Predicted mutation | ||||||
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RA | CP042583 | 1,682,725 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP042583 | 1,682,725 | 0 | A | T | 99.7% | 667.1 / NA | 282 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.40e-01 | |||||||||||
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* | CP042583 | 1,682,726 | 0 | G | C | 99.7% | 665.0 / NA | 282 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); new base C (158/123); total (158/124) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.40e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,682,727 | 0 | C | G | 99.3% | 668.6 / NA | 282 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (157/123); minor base T (1/1); total (158/124) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 |
Only 100 of 282 total aligned reads displayed.
GGAAGGTAAGCATGGCTACGAAGAAGAGAAGTGGAGAAGAAATAAATGACCGACAAATATTATGCGGGATGGGAATTAAACTACGCCGCTTAACTGCGGGTATCTGTCTGATAACTCAACTTGCGTTCCCTATGGCTGCGGCAGCACAAGGTGTGGTAAACGCCGCAACCCAACAACCAGTTCCTGCACAAATTGCCATTGCAAATGCCAATACGGTGCCCTACACCCTTGGAGCGTTGGAAAGCGCCCAAAGCGTTGCCGAACGTTTCGGTATTAGCGTGGCTGAGTTACGCAAACTCAACCAGTTTCGTACGTTTGCTCGAGGTTTTGATAATGTCCGCCAGGGTGATGAACTGGATGTCCCGGCACAAGTTAGTGAAAAAAAATTAACCCCGCCGCCGGGTAATAGCAGTGACAACCTCGAGCAACAGATAGCCAGTACTAGTCAGCAAATCGGGTCTCTGCTCGCCGAAGATATGAACAGCGAGCAAGCGGCAAATATGGCG‑CGTGGATGGGCCTCTTCTCAGGCTAGTGGCGCAATGACAGACTGGTTAAGC > CP042583/1682450‑1683006 ||| cATGGCTACGAAGAAGAGAAGTGGAGAAGAAATAAATGACCGACAAATATTATGCGGGATGGGAATTAAACTACGCCGCTTAACTGCGGGTATCTGTCTGATAACTCAACTTGCGTTCCCTATGGCTGCGGCAGCACAAGGTGTGGTAAACGCCGCAACCCAACAACCAGTTCCTGCACAAATTGCCATTGCAAATGCCAATACGGTGCCCTACACCCTTGGAGCGTTGGAATCGGCCCAAAGCGTTGCCGAACGTTTCGGTATTTCGGTGGCTGGGTTACGCAAACTc > 1:306891/1‑289 (MQ=255) 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cAAAGCGTTGCCGAACGTTTCGGTATTTCGGTGGCTGAGTTACGCAAACTCAACCAGTTTCGTACGTTTGCTCGAGGTTTTGATAATGTCCGCCAGGGTGATGAACTGGATGTCCCGGCACAAGTTAGTGAAAAAAAATTAACCCCGCCGCCGGGTAATAGCAGTGACAACCTCGAGCAACAGATAGCCAGTACTTCACAGCAAATCGGGTCTCTGCTCGCCGAAGATATGAACAGCGAGCAAGCGGCAAATATGGCG‑CGTGGATGGGCCTCTTCTCAGGCttcaggcg < 1:1089720/289‑8 (MQ=255) cAAAGCGTTGCCGAACGTTTCGGTATTTCGGTGGCTGAGTTACGCAAACGCATCCAATTTCGTACGTTTGCTCGAGGTTTTTATAATGTCCGCCAAGTTGATGAACTGGATGTCCCTGCACAAGTTAGCGAAAAAAAATTAACCCCGCCGCCATGTAATAGCTGTGACAACCTCGAGCAACAGATAGCCAGTACTTCACAGCAAATCGGGTCTCTGCTCGCCGAAGATATGAACAGCGAGCAAGCGGCAAATATGCCG‑CGTAGATGGGCCTCTTCTCAGGCttcaggcg < 1:1198709/289‑8 (MQ=255) ttGCCGAACGTTTCGGTATTTCGGTGGCTGAGTTACGCAAACTCAACCAGTTTCGTACGTTTGCTCGAGGTTTTGATAATGTCCGCCAGGGTGATGAACTGGATGTCCCGGCACAAGTTAGTGAAAAAAAATTAACCACGCCGCCGGGTAATAGCAGTGACAACCTCGAGCAACAGATAGCCAGTACTTCACAGCAAATCGTGTCCCTGCTCCCCCAAGATATTAACAGCGAGCAAGCGGCCACTATGACT‑CCTGGATGGGCCTCGTCCCAGGCTCCCGGCGCATTGa > 2:132280/1‑288 (MQ=255) 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GGAAGGTAAGCATGGCTACGAAGAAGAGAAGTGGAGAAGAAATAAATGACCGACAAATATTATGCGGGATGGGAATTAAACTACGCCGCTTAACTGCGGGTATCTGTCTGATAACTCAACTTGCGTTCCCTATGGCTGCGGCAGCACAAGGTGTGGTAAACGCCGCAACCCAACAACCAGTTCCTGCACAAATTGCCATTGCAAATGCCAATACGGTGCCCTACACCCTTGGAGCGTTGGAAAGCGCCCAAAGCGTTGCCGAACGTTTCGGTATTAGCGTGGCTGAGTTACGCAAACTCAACCAGTTTCGTACGTTTGCTCGAGGTTTTGATAATGTCCGCCAGGGTGATGAACTGGATGTCCCGGCACAAGTTAGTGAAAAAAAATTAACCCCGCCGCCGGGTAATAGCAGTGACAACCTCGAGCAACAGATAGCCAGTACTAGTCAGCAAATCGGGTCTCTGCTCGCCGAAGATATGAACAGCGAGCAAGCGGCAAATATGGCG‑CGTGGATGGGCCTCTTCTCAGGCTAGTGGCGCAATGACAGACTGGTTAAGC > CP042583/1682450‑1683006 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |