Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
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RA | CP042583 | 505,000 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | CP042583 | 505,000 | 0 | A | T | 99.6% | 616.9 / NA | 260 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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* | CP042583 | 505,001 | 0 | G | C | 100.0% | 617.8 / NA | 260 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base C (130/130); total (130/130) | |||||||||||
* | CP042583 | 505,002 | 0 | T | A | 98.5% | 606.2 / NA | 260 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (125/129); minor base C (3/1); total (130/130) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.68e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 260 total aligned reads displayed.
AGCATTACACCAGATACGCTAAACCAGATTGCCAGCGAAGTGGGTGAACAGAGCATCATTTCCCGTGCGGGCGGTGCGCCGACGCTGGCGGTGGGGATGGCCTACATTCTGCACGGCGCGCTGGGCGGCATGATGGATGTGGCGTTCTGGTATCACTTCGCCATTTTGTTTGAAGCACTGTTTATTCTGACGGCGGTGGATGCAGGTACGCGTGCTGCGCGCTTTATGTTGCAGGATCTGCTGGGCGTGGTGTCTCCTGGCCTGAAGCGGACCGATAGTCTGCCTGCTAACCTG‑CTGGCAACAGCGCTGTGCGTACTGGCGTGGGGCTACTTCCTCCATCAGGGCGTGGTCGATCCGCTGGGCGGCATTAACACTCTGTGGCCGCTGTTTGGTATTGCCAACCAGATGCTGGCAGGGATGGCGCTGATGCTCTGTGCCGTGGTGTTGTTCAAGATGAAACGTCAACGTTACGCCTGGGTGGCGCTGGTACCAACGGCCTGGCTGCTGATTTGTACCCTGACCGCAGGCTGGCAGAAAGCGTTTAGCCCGGATGCGAAA > CP042583/504724‑505281 ||| aGCATTACACCAGATACGCTAAACCAGATTGCCAGCGAAGTGGGTGAACAGTCGATCATTTCCCGTGCGGGCGGTGCGCCGACGCTGGCGGTGGGGATGGCCTACATTCTGCACGGCGCGCTGGGCGGCATGATGGATGTGGCGTTCTGGTATCACTTCGCCATTTTGTTTGAAGCACTGTTTATTCTGACGGCGGTGGATGCAGGTACGCGTGCTGCGCGCTTTATGTTGCAGGATCTGCTGGGCGTGGTGTCTCCTGGCCTGAAGCGGACCGATTCACTGCCTGCTa > 2:531991/1‑289 (MQ=255) tACACCAGATACGCTAAACCAGATTGCCAGCGAAGTGGGTGAACAGTCGATCATTTCCCGTGCGGGCGGTGCGCCGACGCTGGCGGTGGGGATGGCCTACATTCTGCACGGCGCGCTGGGCGGCATGATGGATGTGGCGTTCTGGTATCACTTCGCCATTTTGTTTGAAGCACTGTTTATTCTGACGGCGGTGGATGCAGGTACGCGTGCTGCGCGCTTTATGTTGCAGGATCTGCTGGGCGTGGTGTCTCCTGGCCTGAAGCGGACCGATTCACTGCCTGCTAACct > 2:174879/1‑288 (MQ=255) gATACGCTAAACCAGATTGCCAGCGAAGTGGGTGAACAGTCGATCATTTCCCGTGCGGGCGGTGCGCCGACGCTGGCGGTGGGGATGGCCTACATTCTGCACGGCGCGCTGGGCGGCATGATGGATGTGGCGTTCTGGTATCACTTCGCCATTTTGTTTGAAGCACTGTTTATTCTGACGGCGGTGGATGCAGGTACGCGTGCTGCGCGCTTTATGTTGCAGGATCTGCTGGGCGTGGTGTCTCCTGGCCTGAAGCGGACCGATTCACTGCCTGCTAACCTG‑CTGGCa > 1:363912/1‑288 (MQ=255) gATACGCTAAACCAGATTGCCAGCGAAGTGGGTGAACAGTCGATCATTTCCCGTGCGGGCGGTGCGCCGACGCTGGCGGTGGGGATGGCCTACATTCTGCACGGCGCGCTGGGCGGCATGATGGATGTGGCGTTCTGGTATCACTTCGCCATTTTGTTTGAAGCACTGTTTATTCTGACGGCGGTGGATGCAGGTACGCGTGCTGCGCGCTTTATGTTGCAGGATCTGCTGGGCGTGGTGTCTCCTGGCCTGAAGCGGACCGATTCACTGCCTGCTAACCTG‑CTGGCa > 1:355978/1‑288 (MQ=255) 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AGCATTACACCAGATACGCTAAACCAGATTGCCAGCGAAGTGGGTGAACAGAGCATCATTTCCCGTGCGGGCGGTGCGCCGACGCTGGCGGTGGGGATGGCCTACATTCTGCACGGCGCGCTGGGCGGCATGATGGATGTGGCGTTCTGGTATCACTTCGCCATTTTGTTTGAAGCACTGTTTATTCTGACGGCGGTGGATGCAGGTACGCGTGCTGCGCGCTTTATGTTGCAGGATCTGCTGGGCGTGGTGTCTCCTGGCCTGAAGCGGACCGATAGTCTGCCTGCTAACCTG‑CTGGCAACAGCGCTGTGCGTACTGGCGTGGGGCTACTTCCTCCATCAGGGCGTGGTCGATCCGCTGGGCGGCATTAACACTCTGTGGCCGCTGTTTGGTATTGCCAACCAGATGCTGGCAGGGATGGCGCTGATGCTCTGTGCCGTGGTGTTGTTCAAGATGAAACGTCAACGTTACGCCTGGGTGGCGCTGGTACCAACGGCCTGGCTGCTGATTTGTACCCTGACCGCAGGCTGGCAGAAAGCGTTTAGCCCGGATGCGAAA > CP042583/504724‑505281 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |