| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP042583 | 1,722,682 | 3 bp→TGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | CP042583 | 1,722,682 | 0 | A | T | 100.0% | 414.5 / NA | 173 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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| * | CP042583 | 1,722,683 | 0 | C | G | 98.8% | 406.3 / NA | 173 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (76/95); minor base T (0/2); total (76/97) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.05e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,722,684 | 0 | T | A | 99.4% | 410.5 / NA | 173 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (76/96); minor base G (0/1); total (76/97) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
Only 100 of 173 total aligned reads displayed.
CTTTACCCTCACGGAGAAATTCCGGGGAGAATATAATATTTTCAGTGCGATATTTCTTATGCATCGCTGCGGTAAAACCAACGGGAACCGTACTTTTGATGACCATAACCGCATAAGGATTTATCTCAACTACGTCTTTAATTACACTTTCTACACTGGATGTATTGAAATAATTAGTTTTAGGATCATAGTCGGTTGGAGTGGCGATGATGACATAATCAGCATCCCGGTAGGCTTCATTTTTATCTAATGTGGCATTAAAGTGTATTTTATCACTTTGCAAAAACTGCTGAATTTCCTTATCAACAATAGGAGATATCCGATCATTCAGCATAGCAACGCGACTCGGTAAAATATCTAATGCCACAACCTCATGATTTTGTGCGATTAGAAGCCCGTTACTCAAGCCTACATAGCCAGTACCGGAAATGGTGATTTTCATTTCATGCTCTC‑AGAATTAACTTAACTGTGAATCATGATGTTTTTAGCATCCTGATAAGAGCTAAAAGTTTTAACGCTACGTTGTTCGATGGTCAACGCAACGAAAAACAAT > CP042583/1722408‑1722960 ||| tACCCTCACGGAGAAATTCCGGGGAGAATATAATATTTTCAGTGCGATATTTCTTATGCATCGCTGCGGTAAAACCAACGGGAACCGTTGATTTGATGACCATAACCGCATAAGGATTTATCTCAACTACGTCTTTAATTACTGATTCTACACTGGATGTATTGAAATAATTAGTTTTAGGATCATAGTCGGTTGGAGTGGCGATGATGACATAATCAGCATCCCGGTAGGCTTCATTTTTATCTAATGTGGCATTAAAGTGTATTTTATCTGATTGCAAAAActgctg > 2:25335/1‑289 (MQ=255) 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tttCAGTGCGATATTTCTTATGCATCGCTGCGGTAAAACCAACGGGAACCGTTGATTTGATGACCATAACCGCATAAGGATTTATCTCAACTACGTCTTTAATTACTGATTCTACACTGGATGTATTGAAATAATTAGTTTTAGGATCATAGTCGGTTGGAGTGGCGATGATGACATAATCAGCATCCCGGTAGGCTTCATTTTTATCTAATGTGGCATTAAAGTGTATTTTATCTGATTGCAAAAACTGCTGAATTTCCTTATCAACAATAGGAGATATCCGATCAtt < 2:1282947/289‑1 (MQ=255) tCAGTGCGATATTTCTTATGCATCGCTGCGGTAAAACCAACGGGAACCGTTGATTTGATGACCATAACCGCATAAGGATTTATCTCAACTACGTCTTTAATTACTGATTCTACACTGGATGTATTGAAATAATTAGTTTTAGGATCATAGTCGGTTGGAGTGGCGATGATGACATAATCAGCATCCCGGTAGGCTTCATTTTTATCTAATGTGGCATTAAAGTGTATTTTATCTGATTGCAAAAACTGCTGAATTTCCTTATCAACAATAGGAGATATCCGATCATTCa > 2:510530/1‑289 (MQ=255) tGCGATATTTCTTATGCATCGCTGCGGTAAAACCAACGGGAACCGTTGATTTGATGACCATAACCGCATAAGGATTTATCTCAACTACGTCTTTAATTACTGATTCTACACTGGATGTATTGAAATAATTAGTTTTAGGATCATAGTCGGTTGGAGTGGCGATGATGACATAATCAGCATCCCGGTAGGCTTCATTTTTATCTAATGTGGCATTAAAGTGTATTTTATCTGATTGCAAAAACTGCTGAATTTCCTTATCAACAATAGGAGATATCCGATCATTCAGCAt > 1:496735/1‑289 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
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Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |