Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 1,710,862 | 3 bp→TGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP042583 | 1,710,862 | 0 | A | T | 100.0% | 533.8 / NA | 224 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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* | CP042583 | 1,710,863 | 0 | C | G | 99.6% | 522.9 / NA | 224 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (84/139); minor base T (1/0); total (85/139) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.79e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,710,864 | 0 | T | A | 99.6% | 528.6 / NA | 224 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (85/138); minor base G (0/1); total (85/139) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 |
Only 100 of 224 total aligned reads displayed.
CATCAGATTTTGCATAAACACCGGCGATCGCACTATTTGCTAAAATTTCATCCCGCCACCAGCCACTGGCAAGTCCTGCGGTCTGTTCGTTCCAGCCAATCCAGACGGGTTCAAAGAGAGTTTGGGCGACCACTTTCTTCTCGATTAACGCGCCACTATCGAGAAAACGTTGCGCCAGATAACGGGGTAAATAGCCGCAGCCGAGGCCGCTAATTTGCAGCTCCAGTTTGGTTTTAAAATCGAAAACGGTAATGGCTTCTTGTTCGTCGAGAAGTTGACTTGCCGTAGAAGCGCCTGCCTGCGCAGTATCCCCCACCACAATCGCCCGATATCGCTTAATAATACGACGATTTAACGGCTCTTCTTCCAGGGCTAACGGATGATGAGGCGCGACCGCAAAGACTTGTTCCAGATCGCCCAACCGACTAAAACCAAACTCACTGGAAGATGGTGGCTCATGCATCGCGCCAACAATAATATCCGCTCGCCCCTGAGTCAGGGCATCCCAACTACCACCGAGTACGCCATTGATAAACTTCAGGCGCGTCA > CP042583/1710585‑1711133 ||| tcaGATTTTGCATAAACACCGGCGATCGCACTATTTGCTAAAATTTCATCCCGCCACCAGCCACTGGCAAGTCCTGCGGTCTGTTCGTTCCAGCCAATCCAGACGGGTTCAAAGAGAGTTTGGGCGACCACTTTCTTCTCGATTAACGCGCCACTATCGAGAAAACGTTGCGCCAGATAACGGGGTAAATAGCCGCAGCCGAGGCCGCTAATTTGCAGCTCCAGTTTGGTTTTAAAATCGAAAACGGTAATGGCTTCTTGTTCGTCGAGAAGTTGTGATGCCGTAGaa > 1:988647/1‑288 (MQ=255) taaccgccGGCGATCGCACTATTTGCTAAAATTTCCTCCCGCCACCAGCCACTGGCAAGTCCTGCGGTCTGTTCGTTCCAGCCAATCCAGACGGGTTCAAAGAGAGTTTGGGCGACCACGTTCTTCTCGATTAACGCGCCACTATCGAGAAAACGTTGCGCCAGATAACGGGGTAAATAGCCGCAGCCGAGGCCGCTAATTTGCAGCTCCAGTTTGGTTTTAAAATCGAAAACGGTAATGGCTTCTTGTTCGTCGAGAAGTTGTGATGCCGTAGAAGCGCCTGCCTgcg < 2:479843/283‑1 (MQ=255) tAAACACCGGCTATCGCACTAATTGCTACAATTTCATCCCGCCACCAGCCACTGGCAAGTCCTGCGGTCTGTTCGTTCCAGCCAATCCAGACGGGTTCAAAGAGAGTTTGGGCGACCACTTTCTTCTCGATTAACGCGCAACTATCGAGAAAACGTTGCGCCAGATAACGGGGTAAATAGCCGCAGCCGAGGCCGCTAATTTGCAGCTCCAGTTTGGTTTTAAAATCGAAAACGGTAATGGCTTCTTGTTCGTCGAGAAGTTGTGATGCCGTAGAAGCGCCTGCCTgcg < 1:704262/289‑1 (MQ=255) tAAACACCGGCGATCGCACTATTTGCTAAAATTTCATCCCGCCACCAGCCACTGGCAAGTCCTGCGGTCTGTTCGTTCCAGCCAATCCAGACGGGTTCAAAGAGAGTTTGGGCGACCACTTTCTTCTCGATTAACGCGCCACTATCGAGAAAACGTTGCGCCAGATAACGGGGTAAATAGCCGCAGCCGAGGCCGCTAATTTGCAGCTCCAGTTTGGTTTTAAAATCGAAAACGGTAATGGCTTCTTGTTCGTCGAGAAGTTGTGATGCCGTAGAAGCGCCTGCCTgcg < 1:420324/289‑1 (MQ=255) 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aaCACCGGCGATCGCACTATTTGCTAAAATTTCATCCCGCCACCAGCCACTGGCAAGTCCTGCGGTCTGTTCGTTCCAGCCAATCCAGACGGGTTCAAAGAGAGTTTGGGCGACCACTTTCTTCTCGATTAACGCGCCACTATCGAGAAAACGTTGCGCCAGATAACGGGGTAAATAGCCGCAGCCGAGGCCGCTAATTTGCAGCTCCAGTTTGGTTTTAAAATCGAAAACGGTAATGGCTTCTTGTTCGTCGAGAAGTTGTGATGCCGTAGAAGCGCCTGCCTGCGCa < 1:1882344/289‑1 (MQ=255) acCGGCGATCGCACTATTTGCTAAAATTTCATCCCGCCACCAGCCACTGGCAAGTCCTGCGGTCTGTTCGTTCCAGCCAATCCAGACGGGTTCAAAGAGAGTTTGGGCGACCACTTTCTTCTCGATTAACGCGCCACTATCGAGAAAACGTTGCGCCAGATAACGGGGTAAATAGCCGCAGCCGAGGCCGCTAATTTGCAGCTCCAGTTTGGTTTTAAAATCGAAAACGGTAATGGCTTCTTGTTCGTCGAGAAGTTGTGATGCCGTAGAAGCGCCTGCCTGCGCAGTa < 2:883857/289‑1 (MQ=255) cGGCGATCGCACTATTTGCTAAAATTTCATCCCGCCACCAGCCACTGGCAAGTCCTGCGGTCTGTTCGTTCCAGCCAATCCAGACGGGTTCAAAGAGAGTTTGGGCGACCACTTTCTTCTCGATTAACGCGCCACTATCGAGAAAACGTTGCGCCAGATAACGGGGTAAATAGCCGCAGCCGAGGCCGCTAATTTGCAGCTCCAGTTTGGTTTTAAAATCGAAAACGGTAATGGCTTCTTGTTCGTCGAGAAGTTGTGATGCCGTAGAAGCGCCTGCCTGCGCAGTATc < 1:36657/289‑1 (MQ=255) ggCGATCGCACTATTTGCTAAAATTTCATCCCGCCACCAGCCACTGGCAAGTCCTGCGGTCTGTTCGTTCCAGCCAATCCAGACGGGTTCAAAGAGAGTTTGGGCGACCACTTTCTTCTCGATTAACGCGCCACTATCGAGAAAACGTTGCGCCAGATAACGGGGTAAATCGCCGCAGCCGATGCCGCTAATTTGCAGCTCCAGTTTGGTTTTAAAATCGAAAACGGTACTGGCTTCTTGTTCGTCGAGAAGTTGTGATGCCGTAGAAGCGCCTGCCTGCGCAGTATcc < 1:239614/289‑1 (MQ=255) gCGATCGCACTATTTGCTAAAATTTCATCCCGCCACCAGCCACTGGCAAGTCCTGCGGTCTGTTCGTTCCAGCCAATCCAGACGGGTTCAAAGAGAGTTTGGGCGACCACTTTCTTCTCGATTAACGCGCCACTATCGAGAAAACGTTGCGCCAGATAACGGGGTAAATAGCCGCAGCCGAGGCCGCTAATTTGCAGCTCCAGTTTGGTTTTAAAATCGAAAACGGTAATGGCTTCTTGTTCGTCGAGAAGTTGTGATGCCGTAGAAGCGCCTGCCTGCGCAGTATcc > 2:1873055/1‑288 (MQ=255) gCACTATTTGCTAAAATTTCATCCCGCCACCAGCCACTGGCAAGTCCTGCGGTCTGTTCGTTCCAGCCAATCCAGACGGGTTCAAAGAGAGTTTGGGCGACCACTTTCTTCTCGATTAACGCGCCACTATCGAGAAAACGTTGCGCCAGATAACGGGGTAAATAGCCGCAGCCGAGGCCGCTAATTTGCAGCTCCAGTTTGGTTTTAAAATCGAAAACGGTAATGGCTTCCTGTTCGTCGAGAAGTTGTGATGCCGTAGAAGCACCTGCCTGCGCAGTATCCCccacc > 2:555635/1‑288 (MQ=255) aTTTGCTAAAATTTCATCCCGCCACCAGCCACTGGCAAGTCCTGCGGTCTGTTCGTTCCAGCCAATCCAGACGGGTTCAAAGAGAGTTTGGGCGACCACTTTCTTCTCGATTAACGCGCCACTATCGAGAAAACGTTGCGCCAGATAACGGGGTAAATAGCCGCAGCCGAGGCCGCTAATTTGCAGCTCCAGTTTGGTTTTAAAATCGAAAACGGTAATGGCTTCTTGTTCGTCGAGAAGTTGTGATGCCGTAGAAGCgcctg < 2:812082/263‑1 (MQ=255) aTTTGCTAAAATTTCATCCCGCCACCAGCCACTGGCAAGTCCTGCGGTCTGTTCGTTCCAGCCAATCCAGACGGGTTCAAAGAGAGTTTGGGCGACCACTTTCTTCTCGATTAACGCGCCACTATCGAGAAAACGTTGCGCCAGATAACGGGGTAAATAGCCGCAGCCGAGGCCGCTAATTTGCAGCTCCAGTTTGGTTTTAAAATCGAAAACGGTAATGGCTTCTTGTTCGTCGAGAAGTTGTGATGCCGTAGAAGCgcctg > 1:812082/1‑263 (MQ=255) tttGCTAAAATTTCATCCCGCCACCGGCCACTGGCAAGTCCTGCGGTCTGTTCGTTCCGGCCAATCCAGACGGGTTCAAAGAGAGTTTGGGCGACCACTTTCTTCTCGATTAACGCGCCACTATCGAGAAAACGTTGCGCCAGATAACGGGGTAAATAGCCGCAGCCGAGGCCGCTAATTTGCAGCTCCAGTTTGGTTTTAAAATCGAAAACGGTAATGGCTTCTTGTTCGTCGAGAAGTTGTGATGCCGTAGAAGCGCCTGCCTGCGCAGTATCCCCCACCACAATCg < 2:1924084/289‑1 (MQ=255) tttGCTAAAATTTCATCCCGCCACCAGCCACTGGCAAGTCCTGCGGTCTGTTCGTTCCAGCCAATCCAGACGGGTTCAAAGAGAGTTTGGGCGACCACTTTCTTCTCGATTAACGCGCCACTATCGAGAAAACGTTGCGCCAGATAACGGGGTAAATAGCCGCAGCCGAGGCCGCTAATTTGCAGCTCCAGTTTGGTTTTAAAATCGAAAACGGTAATGGCTTCTTGTTCGTCGAGAAGTTGTGATGCCGTAGAAGCGCCTGCCTGCGCAGTATCCCCCACCACAATc > 1:1809365/1‑288 (MQ=255) tttGCTAAAATTTCATCCCGCCACCAGCCACTGGCAAGTCCTGCGGTCTGTTCGTTCCAGCCAATCCAGACGGGTTCAAAGAGAGTTTGGGCGACCACTTTCTTCTCGATTAACGCGCCACTATCGAGAAAACGTTGCGCCAGATAACGGGGTAAATAGCCGCAGCCGAGGCCGCTAATTTGCAGCTCCAGTTTGGTTTTAAAATCGAAAACGGTAATGGCTTCTTGTTCGTCGAGAAGTTGTGATGCCGTAGAAGCGCCTGCCTGCGCAGTATCCCCCACCACAATCg < 1:669325/289‑1 (MQ=255) tttGCTAAAATTTCATCCCACCACCAGCCACAGGCAAGTCCTGCGGTCTGTTCGTTCCAGCCAATCCAGACGGGTTCAAAGAGAGTTTGGGCGACCACTTTCTTCTCGATTAACGCGCCACTATCGAGAAAACGTTGCGCCAGATAACGGGGTAAATAGCCGCAGCCGAGGCCGCTAATTTGCAGCTCCAGTTTGGTTTTAAAATCGAAAACGGTAATGGCTTCTTGTTCGTCGAGAAGTTGTGATGCCGTAGAAGCGCCTGCCTGCGCAGTATCCCCCACCACAATCg < 2:977595/289‑1 (MQ=255) tttCATCCCGCCACCAGCCACTGGCAAGTCCTGCGGTCTGTTCGTTCCAGCCAATCCAGACGGGTTCAAAGAGAGTTTGGGCGACCACTTTCTTCTCGATTAACGCGCCACTATCGAGAAAACGTTGCGCCAGATAACGGGGTAAATAGCCGCAGCCGAGGCCGCTAATTTGCAGCTCCAGTTTGGTTTTAAAATCGAAAACGGTAATGGCTTCTTGTTCGTCGAGAAGTTGTGATGCCGTAGAAGCGCCTGCCTGCGCAGTATCCCCCACCACAATCGCCCGATATCg < 1:1619980/289‑1 (MQ=255) ttgcttCCCGCCACCGGCCACTGCCAAGTCCTGCGGTCTGTTCGTTCCAGCCAATCCAGACGGGTTCAAAGAGAGTTTGGGCGACCACTTTCTTCTCGATTAACGCGCCACTATCGAGAAAACGTTGCGCCAGATAACGGGGTAAATAGCCGCAGCCGAGGCCTCTAATTTGCAGCTCCAGTTTGGTTTTAAAATCGAAAACGGTAATGGCTTCTTGTTCGTCGAGAAGTTGTGATGCCGTAGAAGCGCCTTCCTGCGCAGTATCCCCCACCACAATCGCCCGATATCg < 2:589830/284‑1 (MQ=255) tagtCCCGCCACGAGCCACTGGCAAGTCCTGCGGTCTGTTCGTGCCAGCCAATCCAGACGGGTTCAAAGAGAGTTTGGGCGACCACTTTCTTCTCGCTTAACGCGCCACTATCGAGAAAACGTTGCGCCAGATAACGGGGTAAATAGCCGCAGCCGAGGCCGCTAATTTGCAGCTCCAGTTTGGTTTTAAAATCGAAAACGGTAATGGCTTCTTGTTCGTCGGGAAGTTGTGATGCCGTAGAAGCGCCTGCCTGCGCAGTATCCCCCACCACAATCGCCCGATATCGCt < 2:1258762/286‑1 (MQ=255) 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CATCAGATTTTGCATAAACACCGGCGATCGCACTATTTGCTAAAATTTCATCCCGCCACCAGCCACTGGCAAGTCCTGCGGTCTGTTCGTTCCAGCCAATCCAGACGGGTTCAAAGAGAGTTTGGGCGACCACTTTCTTCTCGATTAACGCGCCACTATCGAGAAAACGTTGCGCCAGATAACGGGGTAAATAGCCGCAGCCGAGGCCGCTAATTTGCAGCTCCAGTTTGGTTTTAAAATCGAAAACGGTAATGGCTTCTTGTTCGTCGAGAAGTTGACTTGCCGTAGAAGCGCCTGCCTGCGCAGTATCCCCCACCACAATCGCCCGATATCGCTTAATAATACGACGATTTAACGGCTCTTCTTCCAGGGCTAACGGATGATGAGGCGCGACCGCAAAGACTTGTTCCAGATCGCCCAACCGACTAAAACCAAACTCACTGGAAGATGGTGGCTCATGCATCGCGCCAACAATAATATCCGCTCGCCCCTGAGTCAGGGCATCCCAACTACCACCGAGTACGCCATTGATAAACTTCAGGCGCGTCA > CP042583/1710585‑1711133 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |