| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 1,725,243 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 1,725,243 | 0 | A | T | 99.6% | 528.5 / NA | 224 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,725,244 | 0 | G | C | 100.0% | 538.6 / NA | 224 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base C (113/111); total (113/111) | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,725,245 | 0 | T | A | 100.0% | 532.1 / NA | 224 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base A (113/111); total (113/111) | |||||||||||
Only 100 of 224 total aligned reads displayed.
GCTGCTGCTGGCAATGTTAATGCGCCTGTTACTGCTGGCGAGTATCTCCTGGCTGGTCACCCTGACTCAACCGCTGTTCAGCTTCCGCAGCTTTACCTTTAGCGCCCGCGACTTAATCATGCTGTTTGGTGGTTTCTTCCTGTTGTTCAAAGCCACGATGGAGCTGAACGAACGGCTGGAAGGGAAAGACAGCAATAATCCCACACAACGCAAAGGTGCGAAGTTCTGGGGCGTGGTGACGCAAATTGTGGTACTGGACGCCATTTTCAGTCTCGACAGTGTGATTACCGCCGTCGGGATGGTCGACCATTTACTGGTCATGATGGCCGCCGTGGTTATCGCTATCAGCCTGATGTTGATGGCCAGCAAGCCGTTAACGCAATTTGTTAACAGTCACCCGACGATCGTTATTCTCTGCTTAAGCTTCCTGTTGATGATTGGCTTTAGCCTGGTGGCAGAAGGTTTCGGCTTCGTCATTCCGAAAGGCTACCTGTACGCTGCCATTGGTTTCAGCGTGATGATCGAGGCGCTCAATCAGTTGGCTATCTTT > CP042583/1724966‑1725515 ||| ctgctgctgGCAATGTTAATGCGCCTGTTACTGCTGGCGTCAATCTCCTGGCTGGTCACCCTGACTCAACCGCTGTTCAGCTTCCGCTCGTTTACCTTTAGCGCCCGCGACTTAATCATGCTGTTTGGTGGTTTCTTCCTGTTGTTCAAAGCCACGATGGAGCTGAACGAACGGCTGGAAGGGAAAGACAGCAATAATCCCACACAACGCAAAGGTGCGAAGTTCTGGGGCGTGGTGACGCAAATTGTGGTACTGGACGCCATTTTCTCACTCGACTCAGTGATTAcc < 2:307692/288‑1 (MQ=255) 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cAATGTTTATGGCCCTGTTACTGCTGTCTGCAATCTCCTTGCTGGTCACCCTGACTCAAACGCTGTTCAGCTTCCGCTCGTTTACCTTTAGCGCCCGCGACTTAATCATGCTGTTTGGTGGTTTCTTCCTGTTGTTCAAAGCCACGATGGAGCTGAACGAACGGCTGGAAGGGAAAGACAGCAATAATCCCACACAACGCAAAGGTGCGAAGTTCTGGGGCGTGGTGACGCAAATTGTGGTACTGGACGCCATTTTCTCACTCGACTCAGTGATTACCGCCGTCGGGa < 2:1680724/288‑1 (MQ=255) tGTTAATGCGCCTGTTACTGCTGGCGTCAATCTCCTGGCTGGTCACCCTGACTCAACCGCTGTTCAGCTTCCGCTCGTTTACCTTTAGCGCCCGCGACTTAATCATGCTGTTTGGTGGTTTCTTCCTGTTGTTCAAAGCCACGATGGAGCTGAACGAACGGCTGGAAGGGAAAGACAGCAATAATCCCACACAACGCAAAGGTGCGAAGTTCTGGGGCGTGGTGACGCAAATTGTGGTACTGGACGCCATTTTCTCACTCGACTCAGTGATTACCGCCGTCGGGATGGt < 2:701808/289‑1 (MQ=255) tGTTAATGCGCCTGTTACTGCTGGCGTCAATCTCCTGGCTGGTCACCCTGACTCAACCGCTGTTCAGCTTCCGCTCGTTTACCTTTAGCGCCCGCGACTTAATCATGCTGTTTGGTGGTTTCTTCCTGTTGTTCAAAGCCACGATGGAGCTGAACGAACGGCTGGAAGGGAAAGACAGCAATAATCCCACACAACGCAAAGGTGCGAAGTTCTGGGGCGTGGTGACGCAAATTGTGGTACTGGACGCCATTTTCTCACTCGACTCAGTGATTACCGCCGTCGGGATGGt < 1:654785/289‑1 (MQ=255) 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aCCCTGACTCAACCGCTGTTCAGCTTCCGCTCGTTTACCTTTAGCGCCCGCGACTTAATCATGCTGTTTGGTGGTTTCTTCCTGTTGTTCAAACCCACGATGGAGCTGAACGAACGGCTGGAAGGGAAAGACAGCAATAATCCACCACAACGCAAACGAGAGAAGTTCTGGGGCGTTGTGACGCAAATTGTGGTACTGGATGCCATTTTCTCACTCGACCCAGTTATTACCGTCCCGGGTATGGTCTACAATTTACTGGGAATTATGGGCGCCGTGGTGTTCGCTATCa > 2:461352/1‑289 (MQ=255) aCTCAACCGCTGTTCAGCTTCAGCTCGTTTACCTTTAGCGCCCGCGACTTAATCATGCTGTTTGGTGGTTTCTTCCTGTTGTTCAAAGCCACGATGGAGCTGAACGAACGGCTGGAAGGGAAAGACAGCAATAATCCCACACAACGCAAAGGTGCGAAGTTCTGGGGCGTGGTGACGCAAATTGTGGTACTGGACGCCATTTTCTCACTCGACTCAGTGATTACCGCCGACGGGATGGTCGACCATTTACTGGTCATGATGGCCGCCGTGGTTATCGCTATCAGCCTgg > 1:169850/1‑288 (MQ=255) tGTTCAGCTTCCGCTCGTTTACCTTTAGCGCCCGCGACTTAATCATGCTGTTTGGTGGTTTCTTCCTGTTGTTCAAAGCCACGATGGAGCTGAACGAACGGCTGGAAGGGAAAGACAGCAATAATCCCACACAACGCAAAGGTGCGAAGTTCTGGGGCGTGGTGACGCAAATTGTGGTACTGGACGCCATTTTCTCACTCGACTCAGTGATTACCGCCGTCGGGATGGTCGACCATTTACTGGTCATGATGGCCGCCGTGGTTATCGCTATCAGCCTGATGTTGATgg > 1:453785/1‑288 (MQ=255) 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tACCTTTAGCGCCCGCGACTTAATCATGCTGTTTGGTGGTTTCTTCCTGTTGTTCAAAGCCACGATGGAGCTGAACGAACGGCTGGAAGGGAAAGACAGCAATAATCCCACACAACGCAAAGGTGCGAAGTTCTGGGGCGTGGTGACGCAAATTGTGGTACTGGACGCCATTTTCTCACTCGACTCAGTGATTACCGCCGTCGGGATGGTCGACCATTTACTGGTCATGATGGCCGCCGTGGTTATCGCTATCAGCCTGATGTTGATGGCCAGCAAGCCGTTAACGCaa < 1:726250/289‑1 (MQ=255) ttAGCGCCCGCGACTTAATCATGCTGTTTGGTGGTTTCTTCCTGTTGTTCAAAGCCACGATGGAGCTGAACGAACGGCTGGAAGGGAAAGACAGCAATAATCCCACACAACGCAAAGGTGCGAAGTTCTGGGGCGTGGTGACGCAAATTGTGGTACTGGACGCCATTTTCTCACTCGACTCAGTGATTACCGCCGTCGGGATGGTCGACCATTTACTGGTCATGATGGCCGCCGTGGTTATCGCTATCAGCCTGCTGATGATGGCCTGCAAGCCGTTAAGGCAAttgtt > 2:893117/1‑286 (MQ=255) gcCCGCGACTTAATCATGCTGTTTGGTGGTTTCTTCCTGTTGTTCAAAGCCACGATGGAGCTGAACGAACGGCTGGAAGGGAAAGACAGCAATAATCCCACACAACGCAAAGGTGCGAAGTTCTGGGGCGTGGTGACGCAAATTGTGGTACTGGACGCCATTTTCTCACTCGACTCAGTGATTACCGCCGTCGGGATGGTCGACCATTTACTGGTCATGATGGCCGCCGTGGTTATCGCTATCAGCCTGATGTTGATGGCCAGCAAGCCGTTAACGCAATTTGTTAACa < 1:281194/289‑1 (MQ=255) 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cATTTTCTCACTCGACTCAGTGATTACCGCCGTCGGGATGGTCGACCATTTACTGGTCATGATGGCCGCCGTGGTTATCGCTATCAGCCTGATGTTGATGGCCAGCAAGCCGTTAACGCAATTTGTTAACAGTCACCCGACGATCGTTATTCTCTGCTTAAGCTTCCTGTTGATGATTGGCTTTAGCCTGGTGGCAGAAGGTTTCGGCTTCGTCATTCCGAAAGGCTACCTGTACGCTGCCAt < 1:357070/243‑1 (MQ=255) cATTTTCTCACTCGACTCAGTGATTACCGCCGTCGGGATGGTCGACCATTTACTGGTCATGATGGCCGCCGTGGTTATCGCTATCAGCCTGATGTTGATGGCCAGCAAGCCGTTAACGCAATTTGTTAACAGTCACCCGACGATCGTTATTCTCTGCTTAAGCTTCCTGTTGATGATTGGCTTTAGCCTGGTGGCAGAAGGTTTCGGCTTCGTCATTCCGAAAGGCTACCTGTACGCTGCCAt > 2:357070/1‑243 (MQ=255) cATTTTCTCACTCGACTCAGTGATTACCGCCGTCGGGATGGTCGACCATTTACTGGTCATGATGGCCGCCGTGGTTATCGCTATCAGCCTGATGTTGATGGCCAGCAAGCCGTTAACGCAATTTGTTAACAGTCACCCGACGATCGTTATTCTCTGCTTAAGCTTCCTGTTGATGATTGGCTTTAGCCTGGTGGCAGAAGGTTTCGGCTTCGTCATTCCGAAAGGCTACCTGTACGCTGCCATTGGTTTCTCGGTGATGATCGAGGCGCTCAATCAGTTGGCTATCttt > 1:111322/1‑289 (MQ=255) ||| GCTGCTGCTGGCAATGTTAATGCGCCTGTTACTGCTGGCGAGTATCTCCTGGCTGGTCACCCTGACTCAACCGCTGTTCAGCTTCCGCAGCTTTACCTTTAGCGCCCGCGACTTAATCATGCTGTTTGGTGGTTTCTTCCTGTTGTTCAAAGCCACGATGGAGCTGAACGAACGGCTGGAAGGGAAAGACAGCAATAATCCCACACAACGCAAAGGTGCGAAGTTCTGGGGCGTGGTGACGCAAATTGTGGTACTGGACGCCATTTTCAGTCTCGACAGTGTGATTACCGCCGTCGGGATGGTCGACCATTTACTGGTCATGATGGCCGCCGTGGTTATCGCTATCAGCCTGATGTTGATGGCCAGCAAGCCGTTAACGCAATTTGTTAACAGTCACCCGACGATCGTTATTCTCTGCTTAAGCTTCCTGTTGATGATTGGCTTTAGCCTGGTGGCAGAAGGTTTCGGCTTCGTCATTCCGAAAGGCTACCTGTACGCTGCCATTGGTTTCAGCGTGATGATCGAGGCGCTCAATCAGTTGGCTATCTTT > CP042583/1724966‑1725515 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |