Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 508,991 | 3 bp→CGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP042583 | 508,991 | 0 | G | C | 99.6% | 625.5 / NA | 266 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (144/121); minor base A (0/1); total (144/122) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.59e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 508,992 | 0 | C | G | 99.6% | 627.8 / NA | 266 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/1); new base G (144/121); total (144/122) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.59e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 508,993 | 0 | T | A | 99.2% | 628.9 / NA | 266 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/1); new base A (143/121); total (144/122) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 266 total aligned reads displayed.
TTTTTGCAGCAGTTTTTTTTCGGGTGGTGCCACGTTGTTTGGGTTGTAATCATTAGGCATAAGTTGGCTGTTTTTAACCCACAGAACGCAATCCACTGGCTCTTCACGAAAGGGGCTAACCTGATGGATCGCCATGCGGATTTCATTAATCGCTTTGATGCGATCATCTTCCGGCAAGCTGGCGAGAAATTGCGTTAAATCCTGCGTTAATCGTTGTTGCATAGTATCCCCCATTCCTGACGTTTTCCTTTTATCCGTTCGTTATAACGCTGATAGTTCTTGCTTTTTGTGGGGCTAAAACTTAATGCCCGACACCAGTAATCGTTATTGAGTAAAACTTTGCATATCCGCCGCCAGGAGGGGATATCTTTCGCGCCAATGTCCCCTTGCTGGGTTTGTGGAACCTCGATGCCTTTTTTCTGATACCAGTGCAAATAAATGGCGATTTTATTGCGGTAATGCTCAGCTGTTTTTTCCGGCATGCTATTGAGCAGCAATAATGCATATTCTTGCCAGTCTAAATGTTCTGGCTTGAGGATTTTCCGATGCCCATAGAAATGA > CP042583/508710‑509270 ||| ttttGCAGCAGTTTTTTTTCGGGTGGTGCCACGTTGTTTGGGTTGTAATCATTAGGCATAAGTTGGCTGTTTTTAACCCACAGAACGCAATCCACTGGCTCTTCACGAAAGGGGCTAACCTGATGGATCGCCATGCGGATTTCATTAATCGCTTTGATGCGATCATCTTCCGGCAAGCTGGCGAGAAATTGCGTTAAATCCTGCGTTAATCGTTGTTGCATAGTATCCCCCATTCCTGACGTTTTCCTTTTATCCGTTCGTTATAACGCTGATAGTTCTTCGATTTtgt < 2:392344/289‑1 (MQ=255) tttGCAGCAGTTTTTTTTCGGGTGGTGCCACGTTGTTTGGGTTGTAATCATTAGGCATAAGTTGGCTGTTTTTAACCCACAGAACGCAATCCACTGGCTCTTCACGAAAGGGGCTAACCTGATGGATCGCCATGCGGATTTCATTAATCGCTTTGATGCGATCATCTTCCGGCAAGCTGGCGAGAAATTGCGTTAAATCCTGCGTTAATCGTTGTTGCATAGTATCCCCCATTCCTGACGTTTTCCTTTTATCCGTTCGTTATAACGCTGATAGTTCTTCGATTTtgtg < 1:78745/289‑1 (MQ=255) gcagcaGTTTTTTTTCGGGTGGTGCCACGTTGTTTGGGTTGTAATCATTAGGCATAAGTTGGCTGTTTTTAACCCACAGAACGCAATCCACTGGCTCTTCACGAAAGGGGCTAACCTGATGGATCGCCATGCGGATTTCATTAATCGCTTTGATGCGATCATCTTCCGGCAAGCTGGCGAGAAATTGCGTTAAATCCTGCGTTAATCGTTGTTGCATAGTATCCCCCATTCCTGACGTTTTCCTTTTATCCGTTCGTTATAACGCTGATAGTTCTTCGATTTTGTgggg < 2:1050741/289‑1 (MQ=255) agTTTTTTTTCGGGTGGTGCCACGTTGTTTGGGTTGTAATCATTAGGCATAAGTTGGCTGTTTTTAACCCACAGAACGCAATCCACTGGCTCTTCACGAAAGGGGCTAACCTGATGGATCGCCATGCGGATTTCATTAATCGCTTTGATGCGATCATCTTCCGGCAAGCTGGCGAGAAATTGCGTTAAATCCTGCGTTAATCGTTGTTGCATAGTATCCCCCATTCCTGACGTTTTCCTTTTATCCGTTCGTTATAACGCTGATAGTTCTTCGATTTTGTGGGGCt < 2:233075/286‑1 (MQ=255) 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TTTTTGCAGCAGTTTTTTTTCGGGTGGTGCCACGTTGTTTGGGTTGTAATCATTAGGCATAAGTTGGCTGTTTTTAACCCACAGAACGCAATCCACTGGCTCTTCACGAAAGGGGCTAACCTGATGGATCGCCATGCGGATTTCATTAATCGCTTTGATGCGATCATCTTCCGGCAAGCTGGCGAGAAATTGCGTTAAATCCTGCGTTAATCGTTGTTGCATAGTATCCCCCATTCCTGACGTTTTCCTTTTATCCGTTCGTTATAACGCTGATAGTTCTTGCTTTTTGTGGGGCTAAAACTTAATGCCCGACACCAGTAATCGTTATTGAGTAAAACTTTGCATATCCGCCGCCAGGAGGGGATATCTTTCGCGCCAATGTCCCCTTGCTGGGTTTGTGGAACCTCGATGCCTTTTTTCTGATACCAGTGCAAATAAATGGCGATTTTATTGCGGTAATGCTCAGCTGTTTTTTCCGGCATGCTATTGAGCAGCAATAATGCATATTCTTGCCAGTCTAAATGTTCTGGCTTGAGGATTTTCCGATGCCCATAGAAATGA > CP042583/508710‑509270 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |