Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
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RA | CP042583 | 1,732,413 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | CP042583 | 1,732,413 | 0 | A | T | 98.9% | 638.6 / NA | 275 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.87e-02 | |||||||||||
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* | CP042583 | 1,732,414 | 0 | G | C | 99.3% | 644.0 / NA | 275 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/1); new base C (117/155); total (119/156) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,732,415 | 0 | C | G | 99.3% | 640.1 / NA | 275 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); major base G (117/155); minor base T (1/1); total (119/156) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.97e-01 |
Only 100 of 275 total aligned reads displayed.
TTAAGTACTCTGGACGGCAGCAATATTGGTAGCGTTCTGGTGATTCAGGACGTTACCGAAAGTCGCAAAATGCTGCGCCAGCTGAGCTACAGCGCCTCCCATGATGCACTGACGCATCTCGCCAACCGCGCCAGTTTTGAGAAACAACTGCGTATCCTGCTGCAAACGGTAAACAGTACACATCAGCGACATGCCCTGGTGTTTATCGATCTTGATCGCTTTAAAGCGGTGAATGACAGCGCCGGGCATGCGGCGGGTGACGCTTTGCTGCGCGAACTGGCGAGCTTAATGCTGAGTATGCTGCGTTCCAGCGACGTGCTGGCGCGACTCGGTGGGGATGAATTTGGTCTGCTGCTACCAGACTGTAATGTTGAAAGCGCGCGTTTTATCGCTACACGCATTATCAGTGCCGTGAATGACTATCACTTTATATGGGAAGGCCGTGTGCATCGGGTAGGTGCCAGTGCCGGGATTACCTTGATTGATGACAACAATCATCAGGCGGCAGAAGTGATGAGCCAGGCTGATATCGCCTGTTATGCCTCCAAAAATGGTGGCCGGGG > CP042583/1732131‑1732693 ||| aaGTACTCTGGACGGCAGCAATATTGGTTCGGTTCTGGTGATTCAGGACGTTACCGAATCACGCAAAATGCTGCGCCAGCTGAGCTACAGCGCCTCCCATGATGCACTGACGCATCTCGCCAACCGCGCCAGTTTTGAGAAACAACTGCGTATCCTGCTGCAAACGGTAAACAGTACACATCAGCGACATGCCCTGGTGTTTATCGATCTTGATCGCTTTAAAGCGGTGAATGACAGCGCCGGGCATGCGGCGGGTGACGCTTTGCTGCGCGAACTGGCGTCGTTAATg < 1:1784569/289‑1 (MQ=255) aaGTACTCTGGACGGCAGCAATATTGGTTCGGTTCTGGTGATTCAGGACGTTACCGAATCACGCAAAATGCTGCGCCAGCTGAGCTACAGCGCCTCCCATGATGCACTGACGCATCTCGCCAACCGCGCCAGTTTTGAGAAACAACTGCGTATCCTGCTGCAAACGGTAAACAGTACACATCAGCGACATGCCCTGGTGTTTATCGATCTTGATCGCTTTAAAGCGGTGAATGACAGCGCCGGGCATGCGGCGGGTGACGCTTTGCTGCGCGAACTGGCGTCGTTAATg < 1:1448843/289‑1 (MQ=255) tctGGACGGCAGCAATATTGGTTCGGTTCTGGTGATTCAGGACGTTACCGAATCACGCAAAATGCTGCGCCAGCTGAGCTACAGCGCCTCCCATGATGCACTGACGCATCTCGCCAACCGCGCCAGTTTTGAGAAACAACTGCGTATCCTGCTGCAAACGGTAAACAGTACACATCAGCGACATGCCCTGGTGTTTATCGATCTTGATCGCTTTAAAGCGGTGAATGACAGCGCCGGGCATGCGGCGGGTGACGCTTTGCTGCGCGAACTGGCGTCGTTAATGCTGAGt > 1:873864/1‑289 (MQ=255) tctGGACGGCAGCAATATTGGTTCGGTTCTGGTGATTCAGGACGTTACCGAATCACGCAAAATGCTGCGCCAGCTGAGCTACAGCGCCTCCCATGATGCACTGACGCATCTCGCCAACCGCGCCAGTTTTGAGAAACAACTGCGTATCCTGCTGCAAACGGTAAACAGTACACATCAGCGACATGCCCTGGTGTTTATCGATCTTGATCGCTTTAAAGCGGTGAATGACAGCGCCGGGCATGCGGCGGGTGACGCTTTGCTGCGCGAACTGGCGTCGTTAATGCTGAGt > 2:330941/1‑289 (MQ=255) tGGACGGCAGCAATATTGGTTCGGTTCTGGTGATTCAGGACGTTACCGAATCACGCAAAATGCTGCGCCAGCTGAGCTACAGCGCCTCCCATGATGCACTGACGCATCTCGCCAACCGCGCCAGTTTTGAGAAACAACTGCGTATCCTGCTGCAAACGGTAAACAGTACACATCAGCGACATGCCCTGGTGTTTATCGATCTTGATCGCTTTAAAGCGGTGAATGACAGCGCCGGGCATGCGGCGGGTGACGCTTTGCTGCGCGACCTGGCGTCGTTACTGCTGCGTAt > 1:1009717/1‑289 (MQ=255) gACGGCAGCAATATTTGTTCGGTTCTGGTGATTCAGGACGTTACCGAATCACGCAAAATGCTGCGCCAGCTGAGCTACAGCGCCTCCCATGATGCACTGACGCATCTCGCCAACCGCGCCAGTTTTGAGAAACAACTGCGTATCCTGCTGCAAACGGTAAACAGTACACATCAGCGACATGCCCTGGTGTTTATCGATCTTGATCGCTTTAAAGCGGTGAATGACAGCGCCGGGCATGCGGCGGGTGACGCTTTGCTGCGCGAACTGGCGTCGTTAATGCTGAGTAt > 1:1309322/1‑287 (MQ=255) cGGCAGCAATATTGGTTCGGTTCTGGTGATTCAGGACGTTACCGAATCACGCAAAATGCTGCGCCAGCTGAGCTACAGCGCCTCCCATGATGCACTGACGCATCTCGCCAACCGCGCCAGTTTTGAGAAACAACTGCGTATCCTGCTGCAAACGGTAAACAGTACACATCAGCGACATGCCCTGGTGTTTATCGATCTTGATCGCTTTAAAGCGGTGAATGACAGCGCCGGGCATGCGGCGGGTGACGCTTTGCTGCGCGAACTGGCGTCGTTAATGCTGAGTAtgctg < 2:28726/289‑1 (MQ=255) attggttcggTTCTGGTGATTCAGGACGTTACCGAATCACGCAAAATGCTGCGCCAGCTGAGCTACAGCGCCTCCCATGATGCACTGACGCATCTCGCCAACCGCGCCAGTTTTGAGAAACAACTGCGTATCCTGCTGCAAACGGTAAACAGTACACATCAGCGACATGCCCTGGTGTTTATCGATCTTGATCGCTTTAAAGCGGTGAATGACAGCGCCGGGCATGCGGCGGGTGACGCTTTGCTGCGCGAACTGGCGTCGTTAATGCTGAGTATGCTGCGTTCCAGCg < 2:649812/280‑1 (MQ=255) ttcggTTCTGGTGAGTCAGGCCGTTACCGAATCACGCAAAAGGCCGCGCCAGCTGAGCTACAGCGCCTCCCATGATGCACTGACGCATCTCGCCAACCGCGCCAGTTTTGAGAAACAACTGCGTATCCTGCTGCAAACGGTAAACAGTACACATCAGCGACATGCCCTGGTGTTTATCGATCTTGATCGCTTTAAAGCGGTGAATGACAGCGCCGGGCATGCGGCGGGTGACGCTTTGCTGCGCGAACTGGCGTCGTTAATGCTGAGTATGCTGCGTTCCAGCGACGTg < 2:27113/285‑1 (MQ=255) tCTGGTGATTCAGGACGTTACCGAATCACGCAAAATGCTGCGCCAGCTGAGCTACAGCGCCTCCCATGATGCACTGACGCATCTCGCCAACCGCGCCAGTTTTGAGAAACAACTGCGTATCCTGCTGCAAACGGTAAACAGTACACATCAGCGACATGCCCTGGTGTTTATCGATCTTGATCGCTTTAAAGCGGTGAATGACAGCGCCGGGCATGCGGCGGGTGACGCTTTGCTGCGCGAACTGGCGTCGTTAATGCTGAGTATGCTGCGTTCCAGCGACGTGCTGgcg < 1:1504998/289‑1 (MQ=255) ggTGATTCAGGACGTTACCGAATCACGCAAAATGCTGCGCCAGCTGAGCTACAGCGCCTCCCATGATGCACTGACGCATCTCGCCAACCGCGCCAGTTTTGAGAAACAACTGCGTATCCTGCTGCAAACGGTAAACAGTACACATCAGCGACATGCCCTGGTGTTTATCGATCTTGATCGCTTTAAAGCGGTGAATGACAGCGCCGGGCATGCGGCGGGTGACGCTTTGCTGCGCGAACTGGCGTCGTTAATGCTGAGTATGCTGCGTTCCAGCGACGTGCTGGCGCGa < 1:59237/289‑1 (MQ=255) gTGATTCAGGACGTTACCGAATCACGCAAAATGCTGCGCCAGCTGAGCTACAGCGCCTCCCATGATGCACTGACGCATCTCGCCAACCGCGCCAGTTTTGAGAAACAACTGCGTATCCTGCTGCAAACGGTAAACAGTACACATCAGCGACATGCCCTGGTGTTTATCGATCTTGATCGCTTTAAAGCGGTGAATGACAGCGCCGGGCATGCGGCGGGTGACGCTTTGCTGCGCGAACTGGCGTCGTTAATGCTGAGTATGCTGCGTTCCAGCGACGTGCTGGCGCGa > 1:1864213/1‑288 (MQ=255) cGTTCCCGAATCACGCAAAATGCTGCGCCAGCTGAGCTACAGCGCCTCCCAGGATGCACTGACGCATCTCGCAAACCGCGCCAGTTTTGAGAAACAACTGCGTATCCTGCTGCAAACGGTAAACAGTACACATCAGCGACATGCCCTGGTGTTTATCGATCTTGATCGCTTTAAAGCGGTGAATGACAGCGCCGGGCATGCGGCGGGTGACGCTTTGCTGCGCGAACTGGCGTCGTTAATGCTGAGTATGCTGCGTTCCAGCGACGTGCTGGCGCGACTCGGTGGGGa < 1:238829/288‑1 (MQ=255) cGTTACCGAATCACGCAAAATGCTGCGCCAGCTGAGCTACAGCGCCTCCCATGATGCACTGACGCATCTCGCCAACCGCGCCAGTTTTGAGAAACAACTGCGTATCCTGCTGCAAACGGTAAACAGTACACATCAGCGACATGCCCTGGTGTTTATCGATCTTGATCGCTTTAAAGCGGTGAATGACAGCGCCGGGCATGCGGCGGGTGACGCTTTGCTGCGCGAACTGGCGTCGTTAATGCTGAGTATGCTGCGTTCCAGCGACGTGCTGGCGCGACTCGGTGGGGa < 1:329152/288‑1 (MQ=255) tACCGAATCACGCAAAATGCTGCGCCAGCTGAGCTACAGCGCCTCCCATGATGCACTGACGCATCTCGCCAACCGCGCCAGTTTTGAGAAACAACTGCGTATCCTGCTGCAAACGGTAAACAGTACACATCAGCGACATGCCCTGGTGTTTATCGATCTTGATCGCTTTAAAGCGGTGAATGACAGCGCCGGGCATGCGGCGGGTGACGCTTTGCTGCGCGAACTGGCGTCGTTAATGCTGAGTATGCTGCGTTCCAGCGACGTGCTGGCGCGACTCGGTGGGGATGaa > 1:650024/1‑289 (MQ=255) tACCGAATCACGCAAAATGCTGCGCCAGCTGAGCTACAGCGCCTCCCATGATGCACTGACGCATCTCGCCAACCGCGCCAGTTTTGAGAAACAACTGCGTATCCTGCTGCAAACGGTAAACAGTACACATCAGCGACATGCCCTGGTGTTTATCGATCTTGATCGCTTTAAAGCGGTGAATGACAGCGCCGGGCATGCGGCGGGTGACGCTTTGCTGCGCGAACTGGCGTCGTTAATGCTGAGTATGCTGCGTTCCAGCGACGTGCTGGCGCGACTCGGTGGGGATGaa > 2:1732327/1‑289 (MQ=255) 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tgcggcGCCAGCTGAGCTACAGCGCCTCCCATGATGCACTGACGCATCTCGCCAACCGCGCCAGTTTTGAGAAACAACTGCGTATCCTGCTGCAAACGGTAAACAGTACACATCAGCGACATGCCCTGGTGTTTATCGATCTTGATCGCTTTAAAGCGGTGAATGACAGCGCCGGGCATGCGGCGGGTGACGCTTTGCTGCGCGAACTGGCGTCGTTAATGCTGAGTATGCTGCGTTCCAGCGACGTGCTGGCGCGACTCGGTGGGGATGAATTTGGTCTGCTGCTAcc < 1:257510/289‑1 (MQ=255) tgcGCCAGCTGAGCTACAGCGCCTCCCATGATGCACTGACGCATCTCGCCAACCGCGCCAGTTTTGAGAAACAACTGCGTATCCTGCTGCAAACGGTAAACAGTACACATCAGCGACATGCCCTGGTGTTTATCGATCTTGATCGCTTTAAAGCGGTGAATGACAGCGCCGGGCATGCGGCGGGTGACGCTTTGCTGCGCGAACTGGCGTCGTTAATGCTGAGTATGCTGCGTTCCAGCGACGTGCTGGCGCGACTCGGTGGGGATGAATTTGGTCTGCTGCTACCAGa < 1:1281087/289‑1 (MQ=255) caaGCTGAGCTACAGTCCCTCCCATGATGCACTGACGAAGCGCGCCAACCGCGCCAGTGTTGAGAACAAACTGCGTATCCTGCTGCAACCGGTAAACAGTACACATCAGCGACATGCCCTGGTGTTTATCGATCTTAATCGCTTTAAAGCGGTGAATGACAGCGCCGGGCATGCGGCGGGTGACGCTTTGCTGCGCGAACTGGCGTCGTTAATGCTGAGTATGCTGCGTTCCAGCGACGTGCTGGCGCGACTCGGTGGGGATGAATTTGGTCTGCTGCTACCAGACTGt < 2:1338351/287‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |