| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 1,692,932 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 1,692,932 | 0 | A | T | 99.2% | 592.2 / NA | 254 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,692,933 | 0 | G | C | 99.6% | 595.6 / NA | 254 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (168/85); minor base T (1/0); total (169/85) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,692,934 | 0 | C | G | 98.0% | 572.8 / NA | 254 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (4/1); new base G (164/83); total (169/85) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.67e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 254 total aligned reads displayed.
ATCTGTAGTCGCATTACGCAACGCCATTGGCAACTATATTACAAGTGGCGAATTACCTGATGAAAACGCCCGCAAACAAGGTCTTTTTGTCTATCCAAGTCTGACCGTAACCTGGGACGGTAGCACAACCAATCCCCCCAAAACGCGCGCATTTGGTCGCTTTACCCACGCAGGCAGCTACACCACCACGATTACTCGCCCTACTCTCTTTCGTAGCTATCTTAATGAACAACTTACGTTGCTGTATCAGGATTATGGTGCGCATATCAGTGTGCAACCCAGCCAGCATGAAATCCCTTATCCTTATGTCATCGATGGCTCTGAATTGACACTTGATCGCAGTATGAGCGCTGGGTTAACTCGCTACTTCCCGACAACAGAACTGGCGCAAATTGGCGATGAAACTGCAGACGGCATTTATCATCCAACTGAATTCTCCCCGCTAAGCCATTTTGATGCGCGCCGCGTCGATTTTTCCCTCGCACGGTTGCGCCATTATACCGGTACGCCAGTTGAACATTTTCAGCCGTTCGTCTTGTTTACCAACTACACACGTTATGTG > CP042583/1692652‑1693213 ||| tCGCATTACGCAACGCCATTGGCAACTATATTACAAGTGGCGAATTACCTGATGAAAACGCCCGCAAACAAGGTCTTTTTGTCTATCCATCACTGACCGTAACCTGGGACGGTAGCACAACCAATCCCCCCAAAACGCGCGCATTTGGTCGCTTTACCCACGCAGGCAGCTACACCACCACGATTACTCGCCCTACTCTCTTTCGTTCGTATCTTAATGAACAACTTACGTTGCTGTATCAGGATTATGGTGCGCATATCTCAGTGCAACCCTCGCAGCATGAAATccc < 2:1479434/289‑1 (MQ=255) cATTACGCAACGCCATTGGCAACTATATTACAAGTGGCGAATTACCTGATGAAAACGCCCGCAAACAAGGTCTTTTTGTCTATCCATCACTGACCGTAACCTGGGACGGTAGCACAACCAATCCCCCCAAAACGCGCGCATTTGGTCGCTTTACCCACGCAGGCAGCTACACCACCACGATTACTCGCCCTACTCTCTTTCGTCCGTATCTTAATGACCAACTTCCGTTGCTTTATTCGGATTATGGTGCGCATATCTCAGTGCAAACCTCGCAGCATGAAACCcctta > 2:1408552/1‑289 (MQ=255) ttACGCAACGCCATTGGCAACTATATTACAAGTGGCGAATTACCTGATGAAAACGCCCGCAAACAAGGTCTTTTTGTCTATCCATCACTGACCGTAACCTGGGACGGTAGCACAACCAATCCCCCCAAAACGCGCGCATTTGGTCGCTTTACCCACGCAGGCAGCTACACCACCACGATTACTCGCCCTACTCTCTTTCGTTCGTATCTTAATGAACAACTTACGTTGCTGTATCAGGATTATGGTTCGCCTATCTCAGTTCAACCCTCGCAGCATGAACTCccttat > 2:756846/1‑288 (MQ=255) ttACGCAACGCCATTGGCAACTATATTACAAGTGGCGAATTACCTGATGAAAACGCCCGCAAACAAGGTC‑TTTTGTCTATCCATCACTGACCGTAACCTGGGACGGTAGCACAACCAATCCCCCCAAAACGCGCGCATTTGGTCGCTTTACCCACGCAGGCAGCTACACCACCACGATTACTCGCCCTACTCTCTTTCGTTCGTATCTTAATGAACAACTTACGTTGCTGTATCAGGATTATGGTGCGCATATCTCAGTGCAACCCTCGCAGCATGAAATCccttatcc < 1:119792/289‑1 (MQ=255) 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tgCAACCCTCGCCGCATGAAATCCCTTATCCTTCTGTCATCGATGGCTCTGAACTGACACTTGATCGCTCAATGAGCGCTGGGTTAACTCGCTACTTCCCGACAACAGAACTGGCGCAACCTGGCGATGAATCTGCAGACGGCATTTATCATCCAACTGAATTCTCCCCGCTATCGCATTTTGATGCGCGCCGCGTCGCTTTTTCCCTCGCACTGTTGCGCCATTATACCGGTAGCCCAGCTGAACATTTTCACCTGTTCCTCTTTTTTACCCACtctaccctataagt > 2:1300893/1‑276 (MQ=255) tgCAACCCTCGCAGCATGAAATCCCTTATCCTTATGTCATCGATGGCTCTGAATTGACACTTGATCGCTCAATGAGCGCTGGGTTAACTCGCTACTTCCCGACAACAGAACTGGCGCAAATTGGCGATGAAACTGCAGACGGCATTTATCATCCAACTGAATTCTCCCCGCTATCGCATTTTGATGCGCGCCGCGTCGATTTTTCCCTCGCACGGTTGCGCCATTATACCGGTACGCCAGTTGAACATTTTCAGCCGTTCGTCTTGTTTACCAACTACACACg > 2:1910015/1‑283 (MQ=255) gCAACCCTCGCAGCATGAAATCCCTTATCCTTATGTCATCGATGGCTCTGAATTGACACTTGATCGCTCAATGAGCGCTGGGTTAACTCGCTACTTCCCGACAACAGAACTGGCGCAAATTGGCGATGAAACTGCAGACGGCATTTATCATCCAACTGAATTCTCCCCGCTATCGCATTTTGATGCGCGCCGCGTCGATTTTTCCCTCGCACGGTTGCGCCATTATACCGGTACGCCAGTTGAACATTTTCAGCCGTTCGTCTTGTTTACCAACTACACACGTTAtgtg > 1:1006176/1‑289 (MQ=255) ||| ATCTGTAGTCGCATTACGCAACGCCATTGGCAACTATATTACAAGTGGCGAATTACCTGATGAAAACGCCCGCAAACAAGGTCTTTTTGTCTATCCAAGTCTGACCGTAACCTGGGACGGTAGCACAACCAATCCCCCCAAAACGCGCGCATTTGGTCGCTTTACCCACGCAGGCAGCTACACCACCACGATTACTCGCCCTACTCTCTTTCGTAGCTATCTTAATGAACAACTTACGTTGCTGTATCAGGATTATGGTGCGCATATCAGTGTGCAACCCAGCCAGCATGAAATCCCTTATCCTTATGTCATCGATGGCTCTGAATTGACACTTGATCGCAGTATGAGCGCTGGGTTAACTCGCTACTTCCCGACAACAGAACTGGCGCAAATTGGCGATGAAACTGCAGACGGCATTTATCATCCAACTGAATTCTCCCCGCTAAGCCATTTTGATGCGCGCCGCGTCGATTTTTCCCTCGCACGGTTGCGCCATTATACCGGTACGCCAGTTGAACATTTTCAGCCGTTCGTCTTGTTTACCAACTACACACGTTATGTG > CP042583/1692652‑1693213 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |