Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 1,686,655 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | CP042583 | 1,686,655 | 0 | A | T | 99.2% | 557.2 / NA | 234 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.06e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,686,656 | 0 | G | C | 100.0% | 551.2 / NA | 234 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base C (132/102); total (132/102) | |||||||||||
* | CP042583 | 1,686,657 | 0 | T | A | 99.6% | 561.7 / NA | 234 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (132/101); minor base C (0/1); total (132/102) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.36e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 234 total aligned reads displayed.
GACGAACGAACAGGGTAAGGCTACCGTCACTTATACCAATACCCGCTCCAGCATAGAAAGTGGAGCGAGACCGGATACCGTTGAGGCCAGTCTGGAAAATGGTAGCTCCACGCTTAGCACAAGTATTAATGTCAACGCTGATGCGTCTACGGCACATCTCACCTTGCTACAGGCACTTTTTGATACAGTCTCCGCAGGCGAGACAACCAGTCTGTATATTGAGGTGAAGGATAATTACGGCAACGGTGTCCCCCAGCAGGAGGTAACCCTCAGCGTTAGTCCAAGTGAAGGCGTGACCCCCAGTAATAACGCTATATATACTACCAACCACGACGGCAATTTTTACGCAAGCTTTACCGCTACAAAAGCCGGGGTTTATCAATTGACGGCAACCCTCGAAAATGGCGATAGCATGCAACAAACAGTGACCTATGTGCCGAACGTCGCGAATGCTGAAATCACGCTGGCAGCCAGCAAGGATCCGGTGATTGCCGACAATAACGATCTCACGACACTAACAGCAACAGTCGCTGATACAGAGGGCAATGCGATAGCCAAC > CP042583/1686378‑1686936 ||| gACGAACGAACAGGGTAAGGCTACCGTCACTTATACCAATACCCGCTCCTCGATAGAATCAGGAGCGAGACCGGATACCGTTGAGGCCAGTCTGGAAAATGGTAGCTCCACGCTTAGCACATCAATTAATGTCAACGCTGATGCGTCTACGGCACATCTCACCTTGCTACAGGCACTTTTTGATACAGTCTCCGCAGGCGAGACAACCAGTCTGTATATTGAGGTGAAGGATAATTACGGCAACGGTGTCCCCCAGCAGGAGGTAACCCTCAGCGTTTCACCAAGTGaa > 2:1179003/1‑289 (MQ=255) acgaacAGGGTAAGGCTACCGTCACTTATACCAATACCCGCTCCTCGATAGAATCAGGAGCGAGACCGGATACCGTTGAGGCCAGTCTGGAAAATGGTAGCTCCACGCTTAGCACATCAATTAATGTCAACGCTGATGCGTCTACGGCACATCTCACCTTGCTACAGGCACTTTTTGATACAGTCTCCGCAGGCGAGACAACCAGTCTGTATATTGAGGTGAAGGATAATTACGGCAACGGTGTCCCCCAGCAGGAGGTAACCCTCAGCGTTTCACCAAGTGAAGGCg < 1:407696/288‑1 (MQ=255) gaacAGGGTAAGGCTACCGTCACTTATACCAATACCCGCTCCTCGATAGAATCAGGAGCGAGACCGGATACCGTTGAGGCCAGTCTGGAAAATGGTAGCTCCACGCTTAGCACATCAATTAATGTCAACGCTGATGCGTCTACGGCACATCTCACCTTGCTACAGGCACTTTTTGATACAGTCTCCGCAGGCGAGACAACCAGTCTGTATATTGAGGTGAAGGATAATTACGGCAACGGTGTCCCCCAGCAGGAGGTAACCCTCAGCGTTTCACCAAGTGAAGGCGTGa < 1:1948378/289‑1 (MQ=255) gggTAAGGCTACCGTCACTTATACCAATACCCGCTCCTCGATAGAATCAGGAGCGAGACCGGATACCGTTGAGGCCAGTCTGGAAAATGGTAGCTCCACGCTTAGCACATCAATTAATGTCAACGCTGATGCGTCTACGGCACATCTCACCTTGCTACAGGCACTTTTTGATACAGTCTCCGCAGGCGAGACAACCAGTCTGTAAATTGAGGTGAAGGATAATTACGGCAACGGTGTCCCCCAGCAGGAGGTAACCCCCAGCGTTTCACCAAGTGAAGGGGTGAcccac > 2:243526/1‑287 (MQ=255) 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cgacACTTATAACAATACCCGCTCCGCGCTAGAATCAGGAGCGAGACCGGATACCGTTGAGGCCAGTCTGGAAAATGGTAGCTCCACGCTTAGCACATCAATTAATGTCAACGCTGATGCGTCTACGGCACATCTCACCTTGCTACAGGCACTTTTTGATACAGTCTCCGCAGGCGAGACAACCAGTCTGTATATTGAGGTGAAGGATAATTACGGCAACGGTGTCCCCCAGCAGGAGGTAACCCTCAGCGTTTCACCAAGTGAAGGCGTGACCCCCAGTAATAACGCt < 2:313043/286‑1 (MQ=255) cagtacctataCCAATACCCGCTCCTCGATAGAATCGAGAGCGAGACCGGATACCGTTGAGGCCAGTCTGGAAAATGGTAGCTCCACGCTTAGCACATCAATTAATGTCAACGCTGATGCGTCTACGGCACATCTCACCTTGCTACAGGCACTTTTTGATACAGTCTCCGCAGGCGAGACAACCAGTCTGTATATTGAGGTGAAGGATAATTACGGCAACGGTGTCCCCCAGCAGGAGGTAACCCTCAGCGTTTCACCAAGTGAAGGCGTGACCCCCAGTAATAACGCt < 2:1747843/282‑1 (MQ=255) cGTCACTTATACCAATACCCGCTCCTCGATAGAATCAGGAGCGAGACCGGATACCGTTGAGGCCAGTCTGGAAAATGGTAGCTCCACGCTTAGCACATCAATTAATGTCAACGCTGATGCGTCTACGGCACATCTCACCTTGCTACAGGCACTTTTTGATACAGTCTCCGCAGGCGAGACAACCAGTCTGTATATTGAGGTGAAGGATAATTACGGCAACGGTGTCCCCCAGCAGGAGGTAACCCTCAGCGTTTCACCAAGTGAAGGCGTGACCCCCAGTAATAACGCt < 2:688014/289‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |