Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 1,702,335 | 3 bp→CGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP042583 | 1,702,335 | 0 | G | C | 99.6% | 602.3 / NA | 256 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/0); new base C (119/136); total (120/136) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.69e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,702,336 | 0 | C | G | 99.6% | 597.2 / NA | 255 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); new base G (118/135); total (119/136) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.69e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,702,337 | 0 | T | A | 99.6% | 602.4 / NA | 255 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (119/135); minor base C (0/1); total (119/136) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 256 total aligned reads displayed.
GCTCCCAGCGTATCGCCCGTTTGCCCGCCCAGCGTACGTTTGAGAAGCTGACCGAGGATGAAAATCGCCACCATCGTCACCACCATAGCAGCCACACCATGCATACCCGGCAATAATACGGCAGCAAAAATAGCGGCTAAGCCGAGTGTGACGCAGGTTTGTCGCCCATCAATTTTGCC‑AATGAACACATTGCCAAGCCCTTCTTCCCGCGCATAACGATGACGATACATCAATAATGCGGCAGTCCCGCGGCTGACCGCACATGCTGCCGCCAGGCTTGCAAGGATGCTTTCGCCACGCAGAGCCAACTCGCTTAACACCAGAATCTTTGCCAGTACCACAAAAATCAATGCCAGACCGCCGTGGGTGCCTAAACGGCTATCACGCATGATTTCCAACATGCGATCGCGGCTACGTGCAGAAAATACGCCATCACAGGTATCAGCGAGGCCGTCCAGATGGAATCCCCCGGTCATCAGCACCAGCACAAGTACGCTAAACAGTGCCGCCAGTGGTGCGCCACACCATGCCTGCAGCACCATGAAGACCAGCCCGCTAATCGCGCCA > CP042583/1702048‑1702614 ||| aTCGCCCGTTTGCCCGCCCAGCGTACGTTTGAGAAGCTGACCGAGGATGAAAATCGCCACCATCGTCACCTCCATAGCAGCCACACCATGCATACCCGGCAATAATACGGCAGCAAAAATAGCGGCTAAGCCGAGTGTGACGCAGGTTTGTCGCCCATCAATTTTGCC‑AATGAACACATTGCCAAGCCCTTCTTCCCGCGCATAACGATGACGATACATCAATAATGCGGCAGTCCCGCGGCTGACCGCACATGCTGCCGCCAGCGATGCAAGGATCGATTCGCCACg < 1:1926167/288‑1 (MQ=255) gTTTGCCCGCCCAGCGTACGTTTGAGAAGCTGACCGAGGATGAAAATCGCCACCATCGTCACCACCATAGCAGCCACACCATGCATACCCGGCAATAATACGGCAGCAAAAATAGCGGCTAAGCCGAGTGTGACGCAGGTTTGTCGCCCATCAATTTTGCC‑AATGAACACATTGCCAAGCCCTTCTTCCCGCGCATAACGATGACGATACATCAATAATGCGGCAGTCCCGCGGCTGACCGCACATGCTGCCGCCAGCGATGCAAGGATCGATTCGCCACGCAGAACCa > 1:1181825/1‑289 (MQ=255) cAGCGTACGTTTGAGAAGCTGACCGAGGATGAAAATCGCCACCATCGTCACCACCATAGCAGCCACACCATGCATACCCGGCAATAATACGGCAGCAAAAATAGCGGCTAAGCCGAGTGTGACGCAGGTTTGTCGCCCATCAATTTTGCCAAATGAACACATTGCCAAGCCCTTCTTCCCGCGCATAACGATGACGATACATCAATAATGCGGCAGTCCCGCGGCTGACCGCACATGCTGCCGCCAGCGATGCAAGGATCGATTCGCCACGCAGAGCCAACTCGCTTaa < 2:176560/289‑1 (MQ=255) cGTACGTTTGAGAAGCTGACCGAGGATGAAAATCGCCACCATCGTCACCACCATAGCAGCCACACCATGCATACCCGGCAATAATACGGCAGCAAAAATAGCGGCTAAGCCGAGTGTGACGCAGGTTTGTCGCCCATCAATTTTGCC‑AATGAACACATTGCCAAGCCCTTCTTCCCGCGCATAACGATGACGATACATCAATAATGCGGCAGTCCCGCGGCTGACCGCACATGCTGCCGCCAGCGATGCAAGGATCGATTCGCCACGCAGAGCCAACTCGCTTAACAcc > 2:832182/1‑289 (MQ=255) 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tGACCAGGGATAAAAAACGCCACCATCTGCACCACCATAGCAGCCACACCATGCATCGCAGGCAATAATACGGCAGCAAAAATCGCGGCGAAGCCGAGTGTGACGCAGGTTTGTCGCCCATCAATTTTGCC‑AATGAACACATTGCCAAGCCCTTCTTCCCGCGCATAACGATGACGATACATCAATAATGCGGCAGTCCCGCGGCTGACCGCACATGCTGCCGCCAGCGATGCAAGGATCGATTCGCCACGCAGAGCCAACTCGCTTAACACCAGAATCTTTGCCAGt < 2:1814190/288‑1 (MQ=255) gACCGAGGATGAAAATCGCCACCATCGTCACCACCATAGCAGCCACACCATGCATACCCGGCAATAATACGGCAGCAAAAATAGCGGCTAAGCCGAGTGTGACGCAGGTTTGTCGCCCATCAATTTTGCC‑AATGAACACATTGCCAAGCCCTTCTTCCCGCGCATAACGATGACGATACATCAATAATGCGGCAGTCCCGCGGCTGACCGCACATGCTGCCGCCAGCGATGCAAGGATCGATTCGCCACGCAGAGCCAACTCGCTTAACACCAGAATCTTTGCCAGTa > 1:979950/1‑288 (MQ=255) tGAAAATCGCCACCATCGTCACCACCATAGCAGCCACACCATGCATACCCGGCAATAATACGGCAGCAAAAATAGCGGCTAAGCCGAGTGTGACGCAGGTTTGTCGCCCATCAATTTTGCC‑AATGAACACATTGCCAAGCCCTTCTTCCCGCGCATAACGATGACGATACATCAATAATGCGGCAGTCCCGCGGCTGACCGCACATGCTGCCGCCAGCGATGCAAGGATCGATTCGCCACGCAGAGCCAACTCGCTTAACACCAGAATCTTTGCCAGTACCACAAAAAt < 1:1106586/289‑1 (MQ=255) gcCACACCATGCATACCCGGCAATAATACGGCAGCAAAAATAGCGGCTAAGCCGAGTGTGACGCAGGTTTGTCGCCCATCAATTTTGCC‑AATGAACACATTGCCAAGCCCTTCTTCCCGCGCATAACGATGACGATACATCAATAATGCGGCAGTCCCGGCGCTGACCGCACATGGTGCCGCCAGCGATGCAAGGATCGATTCGCCACGCAGAGCCAACTCGCTCAACACCAGAATCTTTGCCAGTACCCCAAAAATCCATGCCAGACCGCCGTGGGttactacaagg > 2:522967/1‑278 (MQ=255) gcCACACCATGCATACCCGGCAATAATACGGCAGCAAAAATAGCGGCTAAGCCGAGTGTGACGCAGGTTTGTCGCCCATCAATTTTGCC‑AATGAACACATTGCCAAGCCCTTCTTCCCGCGCATAACGATGACGATACATCAATAATGCGGCAGTCCCGCGGCTGACCGCACATGCTGCCGCCAGCGATGCAAGGATCGATTCGCCACGCAGAGCCAACTCGCTTAACACCAGAATCTTTGCCAGTACCACAAAAATCAATGCCAGACCGCCGTGGGTGCCTACACg > 1:16809/1‑287 (MQ=255) acacCATGCATACCCGGCAATAATACGGCAGCAAAAATAGCGGCTAAGCCGAGTGTGACGCAGGTTTGTCGCCCATCAATTTTGCC‑AATGAACACATTGCCAAGCCCTTCTTCCCTCGCATAACGATGACGATACATCAATAATGCGGCAGTCCCGCGGCTGACCGCACATGCTCCCGCCACCGATGCTAGGAACGATTCGCCCCGCAGAGCCACCCCGCCTAACACCAGAATCCTTGCCTGTACCACAAACAACAATGCAAGACCCCACTGGGTTCACAAACGCCtc > 2:1042573/1‑287 (MQ=255) acacCATGCATACCCGGCAATAATACGGCAGCAAAAATAGCGGCTAAGCCGAGTGTGACGCAGGTTTGTCGCCCATCAATTTTGCC‑AATGAACACATTGCCAAGCCCTTCTTCCCGCGCATAACGATGACGATACATCAATAATGCGGCAGTCCCGCGGCTGACCGCACATGCTGCCGCCAGCGATGCAAGGATCGATTCGCCACGCAGAGCCAACTCGCTTAACACCAGAATCTTTGCCAGTACCACAAAAATCAATTCCAGACCACCATGGGTGCCTAAACGGCTa > 2:1734334/1‑288 (MQ=255) acacCATGCATACCCGGCAATAATACGGCAGCAAAAATAGCGGCTAAGCCGAGTGTGACGCAGGTTTGTCGCCCATCAATTTTGCC‑AATGAACACATTGCCAAGCCCTTCTTCCCGCGCATAACGATGACGATACATCAATAATGCGGCAGTCCCGCGGCTGACCGCACATGCTGCCGCCAGCGATGCAAGGATCGATTCGCCACGCAGAGCCAACTCGCTTAACACCAGAATCTTTGCCAGTACCACAAAAATCAATGCCAGACCGCCGTGGGTGCCTAAACGGCTa > 1:486446/1‑288 (MQ=255) acacCATGCATACCCGGCAATAATACGGCAGCAAAAATAGCGGCTAAGCCGAGTGTGACGCAGGTTTGTCGCCCATCAATTTTGCC‑AATGAACACATTGCCAAGCCCTTCTTCCCGCGCATAACGATGACGATACATCAATAATGCGGCAGTCCCGCGGCTGACCGCACATGCTGCCGCCAGCGATGCAAGGATCGATTCGCCACGCAGAGCCAACTCGCTTAACACCAGAATCTTTGCCAGTACCACAAAAATCAATGCCAGACCGCCGTGGATACCTAAATGGCTa > 1:1821554/1‑288 (MQ=255) acacCATGCATACCCGGCAATAATACGGCAGCAAAAATAGCGGCTAAGCCGAGTGTGACGCAGGTTTGTCGCCCATCAATTTTGCC‑AATGAACACATTGCCAAGCCCTTCTTCCCGCGCATAACGATGACGATACATCAATAATGCGGCAGTCCCGCGGCTGACCGCACATGCTGCCGCCAGCGATGCAAGGATCGATTCGCCACGCAGAGCCAACTCGCTTAACACCAGAATCTTTGCCAGTACCACAAAAACCAATGCCAGACCGCCGCGGGTGCCAAAACGGcaa > 2:627348/1‑286 (MQ=255) acacCATGCATACCCGGCAATAATACGGCAGCAAAAATAGCGGCTAAGCCGAGTGTGACGCAGGTTTGTCGCCCATCAATTTTGCC‑AATGAACACATTGCCAAGCCCTTCTTCCCGCGCATAACGATGACGATACATCAATAATGCGGCAGTCCCGCGGCTGACCGCACATGCTGCCGCCAGCGATGCAAGGATCGATTCGCCACGCAGAGCCAACTCGCTTAACACCAGAATCCTTGCCAGTACCACAAAAATCAATGCCAAACCGCCGTGGGCGCCTAAACGGCTa > 1:321221/1‑288 (MQ=255) acacCATGCATACCCGGCAATAATACGGCAGCAAAAATAGCGGCTAAGCCGAGTGTGACGCAGGTTTGTCGCCCATCAATTTTGCC‑AATGAACACATTGCCAAGCCCTTCTTCCCGCGCATAACGATGACGATACATCAATAATGCGGCAGTCCCGCGGCTGACCGCACATGCTGCCGCCAGCGATGCAAGGATCGATTCGCCACGCAGAGCCAACTCGATTAACACCAAAATCTTTGCCAGTACCACAAAAAACAATGCAAAACCGCCGGCGGTGCCAAAACGGcaca > 2:1927935/1‑286 (MQ=255) 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aCCGCACATGCTGCCGCCAGCGATGCAAGGATCGATTCGCCACGCAGAGCCAACTCGCTTAACACCAGAATCTTTGCCAGTACCACAAAAATCAATGCCAGACCGCCGTGGGTGCCTAAACGGCTATCACGCATGATTTCCAACATGCGATCGCGGCTACGTGCAGAAAATACGCCATCACAGGTATCAGCGAGGCCGGCCAGATGGAATCCCCCGGTCATCAGCACCAGCACAAGTACGCTAAACAGGGCCGCCAGTGGTTCGCCCCACCATGCCCGCAGCACCAGGa > 2:1356759/1‑289 (MQ=255) aTGCTGCCGCCAGCGATGCAAGGATCGATTCGCCACGCAGAGCCAACTCGCTTAACACCAGAATCTTTGCCAGTACCACAAAAATCAATGCCAGACCGCCGTGGGTGCCTAAACGGCTATCACGCATGATTTCCAACATGCGATCGCGGCTACGTGCAGAAAATACGCCATCACAGGTATCAGCGAGGCCGTCCAGATGGAATCCCCCGGTCATCAGCACCAGCACAAGTACGCTAAACAGTGCCGCCAGTGGTGCGCCACACCATGCCTGCAGCACCATGAAGACCAg < 2:1256051/289‑1 (MQ=255) gccagcgatGCAAGGATCGATTCGCCACGCAGAGCCAACTCGCTTAACACCAGAATCTTTGCCAGTACCACAAAAATCAATGCCAGACCGCCGTGGGTGCCTAAACGGCTATCACGCATGATTTCCAACATGCGATCGCGGCTACGTGCAGAAAATACGCCATCACAGGTATCAGCGATGCCGTCCAGATGGAATCCCCCGGTCATCAGCACCAGCACAAGTACGCGAAACAGTGCCGCAAGTGGTGCCCCACACCATGCCTGCAGCACCATGAAGACCAGCCCGCTaa > 2:580933/9‑289 (MQ=255) tGCAAGGATCGATTCGCCACGCAGAGCCAACTCGCTTAACACCTGAATCTTTGCCAGTACCACAAAAATCAATGCCAGACCGCCGTGGGTGCCTAAACGGCTATCACGCATGATTTCCAACATGCGATCGCGGCTACGTGCAGAAAATACGCCATCACAGGTATCAGCGAGGCCGTCCAGATGGAATCCCCCGGTCATCAGCACCAGCACAAGTACGCTAAACAGTGCCGCCAGTGGTGCGCCACACCATGCCTGCAGCACCATGAAGACCAGCCCGCTAATCGCGCCa < 1:1943905/289‑1 (MQ=255) tGCAAGGATCGATTCGCCACGCAGAGCCAACTCGCTTAACACCAGAATCTTTGCCAGTACCACAAAAATCAATGCCAGACCGCCGTGGGTGCCTAAACGGCTATCACGCATGATTTCCAACATGCGATCGCGGCTACGTGCAGAAAATACGCCATCACAGGTATCAGCGAGGCCGTCCAGATGGAATCCCCCGGTCATCAGCACCAGCACAAGTACGCTAAACAGTGCCGCCAGTGGTGCGCCACACCATGCCTGCAGCACCATGAAGACCAGCCCGCTAATCGCGCCa < 2:458453/289‑1 (MQ=255) ||| GCTCCCAGCGTATCGCCCGTTTGCCCGCCCAGCGTACGTTTGAGAAGCTGACCGAGGATGAAAATCGCCACCATCGTCACCACCATAGCAGCCACACCATGCATACCCGGCAATAATACGGCAGCAAAAATAGCGGCTAAGCCGAGTGTGACGCAGGTTTGTCGCCCATCAATTTTGCC‑AATGAACACATTGCCAAGCCCTTCTTCCCGCGCATAACGATGACGATACATCAATAATGCGGCAGTCCCGCGGCTGACCGCACATGCTGCCGCCAGGCTTGCAAGGATGCTTTCGCCACGCAGAGCCAACTCGCTTAACACCAGAATCTTTGCCAGTACCACAAAAATCAATGCCAGACCGCCGTGGGTGCCTAAACGGCTATCACGCATGATTTCCAACATGCGATCGCGGCTACGTGCAGAAAATACGCCATCACAGGTATCAGCGAGGCCGTCCAGATGGAATCCCCCGGTCATCAGCACCAGCACAAGTACGCTAAACAGTGCCGCCAGTGGTGCGCCACACCATGCCTGCAGCACCATGAAGACCAGCCCGCTAATCGCGCCA > CP042583/1702048‑1702614 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 8 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |