Predicted mutation | ||||||
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RA | CP042583 | 1,694,681 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP042583 | 1,694,681 | 0 | A | T | 100.0% | 432.6 / NA | 182 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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* | CP042583 | 1,694,682 | 0 | G | C | 99.5% | 425.1 / NA | 182 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (83/98); minor base A (1/0); total (84/98) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.62e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.97e-01 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,694,683 | 0 | T | A | 100.0% | 431.5 / NA | 182 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base A (84/98); total (84/98) |
Only 100 of 182 total aligned reads displayed.
TATTGTTGCTAAAAAAACGGCTAAAGACGGTGCAACGTCTAAAATTTATGCAAAATTCGGTGTAGAAATCTATGCTGCTGCTAAACAAGGTGAACCCGATCCAGAATTAAACACATCTTTAAAATTCGTTATTGAACGTGCAAAGCAGGCACAAGTTCCAAAGCACGTTATTGATAAAGCAATTGATAAAGCCAAAGGCGGCGGAGATGAAACGTTCGTGCAGGGACGTTATGAAGGCTTTGGTCCTAATGGCAGTATGATTATCGCCGAGACATTGACTAGTAATGTTAACCGTACGATTGCTAACGTTCGCACAATTTTCAATAAAAAAGGCGGCAATATCGGAGCGGCAGGTTCTGTCAGCTATATGTTTGACAATACGGGTGTGATTGTATTTAAAGGGACAGACCCTGACCATATTTTTGAAATTTTACTTGAAGCTGAAGTTGATGTTCGTGATGTGACTGAAGAAGAAGGTAACATTGTTATTTATACTGAACCTACTGACCTTCATAAAGGAATCGCGGCTCTAAAAGCAGCTGGAATCACTGAGTTC > CP042583/1694401‑1694956 ||| tatTGTTGCTAAAAAAACGGCTAAAGACGGTGCAACGTCTAAAATTTATGCAAAATTCGGTGTAGAAATCTATGCTGCTGCTAAACAAGGTGAACCCGATCCAGAATTAAACACATCTTTAAAATTCGTTATTGAACGTGCAAAGCAGGCACAAGTTCCAAAGCACGTTATTGATAAAGCAATTGATAAAGCCAAAGGCGGCGGAGATGAAACGTTCGTGCAGGGACGTTATGAAGGCTTTGGTCCTAATGGCTCAATGATTATCGCCGAGACATTGACTTCAAATGtt < 1:818366/289‑1 (MQ=255) 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TATTGTTGCTAAAAAAACGGCTAAAGACGGTGCAACGTCTAAAATTTATGCAAAATTCGGTGTAGAAATCTATGCTGCTGCTAAACAAGGTGAACCCGATCCAGAATTAAACACATCTTTAAAATTCGTTATTGAACGTGCAAAGCAGGCACAAGTTCCAAAGCACGTTATTGATAAAGCAATTGATAAAGCCAAAGGCGGCGGAGATGAAACGTTCGTGCAGGGACGTTATGAAGGCTTTGGTCCTAATGGCAGTATGATTATCGCCGAGACATTGACTAGTAATGTTAACCGTACGATTGCTAACGTTCGCACAATTTTCAATAAAAAAGGCGGCAATATCGGAGCGGCAGGTTCTGTCAGCTATATGTTTGACAATACGGGTGTGATTGTATTTAAAGGGACAGACCCTGACCATATTTTTGAAATTTTACTTGAAGCTGAAGTTGATGTTCGTGATGTGACTGAAGAAGAAGGTAACATTGTTATTTATACTGAACCTACTGACCTTCATAAAGGAATCGCGGCTCTAAAAGCAGCTGGAATCACTGAGTTC > CP042583/1694401‑1694956 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |