| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 1,686,499 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 1,686,499 | 0 | A | T | 99.5% | 443.7 / NA | 188 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/0); new base T (94/93); total (95/93) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,686,500 | 0 | G | C | 99.5% | 440.0 / NA | 188 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); new base C (95/92); total (95/93) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.95e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,686,501 | 0 | T | A | 98.9% | 444.4 / NA | 188 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (93/93); minor base C (2/0); total (95/93) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.97e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
Only 100 of 188 total aligned reads displayed.
CATAATCGCCGGTACCCCGCAGAACAGCTCCGGCAGCGTCATCACCGCCACAGTCGTTGATAATAATGGCTTTCCGGTGAAAGGTGTGACTGTGAACTTCACCAGCAACGCAGCGACAGCCGAAATGACGAACGGCGGTCAAGCCGTGACGAACGAACAGGGTAAGGCTACCGTCACTTATACCAATACCCGCT‑CCAGCATAGAAAGTGGAGCGAGACCGGATACCGTTGAGGCCAGTCTGGAAAATGGTAGCTCCACGCTTAGCACAAGTATTAATGTCAACGCTGATGCGTCTACGGCACATCTCACCTTGCTACAGGCACTTTTTGATACAGTCTCCGCAGGCGAGACAACCAGTCTGTATATTGAGGTGAAGGATAATTACGGCAACGGTGTCCCCCAGCAGGAGGTAACCCTCAGCGTTAGTCCAAGTGAAGGCGTGACCCCCAGTAATAACGCTATATATACTACCAACCACGACGGCAATTTTTACGCAAGCTTTACCGCTACAAAAGCCGGGGTTTATCAATTGACGGCAACCCTCGAAAAT > CP042583/1686231‑1686780 ||| gaTAAACGCAGGTACCCCGCAGAACAGCGCCGGCAGCATCATCACCGCCACAGTCGTTGATAATAATGGCTTTCCGGTGAAAGGTGTGACTGTGAACTTCACCAGCAACGCAGCGACAGCCGAAATGACGAACGGCGGTCAAGCCGTGACGAACGAACAGGGTAAGGCTACCGTCACTTATACCAATACCCGCT‑CCTCGATAGAATCAGGAGCGAGACCGGATGCCGTTGAGGCCAGTCTGGAAAATGGTAGCTCCACGCTTAGCACATCAATTAATGTCAACGCTGAt < 2:554343/288‑1 (MQ=255)cATAATCGCCGGTACCCCGCAGAACAGCTCCGGCAGCGTCATCACCGCCACAGTCGTTGATAATAATGGCTTTCCGGTGAAAGGTGTGACTGTGAACTTCACCAGCAACGCAGCGACAGCCGAAATGACGAACGGCGGTCAAGCCGTGACGAACGAACAGGGTAAGGCTACCGTCACTTATACCAATCCCCGCT‑CCTCGCTAGACTCAGGAGCGAGACCGGATACCGTTGAGGCCCGTCTGGAAAATGGTAGCTCCACGCTTAGCACATCAATTAATGTCACCGCTGAt > 1:1539737/1‑289 (MQ=255)cATAATCGCCGGTACCCCGCAGAACAGCTCCGGCAGCGTCATCACCGCCACAGTCGTTGATAATAATGGCTTTCCGGTGAAAGGTGTGACTGTGAACTTCACCAGCAACGCAGCGACAGCCGAAATGACGAACGGCGGTCAAGCCGTGACGAACGAACAGGGTAAGGCTACCGTCACTTATACCAATACCCGCT‑CCTCGATAGAATCAGGAGCGAGACCGGATACCGTTGAGGCCAGTCTGGAAAATGGTAGCTCCACGCTTAGCACATCAATTAATGTCAACGCTGAt > 1:1747843/1‑289 (MQ=255) cccGCAGAACAGCTCCGGCAGCGTCATCACCGCCACAGTCGTTGATAATAATGGCTTTCCGGTGAAAGGTGTGACTGTGAACTTCACCAGCAACGCAGCGACAGCCGAAATGACGAACGGCGGTCAAGCCGTGACGAACGAACAGGGTAAGGCTACCGTCACTTATACCAATACCCGCT‑CCTCGATAGAATCAGGAGCGAGACCGGATACCGTTGAGGCCAGTCTGGAAAATGGTAGCTCCACGCTTAGCACATCAATTAATGTCAACGCTGATGCGTCTACGGCACAt < 2:931315/289‑1 (MQ=255) 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gtgACTGTGAACTTCACCAGCAACGCAGCGACAGCCGAAATGACGAACGGCGGTCAAGCCGTGACGAACGAACAGGGTAAGGCTACCGTCACTTATACCAATACCCGCT‑CCTCGATAGAATCAGGAGCGAGACCGGATACCGTTGAGGCCAGTCTGGAAAATGGTAGCTCCACGCTTAGCACATCAATTAATGTCAACGCTGATGCGTCTACGGCACATCTCACCTTGCTACAGGCACTTTTTGATACAGTCTCCGCAGGCGAGACAACCAGTCTGTATATTGAGGTg < 1:1774551/288‑1 (MQ=255) gtgACTGTGAACTTCACCAGCAACGCAGCGACAGCCGAAATGACGAACCGCGGTCAAGCCGTGACGAACGAACAGGGTAAGGCTACCGTCACTTATACCAATACCCGCT‑CCTCGATAGAATCAGGAGCGAGACCGGATACCGTTGAGGCCAGTCTGGAAAATGGTAGCTCCACGCTTAGCACATCAATTAATGTCAACGCTGATGCGTCTACGGCACATCTCACCTTGCTACAGGCACTTTTTGATACAGTCTCCGCAGGCGAGACAACCAGTCTGTATATTGAGGTg < 1:151247/288‑1 (MQ=255) tgAACTTCACCAGCAACGCAGCGACAGCCGAAATGACGAACGGCGGTCAAGCCGTGACGAACGAACAGGGTAAGGCTACCGTCACTTATACCAATACCCGCT‑CCTCGATAGAATCAGGAGCGAGACCGGATACCGTTGAGGCCAGTCTGGAAAATGGTAGCTCCACGCTTAGCACATCAATTAATGTCAACGCTGATGCGTCTACGGCACATCCCACCTTGCTACAGGCCCTTTTTGATACAGTCTCCGCACGCGAGACCACCCGTCTGTATATTGAGGGTAAGGAtga > 2:1372750/1‑287 (MQ=255) 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cGCTTAGCACATCAATTAATGTCAACGCTGATGCGTCTACGGCACATCTCACCTTGCTACAGGCACTTTTTGATACAGTCTCCGCAGGCGAGACAACCAGTCTGTATATTGAGGTGAAGGATAATTACGGCAACGGTGTCCCCCAGCAGGAGGTAACCCTCAGCGTTTCACCAAGTGAAGGCGTGACCCCCAGTAATAACGCTATATATACTACCAACCACGACGGCAATTTTTACGCAAGCTTTACCGCTACAAAAGCCGGGGTTTATCAATTGACGGCAACCCTCGa > 2:1620134/1‑289 (MQ=255) tAGCACATCAATTAATGTCAACGCTGATGCGTCTACGGCACATCTCACCTTGCTACAGGCACTTTTTGATACAGTCTCCGCAGGCGAGACAACCAGTCTGTATATTGAGGTGAAGGATAATTACGGCAACGGTGTCCCCCAGCAGGAGGTAACCCTCAGCGTTTCACCAAGTGAAGGCGTGACCCCCAGTAATAACGCTATATATACTACCAACCACGACGGCAATTTTTACGCAAGCTTTACCGCTACAAAAGCCGGGGTTTATCAATTGACGGCAACCCTCGAAAAt > 1:167765/1‑289 (MQ=255) ||| CATAATCGCCGGTACCCCGCAGAACAGCTCCGGCAGCGTCATCACCGCCACAGTCGTTGATAATAATGGCTTTCCGGTGAAAGGTGTGACTGTGAACTTCACCAGCAACGCAGCGACAGCCGAAATGACGAACGGCGGTCAAGCCGTGACGAACGAACAGGGTAAGGCTACCGTCACTTATACCAATACCCGCT‑CCAGCATAGAAAGTGGAGCGAGACCGGATACCGTTGAGGCCAGTCTGGAAAATGGTAGCTCCACGCTTAGCACAAGTATTAATGTCAACGCTGATGCGTCTACGGCACATCTCACCTTGCTACAGGCACTTTTTGATACAGTCTCCGCAGGCGAGACAACCAGTCTGTATATTGAGGTGAAGGATAATTACGGCAACGGTGTCCCCCAGCAGGAGGTAACCCTCAGCGTTAGTCCAAGTGAAGGCGTGACCCCCAGTAATAACGCTATATATACTACCAACCACGACGGCAATTTTTACGCAAGCTTTACCGCTACAAAAGCCGGGGTTTATCAATTGACGGCAACCCTCGAAAAT > CP042583/1686231‑1686780 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |