Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
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RA | CP042583 | 1,742,307 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | CP042583 | 1,742,307 | 0 | A | T | 98.9% | 408.9 / ‑4.7 | 177 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.64e-01 | |||||||||||
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* | CP042583 | 1,742,308 | 0 | G | C | 100.0% | 413.7 / NA | 177 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base C (72/105); total (72/105) | |||||||||||
* | CP042583 | 1,742,309 | 0 | C | G | 98.9% | 406.0 / NA | 177 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (2/0); new base G (69/105); total (72/105) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.61e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 177 total aligned reads displayed.
CAGGTATTTCTGCGGGCGATCGCGTGGTGACAGACGGCATTGATCGCCTGACCGAAGGGGCGAAAGTGGAAGTGGTGGAAGCCCAGAGCGCCACTACTCCGGAAGAGAAAGCCACCAGCCGCGAATACGCGAAAAAAGGAGCACGCTCCTGATGCAGGTGTTACCCCCGAGCAGCACAGGCGGCCCGAGCCGCCTGTTTATTATGCGTCCTGTGGCCACCACGCTGCTGATGGTGGCGATCTTACTCGCCGGGATTATCGGTTATCGCGCCCTGCCCGTTAGCGCGCTGCCGGAAGTGGACTATCCGACCATTCAGGTGGTCACGCTCTACCCAGGTGCCAGCCCGGATGTCATGACCTCTGCCGTTACCGCGCCGCTAGAACGCCAGTTCGGGCAGATGTCTGGCCTGAAACAGATGAGCAGCCAAAGTTCCGGCGGTGCGAGTGTTATCACTTTGCAGTTCCAGCTAACATTACCGCTCGATGTCGCCGAGCAGGAAGTGCAGGCCGCGATTAACGCTGCGACCAACTTGTTGCCGAGCGATCTGCCTAACCCGCCGG > CP042583/1742027‑1742586 ||| cAGGTATTTCTGCGGGCGATCGCGTGGTGACAGACGGCATTGATCGCCTGACCGAAGGGGCGAAAGTGGAAGTGGTGGAAGCCCAGAGCGCCACTACTCCGGAAGAGAAAGCCACCAGCCGCGAATACGCGAAAAAAGGAGCACGCTCCTGATGCAGGTGTTACCCCCGAGCCGCACAGGCGGCCCGTCGCGCCTGTTTATTATGCGTCCTGTGGCCACCACGCTGCTGACGCTGGCGATCTTACTCGCCGGGATTAACGGGTAACGCGGCCTGCCCGGTTCCGCGCt > 2:1340141/1‑288 (MQ=255) 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tATCGGTTATCGCGCCCTGCCCGGTTCGGCGCTGCCGGAAGTGGACTATCCGACCATTCAGGTGGTCACGCTCTACCCAGGTGCCAGCCCGGATGTCATGACCTCTGCCGTTACCGCGCCGCTAGAACGCCAGTTCGGGCAGATGTCTGGCCTGAAACAGATGTCGTCGCAAAGTTCCGGCGGTGCGTCAGTTATCACTTTGCAGTTCCAGCTAACATTACCGCTCGATGTCGCCGAGCAGGAAGTGCAGGCCGCGATTAACGCTGCGACCAACTTGTTGCCGAGCGAt < 2:548842/289‑1 (MQ=255) ||| CAGGTATTTCTGCGGGCGATCGCGTGGTGACAGACGGCATTGATCGCCTGACCGAAGGGGCGAAAGTGGAAGTGGTGGAAGCCCAGAGCGCCACTACTCCGGAAGAGAAAGCCACCAGCCGCGAATACGCGAAAAAAGGAGCACGCTCCTGATGCAGGTGTTACCCCCGAGCAGCACAGGCGGCCCGAGCCGCCTGTTTATTATGCGTCCTGTGGCCACCACGCTGCTGATGGTGGCGATCTTACTCGCCGGGATTATCGGTTATCGCGCCCTGCCCGTTAGCGCGCTGCCGGAAGTGGACTATCCGACCATTCAGGTGGTCACGCTCTACCCAGGTGCCAGCCCGGATGTCATGACCTCTGCCGTTACCGCGCCGCTAGAACGCCAGTTCGGGCAGATGTCTGGCCTGAAACAGATGAGCAGCCAAAGTTCCGGCGGTGCGAGTGTTATCACTTTGCAGTTCCAGCTAACATTACCGCTCGATGTCGCCGAGCAGGAAGTGCAGGCCGCGATTAACGCTGCGACCAACTTGTTGCCGAGCGATCTGCCTAACCCGCCGG > CP042583/1742027‑1742586 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 8 ≤ ATCG/ATCG < 18 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |