Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 1,743,624 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP042583 | 1,743,624 | 0 | A | T | 99.3% | 661.8 / NA | 287 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (122/162); minor base G (0/2); total (123/164) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.09e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,743,625 | 0 | G | C | 99.0% | 650.2 / NA | 287 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/3); new base C (122/161); total (123/164) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.64e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,743,626 | 0 | T | A | 98.6% | 661.0 / NA | 287 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (120/160); minor base G (0/4); total (123/164) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.40e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 287 total aligned reads displayed.
CGATTTTAGTATCAATAACCTGACACTGATGGCGTTAACTATCGCCACCGGATTCGTGGTCGATGACGCCATCGTGGTGATCGAAAACATTTCCCGCTATATCGAAAAAGGCGAAAAACCGTTGGCGGCGGCGCTCAAGGGCGCAGGTGAAATCGGCTTTACCATTATCAGCCTGACCTTCAGTCTGATTGCGGTGTTGATCCCACTGCTGTTTATGGGCGATATCGTCGGGCGACTGTTCCGCGAATTTGCTATTACCCTGGCGGTAGCGATTTTGATCAGTGCGGTGGTGAGCCTGACCCTGACACCGATGATGTGCGCGCGGATGCTCAGCCAGGAGAGCTTGCGTAAACAGAACCGCTTCTCCCGTGCCAGCGAAAAAATGTTCGACAGGATAATCGCCGCCTATGGTCGTGGACTGGCGAAAGTGCTGAATCATCCGTGGCTGACCTTAAGCGTGG‑CACTCAGCACGCTGCTGCTTAGCGTGCTGCTGTGGGTGTTCATTCCGAAAGGTTTCTTCCCGGTACAGGACAATGGCATTATTCAGGGCACTTT > CP042583/1743344‑1743898 ||| cGATTTTTCAATCAATGAGCTGACACTGATGGAGTTAACCATCGCCACCGGATTCGTGGTCGATGACGCCATCGTGGTGATCGAAAACATTTCCCGCTATATCGAAAAAGGCGAAAAACCGTTGGCGGCGGCGCTCAAGGGCGCAGGTGAAATCGGCTTTACCATTATCTCGCTGACCTTCTCACTGATTGCGGTGTTGATCCCACTGCTGTTTATGGGCGATATCGTCGGGCGACTGTTCCGCGAATTTGCTATTACCCTGGCGGTAGCGATTTTGATCTCAGCggtg < 2:822809/289‑1 (MQ=255) aaCCTGACACTGATGGCGTTAACTATCGCCACCGGATTCGTGGTCGATGACGCCATCGTGGTGATCGAAAACATTTCCCGCTATATCGAAAAAGGCGAAAAACCGTTGGCGGCGGCGCTCAAGGGCGCAGGTGAAATCGGCTTTACCATTATCTCGCTGACCTTCTCACTGATTGCGGTGTTGATCCCACTGCTGTTTATGGGCGATATCGTCGGGCGACTGTTCCGCGAATTTGCTATTACCCTGGCGGTAGCGATTTTGATCTCAGCGGTGGTGTCgctgaccctga < 2:924837/289‑1 (MQ=255) ccTGACCCTGATGGCAGTACCTATCTACACCGTATTCTTGCTCGATGACGCCATGGTGGTGATCTAAAACATTTCCCGCTATATCGAAAAAGGCGAAAAACCGTTGGCGGCGGCGCTCAAGGGCGCAGGTGAAATCGGCTTTACCATTATCTCGCTGACCTTCTCACTGATTGCGTTGTTGATCCCACTGCTGTTTATGGGCGATATCGTCGGGCGACTGTTCCGCGAATTTGCTATTACCCTGGCGGTAGCGATTTTGATCTCAGCGGTGGTGTCGCTGACCCTGaca < 2:1750644/289‑1 (MQ=255) ccTGACACTGATGGCGTTAACTATCGCCACCGGATTCGTGGTCGATGACGCCATCGTGGTGATCGAAAACATTTCCCGCTATATCGAAAAAGGCGAAAAACCGTTGGCGGCGGCGCTCAAGGGCGCAGGTGAAATCGGCTTTACCATTATCTCGCTGACCTTCTCACTGATTGCGGTGTTGATCCCACTGCTGTTTATGGGCGATATCGTCGGGCGACTGTTCCGCGAATTTGCTATTACCCTGGCGGTAGCGATTTTGATCTCAGCGGTGGTGTCGCTGACCCTGaca < 1:426431/289‑1 (MQ=255) gACACTGATGGCGTTAACTATCGCCACCGGATTCGTGGTCGATGACGCCATCGTGGTGATCGAAAACATTTCCCGCTATATCGAAAAAGGCGAAAAACCGTTGGCGGCGGCGCTCAAGGGCGCAGGTGAAATCGGCTTTACCATTATCTCGCTGACCTTCTCACTGATTGCGGTGTTGATCCCACTGCTGTTTATGGGCGATATCGTCGGGCGACTGTTCCGCGAATTTGCTATTACCCTGGCGGTAGCGATTTTGATCTCAGCGGTGGTGTCGCTGACCCTGACACCg > 1:1566918/1‑289 (MQ=255) cacTGATGGCGTTAACTATCGCCACCGGATTCGTGGTCGATGACGCCATCGTGGTGATCGAAAACATTTCCCGCTATATCGAAAGAGGCGAAAAACCGTTGGCGGCGGCGCTCAAGGGCGCAGGTGAAATCGGCTTTACCATTATCTCGCTGACCTTCTCACTGATTGCGGTGTTGATCCCACTGCTGTTTATGGGCGATATCGTCGGGCGACTGTTCCGCGAATTTGCTATTACCCTGGCGGTAGCGATTTTGATCTCAGCGGTGGTGTCGCTGACCCTGACACCgat > 1:1662398/1‑289 (MQ=255) cacTGATGGCGTTAACTATCGCCACCGGATTCGTGGTCGATGACGCCATCGTGGTGATCGAAAACATTTCCCGCTATATCGAAAAAGGCGAAAAACCGTTGGCGGCGGCGCTCAAGGGCGCAGGTGAAATCGGCTTTACCATTATCTCGCTGACCTTCTCACTGATTGCGGTGTTGATCCCACTGCTGTTTATGGGCGATATCGTCGGGCGACTGTTCCGCGAATTTGCTATTACCCTGGCGGTAGCGATTTTGATCTCAGCGGTGGTGTCGCTGACCCTGACACCgat > 1:1098056/1‑289 (MQ=255) 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aTGGCGTTAACTATCGCCACCGGATTCGTGGTCGATGACGCCATCGTGGTGATCGAAAACATTTCCCGCTATATCGAAAAAGGCGAAAAACCGTTGGCGGCGGCGCTCAAGGGCGCAGGTGAAATCGGCTTTACCATTATCTCGCTGACCTTCTCACTGATTGCGGTGTTGATCCCACTGCTGTTTATGGGCGATATCGTCGGGCGACTGTTCCGCGAATTTGCTATTACCCTGGCGGTAGCGATTTTGATCTCAGCGGTGTGGTGTCTGACCCTGACACGGATGAtgt > 2:1930737/1‑289 (MQ=255) aTGGCGTTAACTATCGCCACCGGATTCGTGGTCGATGACGCCATCGTGGTGATCGAAAACATTTCCCGCTATATCGAAAAAGGCGAAAAACCGTTGGCGGCGGCGCTCAAGGGCGCAGGTGAAATCGGCTTTACCATTATCTCGCTGACCTTCTCACTGATTGCGGTGTTGATCCCACTGCTGTTTATGGGCGATATCGTCGGGCGACTGTTCCGCGAATTTGCTATTACCCTGGCGGTAGCGATTTTGATCTCAGCGGTGGTGTCGCTGACCCTGACACCGATGAtgt > 1:743795/1‑289 (MQ=255) aTGGCGTTAACTATCGCCACCGGATTCGTGGTCGATGACGCCATCGTGGTGATCGAAAACATTTCCCGCTATATCGAAAAAGGCGAAAAACCGTTGGCGGCGGCGCTCAAGGGCGCAGGTGAAATCGGCTTTACCATTATCTCGCTGACCTTCTCACTGATTGCGGTGTTGATCCCACTGCTGTTTATGGGCGATATCGTCGGGCGACTGTTCCGCGAATTTGCTATTACCCTGGCGGTAGCGATTTTGATCTCAGCGGTGGTGTCGCTGACCCTGACACCGATGAtgt > 1:1341992/1‑289 (MQ=255) 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ggCGGTAGCGATTTTGATCTCAGCGGTGGTGTCGCTGACCCTGACACCGATGATGTGCGCGCGGATGCTCAGCCAGGAGTCGTTGCGTAAACAGAACCGCTTCTCCCGTGCCTCGGAAAAAATGTTCGACAGGATAATCGCCGCCTATGGTCGTGGACTGGCGAAAGTGCTGAATCATCCGTGGCTGACCTTAAGCGTGG‑CACTCAGCACGCTGCTGCTTAGCGTGCTGCTGTGGGTGTTCATTCCGAAAGGTTTCTTCCCGGTACAGGACAATGGCATTATTCAGGGc < 1:637203/289‑1 (MQ=255) gCGGTAGCGATTTTGATCTCAGCGGTGGTGTCGCTGACCCTGACACCGATGATGTGCGCGCGGATGCTCAGCCAGGAGTCGTTGCGTAAACAGAACCGCTTCTCCCGTGCCTCGGAAAAAATGTTCGACAGGATAATCGCCGCCTATGGTCGTGGACTGGCGAAAGTGCTGAATCATCCGTGGCTGACCTTAAGCGTGG‑CACTCAGCACGCTGCTGCTTCGCGTGCTGCTGTGGGTGTTCATTCCGACAGGTTTCTTCCCGGTACAGGACAATGGCATTATTCCGGGc > 2:1815556/1‑288 (MQ=255) cGGTAGCGATTTTGATCTCAGCGGTGGTGTCGCTGACCCTGACACCGATGATGTGCGCGCGGATGCTCAGCCAGGAGTCGTTGCGTAAACAGAACCGCTTCTCCCGTGCCTCGGAAAAAATGTTCGACAGGATAATCGCCGCCTATGGTCGTGGACTGGCGAAAGTGCTGAATCATCCGTGGCTGACCTTAAGCGTGA‑CACTCAGCACGCTGCTGCTTAGCGTGCTGCTGTGGGTGTTCATTCCGAAAGGTTTCTTCCCGGTACAGGACAATGGCATTATTCAGGGCa < 1:1115674/288‑1 (MQ=255) ||| CGATTTTAGTATCAATAACCTGACACTGATGGCGTTAACTATCGCCACCGGATTCGTGGTCGATGACGCCATCGTGGTGATCGAAAACATTTCCCGCTATATCGAAAAAGGCGAAAAACCGTTGGCGGCGGCGCTCAAGGGCGCAGGTGAAATCGGCTTTACCATTATCAGCCTGACCTTCAGTCTGATTGCGGTGTTGATCCCACTGCTGTTTATGGGCGATATCGTCGGGCGACTGTTCCGCGAATTTGCTATTACCCTGGCGGTAGCGATTTTGATCAGTGCGGTGGTGAGCCTGACCCTGACACCGATGATGTGCGCGCGGATGCTCAGCCAGGAGAGCTTGCGTAAACAGAACCGCTTCTCCCGTGCCAGCGAAAAAATGTTCGACAGGATAATCGCCGCCTATGGTCGTGGACTGGCGAAAGTGCTGAATCATCCGTGGCTGACCTTAAGCGTGG‑CACTCAGCACGCTGCTGCTTAGCGTGCTGCTGTGGGTGTTCATTCCGAAAGGTTTCTTCCCGGTACAGGACAATGGCATTATTCAGGGCACTTT > CP042583/1743344‑1743898 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |