Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
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RA | CP042583 | 1,693,430 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | CP042583 | 1,693,430 | 0 | A | T | 99.1% | 755.6 / NA | 319 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,693,431 | 0 | G | C | 99.7% | 755.2 / NA | 319 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); new base C (136/182); total (136/183) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,693,432 | 0 | T | A | 99.1% | 751.0 / NA | 319 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (133/183); minor base C (3/0); total (136/183) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.65e-02 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 |
Only 100 of 319 total aligned reads displayed.
CGGTACGCCAGTTGAACATTTTCAGCCGTTCGTCTTGTTTACCAACTACACACGTTATGTGGATGAATTCGTTCGTTGGGGATGCAGCCAGATCCTCGATCCTGATAGTCCCTACATTGCCCTTTCTTGTGCTGGCGGGAACTGGATCACCGCCGAAACCGAAGCGCCAGAAGAAGCCATTTCCGACCTTGCATGGAAAAAACATCAGATGCCAGCATGGCATTTAATTACCGCCGATGGTCAGGGTATTACTCTGGTGAATATTGGCGTGGGACCGAGTAATGCTAAAACCATCTGCGATCATCTGGCAGTGCTACGCCCGGATGTCTGGTTGATGATTGGTCACTGTGGCGGATTACGTGAAAGTCAGGCCATTGGCGATTATGTACTTGCACACGCTTATTTACGCGATGACCACGTTCTTGATGCGGTTCTGCCGCCCGATATTCCTATTCCGAGCATTGCTGAAGTGCAACGTGCGCTTTATGACGCCACCAAGCTGGTGAGCGGCAGGCCCGGTGAGGAAGTCAAACAGCGGCTACGTACTGGTACTGTGGT > CP042583/1693153‑1693710 ||| gTACGCCAGTTGAACATTTTCAGCCGTTCGTCTTGTTTACCAACTACACACGTTATGTGGATGAATTCGTTCGTTGGGGATGCAGCCAGATCCTCGATCCTGATAGTCCCTACATTGCCCTTTCTTGTGCTGGCGGGAACTGGATCACCGCCGAAACCGAAGCGCCAGAAGAAGCCATTTCCGACCTTGCATGGAAAAAACATCAGATGCCAGCATGGCATTTAATTACCGCCGATGGTCAGGGTATTACTCTGGTGAATATTGGCTTGGGACCGGCAAATGCTaaaa > 1:362168/1‑288 (MQ=255) gTACGCCAGTTGAACATTTTCAGCCGTTCGTCTTGTTTACCAACTACACACGTTATGTGGATGAATTCGTTCGTTGGGGATGCAGCCAGATCCTCGATCCTGATAGTCCCTACATTGCCCTTTCTTGTGCTGGCGGGAACTGGATCACCGCCGAAACCGAAGCGCCAGAAGAAGCCATTTCCGACCTTGCATGGAAAAAACATCAGATGCCAGCATGGCATTTAATTACCGCCGATGGTCAGGGTATTACTCTGGTGAATATTGGCGTGGGACCGTCAAATGCTaaaa > 1:1138642/1‑288 (MQ=255) gTACGCCAGTTGAACATTTTCAGCCGTTCGTCTTGTTTACCAACTACACACGTTATGTGGATGAATTCGTTCGTTGGGGATGCAGCCAGATCCTCGATCCTGATAGTCCCTACATTGCCCTTTCTTGTGCTGGCGGGAACTGGATCACCGCCGAAACCGAAGCGCCAGAAGAAGCCATTTCCGACCTTGCATGGAAAAAACATCAGATGCCAGCATGGCATTTAATTACCGCCGATGGTCAGGGTATTACTCTGGTGAATATTGGCGTGGGACCGTCAAATGCTaaaa > 1:872095/1‑288 (MQ=255) gTACGCCAGTTGAACATTTTCAGCCGTTCGTCTTGTTTACCAACTACACACGTTATGTGGATGAATTCGTTCGTTGGGGATGCAGCCAGATCCTCGATCCTGATAGTCCCTACATTGCCCTTTCTTGTGCTGGCGGGAACTGGATCACCGCCGAAACCGAAGCGCCAGAAGAAGCCATTTCCGACCTTGCATGGAAAAAACATCAGATGCCAGCATGGCATTTAATTACCGCCGATGGTCAGGGTATTACTCTGGTGAATATTGGCGTGGGACCGTCAAATGCTaaaa > 1:914569/1‑288 (MQ=255) 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CGGTACGCCAGTTGAACATTTTCAGCCGTTCGTCTTGTTTACCAACTACACACGTTATGTGGATGAATTCGTTCGTTGGGGATGCAGCCAGATCCTCGATCCTGATAGTCCCTACATTGCCCTTTCTTGTGCTGGCGGGAACTGGATCACCGCCGAAACCGAAGCGCCAGAAGAAGCCATTTCCGACCTTGCATGGAAAAAACATCAGATGCCAGCATGGCATTTAATTACCGCCGATGGTCAGGGTATTACTCTGGTGAATATTGGCGTGGGACCGAGTAATGCTAAAACCATCTGCGATCATCTGGCAGTGCTACGCCCGGATGTCTGGTTGATGATTGGTCACTGTGGCGGATTACGTGAAAGTCAGGCCATTGGCGATTATGTACTTGCACACGCTTATTTACGCGATGACCACGTTCTTGATGCGGTTCTGCCGCCCGATATTCCTATTCCGAGCATTGCTGAAGTGCAACGTGCGCTTTATGACGCCACCAAGCTGGTGAGCGGCAGGCCCGGTGAGGAAGTCAAACAGCGGCTACGTACTGGTACTGTGGT > CP042583/1693153‑1693710 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |