| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP042583 | 508,313 | 2 bp→GC | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 508,313 | 0 | A | G | 99.2% | 599.9 / NA | 260 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.98e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 | |||||||||||
| * | CP042583 | 508,314 | 0 | T | C | 100.0% | 614.5 / NA | 260 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base C (127/133); total (127/133) | |||||||||||
Only 100 of 260 total aligned reads displayed.
CTTTTATCGCCAGAAGCGCGATATTCTGGTGAATGCTTTAAATGAAAGCCGGCTGGAGATTTTACCGTGTGAAGGTACATACTTTTTGCTGGTGGATTACAGCGCGGTTTCTACCCTGGATGATGTTGAGTTTTGCCAGTGGCTGACGCAGGAGCACGGCGTAGCGGCGATTCCGCTGAGCGTGTTTTGCGCCGATCCCTTCCCACATAAACTGATTCGTCTCTGTTTTGCCAAGAAGGAAAGCACGTTGCTGGCAGCAGCTGAACGCCTGCGCCAGCTTTAATTATTTAACCGTCCAGGCGCGGGAATATTGACGGTCGGCAAACAACTCTTGCAGGCCGTTAATTTGCTTCAGGCGCAGCACTTCGTCGCTGTCCATTCCCAGCTCTTTGCCAATTTTATTATCGTCCCATCCCAACTGGCTAAGTTCACGGACGATTTCGCTCATGGCGGTGATTTGATGGCGTCCACGAGCGCGATTATGACGAATAGTCGCGGCGATGCGTTGATTACGCGTACCTTCCAGACAGGTCACCGGCAAATAACCTTTTAAGCGTAATT > CP042583/508031‑508591 || cTTTTATCGCCAGAAGCGCGATATTCTGGTGAATGCTTTAAATGAAAGCCGGCTGGAGATTTTACCGTGTGAAGGTACATACTTTTTGCTGGTGGATTACAGCGCGGTTTCTACCCTGGATGATGTTGAGTTTTGCCAGTGGCTGACGCAGGAGCACGGCGTAGCGGCGATTCCGCTGTCGGTGTTTGGCGCCGATCCCTTCCCACATAAACTGATTCGTCTCTGTTTTGCCAAGAAGGAATCGACGTTGCTGGCAGCAGCTGAACGCCTGCGCCAGCTTTAGCTAttt > 2:517628/1‑289 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atatTCTGGTGAATGCTTTAAATGAAAGCCGGCTGGAGATTTTACCGTGTGAAGGTACATACTTTTTGCTGGTGGATTACAGCGCGGTTTCTACCCTGGATGATGTTGAGTTTTGCCAGTGGCTGACGCAGGAGCACGGCGTAGCGGCGATTCCGCTGTCGGTGTTTTGCGCCGATCCCTTCCCACATAAACTGATTCGTCTCTGTTTTGCCAAGAAGGAATCGACGTTGCTGGCAGCAGCTGAACGCCTGCGCCAGCTTTAGCTATTTAACCGTCCAGGCGCGGGAat > 2:168581/1‑289 (MQ=255) tCTGGTGAATGCTTTAAATGAAAGCCGGCTGGAGATTTTACCGTGTGAAGGTACATACTTTTTGCTGGTGGATTACAGCGCGGTTTCTACCCTGGATGATGTTGAGTTTTGCCAGTGGCTGACGCAGGAGCACGGCGTAGCGGCGATTCCGCTGTCGGTGTTTTGCGCCGATCCCTTCCCACATAAACTGATTCGTCTCTGTTTTGCCAAGAAGGAATCGACGTTGCTGGCAGCAGCTGAACGCCTGCGCCAGCTTTAGCTATTTAACCGTCCAGGCGCGGGAATATTg > 1:1327323/1‑289 (MQ=255) aaTGCTTTAAATGAAAGCCGGCTGGAGATTTTACCGTGTGAAGGTACATACTTTTTGCTGGTGGATTACAGCGCGGTTTCTACCCTGGATGATGTTGAGTTTTGCCAGTGGCTGACGCAGGAGCACGGCGTAGCGGCGATTCCGCTGTCGGTGTTTTGCGCCGATCCCTTCCCACATAAACTGATTCGTCTCTGTTTTGCCAAGAAGGAATCGACGTTGCTGGCAGCAGCTGAACGCCTGCGCCAGCTTTAGCTATTTAACCGTCCAGGCGCGGGAATATTGACGGTCg > 1:1163001/1‑289 (MQ=255) aTGCTTTAAATGAAAGCCGGCTGGAGATTTTACCGTGTGAAGGTACATACTTTTTGCTGGTGGATTACAGCGCGGTTTCTACCCTGGATGATGTTGAGTTTTGCCAGTGGCTGACGCAGGAGCACGGCGTAGCGGCGATTCCGCTGTCGGTGTTTTGCGCCGATCCCTTCCCACATAAACTGATTCGTCTCTGTTTTGCCAAGAAGGAATCGACGTTGCTGGCAGCAGCTGAACGCCTGCGCCAGCTTTAGCTATTTAACCGTCCAGGCGCGGGAATATTGACGGTCg < 1:1924996/288‑1 (MQ=255) tGCTTTAAATGAAAGCCGGCTGGAGATTTTACCGTGTGAAGGTACATACTTTTTGCTGGTGGATTACAGCGCGGTTTCTACCCTGGATGATGTTGAGTTTTGCCAGTGGCTGACGCAGGAGCACGGCGTAGCGGCGATTCCGCTGTCGGTGTTTTTCGCCGATCCCTTCCCACATAAACTGATTCGTCTCTGTTTTGCCAAGAAGGAATCGACGTTGCTGGCAGCAGCTGAACGCCTGCGCAAGCTTTAGCTCTTTAACCGTCCAGGCGCGGGAATATTCACGGTCGGc > 2:920612/1‑289 (MQ=255) tGCTTTAAATGAAAGCCGGCTGGAGATTTTACCGTGTGAAGGTACATACTTTTTGCTGGTGGATTACAGCGCGGTTTCTACCCTGGATGATGTTGAGTTTTGCCAGTGGCTGACGCAGGAGCACGGCGTAGCGGCGATTCCGCTGTCGGTGTTTTGCGCCGATCCCTTCCCACCTAAACTGATTCGTCTCTGGTTTGCCAAGAAGGAATCGCCGTTGCTGGCAGCCGCCGACCGCCCGCCCCAGCTTGAGCTATTTAACCACTCAGGCCCGGGAACCATGACTGTCgg > 2:1361993/1‑288 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 23 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |