| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 1,692,920 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 1,692,920 | 0 | A | T | 98.3% | 542.9 / NA | 235 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (153/77); minor base C (3/1); total (157/78) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,692,921 | 0 | G | C | 99.6% | 544.1 / NA | 235 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (155/78); minor base T (1/0); total (157/78) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,692,922 | 0 | T | A | 99.6% | 554.7 / NA | 235 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (156/77); minor base G (0/1); total (157/78) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.33e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 235 total aligned reads displayed.
AGCAATCTGTAGTCGCATTACGCAACGCCATTGGCAACTATATTACAAGTGGCGAATTACCTGATGAAAACGCCCGCAAACAAGGTCTTTTTGTCTATCCAAGTCTGACCGTAACCTGGGACGGTAGCACAACCAATCCCCCCAAAACGCGCGCATTTGGTCGCTTTACCCACGCAGGCAGCTACACCACCACGATTACTCGCCCTACTCTCTTTCGTAGCTATCTTAATGAACAACTTACGTTGCTGTATCAGGATTATGGTGCGCATATCAGTGTGCAACCCAGCCAGCATGAAATCCCTTATCCTTATGTCATCGATGGCTCTGAATTGACACTTGATCGCAGTATGAGCGCTGGGTTAACTCGCTACTTCCCGACAACAGAACTGGCGCAAATTGGCGATGAAACTGCAGACGGCATTTATCATCCAACTGAATTCTCCCCGCTAAGCCATTTTGATGCGCGCCGCGTCGATTTTTCCCTCGCACGGTTGCGCCATTATACCGGTACGCCAGTTGAACATTTTCAGCCGTTCGTCTTGTTTACCAACT > CP042583/1692648‑1693199 ||| gCAATCTGTAGTCGCATTACGCAACGCCATTGGCAACTATATTACAAGTGGCGAATTACCTGATGAAAACGCCCGCAAACAAGGTCTTTTTGTCTATCCATCACTGACCGTAACCTGGGACGGTAGCACAACCAATCCCCCCAAAACGCGCGCATTTGGTCGCTTTACCCACGCAGGCAGCTACACCACCACGATTACTCGCCCTACTCTCTTTCGTTCGTATCTTAATGAACAACTTACGTTGCTGTATCAGGATTATGGTGCGCATATCTCAGTGCAAccctcgca < 1:1757435/288‑6 (MQ=255) aTCTGTAGTCGCATTACGCAACGCCATTGGCAACTATATTACAAGTGGCGAATTACCTGATGAAAACGCCCGCAAACAAGGTCTTTTTGTCTATCCATCACTGACCGTAACCTGGGACGGTAGCACAACCAATCCCCCCAAAACGCGCGCATTTGGTCGCTTTACCCACGCAGGCAGCTACACCACCACGATTACTCGCCCTACTCTCTTTCGTTCGTATCTTAATGAACAACTTACGTTGCTGTATCAGGTTTATGGTGCGCATATCTCAGTGCAACCCTCGCAGCAt > 2:1159329/1‑289 (MQ=255) aTCTGTAGTCGCATTACGCAACGCCATTGGCAACTATATTACAAGTGGCGAATTACCTGATGAAAACGCCCGCAAACAAGGTCTTTTTGTCTATCCATCACTGACCGTAACCTGGGACGGTAGCACAACCAATCCCCCCAAAACGCGCGCATTTGGTCGCTTTACCCACGCAGGCAGCTACACCACCACGATTACTCGCCCTACTCTCTTTCGTTCGTATCTTAATGAACAACTTACGTTGCTGTATCAGGATTATGGTGCGCATATCTCAGTGCAACCCTCGCAGCAt > 1:144240/1‑289 (MQ=255) aTCTGTAGTCGCATTACGCAACGCCATTGGCAACTATATTACAAGTGGCGAATTACCTGATGAAAACGCCCGCAAACAAGGTCTTTTTGTCTATCCATCACTGACCGTAACCTGGGACGGTAGCACAACCAATCCCCCCAAAACGCGCGCATTTGGTCGCTTTACCCACGCAGGCAGCTACACCACCACGATTACTCGCCCTACTCTCTTTCGTTCGTATCTTAATGAACAACTTACGTTGCTGTATCAGGATTATGGTGCGCATATCTCAGTGCAACCCTCGCAGCAt > 1:54414/1‑289 (MQ=255) 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aCGCAACGCCATTGGCAACTATATTACAAGTGGCGAATTACCTGATGAAAACGCCCGCAAACAAGGTCTTTTTGTCTATCCATCACTGACCGTAACCTGGGACGGTAGCACAACCAATCCCCCCAAAACGCGCGCATTTGGTCGCTTTACCCACGCAGGCAGCTACACCACCACGATTACTCGCCCTACTCTCTTTCGTTCGTATCTTAATGAACAACTTACGTTGCTGTATCAGGATTATGGTGCGCATATCTCAGTGCAACCCTCGCAGCATGAAAGCccttatcct > 2:711570/1‑289 (MQ=255) ttGGCAACTATATTACAAGTGGCGAATTACCTGATGAAAACGCCCGCAAACAAGGTCTTTTTGTCTATCCATCACTGACCGTAACCTGGGACGGTAGCACAACCAATCCCCCCAAAACGCGCGCATTTGGTCGCTTTACCCACGCAGGCAGCTACACCACCACGATTACTCGCCCTACTCTCTTTCGTTCGTATCTTAATGAACAACTTACGTTGCTGTATCAGGATTATGGTGCGCATATCTCAGTGCAACCCTCGCAGCATGAAATCCCTTATCCTTATGTCATCGa < 1:383846/289‑1 (MQ=255) ttGGCAACTATATTACAAGTGGCGAATTACCTGATGAAAACGACCGCAAACAAGGTCTTTTTGTCTATCCATCACTGACCGTAACCTGGGACGGTAGCACAACCAATCCCCCCAAAACGCGCGCATTTGGTCGCTTTACCCACGCAGGCAGCTACACCACCACGATTACTCGCCCTACTCTCTTTCGTTCGTATCTTAATGAACAACTTACGTTGCTGTATCAGGATTATGGTGCGCATATCTCAGTGCAACCCTCGCAGCATGAAATCCCTTATCCTTATGTCATCGa < 2:1021052/289‑1 (MQ=255) ttGGCAAATATATTACAAGTGGCGAATTACCTGATGAAAACGCCCGCAAACAAGGTCTTTTTGTCTATCCATCACTGACCGTAACCTGGGACGGTAGCACAACCAATCCCCCCAAAACGCGCGCATTTGGTCGCTTTACCCACGCAGGCAGCTACACCACCACGATTACTCGCCCTACTCTCTTTCGTTCGTATCTTAATGAACAACTTACGTTGCTGTATCAGGATTATGGTGCGCATATCTCAGTGCAACCCTCGCAGCATGAAATCCCTTATCCTTATGTCATCGa < 2:1167164/289‑1 (MQ=255) accatgttccAAGTGGAGAATTCCATGGTGAAACCGCCCGCAAACAAGGGCGTTTTGTCTATCCATCACTGACCGTAACCTGGGACGGTAGCACAACCAATCCCCCCAAGACGCGCGCATTTGGTCGCTTTACCCACGCAGGCAGCTACACCACCACGATTACTCGCCCTACTCTCTTTCGTTCGTATCTTAATGAACAACTTACGTTGCTGTATCAGGATTATGGTGCGCATATCTCAGTGCAACCCTCGCAGCATGAAATCCCTTATCCTTATGTCATCGATGGctc < 2:1210385/280‑1 (MQ=255) tatTACAAGTGGCGAATTACCTGATGAAAACGCCCGCAAACAAGGTCTTTTTGTCTATCCATCACTGACCGTAACCTGGGACGGTAGCACAACCAATCCCCCCAAAACGCGCGCATTTGGTCGCTTTACCCACGCAGGCAGCTACACCACCACGATTACTCGCCCTACTCTCTTTCGTTCGTATCTTAATGAACAACTTACGTTGCTGTATCAGGATTATGGTGCGCATATCTCAGTGCAACCCTCGCAGCATGAAATCCCTTATCCTTATGTCATCGATGGCTCTGaa > 2:1486123/1‑289 (MQ=255) tatTACAAGTGGCGAATTACCTGATGAAAACGCCCGCAAACAAGGTCTTTTTGTCTATCCATCACTGACCGTAACCTGGGACGGTAGCACAACCAATCCCCCCAAAACGCGCGCATTTGGTCGCTTTACCCACGCAGGCAGCTACACCACCACGATTACTCGCCCTACTCTCTTTCGTTCGTATCTTAATGAACAACTTACGTTGCTGTATCAGGATTATGGTGCGCATATCTCAGTGCAACCCTCGCAGCATGAAATCCCTTATCCTTATGTCATCGATGGCTCTGaa > 2:1391841/1‑289 (MQ=255) tatTACAAGTGGCGAATTACCTGATGAAAACGCCCGCAAACAAGGTCTTTTTGTCTATCCATCACTGACCGTAACCTGGGACGGTAGCACAACCAATCCCCCCAAAACGCGCGCATTTGGTCGCTTTACACAGGCAGGCAGCTAAACCACCACGATTACTCGCACTACTCTCTTGCTTTCGTATCTTAATGAACAACTAACGTTGCTGTATAAGGATTATGGGACGCATATCCCATTGCAACCCTCGCAGCATGAAATCCCTTATCCTTATGTCTGCGATGGctttcaa > 1:1852520/1‑284 (MQ=255) atgaCAAGTGGCGAATTACCTGATGAAAACGCCCGCAAACAAGGTCTTTTTGTCTATCCATCACTGACCGTAACCTGGGACGGTAGCACAACCAATCCCCCCAAAACGCGCTCATTTGGTCGCTTTACCCACGCAGGCAGCTACACCACCACGATTACTCGCCCTACTCTCTTTCGTTCGTATCTTAATGAACAACTTACGTTGCTGTATCAGGATTATGGTGCGCATATCTCAGTGCAACCCTCGCAGCATGAAATCCCTTATCCTTATGTCATCGATGGCTCTGAAt < 1:1470186/286‑1 (MQ=255) atTACAAGTGGCGAATTACCTGATGAAAACGCCCGCAAACAAGGTCTTTTTGTCTATCCATCACTGACCGTAACCTGGGACGGTAGCACAACCAATCCCCCCAAAACGCGCGCATTTGGTCGCTTTACCCACGCAGGCAGCTACACCACCACGATTACTCGCCCTACTCTCTTTCGTTCGTATCTTAATGAACAACTTACGTTGCTGTATCAGGATTATGGTGCGCATATCTCAGTGCAACCCTCGCAGCATGAAATCCCTTATCCTTATGTCATCGATGGCTCTGAAt < 1:1912875/289‑1 (MQ=255) ttACAAGTGGCGAATTACCTGATGAAAACGCCCGCAAACAAGGTCTTTTTGTCTATCCATCACTGACCGTAACCTGGGACGGTAGCACAACCAATCCCCCCAAAACGCGCGCATTTGGTCGCTTTACCCACGCAGGCAGCTACACCACCACGATTACTCGCCCTACTCTCTTTCGTTCGTATCTTAATGAACAACTTACGTTGCTGTATCAGGATTATGGTGCGCATATCTCAGTGCAACCCTCGCAGCATGAAATCCCTTATCCTTATGTCATCGATGGCTCTGAAtt < 2:1547096/289‑1 (MQ=255) tACAAGTGGCGAATTACCTGATGAAAACGCCCGCAAACAAGGTCTTTTTGTCTATCCATCACTGACCGTAACCTGGGACGGTAGCACAACCAATCCCCCCAAAACGCGCGCATTTGGTCGCTTTACCCACGCAGGCAGCTACACCACCACGATTACTCGCCCTACTCTCTTTCGTTCGTATCTTAATGAACAACTTACGTTGCTGTATCAGGATTATGGTGCGCATATCTCAGTGCAACCCTCGCAGCATGAAATCCCTTATCCTTATGTCATCGATGGCTCTGAATTg > 2:1463759/1‑289 (MQ=255) 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tatccatcacTGACCGTAACCTGGGACGGTAGCACAACCAATCCCCCCAAAACGCGCGCATTTGGTCGCTTTACCCACGCAGGCAGCTACACCACCACGATTACTCGCCCTACTCTCTTTCGTTCGTATCTTAATGAACAACTTACGTTGCTGTATCAGGATTATGGTGCGCATATCTCAGTGCAACCCTCGCCGCATGAAATCCCTTATCCTTATGTCATCGATGGCTCTGAATTGACACTTGATCGCTCAATGAGCGCTGGGTTAACTCGCTACTTCCCGACAACAg > 1:1865325/10‑289 (MQ=255) cacTGACCGTAACCTGGGACGGTAGCACAACCAATCCCCCCAAAACGCGCGCATTTGGTCGCTTTACCCACGCAGGCAGCTACACCACCACGATTACTCGCCCTACTCTCTTTCGTTCGTATCTTAATGAACAACTTACGTTGCTGTATCAGGATTATGGTGCGCATATCTCAGTGCAACCCTCGCAGCATGAAATCCCTTATCCTTATGTCATCGATGGCTCTGAATTGACACTTGATCGCTCAATGAGCGCTGGGTTAACTCGCTACTTCCCGACAACAGAACTGgc > 1:92227/3‑289 (MQ=255) tGACCGTAACCTGGGACGGTAGCACAACCAATCCCCCCAAAACGCGCGCATTTGGTCGCTTTACCCACGCAGGCAGCTACACCACCACGATTACTCGCCCTACTCTCTTTCGTTCGTATCTTAATGAACAACTTACGTTGCTGTATCAGGATTATGGTGCGCATATCTCAGTGCAACCCTCGCAGCATGAAATCCCTTATCCTTATGTCATCGATGGCTCTGAATTGACACTTGATCGCTCAATGAGCGCTGGGTTAACTCGCTACTTCCCGACAACAGAACTGGCGCa > 2:261567/1‑289 (MQ=255) 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cgcATATCTCAGTGCAACCCTCGCAGCATGAAATCCCTTATCCTTATGTCATCGATGGCTCTGAATTGACACTTGATCGCTCAATGAGCGCTGGGTTAACTCGCTACTTCCCGACAACAGAACTGGCGCAAATTGGCGATGAAACTGCAGACGGCATTTATCATCCAACTGAATTCTCCCCGCTATCGCATTTTGATGCGCGCCGCGTCGATTTTTCCCTCGCACGGTTGCGCCATTATACCGGTACGCCAGTTGAACATTTTCAGCCGTTCGTCTTGTTTACCAACt > 1:1035361/1‑288 (MQ=255) cgcATATCTCAGTGCAACCCTCGCAGCATGAAATCCCTTATCCTTATGTCATCGATGGCTCTGAATTGACACTTGATCGCTCAATGAGCGCTGGGTTAACTCGCTACTTCCCGACAACAGAACTGGCGCAAATTGGCGATGAAACTGCAGACGGCATTTATCATCCAACTGAATTCTCCCCGCTATCGCATTTTGATGAGCGCCTCGTCGATTTTTCCCTCGCACGTTTGCGCCATTATACCCGTACGTCACTTGATCATTTTCAGCCGTTGGTCTTGTTTCCCAACt > 2:1697762/1‑288 (MQ=255) cgcATATCTCAGTGCAACCCTCGCAGCATGAAATCCCTTATCCTTATGTCATCGATGGCTCTGAATTGACACTTGATCGCTCAATGAACGCTGGGTTAACTCGCTACGTCCCGACAACAGAACTGGCGCAAATTGGCGATGAAACTGCAGACGGCATTTAACATCCAACTGAATTCTCCCCGCTATCGCATTTTGATGCTCTCCGCGTCGCTTTATCCTTCGCACGGTTGCGCACTTATCACGGTCTGCCAGTTGTACATTTTCAGCCTTTCCTCTTGTTCACCAAc > 2:1279177/1‑287 (MQ=255) ||| AGCAATCTGTAGTCGCATTACGCAACGCCATTGGCAACTATATTACAAGTGGCGAATTACCTGATGAAAACGCCCGCAAACAAGGTCTTTTTGTCTATCCAAGTCTGACCGTAACCTGGGACGGTAGCACAACCAATCCCCCCAAAACGCGCGCATTTGGTCGCTTTACCCACGCAGGCAGCTACACCACCACGATTACTCGCCCTACTCTCTTTCGTAGCTATCTTAATGAACAACTTACGTTGCTGTATCAGGATTATGGTGCGCATATCAGTGTGCAACCCAGCCAGCATGAAATCCCTTATCCTTATGTCATCGATGGCTCTGAATTGACACTTGATCGCAGTATGAGCGCTGGGTTAACTCGCTACTTCCCGACAACAGAACTGGCGCAAATTGGCGATGAAACTGCAGACGGCATTTATCATCCAACTGAATTCTCCCCGCTAAGCCATTTTGATGCGCGCCGCGTCGATTTTTCCCTCGCACGGTTGCGCCATTATACCGGTACGCCAGTTGAACATTTTCAGCCGTTCGTCTTGTTTACCAACT > CP042583/1692648‑1693199 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |