| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 1,730,760 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 1,730,760 | 0 | A | T | 99.2% | 578.1 / NA | 245 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (122/120); minor base G (1/1); total (124/121) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,730,761 | 0 | G | C | 99.6% | 574.0 / NA | 245 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/0); new base C (123/121); total (124/121) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.68e-01 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,730,762 | 0 | C | G | 98.8% | 563.3 / NA | 245 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); major base G (120/121); minor base T (3/0); total (124/121) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.47e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 | |||||||||||
Only 100 of 245 total aligned reads displayed.
GCCGTGGTCGGGGCAGTGCTGCTACGTAAATTGCTGCCGTGGTATAACCCCTTGCAAAATCTGGCTGACTGGCTGCGTCTGGCACTCGGCAGCGCCATTGTTCCGCCTCTGTTGGGGGGTGTTCTGGTTGTCCTGCTGACGCCCGGAGACGATCCTCTCAGGGCATTTTTGATATGGGTACTGAGTGAATCCATCGGCGCTCTGGCACTGGTGCCGCTGGGATTGTTATTTAAACCACACTAT‑‑‑CTGCTGCGCCATCGCAACCCACGGTTGCTTTTTGAG‑AGCCTGCTCACGTTAGCCATCACACTGACGTTAAGCTGGCTTAGCATGCTGTATCTGCCGTGGCCTTTTACTTTCATTATTGTGCTGTTGATGTGGAGCGCCGTGCGTCTGCCACGAATGGAAGCCTTTTTGATCTTCCTTACCACGGTGATGATGGTGAGCCTGATGATGGCCGCGGATCCCTCCCTGCTTGCTACGCCGCGTACGTACCTGATGAGCCATATGCCGTGGCTACCGTTTTTGCTGATCCTGCTGCCCGCCAACATCATGACCATGGTGA > CP042583/1730481‑1731039 ||| gCCGTGGTCGGGGCAGTGCTGCTACGTAAATTGCTGCCGTGGTATAACCCCTTGCAAAATCTGGCTGACTGGCTGCGTCTGGCACTCGGCAGCGCCATTGTTCCGCCTCTGTTGGGGGGTGTTCTGGTTGTCCTGCTGACGCCCGGAGACGATCCTCTCAGGGCATTTTTGATATGGGTACTGTCAGAATCCATCGGCGCTCTGGCACTGGTGCCGCTGGGATTGTTATTTACACCACACTAT‑‑‑CTGCTTGCCCCCCGCAACCCACGGTTGTTTTTTGAG‑TCTCTGCTc > 2:1004019/1‑288 (MQ=255)gCCGTGGTCGGGGCAGTGCTGCTACGTAAATTGCTGCCGTGGTATAACCCCTTGCAAAATCTGGCTGACTGGCTGCGTCTGGCACTCGGCAGCGCCATTGTTCCGCCTCTGTTGGGGGGTGTTCTGGTTGTCCTGCTGACGCCCGGAGACGATCCTCTCAGGGCATTTTTGATATGGGTACTGTCAGAATCCATCGGCGCTCTGGCACTGGTGCCGCTGGGATTGTTATTTAAACCACACTAT‑‑‑CTGCTGCGCCATCGCAACCCACGGTTGCTTTTTGAG‑TCGCTGCTc > 1:1474821/1‑288 (MQ=255) ggTCGGGGCAGTGCTGCTACGTAAATTGCTGCCGTGGTATAACCCCTTGCAAAATCTGGCTGACTGGCTGCGTCTGGCACTCGGCAGCGCCATTGTTCCGCCTCTGTTGGGGGGTGTTCTGGTTGTCCTGCTGACGCCCGGAGACGATCCTCTCAGGGCATTTTTGATATGGGTACTGTCAGAATCCATCGGCGCTCTGGCACTGGTGCCGCTGGGATTGTTATTTAAACCACACTAT‑‑‑CTGCTGCGCCATCGCAACCCACGGTTGCTTTTTGAG‑TCGCTGCTCACGtt < 1:470024/288‑1 (MQ=255) ggggCAGTTCTGCTACGTACATTACTGCCGTGGTATAACCCCTTGCAAAATCTGGCTGACTGGCTGCGTCTGTCACTCGGCAGCGCCATTGTTCCGCCTCTGTTGGGGGGTGTTCTGGTTGTCCTGCTGACGCCCGGAGACGATCCTCTCAGGGCATTTTTGAGATGGGTACTGTCAGAATCCATCGGCGCTCTGGCACTGGTGCCGCTGGGATTGTTATTTAAACCACACTAT‑‑‑CTGCTGCGCCATCGCAACCCACGGTTGCTTTTTGAG‑TCGCTGCTCACGTTAGCCa < 1:334064/289‑1 (MQ=255) gggCAGTGCTGCTACGTAAATTGCTGCCGTGGTATAACCCCTTGCAAAATCTGGCTGACTGGCTGCGTCTGGCACTCGGCAGCGCCATTGTTCCGCCTCTGTTGGGGGGTGTTCTGGTTGTCCTGCTGACGCCCGGAGACGATCCTCTCAGGGCATTTTTGATATGGGTACTGTCAGAATCCATCGGCGCTCTGGCACTGGTGCCGCTGGGATTGTTATTTAAACCACACTAT‑‑‑CTGCTGCGCCATCGCAACCCACGGTTGCTTTTTGAG‑TCGCTGCTCACGTTAGCCa < 2:901080/288‑1 (MQ=255) tgctgcTACGTAAATTGCTGCCGTGGTATAACCCCTTGCAAAATCTGGCTGACTGGCTGCGTCTGGCACTCGGCAGCGCCATTGTTCCGCCTCTGTTGGGGGGTGTTCTGGTTGTCCTGCTGACGCCCGGAGACGATCCTCTCAGGGCATTTTTGATATGGGTACTGTCAGAATCCATCGGCGCTCTGGCACTGGTGCCGCTGGGATTGTTATTTAAACCACACTAT‑‑‑CTGCTGCGCCATCGCAACCCACGGTTGCTTTTTGAG‑TCGCTGCTCACGTTAGCCATcac > 1:1364347/1‑286 (MQ=255) gctgctACGTAAATTGCTGCCGTGGTATAACCCCTTGCAAAATCTGGCTGACTGGCTGCGTCTGGCACTCGGCAGCGCCATTGTTCCGCCTCTGTTGGGGGGTGTTCTGGTTGTCCTGCTGACGCCCGGAGACGATCCTCTCAGGGCATTTTTGATATGGGGACTGTCAGAATCCATCGGCGCTCTGGCACTGGTGCCGCTGGGTTTGTTATGTATACCACACTAT‑‑‑CTGCTGCCCCATCGCGACTCACGGTCGCTTTTGTAG‑TCGCCGCTCACGTTATCCTTCACACt > 2:1595791/1‑288 (MQ=255) tgctACGTAAATTGCTGCCGTGGTATAACCCCTTGCAAAATCTGGCTGACTGGCTGCGTCTGGCACTCGGCAGCGCCATTGTTCCGCCTCTGTTGGGGGGTGTTCTGGTTGTCCTGCTGACGCCCGGAGACGATCCTCTCAGGGCATTTTTGATATGGGTACTGTCAGAATCCATCGGCGCTCTGGCACTGGTGCCGCTGGGATTGTTATTTAAACCACACTATCTGCTGCTGCGCCATCGCAACCCACGGTTGCTTTTTGAG‑TCGCTGCTCACGTTAGCCATCacac < 1:780741/288‑1 (MQ=255) gctACGTAAATTGCTGCCGTGGTATAACCCCTTGCAAAATCTGGCTGACTGGCTGCGTCTGGCACTCGGCAGCGCCATTGTTCCGCCTCTGTTGGGGGGTGTTCTGGTTGTCCTGCTGACGCCCGGAGACGATCCTCTCAGGGCATTTTTGATATGGGTACTGTCAGAATCCATCGGCGCTCTGGCACTGGTGCCGCTGGGATTGTTATTTAAACCACACTAT‑‑‑CTGCTGCGCCATCGCAACCCACGGTTGCTTTTTGAG‑TCGCTGCTCACGTTAGCCATCACACTGACg < 2:188583/289‑1 (MQ=255) ctACGTAAATTGCTGCCGTGGTATAACCCCTTGCAAAATCTGGCTGACTGGCTGCGTCTGGCACTCGGCAGCGCCATTGTTCCGCCTCTGTTGGGGGGTGTTCTGGTTGTCCTGCTGACGCCCGGAGACGATCCTCTCAGGGCATTTTTGATATGGGTACTGTCAGAATCCATCGGCGCTCTGGCACGGGTGCCGCTGGGATTGTTATTTAAACCACACTAA‑‑‑CTCCTGCGCCATCGCAACCCACGGTTGCTTTTTGAG‑TCGCTGCTCACGTTAGCCATTAAACTGCCGt > 2:1240078/1‑289 (MQ=255) ctACGTAAATTGCTGCCGTGGTATAACCCCTTGCAAAATCTGGCTGACTGGCTGCGTCTGGCACTCGGCAGCGCCATTGTTCCGCCTCTGTTGGGGGGGGTTCTGGTTGTCCTGCTGACGCCCGGAGACGATCCTCTCAGGGCATTTTTGATATGGGTACTGTCAGAATCCATCGGCGCTCTGGCACTGGTGCCGCCGGGATTGTTATTTAAACCACACTAT‑‑‑CTGCTGCGCCATCGCAACCCAAGGTTGCTTTTTGAT‑GCTCTGCTCACGTCAGCCCTcacccatac > 2:1458289/1‑281 (MQ=255) tAAATTGCTGCCGTGGTATAACCCCTTGCAAAATCTGGCTGACTGGCTGCGTCTGGCACTCGGCAGCGCCATTGTTCCGCCTCTGTTGGGGGGTGTTCTGGTTGTCCTGCTGACGCCCGGAGACGATCCTCTCAGGGCATTTTTGATATGGGTACTGTCAGAATCCATCGGCGCTCTGGCACTGGTGCCGCTGGGATTGTTATTTAAACCACACTAT‑‑‑CTGCTGCGCCATCGCAACCCACGGTTGCTTTTTGAG‑TCGCTGCTCACGTTAGCCATCACACTGACGTTaa > 1:524754/1‑287 (MQ=255) tAAATTGCTGCCGTGGTATAACCCCTTGCAAAATCTGGCTGACTGGCTGCGTCTGGCACTCGGCAGCGCCATTGTTCCGCCTCTGTTGGGGGGTGTTCTGGTTGTCCTGCTGACGCCCGGAGACGATCCTCTCAGGGCATTTTTGATATGGGTACGGTCAGAATCCATCGGCGCTCTGGCCCTGGTGCCGCTGGGATTGTTATTTAAACCACACTAT‑‑‑CTGCTGCGCCATCGCAACCCCCGGTTGCTTTTTGAGTCGCGTCCT‑ACGTTCGCCATCTCACTGACGTTaa > 2:473208/1‑287 (MQ=255) aaaTTGCTGCCGTGGTATAACCCCTTGCAAAAGCTGGCTGACTGGCTGCGTCTGGCACTCGGCAGCGCCATTGTTCCGCCTCTGTTGGGGGGTGTTCTGGTTGTCCTGCTGACGCCCGGAGACGATCCTCTCAGGGCATTTTTGATATGGGTACTGTCAGAATCCATCGGCGCTCTGGCACTGGTGCCGCTGGGATTGTTATTTAAACCACACTAT‑‑‑CTGCTGCGCCATCGCAACCCACGGTTGCTTTTTGAG‑TCGCTGCTCACGTTAGCCATCACACTGACGTTAAGc < 2:1735315/288‑1 (MQ=255) tcgTATAACCGCTTGCAAACTCTGGCTGACTGGCTGCGTCTGGCACTCGGCAGCGCCCTTGTTCGGCCTCTGTTGGGGGGTGTTCTGGTTGTCCTGCTGACGCCCGGAGACGATCCTCTCAGGGCATTTTTGATATAGGTACTGTCAGAATCCATCGGCGCTCTGGCACTGGTGCCGCTGGGATTGTTATTTAAACCACACTAT‑‑‑CTGCTGCGCCATCGCAACCCACGGTTGCTTTTTGAG‑TCGCTGCTCACGTTAGCCATCACACTGACGTTAAGCTGGCtttcgatg < 2:1644455/286‑7 (MQ=255) taACCCCTTGCAACATCTGGCTGCCTGGCTGCGTCTGGCACTCGGCCGCGCCATTGTTCCGCCTCTGTTGGGGGGTGTTCTGGTTGTCCTGCTGACGCCCGGAGACGATCCTCTCAGGGCATTTTTGATATGGGTACTGTCAGAATCCATCGGCGCTCTGGCACTGGTGCCGCTGGGATTGTTATTTAAACCACACTAT‑‑‑CTGCTGCGCCATCGCAACCCACGGTTGCTTTTTGAG‑TCGCTGCTCACGTTAGCCATCACACTGACGTTAAGCTGGCTTTCGATGCTGTAt < 1:653895/289‑1 (MQ=255) cTTGCAAAATCTGGCTGACTGGCTGCGTCTGGCACTCGGCAGCGCCATTGTTCCGCCTCTGTTGGGGGGTGTTCTGGTTGTCCTGCTGACGCCCGGAGACGATCCTCTCAGGGCATTTTTGATATGGGTACTGTCAGAATCCATCGGCGCTCTGGCACTGGTGCCGCTGGGATTGTTATTTAAACCACACTAT‑‑‑CTGCTGCGCCATCGCAACCCACGGTTGCTTTTTGAG‑TCGCTGCTCACGTTAGCCATCACACTGACGTTAAGCTGGCTTTCGATGCTGTATCTGCCg < 2:1617962/289‑1 (MQ=255) cTTGCAAAAGCTGGCTGCCTGGCTGCGTCTGGCACTCGGCAGCGCCATTGTTCCGCCTCTGTGGGGGGGTGTTCTGGTTGTCCTGCTGACGCCCGGAGACGATCCTCTCAGGGCATTTTTGATATGGGTACTGTCAGAATCCATCGGCGCTCTGGCACTGGTGCCGCTGGGATTGTTATTTAAACCACACTAT‑‑‑CTGCTGCGCCATCGCAACCCACGGTTGCTTTTTGAG‑TCGCTGCTCACGTTAGCCATCACACTGACGTTAAGCTGGCTTTCGATGCTGTATCTGCCg < 2:659466/289‑1 (MQ=255) ttGCAAAATCTGGCTGACTGGCTGCGTCTGGCACTCGGCAGCGCCATTGTTCCGCCTCTGTTGGGGGGTGTTCTGGTTGTCCTGCTGACGCCCGGAGACGATCCTCTCAGGGCATTTTTGATATGGGTACTGTCAGAATCCATCGGCGCTCTGGCACTGGTGCCGCTGGGATTGTTATTTAAACCACACTAT‑‑‑CTGCTGCGCCATCGCAACCCACGGTTGCTTTTTGAG‑TCGCTGCTCACGTTAGCCATCACACTGACGTTAAGCTGGCTTTCGATGCTGTATCTGCCGt > 2:720547/1‑289 (MQ=255) 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tGCTTTTTGAG‑TCGCTGCTCACGTTAGCCATCACACTGACGTTAAGCTGGCTTTCGATGCTGTATCTGCCGTGGCCTTTTACTTTCATTATTGTGCTGTTGATGTGGAGCGCCGTGCGTCTGCCACGAATGGAAGCCTTTTTGATCTTCCTTACCACGGTGATGATGGTGTCGCTGATGATGGCCGCGGATCCCTCCCTGCTTGCTACGCCGCGTACGTACCTGATGAGCCATATGCCGTGGCTACCGTTTTTGCTGATCCTGCTGCCCGCCAACATCATGACCATGGt < 1:1234754/289‑1 (MQ=255) cTTTTTGAG‑TCGCTGCTCACGTTAGCCATCACACTGACGTTAAGCTGGCTTTCGATGCTGTATCTGCCGTGGCCTTTTACTTTCATTATTGTGCTGTTGATGTGGAGCGCCGTGCGTCTGCCACGAATGGAAGCCTTTTTGATCTTCCTTACCACGGTGATGATGGTGTCGCTGATGATGGCCGCGGATCCCTCCCTGCTTGCTACGCCGCGTACGTACCTGATGAGCCATATGCCGTGGCTACCGTTTTTGCTGATCCTGCTGCCCGCCAACATCATGACCATGGTGa > 1:1273821/1‑289 (MQ=255) ||| GCCGTGGTCGGGGCAGTGCTGCTACGTAAATTGCTGCCGTGGTATAACCCCTTGCAAAATCTGGCTGACTGGCTGCGTCTGGCACTCGGCAGCGCCATTGTTCCGCCTCTGTTGGGGGGTGTTCTGGTTGTCCTGCTGACGCCCGGAGACGATCCTCTCAGGGCATTTTTGATATGGGTACTGAGTGAATCCATCGGCGCTCTGGCACTGGTGCCGCTGGGATTGTTATTTAAACCACACTAT‑‑‑CTGCTGCGCCATCGCAACCCACGGTTGCTTTTTGAG‑AGCCTGCTCACGTTAGCCATCACACTGACGTTAAGCTGGCTTAGCATGCTGTATCTGCCGTGGCCTTTTACTTTCATTATTGTGCTGTTGATGTGGAGCGCCGTGCGTCTGCCACGAATGGAAGCCTTTTTGATCTTCCTTACCACGGTGATGATGGTGAGCCTGATGATGGCCGCGGATCCCTCCCTGCTTGCTACGCCGCGTACGTACCTGATGAGCCATATGCCGTGGCTACCGTTTTTGCTGATCCTGCTGCCCGCCAACATCATGACCATGGTGA > CP042583/1730481‑1731039 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |