| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 1,693,097 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 1,693,097 | 0 | A | T | 99.5% | 853.3 / NA | 368 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/0); major base T (215/149); minor base C (0/2); total (217/151) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.70e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,693,098 | 0 | G | C | 99.7% | 857.6 / NA | 368 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); new base C (217/149); total (217/151) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.09e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,693,099 | 0 | C | G | 98.6% | 837.5 / NA | 368 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (2/3); new base G (213/148); total (217/151) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.07e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 368 total aligned reads displayed.
GCAGGCAGCTACACCACCACGATTACTCGCCCTACTCTCTTTCGTAGCTATCTTAATGAACAACTTACGTTGCTGTATCAGGATTATGGTGCGCATATCAGTGTGCAACCCAGCCAGCATGAAATCCCTTATCCTTATGTCATCGATGGCTCTGAATTGACACTTGATCGCAGTATGAGCGCTGGGTTAACTCGCTACTTCCCGACAACAGAACTGGCGCAAATTGGCGATGAAACTGCAGACGGCATTTATCATCCAACTGAATTCTCCCCGCTAAGCCATTTTGATGCGCGCCGCGTCGATTTTTCCCTCGCACGGTTGCGCCATTATACCGGTACGC‑CAGTTGAACATTTTCAGCCGTTCGTCTTGTTTACCAACTACACACGTTATGTGGATGAATTCGTTCGTTGGGGATGCAGCCAGATCCTCGATCCTGATAGTCCCTACATTGCCCTTTCTTGTGCTGGCGGGAACTGGATCACCGCCGAAACCGAAGCGCCAGAAGAAGCCATTTCCGACCTTGCATGGAAAAAACATCAGATGCCAGCATGGCATTTA > CP042583/1692821‑1693378 ||| cagCTACACCACCACGATTACTCGCCCTACTCTCTTTCGTTCGTATCTTAATGAACAACTTACGTTGCTGTATCAGGATTATGGTGCGCATATCTCAGTGCAACCCTCGCAGCATGAAATCCCTTATCCTTATGTCATCGATGGCTCTGAATTGACACTTGATCGCTCAATGAGCGCTGGGTTAACTCGCTACTTCCCGACAACAGAACTGGCGCAAATTGGCGATGAAACTGCAGACGGCATTTATCATCCAACTGAATTCTCCCCGCTATCGCATTTTGATgcgcg > 1:1910286/1‑288 (MQ=255) acacCACCACGATTACTCGCCCTACTCTCTTTCGTTCGTATCTTAATGAACAACTTACGTTGCTGTATCAGGATTATGGTGCGCATATCTCAGTGCAACCCTCGCAGCATGAAATCCCTTATCCTTATGTCATCGATGGCTCTGAATTGACACTTGATCGCTCAATGAGCGCTGGGTTAACTCGCTACTTCCCGACAACAGAACTGGCGCAAATTGGCGATGAAACTGCAGACGGCATTTATCATCCAACTGAATTCTCCCCGCTATCGCATTTTGATGCGCGCcgcg > 2:339022/1‑288 (MQ=255) cacGATTACTCGCCCTACTCTCTTTCGTTCGTATCTTAATGAACAACTTACGTTGCTGTATCAGGATTATGGTGCGCATATCTCAGTGCAACCCTCGCAGCATGAAATCCCTTATCCTTATGTCATCGATGGCTCTGAATTGACACTTGATCGCTCAATGAGCGCTGGGTTAACTCGCTACTTCCCGACAACAGAACTGGCGCAAATTGGCGATGAAACTGCAGACGGCATTTATCATCCAACTGAATTCTCCCCGCTAACGCATTTTGATGCGCGCCGCGTTGAtttt > 2:469009/1‑289 (MQ=255) tCGCCCTACTCTCTTTCGTTCGTATCTTAATGAACAACTTACGTTGCTGTATCAGGATTATGGTGCGCATATCTCAGTGCAACCCTCGCAGCATGAAATCCCTTATCCTTATGTCATCGATGGCTCTGAATTGACACTTGATCGCTCAATGAGCGCTGGGTTAACTCGCTACTTCCCGACAACAGAACTGGCGCAAATTGGCGATGAAACTGCAGACGGCATTTATCATCCAACTGAATTCTCCCCGCTATCGCATTTTGATGCGCGCCGCGTCGATTTTTCCCTCGCa < 1:1154721/289‑1 (MQ=255) 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tACTCTCTTTCGTTCGTATCTTAATGAACAACTTACGTTGCTGTATCAGGATTATGGTGCGCATATCTCAGTGCAACCCTCGCAGCATGAAATCCCTTATCCTTATGTCATCGATGGCTCTGAATTGACACTTGATCGCTCAATGAGCGCTGGGTTAACTCGCTACTTCCCGACAACAGAACTGGCGCAAATTGGCGATGAAACTGCAGACGGCATTTATCATCCAACTGAATTCTCCCCGCTATCGCATTTTGATGCGCGCCGCGTCGATTTTTCCCTCGCACGGTTg < 1:1239712/289‑1 (MQ=255) ttcgttcgtATCTTAATGAACAACTTACGTTGCTGTATCAGGATTATGGTGCGCATATCTCAGTGCAACCCTCGCAGCATGAAATCCCTTATCCTTATGTCATCGATGGCTCTGAATTGACACTTGATCGCTCAATGAGCGCTGGGTTAACTCGCTACTTCCCGACAACAGAACTGGCGCAAATTGGCGATGAAACTGCAGACGGCATTTATCATCCAACTGAATTCTCCCCGCTATCGCATTTTGATGCGCGCCGCGTCGATTTTTCCCTCGCACGGTTGCGCCATta > 1:1882723/9‑289 (MQ=255) tcgttcgtATCTTAATGAACAACTTACGTTGCTGTATCAGGATTATGGTGCGCATATCTCAGTGCAACCCTCGCAGCATGAAATCCCTTATCCTTATGTCATCGATGGCTCTGAATTGACACTTGATCGCTCAATGAGCGCTGGGTTAACTCGCTACTTCCGGACAACAGAACTGGCGCAAATTGGCGATGAAACTGCAGACGGCATTTATCATCCAACTGAATTCTCCCCGCTATCGCATTTTGATGTGCGCCGCGTCGATTTTTCCCTCGCACGGTTGCGCCATtat < 1:382278/282‑1 (MQ=255) 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atatctaagtgCAACCCGCGCTGCATGGAATCCCTTATCCTTTTGTCATAGATGGCTCTGAATTGACACTTGATCGCTCAATGGGCGCTGGGTTAACTCGCTACTTCCCGACAACAGAACTGGCGCAAATTGGCGATGAAACTGCAGACGGCATTTATCATCCAACTGAAATCTCCCCGCTATCGCATTTTGATGCGCGCCGCGTCGATTTTTCCCTCGCACGGTTGCGCCATTATACCGGTACGC‑CAGTTGAACATTTTCAGCCGTTCGTCTTGTTTACCAACTaca < 2:1760302/280‑1 (MQ=255) atctcagtgCAACCCTCGCAGCATGAAATCCCTTATCCTTATGTCATCGATGGCTCTGAATTGACACTTGATCGCTCAATGAGCGCTGGGTTAACTCGCTACTTCCCGACAACAGAACTGGCGCAAATTGGCGATGAAACTGCAGACGGCATTTATCATCCAACTGAATTCTCCCCGCTATCGCATTTTGATGCGCGCCGCGTCGATTTTTCCCTCGCACGGTTGCGCCATTATACCGGTACGC‑CAGTTGAACATTTTCAGCCGTTCGTCTTGTTTACCAACTaaacac > 1:455889/7‑289 (MQ=255) tctcagtgCAACCCTCGCAGCATGAAATCCCTTATCCTTATGTCATCGATGGCTCTGAATTGACACTTGATCGCTCAATGAGCGCTGGGTTAACTCGCTACTTCCCGACAACAGAACTGGCGCAAATTGGCGATGAAACTGCAGACGGCATTTATCATCCAACTGAATTCTCCCCGCTATCGCATTTTGATGCGCGCCGCGTCGATTTTTCCCTCGCACGGTTGCGCCATTATACCGGTACGC‑CAGTTGAACATTTTCAGCCGTTCGTCTTGTTTACCAACTACACACg < 1:1130098/284‑1 (MQ=255) 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gAATTCTCCCCGCTATCGCATTTTGATGCGCGCCGCGTAGCCTTTTCCCTCGTACGGTTGCGCCATTATACCGGTACGC‑CAGTTGAACATTTTCAGCCGTTCGTCTTGTTTACCAACTACACACGTTATGTGGATGAATTCGTTCGTTGGGGATGCAGCCAGATCCTCGATCCTGATAGTCCCTACATTGCCCTTTCTTGTGCTGGCGGGAACTGGATCACCGCCGAAACCGAAGCGCCAGAAGAAGCCATTTCCGACCTTGCATGGAAAAAACATCAGATGCCAGCAt < 2:241775/289‑1 (MQ=255) cttCCCCCCGCCACGCCAATTTGATGCGACCCGAGTCGATTTTACCCTCACACGGTTGCGCCATTATACCGGTACGC‑CAGTAGAACATTTTCAGCCGTTCGTCTTCTGTACCAACTACACACGTTATGTGGATGAAGTCGTTCGTTGGGGATGCAGCCCGATCCTCGATCCTGATAGTCCCTACATTGCCCTTTCTTGTGCTGGCGGGAACTGGATCACCGCCGAAACCGAAGCGCCAGAAGAAGCCATTTCCGACCTTGCATGGAAAAAACATCAGATGCCAGCATgg < 2:163304/288‑1 (MQ=255) ttCTCCCCGCTATCGCATTTTGATGCGCGCCGCGTCGATTTTTCCCTCGCACGGTTGCGCCATTATACCGGTACGC‑CAGTTGAACATTTTCAGCCGTTCGTCTTGTTTACCAACTACACACGTTATGTGGATGAATTCGTTCGTTGGGGATGCAGCCAGATCCTCGATCCTGATAGTCCCTACATTGCCCTTTCTTGTGCTGGCGGGAACTGGATCACCGCCGAAACCGAAGCCCCAGACGAAGCCCTTTCCGACCTTGCATGGAAAAAACAACAGATGCCAGCATgg > 2:1121608/1‑288 (MQ=255) tctcCCCGCTATCGCATTTTGATGCGCGCCGCGTCGATTTTTCCCTCGCACGGTTGCGCCATTATACCGGTACGC‑CAGTTGAACATTTTCAGCCGTTCGTCTTGTTTACCAACTACACACGTTATGTGGATGAATTCGTTCGTTGGGGATGCAGCCAGATCCTCGATCCTGATAGTCCCTACATTGCCCTTTCTTGTGCTGGCGGGAACTGGATCACCGCCGAAACCGAAGCGCCAGAAGAAGCCATTTCCGACCTTGCATGGAAAAAACATCAGATGCCAGCATGGCa < 1:1808045/289‑1 (MQ=255) cccGCTATCGCATTTTGATGCGCGCCGCGTCGATTTTTCCCTCGCACGGTTGCGCCATTATACCGGTACGC‑CAGTTGAACATTTTCAGCCGTTCGTCTTGTTTACCAACTACACACGTTATGTGGATGAATTCGTTCGTTGGGGATGCAGCCAGATCCTCGATCCTGATAGTCCCTACATTGCCCTTTCTTGTGCTGGCGGGAACTGGATCACCGCCGAAACCGAAGCGCCAGAAGAAGCCATTTCCGACCTTGCATGGAAAAAACATCAGATGCCAGCATGGCATTTa > 2:723699/1‑289 (MQ=255) ||| GCAGGCAGCTACACCACCACGATTACTCGCCCTACTCTCTTTCGTAGCTATCTTAATGAACAACTTACGTTGCTGTATCAGGATTATGGTGCGCATATCAGTGTGCAACCCAGCCAGCATGAAATCCCTTATCCTTATGTCATCGATGGCTCTGAATTGACACTTGATCGCAGTATGAGCGCTGGGTTAACTCGCTACTTCCCGACAACAGAACTGGCGCAAATTGGCGATGAAACTGCAGACGGCATTTATCATCCAACTGAATTCTCCCCGCTAAGCCATTTTGATGCGCGCCGCGTCGATTTTTCCCTCGCACGGTTGCGCCATTATACCGGTACGC‑CAGTTGAACATTTTCAGCCGTTCGTCTTGTTTACCAACTACACACGTTATGTGGATGAATTCGTTCGTTGGGGATGCAGCCAGATCCTCGATCCTGATAGTCCCTACATTGCCCTTTCTTGTGCTGGCGGGAACTGGATCACCGCCGAAACCGAAGCGCCAGAAGAAGCCATTTCCGACCTTGCATGGAAAAAACATCAGATGCCAGCATGGCATTTA > CP042583/1692821‑1693378 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |