Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 1,735,288 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP042583 | 1,735,288 | 0 | A | T | 99.2% | 620.8 / NA | 268 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (122/142); minor base G (1/1); total (124/144) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.95e-01 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,735,289 | 0 | G | C | 97.8% | 595.5 / ‑4.7 | 268 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (3/3); new base C (120/141); total (124/144) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,735,290 | 0 | C | G | 98.9% | 620.2 / NA | 268 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (2/1); new base G (122/142); total (124/144) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.99e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 268 total aligned reads displayed.
GCGCAGGCACAGCTGCCAGAAGCGATTACTCAGGCGGTGATTGGTCGTCCGATCAACTTCCAGGGGCTGGGCGGTGATGAAGCAAACACCCAGGCGCAAGGGATTCTGGAACGCGCGGCGAAGCGTGCCGGATTCAGGGACGTGGTATTCCAGTACGAGCCGGTCGCGGCTGGGCTGGATTACGAAGCCACCTTGCAGGAAGAAAAACGGGTGCTGGTGGTGGATATCGGCGGTGGT‑ACGACTGACTGTAGTTTGCTGCTGAT‑GGGGCCGCAGTGGCGTAGCCGTCT‑CGATCGTGAAGCCAGCCTGCTGGGTCACAGTGGTTGCCGTATTGGCGGTAACGATCTGGATATCGCGCTGGCGTTTAAAAACCTGATGCCACTGCTGGGTATGGGTGGCGAAACCGAAAAAGGCATCGCCCTGCCGATCCTGCCGTGGTGGAATGCGGTTGCCATCAACGACGT‑ACCTGCGCAGAGTGATTTCTACAGTAGTGCCAACGGTCGTCTGCTTAACGATCTGGTACGCGATGCCCGCGAACCGGAAAAAGTGGCCCTGTTACAGA > CP042583/1735009‑1735567 ||| gcgcaggcACAGCTGCCAGAAGCGATTACTCAGGCGGTGATTGGTCGTCCGATCAACTTCCAGGGGCTGGGCGGTGATGAAGCAAACACCCAGGCGCAAGGGATTCTGGAACGCGCGGCGAAGCGTGCCGGATTCAGGGACGTGGTATTCCAGTACGAGCCGGTCGCGGCTGGGCTGGATTACGAAGCCACCTTGCAGGAAGAAAAACGGGTGCTGGTGGTGGATATCGGCGGTGGT‑ACGACTGACTGTTCATTGCTGCTGAT‑GGGGCCGCAGTGGCGTTCGCGTCT‑Cg > 1:972929/1‑289 (MQ=255) gcgcaggcACAGATGCCAGAAGCGATTACTCAGGCGGTGATTGGTCGTCCGATCAACTTCCAGGGGCTGGGCGGTGATGAAGCAAACACCCAATCGCAAGGCACTCTGGCAAAAACCGCGAAGCGTGCCGGATTCAGGGACTTGGTATTCCAGTACGATCCGGTCGCGGCGAGTGTAAGGGACGAAGCCAAGGGGACGGACGAAAAAGGGGAGAGGTTGGCGTATATCGGCGGTGGT‑ACGACTGACCGTTGATTGCTGCGGAT‑GGGGCTGCAGCGGCGTTGCGGgct‑cc > 2:701997/1‑288 (MQ=255) acaGCTGCCAGAAGCGATTACTCAGGCGGTGATTGGTCGTCCGATCAACTTCCAGGGGCTGGGCGGTGATGAAGCAAACACCCAGGCGCAAGGGATTCTGGAACGCGCGGCGAAGCGTGCCGGATTCAGGGACGTGGTATTCCAGTACGAGCCGGTCGCGGCTGGGCTGGATTACGAAGCCACCTTGCAGGAAGAAAAACGGGTGCTGGTGGTGGATATCGGCGGTGGT‑ACGACTGACTGTTCATTGCTGCTGAT‑GGGGCCGCAGTGGCGTTCGCGTCT‑CGATCGTGa < 1:592665/288‑1 (MQ=255) aGCTGCCAGAAGCGATTACTCAGGCGGTGATTGGTCGTCCGATCAACTTCCAGGGGCTGGGCGGTGATGAAGCAAACACCCAGGCGCAAGGGATTCTGGAACGCGCGGCGAAGCGTGCCGGATTCAGGGACGTGGTATTCCAGTACGAGCCGGTCGCGGCTGGGCTGGATTACGAAGCCACCTTGCAGGAAGAAAAACGGGTGCTGGTGGTGGATATCGGCGGTGGT‑ACGACTGACTGTTCATTGCTGCTGAT‑GGGGCCGCAGTGGCGTTCGCGTCT‑CGATCGTGAag > 1:1203339/1‑288 (MQ=255) aGCTGCCAGAAGCGATTACTCAGGCGGTGATTGGTCGTCCGATCAACTTCCAGGGGCTGGGCGGTGATGAAGCAAACACCCAGGCGCAAGGGATTCTGGAACGCGCGGCGAAGCGTGCCGGATTCAGGGACGTGGTATTCCAGTACGAGCCGGTCGCGGCTGGGCTGGATTACGAAGCCACCTTGCAGGAAGAAAAACGGGTGCTGGTGGTGGACATCGGCGGTGGT‑ACGAGTGACTGTTCATTGCGGCGCAT‑GGGTCCGCGGTGGCGTTGGCGTCT‑CGGTCGCGagg > 2:791676/1‑286 (MQ=255) cAGAAGCGATTACTCAGGCGGTGATTGGTCGTCCGATCAACTTCCAGGGGCTGGGCGGTGATGAAGCAAACACCCAGGCGCAAGGGATTCTGGAACGCGCGGCGAAGCGTGCCGGATTCAGGGACGTGGTATTCCAGTACGAGCCGGTCGCGGCTGGGCTGGATTACGAAGCCACCTTGCAGGAAGAAAAACGGGTGCTGGTGGTGGATATCGGCGGTGGT‑ACGACTGACTGTTCATTGCTGCTGAT‑GGGGCCGCAGTGGCGTTCGCGTCT‑CGATCGTGAagccag > 1:1458553/1‑286 (MQ=255) aGAAGCGATTACTCAGGCGGTGATTGGTCGTCCGATCAACTTCCAGGGGCTGGGCGGTGATGAAGCAAACACCCAGGCGCAAGGGATTCTGGAACGCGCGGCGAAGCGTGCCGGATTCAGGGACGTGGTATTCCAGTACGAGCCGGTCGCGGCTGGGCTGGATTACGAAGCCACCTTGCAGGAAGAAAAACGGGTGCTGGTGGTGGATATCGGCGGTGGT‑ACGACTGACTGTTCATTGCTGCTGAT‑GGGGCCGCAGTGGAGTTCGCGTCT‑CGATCGTGAAGCCAGCctg > 2:569573/1‑289 (MQ=255) agcgtttcatCAGGGGGTGATTGGTCGTCCGATCAACTTCCAGGGGCTGGGCGGTGATGAAGCAAACACCCAGGCGCAAGGGATTCTGGAACGCGCGGCGAAGCGTGCCGGATTCAGGGACGTGGTATTCCAGTACGAGCCGGTCGCGGCTGGGCTGGATTACGAAGCCACCTTGCAGGAAGAAAAACGGGTGCTGGTGGTGGATATCGGCGGTGGT‑ACGACTGACTGTTCATTGCTGCTGAT‑GGGGCCGCAGTGGCGTTCGCGTCT‑CGATCGTGAAGCCAGCctg < 1:705804/277‑1 (MQ=255) aGCGATTACTCAGGCGGTGATTGGTCGTCCGATCAACTTCCAGGGGCTGGGCGGTGATGAAGCAAACACCCAGGCGCAAGGGATTCTGGAACGCGCGGCGAAGCGTGCCGGATTCAGGGACGTGGTATTCCAGTACGAGCCGGTCGCGGCTGGGCTGGATTACGAAGCCACCTTGCAGGAAGAAAAAAGGGTGCTGGTGGTGGATATCGGCGGTGGT‑ACGACTGAATGGTCCTTGCTGCTGAT‑GGGGCCGCAGTGGCGT‑TCGGGCTCCGATCGTGAAGCCCGCctgcgg > 2:195663/1‑287 (MQ=255) tACTCAGGGGGTGATTGGTCGTCCGGTCCACTTCCAGGGGCTGGGCGGTGATGAAGCAAACACCCAGGCGGAAGGGATTCTGGAACGCGCGGCGAAGCGTGCCGGATTCAGGGACGTGGTATTCCAGTACGAGCCGGTCGCGGCTGGGCTGGATTACGAAGCCACCTTGCAGGAAGAAAAACGGGTGCTGGTGGTGGATATCGGCGGTGGT‑ACGACTGACTGTTCATTGCTGCTGAT‑GGGGCCGCAGTGGCGTTCGCGTCT‑CGATCGTGAAGCCAGCCTGCTGGGTcac < 2:296479/289‑1 (MQ=255) ttGGTCGTCCTAGTAAGTTCCAGGTGCTGTGCGGTGATGAAGCAAACACCCAGTCGCAAGGGATTTTGGAACGCGGGGCGAAGCGTGCCGGATTCAGGGACTTGGTATTCCAGTACGAGCCGGTCGCGGCTGGGCTGGATTACGAAGCCACCTTGCAGGAAGAAAAACGGGTGCTGGTGGTGGATATCGGCGGTGGT‑ACGACTGACTGTTCATTGCTGCTGAT‑GGGGCCGCAGTGGCGTTCGCGTCT‑CGATCGTGAAGCCAGCCTGCTGGGTCACAGTGGTTGCCGTAt < 2:1745035/289‑1 (MQ=255) gtcgtcCGATCAACTTCCAGGGGCTGGGCGGTGATGAAGCAAACACCCAGGCGCAAGGGATTCTGGAACGCGCGGCGAAGCGTGCCGGATTCAGGGACGTGGTATTCCAGTACGAGCCGGTCGCGGCTGGGCTGGATTACGAAGCCACCTTGCAGGAAGAAAAACGGGTGCTGGTGGTGGATATCGGCGGTGGT‑ACGACTGACTGTTCATTGCTGCTGAT‑GGGGCCGCAGTGGCGTTGGCGTCT‑CGATCGTGAGGCCGGCCTGCTGGGTGCCAGTGGTTGCGGtgcatg > 2:843856/1‑284 (MQ=255) tcCGATCAACTTCCAGGGGCTGGGCGGTGATGAAGCAAACACCCAGGCGCAAGGGATTCTGGAACGCGCGGCGAAGCGTGCCGGATTCAGGGACGTGGTATTCCAGTACGAGCCGGTCGCGGCTGGGCTGGATTACGAAGCCACCTTGCAGGAAGAAAAACGGGTGCTGCGGGTGGAGACCGGCGGTGGT‑ACGGCTGACTGTTCATTGCTGCGGAT‑GGGGCCGCAGTGTCGTTCGCAGCT‑CGCTAGTTACGCCAGCCTGGTGGGTCACCGTGGTTGcccgactcgcgtg > 2:804499/1‑278 (MQ=255) 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aGGGGCTGGGCGGTGATGAAGCAAACACCCAGGCGCAAGGGATTCTGGAACGCGCGGCGAAGCGTGCCGGATTCAGGGACGTGGTATTCCAGTACGAGCCGGTCGCGGCTGGGCTGGATTACGAAGCCACCTTGCAGGAAGAAAAACGGGTGCTGGTGGTGGATATCGGCGGTGGT‑ACGACTGACTGTTCATTGCTGCTGAT‑GGGGCCGCAGTGGCGTTCGCGTCT‑CGATCGTGAAGCCAGCCTGCTGGGTCACAGGGGTTGCCGTATTGGCGGTACAGAGCTGGata > 1:948892/1‑288 (MQ=255) gggCGGTGATGAAGCAAACACCCAGGCGCAAGGGATTCTGGAACGCGCGGCGAAGCGTGCCGGATTCAGGGACGTGGTATTCCAGTACGAGCCGGTCGCGGCTGGGCTGGATTACGAAGCCACCTTGCAGGAAGAAAAACTGGTGCTGGTGGTGGATATCGGCGGTGGT‑ACGACTGACTGTTCATTGCTGCTGAT‑GGGGCCGCAGTGGCGTTCGCGTCT‑CGATCGTGAAGCCAGCCTGCTGGGTCACAGTGGTTGCCGTATTGGCGGTAACGATCTGGATATCGCGCTg > 1:184562/1‑289 (MQ=255) tgatgaAGCAAACACCCAGGCGCAAGGGATTCTGGAACGCGCGGCGAAGCGTGCCGGATTCAGGGACGTGGTATTCCAGTACGAGCCGGTCGCGGCTGGGCTGGATTACGAAGCCACCTTGCGGGAAGAAAAACGGGTGCTGGTGGTGGATATCGGCGGTGGT‑ACGACTGACTGTTCATTGCTGCTGGT‑GGGGCCGCAGTGGCGTTCGCGTCT‑CGATCGTGAAGCCAGCCTGCTGGGTCACAGTGGTTGCCGTATTGGCGGTAACGATCTGGATATCGCGCTGGCGttt > 1:928368/1‑289 (MQ=255) tgatgaAGCAAACACCCAGGCGCAAGGGATTCTGGAACGCGCGGCGAAGCGTGCCGGATTCAGGGACGTGGTATTCCAGTACGAGCCGGTCGCGGCTGGGCTGGATTACGAAGCCACCTTGCAGGAAGAAAAACGGGTGCTGGTGGTGGATATCGGCGGTGGT‑ACGACTGACTGTTCATTGCTGCTGAT‑GGGGCCGCAGTGGCGTTCGCGTCT‑CGATCGTGAAGCCAGCCTGCTGGGTCACAGTGGTTGCCGTATTGGCGGTAACGATCTGGATATCGCGCTGGCGttt > 1:778418/1‑289 (MQ=255) tgatgaAGCAAACACCCAGGCGCAAGGGATTCTGGAACGCGCGGCGAAGCGTGCCGGATTCAGGGACGTGGTATTCCAGTACGAGCCGGTCGCGGCTGGGCTGGATTACGAAGCCACCTTGCAGGAAGAAAAACGGGTGCTGGTGGTGGAGATCGGCGGTGGT‑ACGACTGACTGTTCATTGCTGCTGAT‑GGGGCCGCAGTGGCGTTCGCGTCG‑CGATCGTGAAGCCAGCCTGACTGGTCACAGTGGTTGCCGTATTTGCGGTAACGATCTGGCTAGCGCTCTGGCGttt > 2:862094/1‑289 (MQ=255) atgaAGCAAACACCCAGGCGCAAGGGATTCTGGAACGCGCGGCGAAGCGTGCCGGATTCAGGGACGTGGTATTCCAGTACGAGCCGGTCGCGGCTGGGCTGGATTACGAAGCCACCTTGCAGGAAGAAAAACGGGTGCTGGTGGTGGATATCGGCGGTGGT‑ACGACTGACTGTTCATTGCTGCTGAT‑GGGGCCGCAGTGGCGTTCGCGTCT‑CGATCGTGAAGCCAGCCTGCTGGGTCACCGTGGTTg > 2:970627/1‑247 (MQ=255) aGCAAACACCCAGGCGCAAGGGATTCTGGAACGCGCGGCGAAGCGTGCCGGATTCAGGGACGTGGTATTCCAGTACGAGCCGGTCGCGGCTGGGCTGGATTACGAAGCCACCTTGCAGGAAGAAAAACGGGTGCTGGTGGTGGATATCGGCGGTGGT‑ACGACTGACTGTTCATTGCTGCTGAT‑GGGGCCGCAGTGGCGTTCGCGTCT‑CGATCGTGAAGCCAGCCTGCTGGGTCACAGTGGTTGCCGTATTGTCGGTAACGATCTTGATAACCCGCTGGCGGTTaaaaa > 2:482834/1‑288 (MQ=255) aaggcccAGGGGCAAGGGGTTCGGGAACGCGCGGTGAGGGGTGCGGGATTCAGGGACGGGGTATTCCAGGACGAGCCGGTCGCGGCTGGGCTGGATTACGAAGCCACCTTGCAGGAAGAAAAACGGGTGCTGGTGGTGGATATCGGGGGTGGT‑ACGACTGACTGTTCATTGCTGCTGAT‑GGGGCCGCAGTGGCGTTCGCGTCT‑CGATCGTGAAGCCAGCCTGCTGGGTCACAGTGGTTGCCGTATTGGCGGTAACGATCTGGATATCGCGCTGGCGTTTAAAAACCTGa < 2:1891011/285‑1 (MQ=255) aaCACCCAGGCGCAAGGGATTCTGGAACGCGCGGCGAAGCGTGCCGGATTCAGGGACGTGGTATTCCAGTACGAGCCGGTCGCGGCTGGGCTGGATTACGAAGCCACCTTGCAGGAAGAAAAACGGGTGCTGGTGGTGGATATCGGCGGTGGT‑ACGACTGACTGTTCATTGCTGCTGAT‑GGGGCCGCAGTGGCGTTCGCGTCT‑CGATCGTGAAGCCAGCCTGCTGGGTCACAGTGGTTGCCGTATTGGCGGTAACGATCTGGATATCGCGCTGGCGGTGAAAAACCTGa > 1:1815519/1‑289 (MQ=255) cccccAGGCAGAAGGGGTTCTGGAGCGCGCGGCGAAGCGGGCCGGATTCAGGGAGGTGGTATTCCAGTACGGGCCGGTCGCGGCTGGGCTGGATTACGAAGCCACCTTGCAGGAAGAGAAACGGGTGCTGGTGGTGGATATCGGCGGTGGT‑ACGACTGACTGTTCATTGCTGCTGAT‑GGGGCCGCAGTGGCGTTCGCGTCT‑CGATCGTGAAGCCAGCCTGCTGGGTCACAGTGGTTGCCGTATTGGCGGTAACGATCTGGATATCGCGCTGGCGTTTAAAAACCTGATg < 2:231759/287‑1 (MQ=255) acCCAGGCGCAAGGGATTCTGGAACGCGCGGCGAAGCGTGCCGGATTCAGGGACGTGGTATTCCAGTACGAGCCGGTCGCGGCTGGGCTGGATTACGAAGCCACCTTGCAGGAAGAAAAACGGGTGCTGGTGGTGGATATCGGCGGTGGT‑ACGACTGACTGTTCATTGCTGCTGAT‑GGGGCCGCAGTGGCGTTCGCGTCT‑CGATCGTGAAGCCAGCCTGCTGGGTCACAGTGGTTGCCGTATTGGCGGTAACGATCTGGATATCGCGCTGGCGTTTAAAAACCTGATGc < 1:150653/289‑1 (MQ=255) ccAGGGGCAGAGGGTGCTGGAGCGCGGGGGGAAGGGTGCCGGATTCAGGGAGGTGGTATTCCAGTACGAGCCGGTCGCGGCTGGGATGGATTACGAAGCCACCTTGCAGGAAGAAAAACGGGTGCTGGTGGTGGATATCGGCGGTGGT‑ACGACTGACTGTTCATTGCTGCGGAT‑GGGGCCGCAGTGGCGTTCGCGTCT‑CGATCGTGAAGCCAGCCTGCTGGGTCACAGTGGTTGCCGTATTGGCGGTAACGATCTGGATATCGCGCTGGCGTTTAAAAACCTGATGCCa < 2:742048/289‑1 (MQ=255) cAGGCGCAAGGGATTCTGGAACGCGCGGCGAAGCGTGCCGGATTCAGGGACGTGGTATTCCAGTACGAGCCGGTCGCGGCTGGGCTGGATTACGAAGCCACCTTGCAGGAAGAAAAACGGGTGCTGGTGGTGGATATCGGCGGTGGT‑ACGACTGACTGTTCATTGCTGCTGAT‑GGGGCCGCAGTGGCGTTCGCGTCT‑CGATCGTGAAGCCAGCCTGCTGGGTCACAGTGGTTGCCGTATTGGCGGTAACGATCTGGATATCGCGCTGGCGTTTAAAAACCTGATGCCAc < 1:141810/289‑1 (MQ=255) cggaaGGGATTCTGGAGCGGGGGGCGAAGCGTGCAGGATCCAGGGCCGTGGTATTCCAGTACGAGCCGGTCTGGGCTGGGCTGGATGACGAAGCCGCCTTGCAGGAAGAAAAGCGGGTGCTGGTGGTTGATATCGGCGGTGGT‑ACGACTGACTGTTCATTGCTGCTGAT‑GGGGCCGCAGTGGCGTTCGCGTCT‑CGATCGTGAAGCCAGCCTGCTGGGTCACAGTGGTTGCCGTATTGGCGGTAACGATCTGGATATCGCGCTGGCGTTTAAAAACCTGATGCCActgc < 2:1449401/285‑1 (MQ=255) cgcAAGGGCTTCTGGAACGCGCGGCGGAGCGTTCCGGATTCAGGGACGTGGTATTCCAGTACGAGCCGGTCGCGGCTGGGCTGGATTACGAAGCCACCTTGCAGGAAGAAAAACGGGTGCTGATGGTGGATATCGGCGGTTGT‑ACGACTGACTGTTCATTGCTGCTGAT‑GGGGCCGCAGTGGCGTTCGCGTCT‑CGATCGTGAAGCCAGCCTGCTGGGTCACAGTGGTTGCCGTATTGGCGGTAACGATCTGGATATCGCGCTGGCGTTTAAAAACCTGATGCCActgc < 2:338819/288‑1 (MQ=255) 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aT‑GGGGCCGCAGTTGCGTTCGGGTCT‑CGATAGTGAAGCCAGCCTGCTGGGTCGCAGTGGTTGCCGTATTGGCGGTAACGATCGGGATATCGCGCTGGCGTTTAAAAACCTGATGCCACTGCTGGGTATGGGTGGCGAAACCGAAAAAGGCATCGCCCTGCCGATCCTGCCGTGGTGGAATGCGGTTGCCATCAACGACGT‑ACCTGCGCAGAGTGATTTCTACAGTAGTGCCAACGGTCGTCTGCTTAACGATCTGGTACGCGATGCCCGCGAACCGGAAAAAGTGGcc < 1:1032665/288‑1 (MQ=255) aT‑GGGGCCGCAGTGGCGTTCGCGTCT‑CGATCGTGAAGCCAGCCTGCTGGGTCACAGTGGTTGCCGTATTGGCGGTAACGATCTGGATATCGCGCTGGCGTTTAAAAACCTGATGCCACTGCTGGGTATGGGTGGCGAAACCGAAAAAGGCATCGCCCTGCCGATCCTGCCGTGGTGGAATGCGGTTGCCATCAACGACGT‑ACCTGCGCAGAGTGATTTCTACAGTAGTGCCAACGGTCGTCTGCTTAACGATCTGGTACGCGATGCCCGCGAACCGGAAAAAGTGGcc < 1:1102364/288‑1 (MQ=255) tgggggCCGCAGGGGCGTTCGCGTTT‑CGTTCGTGAAGCCAGCCTGCTGGGTCGCAGTGGTTGCCGTATTGGCGGTAACGATCTGGATATCGCGCTGGCGTTTAAAAACCTGATGCCACTGCTGGGTATGGGTGGCGAAACCGAAAAAGGCATCGCCCTGCCGATCCTGCCGTGGTGGAATGCGGTTGCCATCAACGACGT‑ACCTGCGCAGAGTGATTTCTACAGTAGTGCCAACGGTCGTCTGCTTAACGATCTGGTACGCGATGCCCGCGAACCGGAAAAAGTGGcc < 2:527953/286‑1 (MQ=255) cGCAGTGGCGTTCGCGTCT‑CGATCGTGAAGCCAGCCTGCTGGGTCACAGTGGTTGCCGTATTGGCGGTAACGATCTGGATATCGCGCTGGCGTTTAAAAACCTGATGCCACTGCTGGGTATGGGTGGCGAAACCGAAAAAGGCATCGCCCTGCCGATCCTGCCGTGGTGGAATGCGGTTGCCATCAACGACGT‑ACCTGCGCAGAGTGATTTCTACAGTAGTGCCAACGGTCGTCTGCTTAACGATCTGGTACGCGATGCCCGCGAACCGGAAAAAGTGGCCCTGTTACa > 1:1024216/1‑289 (MQ=255) ggTGGCGTTCGCGGCT‑CGATCGTGATGCCGGCCTGTTGGGTCACAGTGGTTGCCGTATTGGCGGTAACGATCTGGATATCGCGCTGGCGTTTAAAAACGTGATGCCACTGCTGGGTATGGGTGGCGAAACCGAAAAAGGCATCGCCCTGCCGATCCTGCCGTGGTGGAATGCGGTTGCCATCAACGACGT‑ACCTGCGCAGAGTGATTTCTACAGTAGTGCCAACGGTCGTCTGCTTAACGATCTGGTACGCGATGCCCGCGAACCGGAAAAAGTGGCCCTGTTACAGa < 2:755252/287‑1 (MQ=255) ||| GCGCAGGCACAGCTGCCAGAAGCGATTACTCAGGCGGTGATTGGTCGTCCGATCAACTTCCAGGGGCTGGGCGGTGATGAAGCAAACACCCAGGCGCAAGGGATTCTGGAACGCGCGGCGAAGCGTGCCGGATTCAGGGACGTGGTATTCCAGTACGAGCCGGTCGCGGCTGGGCTGGATTACGAAGCCACCTTGCAGGAAGAAAAACGGGTGCTGGTGGTGGATATCGGCGGTGGT‑ACGACTGACTGTAGTTTGCTGCTGAT‑GGGGCCGCAGTGGCGTAGCCGTCT‑CGATCGTGAAGCCAGCCTGCTGGGTCACAGTGGTTGCCGTATTGGCGGTAACGATCTGGATATCGCGCTGGCGTTTAAAAACCTGATGCCACTGCTGGGTATGGGTGGCGAAACCGAAAAAGGCATCGCCCTGCCGATCCTGCCGTGGTGGAATGCGGTTGCCATCAACGACGT‑ACCTGCGCAGAGTGATTTCTACAGTAGTGCCAACGGTCGTCTGCTTAACGATCTGGTACGCGATGCCCGCGAACCGGAAAAAGTGGCCCTGTTACAGA > CP042583/1735009‑1735567 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 8 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |