| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 1,742,445 | 6 bp→TCGTCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 1,742,445 | 0 | A | T | 98.1% | 370.9 / ‑5.1 | 162 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (82/76); minor base C (3/0); total (86/76) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.48e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,742,446 | 0 | G | C | 98.8% | 366.5 / ‑6.1 | 162 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (2/0); new base C (82/76); total (86/76) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.98e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,742,447 | 0 | C | G | 97.5% | 365.1 / ‑6.3 | 162 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (4/0); new base G (81/76); total (86/76) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.23e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,742,448 | 0 | A | T | 99.4% | 375.5 / ‑5.0 | 162 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (84/76); minor base C (1/0); total (86/76) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.41e-01 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,742,449 | 0 | G | C | 99.4% | 369.8 / NA | 162 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/0); new base C (84/76); total (86/76) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.80e-01 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,742,450 | 0 | C | G | 98.8% | 367.4 / ‑5.5 | 162 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (2/0); new base G (84/76); total (86/76) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.99e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.28e-01 | |||||||||||
Only 100 of 162 total aligned reads displayed.
GCAGGTGTTACCCCCGAGCAGCACAGGCGGCCCGAGCCGCCTGTTTATTATGCGTCCTGTGGCCACCACGCTGCTGATGGTGGCGATCTTACTCGCCGGGATTATCGGTTATCGCGCCCTGCCCGTTAGCGCGCTGCCGGAAGTGGACTATCCGACCATTCAGGTGGTCACGCTCTACCCAGGTGCCAGCCCGGATGTCATGACCTCTGCCGTTACCGCGCCGCTAGAACGCCAGTTCGGGCAGATGTCTGGCCTGAAACAGATG‑AGCAGCCAAAGTTCCGGCGGTGCGAGTGTTATCACTTTGCAGTTCCAGCTAACATTACCGCTCGATGTCGCCGAGCAGGAAGTGCAGGCCGCGATTAACGCTGCGACCAACTTGTTGCCGAGCGATCTGCCTAACCCGCCGGTTTACAGCAAAGTGAACCCGGCAGATCCGCCGATCATGACGCTCGCCGTCACCAGTACCGCCATGCCGATGACGCAAGTGGAAGATATGGTGGAAACCCGCGTCGCGCAGAAAATCAGCCAGATTTCCGGCGT > CP042583/1742180‑1742719 |||||| gCAGGTGTTACCCCCGAGCAGCACAGGCGGCCCGTCGCGCCTGTTTATTATGCGTCCTGTGGCCACCACGCTGCTGATGGTGGCGATCTTACTCGCCGGGATTATCGGTTATCGCGCCCTGCCCGTTTCGGCGCTGCCGGAAGTGGACTATCCGACCATTCAGGTGGTCACGCTCTACCCAGGTGCCAGCCCGGATGTCATGACCTCTGCCGTTACCGCGCCGCTAGAACGCCAGTTCGGGCAGATGTCTGGCCTGAAACAGATG‑TCGTCGCAAAGTTCCGGCGGTGCg < 2:1893408/289‑1 (MQ=255) cAGGTGTTACCCCCGAGCAGCACAGGCGGCCCGTCGCGCCTGTTTATTATGCGTCCTGTGGCCACCACGCTGCTGATGGTGGCGATCTTACTCGCCGGGATTATCGGTTATCGCGCCCTGCCCGTTTCGGCGCTGCCGGAAGTGGACTATCCGACCATTCAGGTGGTCACGCTCTACCCAGGTGCCAGCCCGGATGTCATGACCTCTGCCGTTACCGCGCCGCTAGAACGCCAGTTCGGGCAGATGTCTGGCCTGAAACAGATG‑TCGTCGCAAAGTTCCGGCGGTGCg < 1:1220093/288‑1 (MQ=255) gtTACCCCCGAGCAGCACAGGCGGCCCGTCGCGCCTGTTTATTATGCGTCCTGTGGCCACCACGCTGCTGATGGTGGCGATCTTACTCGCCGGGATTATCGGTTATCGCGCCCTGCCCGTTTCGGCGCTGCCGGAAGTGGACTATCCGACCATTCAGGTGGTCACGCTCTACCCAGGTGCCAGCCCGGATGTCATGACCTCCGCCGTTACCGCGCCGCTAGAACGCCAGTTCGGGCAGATGTCTGGCCTGAAACAGATG‑TCGTCGCAAAGTTCCGGCGGTGCgtcagt < 1:1417998/288‑6 (MQ=255) ttACCCCCGAGCAGCACAGGCGGCCCGTCGCGCCTGTTTATTATGCGTCCTGTGGCCACCACGCTGCTGATGGTGGCGATCTTACTCGCCGGGATTATCGGTTATCGCGCCCTGCCCGTTTCGGCGCTGCCGGAAGTGGACTATCCGACCATTCAGGTGGTCACGCTCTACCCAGGTGCCAGCCCGGATGTCATGACCTCTGCCGTTACCGCGCCGCTAGAACGCCAGTTCGGGCAGATGTCTGGCCTGAAACAGATG‑TCGTCGCAAAGTTCCGGCGGTg < 2:1512691/280‑1 (MQ=255) gAGCAGCACAGGCGGCCCGTCGCGCCTGTTTATTATGCGTCCTGTGGCCACCACGCTGCTGATGGTGGCGATCTTACTCGCCGGGATTATCGGTTATCGCGCCCTGCCCGTTTCGGCGCTGCCGGAAGTGGACTATCCGACCCTTCAGGTGGTCACGCTCTACCCAGGTGCCAGCCCGGATGTCATGACCTCTGCCGTTACCGCGCCGCTAGAACGCCAGTTCGGGCAGATGACTGGCCTGCAACAGATG‑TCGTCGCAAAGTTCCCGCGGTGCGTCCGTTATCACttt > 2:1552681/1‑288 (MQ=255) cacaGGCGGCCCGTCGCGCCTGTTTATTATGCGTCCTGTGGCCACCACGCTGCTGATGGTGGCGATCTTACTCGCCGGGATTATCGGTTATCGCGCCCTGCCCGTTTCGGCGCTGCCGGAAGTGGACTATCCGACCATTCAGGTGGTCACGCTCTACCCCGGTGCCAGCCCGGATGTCATGACCTCTGCCGTTACCGCGCCGCTAGAACGCCAGTTCGGGCAGATGTCTGGCCTGAAACAGATG‑TCGTCGCAAAGTTCCCGCGGGGCGGCAGTTATCACTTTGCAGtt > 1:824609/1‑288 (MQ=255) cacaGGCGGCCCGTCGCGCCTGTTTATTATGCGTCCTGTGGCCACCACGCTGCTGATGGTGGCGATCTTACTCGCCGGGATTATCGGTTATCGCGCCCTGCCCGTTTCGGCGCTGCCGGAAGTGGACTATCCGACCATTCAGGTGGTCACGCTCTACCCAGTTGCCAGCCCGGATGTCATGACCTCTGCCGTTACCGCGCCGCTAGAACGCCAGTTCGGGCAGATGTCTGGCCTGAAACACATG‑CCGTCGCAAAGTTCCGGCGGTGCGTCAGTTATCACTTTGCatct > 2:1199026/1‑285 (MQ=255) cacaGGCGGCCCGTCGCGCCTGTTTATTATGCGTCCTGTGGCCACCACGCTGCTGATGGTGGCGATCTTACTCGCCGGGATTATCGGTTATCGCGCCCTGCCCGTTTCGGCGCTGCCGGAAGTGGACTATCCGACCATTCAGGTGGTCACGCTCTACCCAGGTGCCAGCCCGGATGTCATGACCTCTGCCGTTACCGCGCCGCTAGAACGCCAGTTCGGGCAGATGTCTGGCCTGAAACAGATG‑TCGTCGCAAAGTTCCGGCGGTGCGTCAGTTATCACTTTGCAGtt > 2:1326969/1‑288 (MQ=255) acaGGCGGCCCTTCGCGCCTGTTTATTATGCGTCCTGTGGCCACCACGCTGCTGATGGTGGCGATCTTACTCGCCGGGATTATCGGTTATCGCGCCCTGCCCGTTTCGGCGCTGCCGGAAGTGGACTATCCGACCATTCAGGTGGTCACGCTCTACCCAGGTGCCAGCCCGGATGTCATGACCTCTGCCGTTACCGCGCCGCTAGAACGCCAGTTCGGGCAGATGTCTGGCCTGAAACAGATG‑TCGTCGCAAAGTTCCGGCGGTGCGTCAGTTATCACTTTGCAGtt < 1:915598/287‑1 (MQ=255) acaGGCGGCCCGTCGCGCCTGTTTATTATGCGTCCTGTGGCCACCACGCTGCTGATGGTGGCGATCTTACTCGCCGGGATTATCGGTTATCGCGCCCTGCCCGTTTCGGCGCTGCCGGAAGTGGACTATCCGACCATTCAGGTGGTCACGCTCTACCCAGGTGCCAGCCCGGATGTCATGACCTCTGCCGTTACCGCGCCGCTAGAACGCCAGTTCGGGCAGATGTCTGGCCTGAAACAGATG‑TCGTCGCAAAGTTCCGGCGGTGCGTCAGTTATCACTTTGCAGt < 1:1920497/286‑1 (MQ=255) 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ttatGCGTCCTGTGGCCACCACGCTGCTGATGGTGGCGATCTTACTCGCCGGGATTATCGGTTATCGCGCCCTGCCCGTTTCGGCGCTGCCGGAAGTGGACTATCCGACCATTCAGGTGGTCACGCTCTACCCAGGTGCCAGCCCGGATGTCATGACCTCTGCCGTTACCGCGCCGCTAGAACGCCAGTTCGGGCAGATGTCTGGCCTGAAACAGATG‑TCGTCGCAAAGTTCCGGCGGTGCGTCAGTTATCACTTTGCAGTTCCAGCTAACATTACCGCTCGATGTCGc < 1:1724434/289‑1 (MQ=255) gCGTCCTGT‑GCCACCACGCTGCTGATGGTGGCGATCTTACTCGCCGGGATTATCGGTTATCGCGCCCTGCCCGTTTCGGCGCTGCCGGAAGTGGACTATCCGACCATTCAGGTGGTCACGCTCTACCCAGGTGCCAGCCCGGATGTCATGACCTCTGCCGTTACCGCGCCGCTAGAACGCCAGTTCGGGCAGATGTCTGGCCTGAAACAGATG‑TCGTCGCAAAGTTCCGGCGGTGCGTCAGTTATCACTTTGCAGTTCCAGCTAACATTACCGCTCGATGTCGCCGAGc < 1:1739136/289‑1 (MQ=255) gTCCTGTGGCCACCACGCTGCTGATGGTGGCGATCTTACTCGCCGGGATTATCGGTTATCGCGCCCTGCCCGTTTCGGCGCTGCCGGAAGTGGACTATCCGACCATTCAGGTGGTCACGCTCTACCCAGGTGCCAGCCCGGATTTCATGACCTCTGCCGTTACCGCGCCCCTAGAACGCCCGATCGGGCAGATGTCTGCCCTGAAACAGATG‑TCGTCGCAAAGTTCCTGCCGTGCGTCAGTTATCTCTTTGCAGTTCCAGGTACACTTACCGCCCCATGTCTCCGactc > 2:1299137/1‑286 (MQ=255) 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aTGGTGGCGATCTTACTCGCCGGGATTATCGGTTATCGCGCCCTGCCCGTTTCGGCGCTGCCGGAAGTGGACTATCCGACCATTCAGGTGGTCACGCTCTACCCAGGTGCCAGCCCGGATGTCATGACCTCTGCCGTTACCGCGCCGCTAGAACGCCAGTTCGGGCAGATGTCTGGCCTGAAACAGATG‑TCGTCGCAAAGTTCCGGCGGTGCGTCAGTTATCACTTTGCAGTTCCAGCTAACATTACCGCTCGATGTCGCCGAGCAGGAAGTGCAGGCCGCGATTAAc > 2:992391/1‑288 (MQ=255) ggCGATCTTACTCGCCGGGATTATCGGTTATCGCGCCCTGCCCGTTTCGGCGCTGCCGGAAGTGGACTATCCGACCATTCAGGTGGTCACGCTCTACCCAGGTGCCAGCCCGGATGTCATGACCTCTGCCGTTACCGCGCCGCTAGAACGCCAGTTCGGGCAGATGTCTGGCCTGAAACAGATG‑CTGTCGCAAAGTTCAGGCGGTGCGGCAGTTATCACTTTGCAGTTCCAGCTAACATTACCGCTCGATGTCGCCGGACAGGTACTGCAGGCCGCGATTTACGcgggc > 2:892351/1‑285 (MQ=255) cGATCTTACTCGCCGGGATTATCGGTTATCGCGCCCTGCCCGTTTCGGCGCTGCCGGAAGTGGACTATCCGACCATTCAGGTGGTCACGCTCTACCCAGGTGCCAGCCCGGATGTCATGACCTCTGCCGTTACCGCGCCGCTAGAACGCCAGTTCGGGCCGATGTCTGGCCTGAAACAGATG‑TCGTCGCAAAGTTCCGGCGGTGCGTCAGTTATCACTTTGCAGTTCCAGCTAACATTACCGCTCGATGTCGCCGAGCAGGAAGTGCAGGCCGCGAGTTACGcctcga > 2:1765971/1‑283 (MQ=255) 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ccTGAAACAGATG‑TCGTCGCAAAGTTCCGGCGGTGCGTCAGTTATCACTTTGCAGTTCCAGCTAACATTACCGCTCGATGTCGCCGAGCAGGAAGTGCAGGCCGCGATTAACGCTGCGACCAACTTGTTGCCGAGCGATCTGCCTAACCCGCCGGTTTACAGCAAAGTGAACCCGGCAGATCCGCCGATCATGACGCTCGCCGTCACCTCAACCGCCATGCCGATGACGCAAGTGGAAGATATGGTGGAAACCCGCGTCGCGCAGAAAATCTCGCAGATTTCCGGCGt < 1:984464/288‑1 (MQ=255) ccTGAAACAGATG‑TCGTCGCAAAGTTCCGGCGGTGCGTCAGTTATCACTTTGCAGTTCCAGCTAACATTACCGCTCGATGTCGCCGAGCAGGAAGTGCAGGCCGCGATTAACGCTGCGACCAACTTGTTGCCGAGCGATCTGCCTAACCCGCCGGTTTACAGCAAAGTGAACCCGGCAGATCCGCCGATCATGACGCTCGCCGTCACCTCAACCGCCATGCCGATGACGCAAGTGGAAGATATGGTGGAAACCCGCGTCGCGCAGAAAATCTCGCAGATTTCCGGCGt < 1:1689848/288‑1 (MQ=255) |||||| GCAGGTGTTACCCCCGAGCAGCACAGGCGGCCCGAGCCGCCTGTTTATTATGCGTCCTGTGGCCACCACGCTGCTGATGGTGGCGATCTTACTCGCCGGGATTATCGGTTATCGCGCCCTGCCCGTTAGCGCGCTGCCGGAAGTGGACTATCCGACCATTCAGGTGGTCACGCTCTACCCAGGTGCCAGCCCGGATGTCATGACCTCTGCCGTTACCGCGCCGCTAGAACGCCAGTTCGGGCAGATGTCTGGCCTGAAACAGATG‑AGCAGCCAAAGTTCCGGCGGTGCGAGTGTTATCACTTTGCAGTTCCAGCTAACATTACCGCTCGATGTCGCCGAGCAGGAAGTGCAGGCCGCGATTAACGCTGCGACCAACTTGTTGCCGAGCGATCTGCCTAACCCGCCGGTTTACAGCAAAGTGAACCCGGCAGATCCGCCGATCATGACGCTCGCCGTCACCAGTACCGCCATGCCGATGACGCAAGTGGAAGATATGGTGGAAACCCGCGTCGCGCAGAAAATCAGCCAGATTTCCGGCGT > CP042583/1742180‑1742719 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |