Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 1,726,035 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP042583 | 1,726,035 | 0 | A | T | 98.9% | 608.2 / NA | 266 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (118/142); minor base C (3/0); total (122/144) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 9.61e-02 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,726,036 | 0 | G | C | 98.5% | 595.3 / NA | 266 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (2/2); new base C (118/139); total (122/144) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,726,037 | 0 | C | G | 99.2% | 616.2 / NA | 266 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/1); new base G (120/143); total (122/144) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 266 total aligned reads displayed.
CATATCGATCTCAACGCGCCGGAAGAAGAAATCCGCCAGTTGCTGGAGCGAAATCAGCATACGCGGCTGGTGGTTACCGACGGTGATGACGCAGAAGATTTGCTCGGTGTTGTTCACGTTATCGACCTGCTACAACAGTCTCTGCGCGGCGAACCGCTCAACCTGCGGGTGTTGATTC‑GCCAGCCGCTGGTGTTCCCGGAAACCTTGCCGTTGTTACCTGCCCTGGAGCAGTTCCGTAATGCCCGCACGCACTTTGCTTTTGTGGTGGATGAGTTTGGCAGCGT‑GGAAGGGATTGTGACATTAAGTGACGTCACTGAAACCATTGCCGGTAACTTACCGAACGAAGTGGAAGAGATCGACGCCCGCCATGATATTCAGAAGAATGCGGACGGTTCCTGGACGGCGAATGGTCATATGCCGCTGGAGGATCTGGTGCAATATGTGCCGCTGCCGCTGGATGAAAAACGTGAATATCACACCATTGCCGGGCTGTTGATGGAGTATTTGCAGCGTATTCCAAAACCTGGCGAAGAAGTTCAGGTGGGGGATTATTTGCTTAAA > CP042583/1725756‑1726316 ||| cATATCGATCTCAACGCGCCGGAAGAAGAAATCCGCCAGTTGCTGGAGCGAAATCAGCATACGCGGCTGGTGGTTACCGACGGTGATGACGCAGAAGATTTGCTCGGTGTTGTTCACGTTATCGACCTGCTACAACAGTCTCTGCGCGGCGAACCGCTCAACCTGCGGGTGTTGATTC‑GCCAGCCGCTGGTGTTCCCGGAAACCTTGCCGTTGTTACCTGCCCTGGAGCAGTTCCGTAATGCCCGCACGCACTTTGCTTTTGTGGTGGATGAGTTTGGCTCGGT‑GGAAg > 1:567140/1‑289 (MQ=255) atCGATCTCAACGCGCCGGAAGAAGAAATCCGCCAGTTGCTGGAGCGAAATCAGCATACGCGGCTGGTGGTTACCGACGGTGATGACGCAGAAGATTTGCTCGGTGTTGTTCACGTTATCGACCTGCTACAACAGTCTCTGCGCGGCGAACCGCTCAACCTGCGGGTGTTGATTC‑GCCAGCCGCTGGTGTTCCCGGAAACCTTGCCGTTGTTACCTGCCCTGGAGCAGTTCCGTAATGCCCGCACGCCCTTTGCTTTCGTGGTGGATGCGTTTGGCCCGGT‑GGAAgggt > 2:1878127/1‑288 (MQ=255) atCGATCTCAACGCGCCGGAAGAAGAAATCCGCCAGTTGCTGGAGCGAAATCAGCATACGCGGCTGGTGGTTACCGACGGTGATGACGCAGAAGATTTGCTCGGTGTTGTTCACGTTATCGACCTGCTACAACAGTCTCTGCGCGGCGAACCGCTCAACCTGCGGGTGTTGATTC‑GCCAGCCGCTGGTGTTCCCGGAAACCTTGCCGTTGTTACCTGCCCTGGAGCAGTTCCGTAATGCCCGCACGCACTTTGCTTTTGTGGTGGATGAGTTTGGCTCGGT‑GGAAgggg > 1:1787916/1‑288 (MQ=255) atCGATCTCAACGCGCCGGAAGAAGAAATCCGCCAGTTGCTGGAGCGAAATCAGCATACGCGGCTGGTGGTTACCGACGGTGATGACGCAGAAGATTTGCTCGGTGTTGTTCACGTTATCGACCTGCTACAACAGTCTCTGCGCGGCGAACCGCTCAACCTGCGGGTGTTGATTC‑GCCAGCCGCTGGTGTTCCCGGAAACCTTGCCGTTGTTACCTGCCCTGGAGCAGTTCCGTAATGCCCGCACGCACTTTGCTTTTGTGGTGGATGAGTTTGGCTCGGT‑GGAAGGGa > 1:656705/1‑289 (MQ=255) atCGATCTCAACGCGCCGGAAGAAGAAATCCGCCAGTTGCTGGAGCGAAATCAGCATACGCGGCTGGTGGTTACCGACGGTGATGACGCAGAAGATTTGCTCGGTGTTGTTCACGTTATCGACCTGCTACAACAGTCTCTGCGCGGCGAACCGCTCAACCTGCGGGTGTTGATTC‑GCCAGCCGCTGGTGTTCCCGGAAACCTTGCAGTTGTTACCTGCCCTGGAGCAGTTCCGTAATGCCCGCACGCACTTTGCTTTTGTGGTGGGTGAGTTTGGCTCGGT‑gggaggga > 1:1646492/1‑289 (MQ=255) cGATCTCAACGCGCCGGAAGAAGAAATCCGCCAGTTGCTGGAGCGAAATCAGCATACGCGGCTGGTGGTTACCGACGGTGATGACGCAGAAGATTTGCTCGGTGTTGTTCACGTTATCGACCTGCTACAACAGTCTCTGCGCGGCGAACCGCTCAACCTGCGGGTGTTGATTC‑GCCAGCCGCTGGTGTTCCCGGAAACCTTGCCGTTGTTACCTGCCCTGGAGCAGTTCCGTAATGCCCGCACGCACTTTGCTTTTGTGGTGGATGAGTTTGGCTCGGT‑GGAAGGGAtt > 1:984079/1‑289 (MQ=255) tctcAACCGGCCGGAAGAAGAAATCCGCCTGTGGCTGGAGCGAAATCAGCATACGCGGCTGGTGGTTACCGGCGGTGAGGACGCAGAAGATTTGCTCGGTGTTGTTCACGTTATCGACCTGCTACACCAGTCTCTGCGCGGCGAACCGCTCAACCTGCGGGTGTTGATTC‑GCCAGCCGCTGGTGTTCCCGGAAACCTTGCCGTTGTTACCTGCCCTGGAGCAGTTCCGTAATGCCCGCACGCACTTTGCTTTTGTGGTGGGTGAGTTTGGCTCGGT‑GGAAGGGATtgtg < 2:985991/289‑1 (MQ=255) 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cAGCATACGCGGCTGGTGGTTACCGACGGGGATGACGACGAAGATGTGCTCGGTGTTGTTCACGTTATCGACCTGCTACAACAGTCTCTGCGCGGCGAACCGCTCAACCTGCGGGTCTTGATTC‑GCCAGCCGCTGGTGTTCCCGGAAACCTTGCCGTTGTTACCTGCCCTGGAGCAGTTCCGTAATGCCCGCACGCACTTTGCTTTTGTGGTGGATGAGTTTGGCTCGGT‑GGAAGGGATTGTGACATTAAGTGACGTCACTGAAACCATTGCCGGTAACTTACcgaacg < 2:479655/289‑1 (MQ=255) cTGGTGGTTACCGACGGTGATGACGCAGAAGATTTGCTCGGTGTTGTTCACGTTATCGACCTGCTACAACAGTCTCTGCGCGGCGAACCGCTCAACCTGCGGGTGTTGATTC‑GCCAGCCGCTGGTGTTCCCGGAAACCTTGCCGTTGTTACCTGCCCTGGAGCAGTTCCGTAATGCCCGCACGCACCTTGCTTTTGTGGTGGATGAGTTTGGCTCGGT‑GGAAGGGATTGTGAACTTAAGTGACGTCACTGAAACCATTTCCGGTAACTTACCGAACGACGCGGAAgaga > 2:674651/1‑289 (MQ=255) tggtTACCGACGGTGATGACGCAGAAGATTTGCTCGGTGTTGTTCACGTTATCGACCTGCTACAACAGTCTCTGCGCGGCGAACCGCTCAACCTGCGGGTGTTGATTC‑GCCAGCCGCTGGTGTTCCCGGAAACCTTGCCGTTGTTACCTGCCCTGGAGCAGTTCCGTAATGCCCGCACGCACTTTGCTTTTGTGGTGGATGAGTTTGGCTCGGT‑GGAAGGGATTGTGACATTAAGTGACGTCACTGAAACCATTGCCGGTAACTTACCGAACGAAGTGGAAGAGATCg > 1:1063547/1‑288 (MQ=255) 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tgatgaCGCAGAAGATTTGCTCGGTGTTGTTCACGTTATCGACCTGCTACAACAGTCTCTGCGCGGCGAACCGCTCAACCTGCGGGTGTTGATTC‑GCCAGCCGCTGTTGTTCCCGGAAACCTTGCCGTGGTTACCTGCCCTGGAGCAGTTCCGTCATGACCGCACGCACTTTGCTGTTGTGCTGGATGAGTTGGGCTCGGT‑GGAAGGGATTGTGACATTAAGTGACGTAAATGAAAACATTGCCGGTAACTTACCGAACGAAGTGGAAGAGATCGACGCCCGCAATGat > 1:1633749/1‑289 (MQ=255) atgaCGCAGAAGATTTGCTCGGTGTTGTTCACGTTATCGACCTGCTACAACAGTCTCTGCGCGGCGAACCGCTCAACCTGCGGGTGTTGATTC‑GCCAGCCGCTGGTGTTCCCGGAAACCTTGCCGTTGTTACCTGCCCTGGAGCAGTTCCGTAATGCCCGCACGCACTTTGCTTTTGTGGTGGATGAGTTTGGCTCGGT‑GGAAGGGATTGTGACATTAAGTGACGTCACTGAAACCATTGc < 1:88023/241‑1 (MQ=255) aggaagaagtTTGCCTCGGTTTTGTTTACGTTATCGACATGCTACAACAGTCTCTGCGCGGCGAACCGCTCAACTTGGTGGTGTGGATTC‑GCCAGCCTCTGGTGTTCCCGGAAACCTTGCCGTTGTTACCTGCCCTGGAGCAGTTCCGTAATGCCCGCACGCACTTTGGTTTTGTGGTGGATGCGTTTGGCTAGGT‑GGAAGGGTTTGTGACATCAAGTGACGTCACTGAAACCATTGCCGGTAACTTACCGAACGAAGTGGAAGAGATCGACGCCCGCCATGATATTCa < 2:1633749/285‑1 (MQ=255) gaagaTTTGCTCGGTGTTGTTCACGTTATCGACCTGCTACAACAGTCTCTGCGCGGCGAACCGCTCAACCTGCGGGTGTTGATTC‑GCCAGCCGCTGGTGTTCCCGGAAACCTTGCCGTTGTTACCTGCCCTGGAGCAGTTCCGTAATGCCCGCACGCACTTTGCTTTTGTGGTGGATGAGTTTGGCTCGGT‑GGAAGGGATTGTGACATTAAGTGACGTCACTGAAACCATTGCCGGTAACTTACCGAACGAAGTGGAAGAGATCGACGCCCGCCATGATATTCagaaga > 2:197907/1‑289 (MQ=255) tGCTCGGTGTTGTTCACGTTATCGACCTGCTACAACAGTCTCTGCGCGGCGAACCGCTCAACCTGCGGGTGTTGATTC‑GCCAGCCGCTGGTGTTCCCGGAAACCTTGCCGTTGTTACCTGCCCTGGAGCAGTTCCGTAATGCCCGCACGCACTTTGCTTTTGTGGTGGATGAGTTTGGCTCGGT‑GGAAGGGATTGTGACATTAAGTGACGTCACTGAAACCATTGCCGGTAACTTACCGAACGAAGTGGAAGAGATCGACGCCCGCCATGATATTCAGAAGAATGCGGa < 1:1763634/289‑1 (MQ=255) tGCTCGGTGTTGTTCACGTTATCGACCTGCTACAACAGTCTCTGCGCGGCGAACCGCTCAACCTGCGGGTGTTGATTC‑GCCAGCCGCTGGTGTTCCCGGAAACCTTGCCGTTGTTACCTGCCCTGGAGCAGTTCCGTAATGCCCGCACGCACTTTGCTTTTGTGGTGGATGAGTTTGGCTCGGT‑GGAAGGGATTGTGACATTAAGTGACGTCACTGAAACCATTGCCGGTAACTTACCGAACGAAGTGGAAGAGATCGACGCCCGCCATGATATTCAGAAGAATGCGGa < 1:960175/289‑1 (MQ=255) 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gtggATGAGTTTGGCTCGGT‑GGAAGGGATTGTGACATTAAGTGACGTCACTGAAACCATTGCCGGTAACTTACCGAACGAAGTGGAAGAGATCGACGCCCGCCATGATATTCAGAAGAATGCGGACGGTTCCTGGACGGCGAATGGTCATATGCCGCTGGAGGATCTGGTGCAATATGTGCCGCTGCCGCTGGATGAAAAACGTGAATATCACACCATTGCCGGGCTGTTGATGGAGTATTTGCAGCGTATTCCAAAACCTGGCGAAGAAGTTCAGGTGGGGGattatt > 1:1114653/1‑289 (MQ=255) gggggtgggTTTGGCTCGGT‑GGAAGGAATTGTGACATTAAGTGACGTAAATGAAACCATGACCGGTAACTTACCGAAAGAAGGGGGAGAGATCGACGCCCGCCATGATATTCAGAAGAATGCGGACGGTTCCTGGACGGCGAATGGTCATATGCCGCTGGAGGATCTGGTGCAATATGTGCCGCTGCCGCTGGATGAAAAACGTGAATATCACACCATTGCCGGGCTGTTGATGGAGTATTTGCAGCGTATTCCAAAACCTGGCGAAGAAGTTCAGGTGGGGGattat < 2:305453/280‑1 (MQ=255) gATGAGTTTGGCTCGGT‑GGAAGGGATTGTGACATTAAGTGACGTCACTGAAACCATTGCCGGTAACTTACCGAACGAAGTGGAAGAGATCGACGCCCGCCATGATATTCAGAAGAATGCGGACGGTTCCTGGACGGCGAATGGTCATATGCCGCTGGAGGATCTGGTGCAATATGTGCCGCTGCCGCTGGATGAAAAACGTGAATATCACACCATTGCCGGGCTGGTGATGGAGTATTTGCAGCGTATTCCAAAACCTGGCGAAGAAGTTCAGGTGGGGGATTAttt > 2:426401/1‑287 (MQ=255) ||| CATATCGATCTCAACGCGCCGGAAGAAGAAATCCGCCAGTTGCTGGAGCGAAATCAGCATACGCGGCTGGTGGTTACCGACGGTGATGACGCAGAAGATTTGCTCGGTGTTGTTCACGTTATCGACCTGCTACAACAGTCTCTGCGCGGCGAACCGCTCAACCTGCGGGTGTTGATTC‑GCCAGCCGCTGGTGTTCCCGGAAACCTTGCCGTTGTTACCTGCCCTGGAGCAGTTCCGTAATGCCCGCACGCACTTTGCTTTTGTGGTGGATGAGTTTGGCAGCGT‑GGAAGGGATTGTGACATTAAGTGACGTCACTGAAACCATTGCCGGTAACTTACCGAACGAAGTGGAAGAGATCGACGCCCGCCATGATATTCAGAAGAATGCGGACGGTTCCTGGACGGCGAATGGTCATATGCCGCTGGAGGATCTGGTGCAATATGTGCCGCTGCCGCTGGATGAAAAACGTGAATATCACACCATTGCCGGGCTGTTGATGGAGTATTTGCAGCGTATTCCAAAACCTGGCGAAGAAGTTCAGGTGGGGGATTATTTGCTTAAA > CP042583/1725756‑1726316 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 8 ≤ ATCG/ATCG < 19 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |