGAATGGCTGGATGGTTTTCATGAAGTCTTAATTTATCCTGCGCCATTTGTGGTCGATGATGAATGGGAAGACGATATCGGTCTGGTGCATAACCAACGTATTGTTCAGTCAGGTCAGAGCTGGCAGCAAGGGCCTATCGTTTTGaa < 1:846237/286‑1 (MQ=255) aacaAAGCAAATTAGTCACTCTTGCCGAACGTTTTTTACAGCAAAAGCGGCTTGTTCCTTTACAGGGCTTTGAACTGGATTCATTAAGAAGCTGCCGGATAGCACTTCTATTTTGCCTACCCGTTCTGGAGTTAGGACTGGAATGGCTGGATGGTTTTCATGAAGTCTTAATTTATCCTGCGCCATTTGTGGTCGATGATGAATGGGAAGACGATATCGGTCTGGTGCATAACCAACGTATTGTTCAGTCAGGTCAGAGCTGGCAGCAAGGGCCTATCGTTTTGAAc < 1:175119/287‑1 (MQ=255) aaaaaaGCAAATTAGTCACTCTTGCCGATCGTTTTTTACAGCAAAAGCGGCTTGTTCCTTTACAGGGCTTTGAACTGGATTCATTAAGAAGCTGCCGGATAGCACTTCTATTTTGCCTACCCGTTCTGGAGTTAGGACTGGAATGGCTGGATGGTTTTCATGAAGTCTTAATTTATCCTGCGCCATTTGTGGTCGATGATGAATGGGAAGACGATATCGGTCTGGTGCATACCCAACGTATTGTTCAGTCAGGTCAGAGCTGGCAGCAAGGGCCTATCGTTTTGAAc < 1:1000716/284‑1 (MQ=255) 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gTTTTTTACAGCAAAAGCGGCTTGTTCCTTTACAGGGCTTTGAACTGGATTCAGTAAGAAGCTGCCGGATAGCACTTCTATTTTGCCTACCCGTTCTGGAGTTAGGACTGGAATGGCTGGATGGTTTTCATGAAGTCTTAATTTATCCTGCGCCATTTGTGGTCGATGATGAATGGGAAGACGATATCGGTCTGGTGCATAACCAACGTATTGTTCAGTCAGGTCAGAGCTGGCAGCAAGGGCCTATCGTTTTGAACTGGTTGGATATACAAGATTCTTTTGATGCTTc < 1:511603/289‑1 (MQ=255) ttgttACAGCAAGAGCGGCTTTTTCCTTTACAGGGCTTTGAACTGGATTCATTAAGAATCTGCCGGATAGCACTTCTATTTTGCCTACCCGTTCTGGAGTTAGGACTGGAATGGCTGGATGGTTTTCATGAAGTCTTAATTTATCCTGCGCCATTTGTGGTCGATGATGAATGGGAAGACGATATCGGTCTGGTGCATAACCAACGTATTGTTCAGTCAGGTCAGAGCTGGCAGCAAGGGCCTATCGTTTTGAACTGGTTGGATATACAAGATTCTTTTGATGCTTCt < 1:1539246/285‑1 (MQ=255) ttttACAGCAAAAGCGGCTTGTTCCTTTACAGGGCTTTGAACTGGATTCATTAAGAAGCTGCCGGATAGCACTTCTATTTTGCCTACCCGTTCTGGAGTTAGGACTGGAATGGCTGGATGGTTTTCATGAAGTCTTAATTTATCCTGCGCCATTTGTGGTCGATGATGAATGGGAAGACGATATCGGTCTGGTGCATAACCAACGTATTGTTCAGTCAGGTCAGAGCTGGCAGCAAGGGCCTATCGTTTTGAACTGGTTGGATATACAAGATTCTTTTGATGCTTCTgg > 2:1471975/1‑289 (MQ=255) 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aaCCAACGTATTGTTCAGTCAGGTCAGAGCTGGCAGCAAGGGCCTATCGTTTTGAACTGGTTGGATATACAAGATTCTTTTGATGCTTCTGGTTTTAACCTGATTATTCATGAAGTCGCTCATAAGCTGGACACCCGTAACGGCGATCGCGCCAGCGGAGTTCCCTTTATTCCGTTGCGTGAGGTTGCTGGCTGGGAACACGATCTTCATGCTGCAATGAACAACATTCAGGAAGAAATCGAATTGGTTGGCGAGAATGCGGCGAGCATTGATGCTTATGCAGCCAGCg > 2:125326/1‑289 (MQ=255) ccAACGTATTGTTCAGTCAGGTCAGAGCTGGCAGCAAGGGCCTATCGTTTTGAACTGGTTGGATATACAAGATTCTTTTGATGCTTCTGGTTTTAACCTGATTATTCATGAAGTCGCTCATAAGCTGGACACCCGTAACGGCGATCGCGCCAGCGGAGTTCCCTTTATTCCGTTGCGTGAGGTTGCTGGCTGGGAACACGATCTTCATGCTGCAATGAACAACATTCAGGAAGAAATCGAATTGGTTGGCGAGAATGCGGCGAGCATTGATGCTTATGCAGCCAGCGa > 1:1555168/1‑288 (MQ=255) aCGTATTGTTCAGTCAGGTCAGAGCTGGCAGCAAGGGCCTATCGTTTTGAACTGGTTGGATATACAAGATTCTTTTGATGCTTCTGGTTTTAACCTGATTATTCATGAAGTCGCTCATAAGCTGGACACCCGTAACGGCGATCGCGCCAGCGGAGTTCCCTTTATTCCGTTGCGTGAGGTTGCTGGCTGGGAACACGATCTTCATGCTGCAATGAACAACATTCAGGAAGAAATCGAATTGGTTGGCGAGAATGCGGCGAGCATTGATGCTTATg < 2:786319/275‑1 (MQ=255) aCGTATTGTTCAGTCAGGTCAGAGCTGGCAGCAAGGGCCTATCGTTTTGAACTGGTTGGATATACAAGATTCTTTTGATGCTTCTGGTTTTAACCTGATTATTCATGAAGTCGCTCATAAGCTGGACACCCGTAACGGCGATCGCGCCAGCGGAGTTCCCTTTATTCCGTTGCGTGAGGTTGCTGGCTGGGAACACGATCTTCATGCTGCAATGAACAACATTCAGGAAGAAATCGAATTGGTTGGCGAGAATGCGGCGAGCATTGATGCTTATGCAGCCAGCGAt > 2:840058/1‑286 (MQ=255) aCGTATTGTTCAGTCAGGTCAGAGCTGGCAGCAAGGGCCTATCGTTTTGAACTGGTTGGATATACAAGATTCTTTTGATGCTTCTGGTTTTAACCTGATTATTCATGAAGTCGCTCATAAGCTGGACACCCGTAACGGCGATCGCGCCAGCGGAGTTCCCTTTATTCCGTTGCGTGAGGTTGCTGGCTGGGAACACGATCTTCATGCTGCAATGAACAACATTCAGGAAGAAATCGAATTGGTTGGCGAGAATGCGGCGAGCATTGATGCTTATGCAGCCAGCGAt > 1:40045/1‑286 (MQ=255) tGTTCAGTCAGGTCAGAGCTGGCAGCAAGGGCCTATCGTTTTGAACTGGTTGGATATACAAGATTCTTTTGATGCTTCTGGTTTTAACCTGATTATTCATGAAGTCGCTCATAAGCTGGACACCCGTAACGGCGATCGCGCCAGCGGAGTTCCCTTTATTCCGTTGCGTGAGGTTGCTGGCTGGGAACACGATCTTCATGCTGCAATGAACAACATTCAGGAAGAAATCGAATTGGTTGGCGAGAATGAGGCGAGCATTGATGCTTATGCAGCCAGCGATCCTGCTGaa > 1:1241193/1‑289 (MQ=255) ||| ATCCCCCTTTTAACGTGTCTGACGGAACAGGAACAAAGCAAATTAGTCACTCTTGCCGAACGTTTTTTACAGCAAAAGCGGCTTGTTCCTTTACAGGGCTTTGAACTGGATAGTTTAAGAAGCTGCCGGATAGCACTTCTATTTTGCCTACCCGTTCTGGAGTTAGGACTGGAATGGCTGGATGGTTTTCATGAAGTCTTAATTTATCCTGCGCCATTTGTGGTCGATGATGAATGGGAAGACGATATCGGTCTGGTGCATAACCAACGTATTGTTCAGAGTGGTCAGAGCTGGCAGCAAGGGCCTATCGTTTTGAACTGGTTGGATATACAAGATTCTTTTGATGCTTCTGGTTTTAACCTGATTATTCATGAAGTCGCTCATAAGCTGGACACCCGTAACGGCGATCGCGCCAGCGGAGTTCCCTTTATTCCGTTGCGTGAGGTTGCTGGCTGGGAACACGATCTTCATGCTGCAATGAACAACATTCAGGAAGAAATCGAATTGGTTGGCGAGAATGCGGCGAGCATTGATGCTTATGCAGCCAGCGATCCTGCTGAA > CP042583/1681246‑1681806 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |