Predicted mutation | ||||||
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RA | CP042583 | 1,710,574 | 3 bp→TGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base G (125/99); total (125/99) | |||||||||||
* | CP042583 | 1,710,576 | 0 | T | A | 99.6% | 529.9 / ‑6.7 | 224 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (124/99); minor base G (1/0); total (125/99) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 |
Only 100 of 224 total aligned reads displayed.
CATGGTCATTCTCCTTTACGGTGATAACCGTCGCGTAAGCAAAAAATTGCCCCATTTTTTTGGATTCCTCAGCGACAACAACTGTCGATTTTTAGTAAATATCTATCCGGTACGAAGCCCGGCCTCTTGGTATGAATGATTGGTTTGAAGCAAAAAATAACCGACGCTGATGAAACGTCGGTTTTTAGTCATTTTTTGACAGCGGCGCATTGTGCCTAAATGGGGGGGAAATGACAAGAGAATGAGAGGCTTGTCAGAATAATTTTTCTTTAAATGGCACTTTTTCCGTCATCAGATTTTGCATAAACACCGGCGATCGCACTATTTGCTAAAATTTCATCCCGCCACCAGCCACTGGCAAGTCCTGCGGTCTGTTCGTTCCAGCCAATCCAGACGGGTTCAAAGAGAGTTTGGGCGACCACTTTCTTCTCGATTAACGCGCCACTATCGAGAAAACGTTGCGCCAGATAACGGGGTAAATAGCCGCAGCCGAGGCCGCTAATTTGCAGCTCCAGTTTGGTTTTAAAATCGAAAACGGTAATGGCTTCTTGTTCGTCGAG > CP042583/1710296‑1710855 ||| cATGGTCATTCTCCTTTACGGTGATAACCGTCGCGTAAGCAAAAAATTGCCCCATTTTTTTGGATTCCTCAGCGACAACAACTGTCGATTTTTAGTAAATATCTATCCGGTACGAAGCCCGGCCTCTTGGTATGAATGATTGGTTTGAAGCAAAAAATAACCGACGCTGATGAAACGTCGGTTTTTAGTCATTTTTTGACAGCGGCGCATTGTGCCTAAATGGGGGGGAAATGACAAGAGAATGAGAGGCCTGGCCGAATAATTTTTGTTTAAATGGCTGATTTTCCGt > 2:1292562/1‑289 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |