Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
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RA | CP042583 | 1,713,746 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | CP042583 | 1,713,746 | 0 | A | T | 99.6% | 571.9 / NA | 243 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
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* | CP042583 | 1,713,747 | 0 | G | C | 99.6% | 574.4 / NA | 243 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (117/125); minor base A (0/1); total (117/126) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,713,748 | 0 | C | G | 99.6% | 567.9 / NA | 243 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (116/126); minor base A (1/0); total (117/126) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.81e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 |
Only 100 of 243 total aligned reads displayed.
ATCCGGCCGTTTAAGTGATGACAGTCGCGAATTGCTGGCGCGCTGTGGCATTAAAATTAATCTTCACACCCAGCGCCTGATCGCGATGGCAGAAAACATGCCGATTGATATTCTGCGCGTGCGTGACGACGACATTCCCGGTCTGGTAATGGATGGCGTGGTAGACCTTGGGATTATCGGCGAAAACGTGCTGGAAGAAGAGCTGCTTAACCGCCGCGCCCAGGGTGAAGATCCACGCTACTTTACCCTGCGTCGTCTGGATTTCGGCGGCTGTCGTCTTAGCCTGGCAACGCCGGTTGATGAAGCCTGGGACGGTCCGCTCTCCTTAAACGGTAAACGTATCGCCACCTCTTATCCTCACCTGCTCAAGCGTTATCTCGACCAGAAAGGCATCTCTTTTAAATCCTGCTTACTGAACGGTTCTGTTGAAGTCGCCCCGCGTGCCGGACTGGCGGATGCGATTTGCGATCTGGTTTCCACCGGTGCCACGCTGGAAGCTAACGGCCTGCGCGAAGTCGAAGTTATCTATCGCAGCAAAGCCTGCCTGATTCAACGCGATGG > CP042583/1713466‑1714026 ||| aTCCGGCCGTTTAAGTGATGACTCACGCGAATTGCTGGCGCGCTGTGGCATTAAAATTAATCTTCACACCCAGCGCCTGATCGCGATGGCAGAAAACATGCCGATTGATATTCTGCGCGTGCGTGACGACGACATTCCCGGTCTGGTAATGGATGGCGTGGTAGACCTTGGGATTATCGGCGAAAACGTGCTGGAAGAAGAGCTGCTTAACCGCCGCGCCCAGGGTGCAGATCCACGCTACTTTACCCTGCGTCGTCTGGATTTCGGCGGCTTGCGTCTTTCGCTGGCa > 1:94294/1‑289 (MQ=255) aTCCGGCCGTTTAAGTGATGACTCACGCGAATTGCTGGCGCGCTGTGGCATTAAAATTAATCTTCACACCCAGCGCCTGATCGCGATGGCAGAAAACATGCCGATTGATATTCTGCGCGTGCGTGACGACGACATTCCCGGTCTGGTAATGGATGGCGTGGTAGACCTTGGGATTATCGGCGAAAACGTGCTGGAAGAAGAGCTGCTTAACCGCCGCGCCCAGGGTGAAGATCCACGCTACTTTACCCTGCGTCGTCTGGATTTCGGCGGCTGTCGTCTTTCGCTGGCa > 1:33270/1‑289 (MQ=255) gTTTAAGTGATGACTCACGCGAATTGCTGGCGCGCTGTGGCATTAAAATTAATCTTCACACCCAGCGCCTGATCGCGATGGCAGAAAACATGCCGATTGATATTCTGCGCGTGCGTGACGACGACATTCCCGGTCTGGTAATGGATGGCGTGGTAGACCTTGGGATTATCGGCGAAAACGTGCTGGAAGAAGAGCTGCTTAACCGCCGCGCCCAGGGTGAAGATCCACGCTACTTTACCCTGCGTCGTCTGGATTTCGGCGGCTGTCGTCTTTCGCTGGCAACGCCGGt < 1:275590/289‑1 (MQ=255) aaGTGATGACTCACGCGAATTGCTGGCGCGCTGTGGCATTAAAATTAATCTTCCCACCCAGCGCCTGATCGCGATGGCAGAAAACATGCCGATTGATATTCTGCGCGTGCGTGACGACGACATTCCCGGTCTGGTAATGGATGGCGTGGTAGACCTTGGGATTATCGGCGAAAACGTGCTGGAAGAAGAGCTGCTTAACCGCCGCGCCCAGGGTGAAGATCCACGCTACTTTACCCTGCGTCGTCTGGATTTCGGCGGCTGTCGTCTTTCGCTGGCAACGCCGGTtgat < 1:465707/289‑1 (MQ=255) 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gcTGTCGTCTTTCGCTGGCAACGCCGGTTGATGAAGCCTGGGACGGTCCGCTCTCCTTAAACTGTAAACGTATCGCCACCTCTTATCCTCACCTGCTCAAGCGTTATCTCGACCAGAAAGGCATCTCTTTTAAATCCTGCTTACTGAACGGTTCTGTTGAAGTCGCCCCGCGTGCCGGACTGGCGGATGCGATTTGCGATCTGGTTTCCACCGGTGCCACGCTGGACGCTAACGGCCTGCGCGAAGTCGAAGTTATCTATCGCTCGAAAGCCTGCCTTATTCAACGCGa > 1:1842734/1‑289 (MQ=255) tGTCGTCTTTCGCTGGCAACGCCGGTTGATGAAGCCTGGGACGGTCCGCTCTCCTTAAACGGTAAGCGTATCGCCACCTCTTATCCTCACCTGCTCAAGCGTTATCTCGACCAGAAAGGCATCTCTTTTAAATCCTGCTTACTGAACGGTTCTGTTGAAGTCGCCCCGCGTGCCGGACTGGCGGATGCGATTTGCGATCTGGTTTCCACCGGTGCCACGCTGGAAGCTAACGGCCTgcg < 1:545444/239‑1 (MQ=255) gtcgtcTTTCGCTGGCAACGCCGGTTGATGAAGCCTGGGACGGTCCGCTCTCCTTAAACGGTAAACGTATCGCCACCTCTTATCCTCACCTGCTCAAGCGTTATCTCGACCAGAAAGGCATCTCTTTTAAATCCTGCTTACTGAACGGTTCTGTTGAAGTCGCCCCGCGTGCCGGACTGGCGGATGCGATTTGCGATCTGGTTTCCACCGGTGCCACGCTGGAAGCTAACGGCCTGCGCGAAGTCGAAGTTATCTATCGCTCGAAAGCCTGCCTGATTCAACGCGATgg < 1:1868335/289‑1 (MQ=255) ||| ATCCGGCCGTTTAAGTGATGACAGTCGCGAATTGCTGGCGCGCTGTGGCATTAAAATTAATCTTCACACCCAGCGCCTGATCGCGATGGCAGAAAACATGCCGATTGATATTCTGCGCGTGCGTGACGACGACATTCCCGGTCTGGTAATGGATGGCGTGGTAGACCTTGGGATTATCGGCGAAAACGTGCTGGAAGAAGAGCTGCTTAACCGCCGCGCCCAGGGTGAAGATCCACGCTACTTTACCCTGCGTCGTCTGGATTTCGGCGGCTGTCGTCTTAGCCTGGCAACGCCGGTTGATGAAGCCTGGGACGGTCCGCTCTCCTTAAACGGTAAACGTATCGCCACCTCTTATCCTCACCTGCTCAAGCGTTATCTCGACCAGAAAGGCATCTCTTTTAAATCCTGCTTACTGAACGGTTCTGTTGAAGTCGCCCCGCGTGCCGGACTGGCGGATGCGATTTGCGATCTGGTTTCCACCGGTGCCACGCTGGAAGCTAACGGCCTGCGCGAAGTCGAAGTTATCTATCGCAGCAAAGCCTGCCTGATTCAACGCGATGG > CP042583/1713466‑1714026 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |