| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 508,596 | 9 bp→TGATGATGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 508,596 | 0 | A | T | 98.2% | 499.8 / NA | 218 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (3/1); new base T (106/106); total (109/109) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.22e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 508,597 | 0 | C | G | 99.1% | 498.2 / NA | 218 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/1); new base G (106/106); total (109/109) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 508,598 | 0 | T | A | 97.7% | 489.8 / NA | 218 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (2/3); new base A (105/106); total (109/109) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 508,599 | 0 | A | T | 98.6% | 501.2 / ‑6.0 | 218 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (2/1); new base T (106/106); total (109/109) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
| * | CP042583 | 508,600 | 0 | C | G | 99.1% | 495.7 / NA | 218 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/2); new base G (106/106); total (109/109) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.98e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
| * | CP042583 | 508,601 | 0 | T | A | 96.8% | 486.2 / ‑4.2 | 218 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (4/3); new base A (105/106); total (109/109) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 508,602 | 0 | A | T | 98.6% | 498.4 / ‑6.3 | 218 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (2/1); new base T (105/106); total (109/109) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 508,603 | 0 | C | G | 99.1% | 503.6 / NA | 218 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (2/0); new base G (106/109); total (109/109) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.47e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 508,604 | 0 | T | A | 98.6% | 501.2 / NA | 218 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (2/1); new base A (106/106); total (109/109) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 218 total aligned reads displayed.
GGGAATATTGACGGTCGGCAAACAACTCTTGCAGGCCGTTAATTTGCTTCAGGCGCAGCACTTCGTCGCTGTCCATTCCCAGCTCTTTGCCAATTTTATTATCGTCCCATCCCAACTGGCTAAGTTCACGGACGATTTCGCTCATGGCGGTGATTTGATGGCGTCCACGAGCGCGATTATGACGAATAGTCGCGGCGATGCGTTGATTACGCGTACCTTCCAGACAGGTCACCGGCAAATAACCTTTTAAGCGTAATTTTAA‑ACTACTA‑CTGCCTTTACCAATTTCATGGCGGTGAAAACCATCCACGATTTCCATGGCATTTTTATCCGTATGTGTG‑ACCACAATGGGT‑TGGGTAAAACCATCTATTTC‑AATGGATTTTTGCAGCAGTTTTTTTTCGGGTGGTGCCACGTTGTTTGGGTTGTAATCATTAGGCATAAGTTGGCTGTTTTTAACCCACAGAACGCAATCCACTGGCTCTTCACGAAAGGGGCTAACCTGATGGATCGCCATGCGGATTTCATTAATC > CP042583/508334‑508860 |||||||||| tggAATATTGACGCTCGGCAAACAACTCTTGCAGGCCGTTAATTTGCTTCAGGCGCAGCACTTCGTCGCTGTCCATTCCCAGCTCTTTGCCAATTTTATTATCGTCCCATCCCAACTGGCTAAGTTCACGGACGATTTCCGACATGGCGGTGATTTGATGGCGTCCACGAGCGCGATTATGACGAATAGTCGCGGCGATGCGTTGATTACGCGTACCTTCCAGACAGGTCACCGGCAAATAACCTTTTAAGCGTAATTTTAA‑TGATGAT‑GAGCCTTTACCAATTTCATg < 1:1875113/288‑1 (MQ=255) 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tctTGCAGGCCGTTAATTTGCTTCAGGCGCAGCACTTCGTCGCTGTCCATTCCCAGCTCTTTGCCAATTTTATTATCGTCCCATCCCAACTGGCTAAGTTCACGGACGATTTCCGACATGGCGGTGATTTGATGGCGTCCACGAGCGCGATTATGACGAATAGTCGCGGCGATGCGTTGATTACGCGTACCTTCCAGACAGGTCACCGGCAAATAACCTTTTAAGCGTAATTTTAA‑TGATGAT‑GAGCCTTTACCAATTTCATGGCGGTGAAAACCATCCACGATTTCCa < 1:1306184/289‑1 (MQ=255) gctgagcggcaggtAATTTGCTTCAGGCGCAGCAGTTGGTGGCTGTCCAGTCCCAGCTCTTTGCCAATTTTATTATCGTCCCAGCCCAACTGGCTAAGGTCACGGACGATTTCCGACATGGCGGTGATTTGATGGCGTCCACGAGCGCGATTATGACGAATAGTCGCGGCGATGCGTTGATTACGCGTACCTTCCAGACAGGTCACCGGCAAATAACCTTTTAAGCGTAATTTTAA‑TGATGAT‑GAGCCTTTACCAATTTCATGGCGGTGAAAACCATCCACGATTTCCa < 2:944704/276‑1 (MQ=255) ttgagagcgcttATTTTGCTTCAGGCGCAGCACTTCGTCGCTGTCCATTCCCAGCTCTTTGCCAATTTTATTGTCGTCCCATCCCAACTGGCTAAGTTCACGGACGATTTCCGACATGGCGGTGATTTGATGGCGTCCACGAGCGCGATTATGACGAATAGTCGCGGCGATGCGTTGATTACGCGTACCTTCCAGACAGGTCACCGGCAAATAACCTTTTAAGCGTAATTTTAA‑TGATGAT‑GAGCCTTTACCAATTTCATGGCGGTGAAAACCATCCACGATTTCCATg < 2:192390/279‑1 (MQ=255) 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aaTTTGCTTCAGGCGCAGCACTTCGTCGCTGTCCATTCCCAGCTCTTTGCCAATTTTATTATCGTCCCATCCCAACTGGCTAAGTTCACGGACGATTTCCGACATGGCGGTGATTTGATGGCGTCCACGAGCGCGATTATGACGAATAGTCGCGGCGATGCGTTGATTACGCGTACCTTCCAGACAGGTCACCGGCAAATAACCTTTTAAGCGTAATTTTAA‑TGATGAT‑GAGCCTTTACCAATTTCATGGCGGTGAAAACCATCCACGATTTCCATGGCATTTTTATcc < 1:1633979/289‑1 (MQ=255) aaTTTGCTTCAGGCGCAGCACTTCGTCGCTGTCCATTCCCAGCTCTTTGCCAATTTTATTATCGTCCCATCCCAACTGGCTAAGTTCACGGACGATTTCCGACATGGCGGTGATTTGATGGCGTCCACGAGCGCGATTATGACGAATAGTCGCGGCGATGCGTTGATTACGCGTACCTTCCAGACAGGTCACCGGCAAATAACCTTTTAAGCGTAATTTTAA‑TGATGAT‑GAGCCTTTACCAATTTCATGGCGGTGAAAACCATCCACGATTTCCATGGCATTTTTATcc < 1:864359/289‑1 (MQ=255) cAGGCGCAGCACTTCGTCGCTGTCCATTCCCAGCTCTTTGCCAATTTTA‑TATCGTCCCATCCCAACTGGCTAAGTTCACGGACGATTTCCGACATGGCGGTGATTTGATGGCGTCCACGAGCGCGATTATGACGAATAGTCGCGGCGATGCGTTGATTACGCGTACCTTCCAGACAGGTCACCGGCAAATAACCTTTTAAGCGTAATTTTAA‑TGATGAT‑GAGCCTTTACCAATTTCATGGCGGTGAAAACCATCCACGATTTCCATGGCATTTTTATCCGTATGTGTG‑a < 1:280718/289‑1 (MQ=255) 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cACCGGCAAATAACCTTTTAAGCGTAATTTTAA‑TGATGAT‑GAGCCTTTACCAATTTCATGGCGGTGAAAACCATCCACGATTTCCATGGTATTTTTATCCGTATGTGTG‑ACCACAATGGGT‑TGGGTAAAACCATCTATTTC‑AATGGATTTTTGCAGCAGTTTTTTTTCGGGTGGTGCCACGTTGTTTGGGTTGTAATCATTAGGCATAAGTTGGCTGTTTTTAACCCACAGAACGCAATCCACTGGCTCTTCACGAAAGGGGCTAACCTGATGGATCGCCATGCGGAtt < 1:1513834/289‑1 (MQ=255) aaaTAACCTTTTCAGCGTAATTTTAA‑TGATGAT‑GAGCCTTTACCAATTTCATGGCGGTGAAAACCATCCACGATTTCCATGGCATTTTTATCCGTATGTGTG‑ACCACAATGGGT‑TGGGTAAAACCATCTATTTC‑AATGGATTTTTGCAGCAGTTTTTTTTCGGGTGGTGCCACGTTGTTTGGGTTGTAATCATTAGGCATAAGTTGGCTGTTTTTAACCCACAGAACGCAATCCACTGGCTCTTCACGAAAGGGGCTAACCTGATGGATCGCCATGCGGATTTCATTaa < 2:1513529/289‑1 (MQ=255) aaaTAACCTTTTAAGCGTAATTTTAA‑TGATGAT‑GAGCCTTTACCAATTTCATGGCGGTGAAAACCATCCACGATTTCCATGGCATTTTTATCCGTATGTGTG‑ACCACAATGGGT‑TGGGTAAAACCATCTATTTC‑AATGGATTTTTGCAGCAGTTTTTTTTCGGGTGGTGCCACGTTGTTTGGGTTGTAATCATTAGGCATAAGTTGGCTGTTTTTAACCCACAGAACGCAATCCACTGGCTCTTCACGAAAGGGGCTAACCTGATGGATCGCCATGCGGATTTCATTaa < 1:353762/289‑1 (MQ=255) aaTAACCTTTTAAGCGTAATTTTAA‑TGATGAT‑GAGCCTTTACCAATTTCATGGCGGTGAAAACCATCCACGATTTCCATGGCATTTTTATCCGTATGTGTG‑ACCACAATGGGT‑TGGGTAAAACCATCTATTTC‑AATGGATTTTTGCAGCAGTTTTTTTTCGGGTGGTGCCACGTTGTTTGGGTTGTAATCATTAGGCATAAGTTGGCTGTTTTTAACCCACAGAACGCAATCCACTGGCTCTTCACGAAAGGGGCTAACCTGATGGATCGCCATGCGGATTTCATTaa > 1:1652665/1‑288 (MQ=255) ccTTTTAAGCGTAATTTTAA‑TGATGAT‑GAGCCTTTACCAATTTCATGGCGGTGAAAACCATCCACGATTTCCATGGCATTTTTATCCGTATGTGTG‑ACCACAATGGGT‑TGGGTAAAACCATCTATTTC‑AATGGATTTTTGCAGCAGTTTTTTTTCGGGTGGTGCCACGTTGTTTGGGTTGTAATCATTAGGCATAAGTTGGCTGTTTTTAACCCACAGAACGCAATCCACTGGctc < 1:202434/236‑1 (MQ=255) ccTTTTAAGCGTAATTTTAA‑TGATGAT‑GAGCCTTTACCAATTTCATGGCGGTGAAAACCATCCACGATTTCCATGGCATTTTTATCCGTATGTGTG‑ACCACAATGGGT‑TGGGTAAAACCATCTATTTC‑AATGGATTTTTGCAGCAGTTTTTTTTCGGGTGGTGCCACGTTGTTTGGGTTGTAATCATTAGGCATAAGTTGGCTGTTTTTAACCCACAGAACGCAATCCACTGGctc > 2:202434/1‑236 (MQ=255) |||||||||| GGGAATATTGACGGTCGGCAAACAACTCTTGCAGGCCGTTAATTTGCTTCAGGCGCAGCACTTCGTCGCTGTCCATTCCCAGCTCTTTGCCAATTTTATTATCGTCCCATCCCAACTGGCTAAGTTCACGGACGATTTCGCTCATGGCGGTGATTTGATGGCGTCCACGAGCGCGATTATGACGAATAGTCGCGGCGATGCGTTGATTACGCGTACCTTCCAGACAGGTCACCGGCAAATAACCTTTTAAGCGTAATTTTAA‑ACTACTA‑CTGCCTTTACCAATTTCATGGCGGTGAAAACCATCCACGATTTCCATGGCATTTTTATCCGTATGTGTG‑ACCACAATGGGT‑TGGGTAAAACCATCTATTTC‑AATGGATTTTTGCAGCAGTTTTTTTTCGGGTGGTGCCACGTTGTTTGGGTTGTAATCATTAGGCATAAGTTGGCTGTTTTTAACCCACAGAACGCAATCCACTGGCTCTTCACGAAAGGGGCTAACCTGATGGATCGCCATGCGGATTTCATTAATC > CP042583/508334‑508860 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 23 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |