Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
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RA | CP042583 | 1,691,994 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | CP042583 | 1,691,994 | 0 | A | T | 98.6% | 674.1 / NA | 284 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
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* | CP042583 | 1,691,995 | 0 | G | C | 99.3% | 656.2 / NA | 284 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (146/136); minor base A (2/0); total (148/136) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.99e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,691,996 | 0 | T | A | 99.3% | 672.2 / NA | 284 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/1); major base A (147/134); minor base C (1/1); total (148/136) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 284 total aligned reads displayed.
TCAGTATGATGACGACTGACGAACAGTTTTTAAGCTGGGGCTGGCGCATTCCTTTCCTGTTTAGCATCGTACTGGTACTGGGAGCATTGTGGGTGCGCAATGGCATGGAGGAGTCCGCGGAATTTGAACAACAGCAACATTATCAAGCTGCCGCGAAAAAACGCATCCCGGTTATCGAAGCGCTGTTACGACATCCCGGTGCTTTCCTGAAGATTATTGCGCTACGACTGTGCGAATTGCTGACGATGTACATCGTTACTGCCTTTGCACTTAATTATAGTACCCAGAATATGGGGCTACCGCGCGAACTTTTCCTTAATATTGGTTTGCTGGTAGGTGGATTAAGCTGCCTGACAATTCCCTGTTTTGCCTGGCTTGCCGATC‑GTTTTGGTCGCCGTAGGGTTTATATCACAGGTACGTTAATCGGAACGTTGAGCGCATTTCCTTTCTTTATGGCGCTTGAAGCACAATCTATTTTCTGGATAGTTTTCTTCTCCATAATGCTGGCAAACATTGCGCATGACATGGTGGTGTGTGTGCAACAACCGATGTTTACCGAA > CP042583/1691716‑1692275 ||| acgacTGACGAACAGTTTTTAAGCTGGGGCTGGCGCATTCCTTTCCTGTTTAGCATCGTACTGGTACTGGGAGCATTGTGGGTGCGCAATGGCATGGAGGAGTCCGCGGAATTTGAACAACAGCAACATTATCAAGCTGCCGCGAAAAAACGCATCCCGGTTATCGAAGCGCTGTTACGACATCCCGGTGCTTTCCTGAAGATTATTGCGCTACGACTGTGCGAATTGCTGACGATGTACATCGTTACTGCCTTTGCACTTAATTATTCAACCCAGAATATGGGGCTa > 1:650818/1‑288 (MQ=255) cgacTGACGAACAGTTTTTAAGCTGGGGCTGGCGCATTCCTTTCCTGTTTAGCATCGTACTGGTACTGGGAGCATTGTGGGTGCGCAATGGCATGGAGGAGTCCGCGGAATTTGAACAACAGCAACATTATCAAGCTGCCGCGAAAAAACGCATCCCGGTTATCGAAGCGCTGTTACGACATCCCGGTGCTTTCCTGAAGATTATTGCGCTACGACTGGGCGAATTGCTGACGATGTACATCGTTACTGCCTTTGCACTTAATTATTCAACCCCGAataagtggttaa > 2:1646510/1‑279 (MQ=255) acTGACGAACAGTTTTTAAGCTGGGGCTGGCGCATTCCTTTCCTGTTTAGCATCGTACTGGTACTGGGAGCATTGTGGGTGCGCAATGGCATGGAGGAGTCCGCGGACTTTGAACAACAGCAACATTATCAAGCTGCCGCGAAAAAACGCATCCCGGTTATAGAAGCGCTGTTACGACATCCCGGTGCTTTCCTGAAGATTATTGCGCTACGACTGTGCGAATTGCTGACGATGTACATCGTTACTGCCTTTGCACTTAATTATTCAACCCTGGATATGGGACGACcgc > 2:1662989/1‑289 (MQ=255) acTGACGAACAGTTTTTAAGCTGGGGCTGGCGCATTCCTTTCCTGTTTAGCATCGTACTGGTACTGGGAGCATTGTGGGTGCGCAATGGCATGGAGGAGTCCGCGGAATTTGAACAACAGCAACATTATCAAGCTGCCGCGAAAAAACGCATCCCGGTTATCGAAGCGCTGTTACGACATCCCGGTGCTTTCCTGAAGATTATTGCGCTACGACTGTGCGAATTGCTGACGATGTACATCGTTACTGCCTTTGCACTTAATTATTCAACCCAGAATATGGGGCTACcgc > 1:1840919/1‑289 (MQ=255) gACGAACAGTTTTTAAGCTGGGGCTGGCGCATTCCTTTCCTGTTTAGCGTCGTACTGGTACTGGGAGCATTGTGGGTGCGCAATGGCATGGAGGAGTCCGCGGAATTTGAACAACAGCAACATTATCAAGCTGCCGCGAAAAAACGCATCCCGGTTATCGAAGCGCTGTTACGACATCCCGGTGCTTTCCTGAAGATTATTGCGCTACGACTGTGCGAATTGCTGACGATGTACATCGTTACTGCCTTTGCACTTAATTATTCAACCCAGAATATGGGGCTACcgcgcg < 2:29873/289‑1 (MQ=255) aCAGTTTTTAAGCTGGGGCTGGCGCATTCCTTTCCTGTTTAGCATCGTACTGGTACTGGGAGCATTGTGGGTGCGCAATGGCATGGAGGAGTCCGCGGAATTTGAACAACAGCAACATTATCAAGCTGCCGCGAAAAAACGCATCCCGGTTATCGAAGCGCTGTTACGACATCCCGGTGCTTTCCTGAAGATTATTGCGCTACGACTGTGCGAATTGCTGACGATGTACATCGTTACTGCCTTTGCACTTAATTATTCAACCCAGAATATGGGGCTACCGCGCGAACtt < 2:618257/289‑1 (MQ=255) cAGTTTTTAAGCTGGGGCTGGCGCATTCCTTTCCTGTTTAGCATCGTACTGGTACTGGGAGCATTGTGGGTGCGCAATGGCATGGAGGAGTCCGCGGAATTTGAACAACAGCAACATTATCAAGCTGCCGCGAAAAAACGCATCCCGGTTATCGAAGCGCTGTTACGACATCCCGGTGCTTTCCTGAAGATTATTGCGCTACGACTGTGCGAATTGCTGACGATGTACATCGTTACTGCCTTTGCACTTAATTATTCAACCCAGAATATGGGGCTACCGCGCGAACttt > 2:1316059/1‑289 (MQ=255) ttttGAGCTTGGGCTGGCGCATTCCTTTCCTGTGTGGCATCGTACTGGTACTGGGAGAATTGTGGGTGCGCAATGGAATGGAGGAGTCCGCGGAATTTGAACAACAGCAACATTATCGAGCTGCCGCGAAAAAACGCATCCCGGTTATCGAAGCGCTGTTACGACATCCCGGTGCTTTCCTGAAGATTATTGCGCTACGACTGTGCGAATTGCTGACGATGTACATCGTTACTGCCTTTGCACTTAATTATTCAACCCAGAATATGGGGCTACCGCGCGAACTTTTCCt < 2:251941/289‑1 (MQ=255) gCTGGCGCATTCCTTTCCTGTTTAGCATCGTACTGGTACTGGGAGCATTGTGGGTGCGCAATGGCATGGAGGAGTCCGCGGAATTTGAACAACAGCAACATTATCAAGCTGCCGCGAAAAAACGCATCCCGGTTATCGAAGCGCTGTTACGACATCCCGGTGCTTTCCTGAAGATTATTGCGCTACGACTGTGCGAATTGCTGACGATGTACATCGTTACTGCCTTTGCACTTAATTATTCAACCCAGAATATGGGGCTACCGCGCGAACTTTTCCTTAATATTGGtt < 1:172482/288‑1 (MQ=255) aTTCCTTTCCTGTTTAGCATCGTACTGGTACTGGGAGCATTGTGGGTGCGCAATGGCATGGAGGAGTCCGCGGAATTTGAACAACAGCAACATTATCAAGCTGCCGCGAAAAAACGCATCCCGGTTATCGAAGCGCTGTTACGACATCCCGGTGCTTTCCTGAAGATTATTGCGCTACGACTGTGCGAATTGCTGACGATGTACATCGTTACTGCCTTTGCACTTAATTATTCAACCCAGAATATGGGGCTACCGCGCGAACTTTTCCTTAATATTGGTTTGCTGGTAg < 2:566388/289‑1 (MQ=255) ctGTTTAGCATCGTACTGGTACTGGGAGCATTGTGGGTGCGCAATGGCATGGAGGAGTCCGCGGAATTTGAACAACAGCAACATTATCAAGCTGCCGCGAAAAAACGCATCCCGGTTATCGAAGCGCTGTTACGACATCCCGGTGCTTTCCTGAAGATTATTGCGCTACGACTGTGCGAATTGCTGACGATGTACATCGTTACTGCCTTTGCACTTAATTATTCAACCCAGAATATGGGGCTACCGCGCGAACTTTTCCTTAATATTGGTTTGCTGGTAGGTGGATTaa < 1:1316059/289‑1 (MQ=255) gTTTAGCATCGTACTGGTACTGGGAGCATTGTGGGTGCGCAATGGCATGGAGGAGTCCGCGGAATTTGAACAACAGCAACATTATCAAGCTGCCGCGAAAAAACGCATCCCGGTTATCGAAGCGCTGTTACGACATCCCGGTGCTTTCCTGAAGATTATTGCGCTACGACTGTGCGAATCGCTGACGATGTACATCGTTACTGCCTTTGCACTTAATTATTCAACCCCGAATATGGCGCTACCGCGCTAACTTTTCCTTAATATTGGTTTGCTGGATGGTGGATTaa > 2:1941157/1‑287 (MQ=255) ttAGCATCGTACTGGTACTGGGAGCATTGTGGGTGCGCAATGGCATGGAGGAGTCCGCGGAATTTGAACAACAGCAACATTATCAAGCTGCCGCGAAAAAACGCATCCCGGTTATCGAAGCGCTGTTACGACATCCCGGTGCTTTCCTGAAGATTATTGCGCTACGACTGTGCGAATTGCTGACGATGTACATCGTTACTGCCTTTGCACTTAATTATTCAACCCAGAATATGGGGCTACCGCGCGAACTTTTCCTTAATATTGGTTTGCTGGTAGGTGGATTAAGCTg < 1:404368/289‑1 (MQ=255) aGCATCGTACTGGTACTGGGAGCATTGTGGGTGCGCAATGGCATGGAGGAGTCCGCGGAATTTGAACAACAGCAACATTATCAAGCTGCCGCGAAAAAACGCATCCCGGTTATCGAAGCGCTGTTACGACATCCCGGTGCTTTCCTGAAGATTATTGCGCTACGACTGTGCGAATTGCTGACGATGTACATCGTTACTGCCTTTGCACTTAATTATTCAACCCAGAATATGGGGCTACCGCGCGAACTTTTCCTTAATATTGGTTTGCTGGTAGGTGGATTAAGCTGcc < 1:732864/289‑1 (MQ=255) tactggtactggGAGCATTGTGGGTGCGCAATGGCATGGAGGAGTCCGCGGAATTTGAACAACAGCAACATTATCAAGCTGCCGCGAAAAAACGCATCCCGGTTATCGAAGCGCTGTTACGGCATCCCGGTGCTTTCCTGAAGATTATTGCGCTACGACTGTGCGAATTGCTGACGATGTACATCGTTACTGCCTTTGCACTTAATTATTCAACCCAGAATATGGGGCTACCGCGCGAACTTTTCCTTAATATTGGTTTGCTGGTAGGTGGATTAAGCTGCCTGACAAt > 1:190797/1‑289 (MQ=255) tactggtactggGAGCATTGTGGGTGCGCAATGGCATGGAGGAGTCCGCGGAATTTGAACAACAGCAACATTATCAAGCTGCCGCGAAAAAACGCATCCCGGTTATCGAAGCGCTGTTACGACATCCCGGTGCTTTCCTGAAGATTATTGCGCTACGACTGTGCGAATTGCTGACGATGTACATCGTTACTGCCTTTGCACTTAATTATTCAACCCAGAATATGGGGCTACCGCGCGAACTTTTCCTTAATATTGGTTTGCTGGTAGGTGGATTAAGCTGCCTGACAAt > 2:817314/1‑289 (MQ=255) tactggtactggGAGCATTGTGGGTGCGCAATGGCATGGAGGAGTCCGCGGAATTTGAACAACAGCAACATTATCAAGCTGCCGCGAAAAAACGCATCCCGGTTATCGAAGCGCTGTTACGACATCCCGGTGCTTTACTGAAGATTATTGCGCTACGACTGTGCGAATTGCTGACGATGTACATCGTTACTGCCTTTGCACTTAATTATTCAACCCAGAATATGGGGCTACCGCGCGAACTTTTCCTTAATATTGGTTTGCTGGTAGGTGGATTAAGCTGCCTGACAAt > 2:1255444/1‑289 (MQ=255) ctggGAGCATTGTGGGTGCGCAATGGCATGGAGGAGTCCGCGGAATTTGAACAACAGCAACATTATCAAGCTGCCGCGAAAAAACGCATCCCGGTTATCGAAGCGCTGTTACGACATCCCGGTGCTTTCCTGAAGATTATTGCGCTACGACTGTGCGAATTGCTGACGATGTACATCGTTACTGCCTTTGCACTTAATTATTCAACCCAGAATATGGGGCTACCGCGCGAACTTTTCCTTAATATTGGTTTGCTGGTAGGTGGATTa < 2:1513552/267‑1 (MQ=255) gggAGCATTGTGGGTGCGCAATGGCATGGAGGAGTCCGCGGAATTTGAACAACAGCAACATTATCAAGCTGCCGCGAAAAAACGCATCCCGGTTATCGAAGCGCTGTTACGACATCCCGGTGCTTTCCTGAAGATTATTGCGCTACGACTGTGCGAATTGCTGACGATGTACATCGTTACTGCCTTTGCACTTAATTATTCAACCCAGAATATGGGGCTACCGCGCGAACTTTTCCTTAATATTGGTTTGCTGGTAGGTGGATTAAGCTGCCTGACAATTCCCTGtttt > 1:760703/1‑289 (MQ=255) ggAGCATTGTGGGTGCGCAATGGCATGGAGGAGTCCGCGGAATTTGAACAACAGCAACATTATCAAGCTGCCGCGAAAAAACGCATCCCGGTTATCGAAGCGCTGTTACGACATCCCGGTGCTTTCCTTAAGATTATTGCGCTACGACTTTGCGAATTGCTGCCGATGTACATCGTTACTGCCTTTGCACTTAATTATTCAATCCAGAATATGGGGCTACCGCGTGAACTTTTCCTTAATATTTGGTTGCTGGTAGGTGGATTGAGCTGTCTGACACTTCCCGGttttt > 2:1696715/1‑288 (MQ=255) ggAGCATTGTGGGTGCGCAATGGCATGGAGGAGTCCGCGGAATTTGAACAACAGCAACATTATCAAGCTGCCGCGAAAAAACGCATCCCGGTTATCGAAGCGCTGTTACGACATCCCGGTGCTTTCCTGAAGATTATTGCGCTACGACTGTGCGAATTGCTGACGATGTACATCGTTACTGCCTTTGCACTTAATTATTCAACCCAGAATATGGGGCTACCGCGCGAACTTTTCCTTAATATTGGTTTGCTGGTAGGTGGATTAAGCTGCCTGACAATTCCCTGtttt > 1:1591171/1‑288 (MQ=255) ggAGCATTGTGGGTGCGCAATGGCATGGAGGAGTCCGCGGAATTTGAACAACAGCAACATTATCAAGCTGCCGCGAAAAAACGCATCCCGGTTATCGAAGCGCTGTTACGACATCCCGGTGCTTTCCTGAAGATTATTGCGCTACGACTGTGCGAATTGCTGACGATGTACATCGTTACTGCCTTTGCACTTAATTATTCAACCCAGAATATGGGGCTACCGCGCGAACTTTTCCTTAATATTGGTTTGCTGGTAGGTGGATTAAGCTGCCTGACAATTCCCTGtttt > 1:518833/1‑288 (MQ=255) ggAGCATTGTGGGTGCGCAATGGCATGGAGGAGTCCGCGGAATTTGAACAACAGCAACATTATCAAGCTGCCGCGAAAAAACGCATCCCGGTTATCGAAGCGCTGTTACGACATCCCGGTGCTTTCCTGAAGATTATTGCGCTACGACTGTGCGAATTGCTGACGATGTACATCGTTACTGCCTTTGCACTTAATTATTCAACCCAGAATATGGGGCTACCGCGCGAACTTTTCCTTAATATTGGTTTGCTGGTAGGTGGATTAAGCTGCCTGACAATTCCCTGtttt > 1:570092/1‑288 (MQ=255) ggAGCATTGTGGGTGCGCAATGGCATGGAGGAGTCCGCGGAATTTGAACAACAGCAACATTATCAAGCTGCCGCGAAAAAACGCATCCCGGTTATCGAAGCGCTGTTACGACATCCCGGTGCTTTCCTGAAGATTATTGCGCTACGACTGTGCGAATTGCTGACGATGTACATCGTTACTGCCTTTGCACTTAATTATTCAACCCAGAATATGGGGCTACCGCGCGAACTTTTCCTTAATATTGGTTTGCTGGTAGGTGGATTAAGCTGCCTGACAATTCCCTGtttt > 1:1827605/1‑288 (MQ=255) cATTGTGGGTGCGCAATGGCATGGAGGAGTCCGCGGAATTTGAACAACAGCAACATTATCAGGCTGCCGCGAAAAAACGCATCCCGGTTATCGAAGCGCTGTTACGACATCCCGGTGCTTTCCTGAAGATTATTGCGCTACGACTGTGCGAATTGCTGACGATGTACATCGTTACTGCCTTTGCACTTAATTATTCAACCCAGCATATGGGGCTACCGCGCGAACTTTTCCTTAATATTGGTTTGCTGGTTGGTTGATTAATCTGCCTGACAATTCCCTGTTTTTCCTg > 2:1026017/1‑289 (MQ=255) aTTGTGGGTGCGCAATGGCATGGAGGAGTCCGCGGAATTTGAACAACAGCAACATTATCAAGCTGCCGCGAAAAAACGCATCCCGGTTATCGAAGCGCTGTTACGACATCCCGGTGCTTTCCTGAAGATTATTGCGCTACGACTGTGCGAATTGCTGACGATGTACATCGTTACTGCCTTTGCACTTAATTATTCAACCCAGAATATGGGGCTACCGCGCGAACTTTTCCTTAATATTGGTTTGCTGGTAGGTGGATTAAGCTGCCTGACAATTCCCTGTTTTGCCTgg > 2:691719/1‑289 (MQ=255) aTTGTGGGTGCGCAATGGCATGGAGGAGTCCGCGGAATTTGAACAACAGCAACATTATCAAGCTGCCGCGAAAAAACGCATCCCGGTTATCGAAGCGCTGTTACGACATCCCGGTGCTTTCCTGAAGATTATTGCGCTACGACTGTGCGAATTGCTGACGATGTACATCGTTACTGCCTTTGCACTTAATTATTCAACCCAGAATATGGGGCTACCGCGCGAACTTTTCCTTAATATTGGTTTGCTGGTAGGTGGATTAAGCTGCCTGACAATTCCCTGTTTTGCCTg > 1:376950/1‑288 (MQ=255) aTTGTGGGTGCGCAATGGCATGGAGGAGTCCGCGGAATTTGAACAACAGCAACATTATCAAGCTGCCGCGAAAAAACGCATCCCGGTTATCGAAGCGCTGTTACGACATCCCGGTGCTTTCCTGAAGATTATTGCGCTACGACTGTGCGAATTGCTGACGATGTACATCGTTACTGCCTTTGCACTTAATTATTCAACCCAGAATATGGGGCTACCGCGCGAACTTTTCCTTAATATTGGTTTGCTGGTAGGTGGATTAAGCTGCCTGACAATTCCCTGTTTTGCCTg > 1:1255508/1‑288 (MQ=255) 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tAATTATTCAACCCAGAATATGGGGCTACCGCGCGAACTTTTCCTTAATATTGGTTTGCTGGTAGGTGGATTAAGCTGCCTGACAATTCCCTGTTTTGCCTGGCTTGCCGATC‑GTTTTGGTCGCCGTAGGGTTTATATCACAGGTACGTTAATCGGAACGTTGAGCGCATTTCCTTTCTTTATGGCGCTTGAAGCACAATCTATTTTCTGGATAGTTTTCTTCTCCATAATGCTGGCAAACATTGCGCATGACATGGTGGTGTGTGTGCAACAACCGATGTTTACCGaa > 2:137592/1‑289 (MQ=255) tAATTATTCAACCCAGAATATGGGGCTACCGCGCGAACTTTTCCTTAATATTGGTTTGCTGGTAGGTGGATTAAGCTGCCTGACAATTCCCTGTTTTGCCTGGCTTGCCGATC‑GTTTTGGTCGCCGTAGGGTTTATATCACAGGTACGTTAATCGGAACGTTGAGCGCATTTCCTTTCTTTATGGCGCTTGAAGCACAATCTATTTTCTGGATAGTTTTCTTCTCCATAATGCTGGCAAACATTGCGCATGACATGGTGGTGTGTGTGCAACAACCGATGTTTACCGaa > 1:920680/1‑289 (MQ=255) tAATTATTCAACCCAGAATATGGGGCTACCGCGCGAACTTTTCCTTAATATTGGTTTGCTGGTAGGTGGATTAAGCTGCCTGACAATTCCCTGTTTTGCCTGGCTTGCCGATC‑GTTTTGGTCGCCGTAGGGTTTATATCACAGGTACGTTAATCGGAACGTTGAGCGCATTTCCTTTCTTTATGGCGCTTGAAGCACAATCTATTTTCTGGATAGTTTTCTTCTCCATAATGCTGGCAAACATTGCGCATGACATGGTGGTGTGTGTGCAACAACCGATGTTTACCGaa > 1:1687399/1‑289 (MQ=255) ||| TCAGTATGATGACGACTGACGAACAGTTTTTAAGCTGGGGCTGGCGCATTCCTTTCCTGTTTAGCATCGTACTGGTACTGGGAGCATTGTGGGTGCGCAATGGCATGGAGGAGTCCGCGGAATTTGAACAACAGCAACATTATCAAGCTGCCGCGAAAAAACGCATCCCGGTTATCGAAGCGCTGTTACGACATCCCGGTGCTTTCCTGAAGATTATTGCGCTACGACTGTGCGAATTGCTGACGATGTACATCGTTACTGCCTTTGCACTTAATTATAGTACCCAGAATATGGGGCTACCGCGCGAACTTTTCCTTAATATTGGTTTGCTGGTAGGTGGATTAAGCTGCCTGACAATTCCCTGTTTTGCCTGGCTTGCCGATC‑GTTTTGGTCGCCGTAGGGTTTATATCACAGGTACGTTAATCGGAACGTTGAGCGCATTTCCTTTCTTTATGGCGCTTGAAGCACAATCTATTTTCTGGATAGTTTTCTTCTCCATAATGCTGGCAAACATTGCGCATGACATGGTGGTGTGTGTGCAACAACCGATGTTTACCGAA > CP042583/1691716‑1692275 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |