| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 1,746,288 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 1,746,288 | 0 | A | T | 99.5% | 470.0 / NA | 200 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (110/89); minor base G (0/1); total (110/90) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.50e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,746,289 | 0 | G | C | 97.0% | 446.0 / NA | 200 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/6); new base C (110/84); total (110/90) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.56e-03 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,746,290 | 0 | C | G | 99.5% | 465.4 / NA | 200 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (110/89); minor base T (0/1); total (110/90) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.50e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 200 total aligned reads displayed.
CCGCTGAATATCAGCCGTTGATTATTCACTACAACAACGGCGGCGCGGTTCGTCTGGGCGATGTGGCGACGGTGACCGACAGTGTGCAGGATGTGCGCAACGCCGGGATGACCAACGCCAAACCGGCTATTTTACTGATGATCCGCAAACTGCCGGAAGCCAATATTATCCAGACGGTTGACAGCATCCGGG‑CAAAATTACCGGAGTTGC‑AGGAAACCATTCCGGCGGCGATTGATCTGCAAATTGCCC‑AGGATCGCTCCCCCACCATTCGCGCCAGCCTGGAAGAAGTCGAGCAAACGCTGATTATCAGCGTGGCGCTGGTGATT‑CTGGTGGTGTTTTTATTCCTGCGCAGCGGTCGCGCCACTATTATTCCCGCCGTTAGCGTGCCGGTTAGCCTGATTGGTACGTTTGCGGCGATGTACCTGTGCGGATTCAGTCTCAATAACCTTAGCTTAATGGCGCTCACCATCGCTACTGGTTTCGTGGTGGATGACGCCATCGTGGTGCTGGAAAACATTGCACGTCATCTGGAAGCGGGAATGAAACCGTTGCAAGC > CP042583/1746013‑1746568 ||| ccgcTGAATATCAGCCGTTGATTATTCACTACAACAACGGCGGCGCGGTTCGTCTGGGCGATGTGGCGACGGTGACCGACTCAGTGCAGGATGTGCGCAACGCCGGGATGACCAACGCCAAACCGGCTATTTTACTGATGATCCGCAAACTGCCGGAAGCCAATATTATCCAGACGGTTGACAGCATCCGGG‑CAAAATTACCGGAGTTGC‑AGGAAACCATTCCGGCGGCGATTGATCTGCAAATTGCCC‑AGGATCGCTCCCCCACCATTCGCGCCTCGCTGGaagaag > 1:1029082/1‑288 (MQ=255)ccgcTGAATATCAGCCGTTGATTATTCACTACAACAACGGCGGCGCGGTTCGTCTGGGCGATGTGGCGACGGTGACCGACTCAGTGCAGGATGTGCGCAACGCCGGGATGACCAACGCCAAACCGGCTATTTTACTGATGATCCGCAAACTGCCGGAAGCCAATATTATCCAGACGGTTGACAGCATCCGGG‑CAAAATTACCGGAGTTGC‑AGGAAACCATTCCGGCGGCGATTGATCTGCAAATTGCCC‑AGGATCGCTCCCCCACCATTCGCGCCTCGCTGGaagaag > 2:399366/1‑288 (MQ=255)ccgcTGAATATCAGCCGTTGATTATTCACTACAACAACGGCGGCGCGGTTCGTCTGGGCGATGTGGCGACGGTGACCGACTCAGTGCAGGATGTGCGCAACGCCGGGATGACCAACGCCAAACCGGCTATTTTACTGATGATCCGCAAACTGCCGGAAGCCAATATTATCCAGACGGTTGACAGCATCCGGG‑CAAAATTACCGGAGTTGC‑AGGAAACCATTCCGGCGGCGATTGATCTGCAAATTGCCC‑AGGATCGCTCCCCCACCATTCGCGCCTCGCTGGaagaag > 1:893221/1‑288 (MQ=255) gAATATCAGCCGTTGATTATTCACTACAACAACGGCGGCGCGGTTCGTCTGGGCGATGTGGCGACGGTGACCGACTCAGTGCAGGATGTGCGCAACGCCGGGATGACCAACGCCAAACCGGCTATTTTACTGATGATCCGCAAACTGCCGGAAGCCAATATTATCCAGACGGTTGACAGCATCCGGG‑CAAAATTACCGGAGTTGC‑AGGAAACCATTCCGGCGGCGATTGATCTGCAAATTGCCC‑AGGATCGCTCCCCCACCATTCGCGCCTCGCTGGAAGAAGTCGAGc < 1:784250/289‑1 (MQ=255) gCCGTTGATTATTCACTACAACAACGGCGGCGCGGTTCGTCTGGGCGATGTGGCGACGGTGACCGACTCAGTGCAGGATGTGCGCAACGCCGGGATGACCAACGCCAAACCGGCTATTTTACTGATGATCCGCAAACTGCCGGAAGCCAATATTATCCAGACGGTTGACAGCATCCGGG‑CAAAATTACCGGAGTTGC‑AGGAAACCATTCCGGCGGCGATTGATCTGCAAATTGCCC‑AGGATCGCTCCCCCACCATTCGCGCCTCGCTGGAAGAAGTCGAGCAAACGCTg > 1:1925866/1‑289 (MQ=255) gTTGATTATTCACTACAACAACGGCGGCGCGGTTCGTCTGGGCGATGTGGCGACGGTGACCGACTCAGTGCAGGATGTGCGCAACGCCGGGATGACCAACGCCAAACCGGCTATTTTACTGATGATCCGCAAACTGCCGGAAGCCAATATTATCCAGACGGTTGACAGCATCCGGG‑CAAAATTACCGGAGTTGC‑AGGAAACCATTCCGGCGGCGATTGATCTGCAAATTGCCC‑AGGATCGCTCCCCCACCATTCTCGCCTCGCTGGAAGAAGTCGAGCAAACGCTGAtt > 1:1471906/1‑289 (MQ=255) gTTGATTATTCACTACAACAACGGCGGCGCGGTTCGTCTGGGCGATGTGGCGACGGTGACCGACTCAGTGCAGGATGTGCGCAACGCCGGGATGACCAACGCCAAACCGGCTATTTTACTGATGATCCGCAAACTGCCGGAAGCCAATATTATCCAGACGGTTGACAGCATCCGGG‑CAAAATTACCGGAGTTGC‑AGGAAACCATTCCGGCGGCGATTGATCTGCAAATTGCCC‑AGGATCGCTCCCCCACCATTCGCGCCTCGCTGGAAGAAGTCGAGCAAACGCTGAtt > 1:701653/1‑289 (MQ=255) tGATTATTCACTACAACAACGGCGGCGCGGTTCGTCTGGGCGATGTGGCGACGGTGACCGACTCAGTGCAGGATGTGCGCAACGCCGGGATGACCAACGCCAAACCGGCTATTTTACTGATGATCCGCAAACTGCCGGAAGCCAATATTATCCAGACGGTTGACAGCATCCGGG‑CAAAATTACCGGAGTTGC‑AGGAAACCATTCCGGCGGCGATTGATCTGCAAATTGCCC‑AGGATCGCTCCCCCACCATTCGCGCCTCGCTGGAAGAAGTCGAGCAAACGCTGATTa > 1:1311529/1‑288 (MQ=255) ttCACTACAACAACGGCGGCGCGGTTCGTCTGGGCGATGTGGCGACGGTGACCGACTCAGTGCAGGATGTGCGCAACGCCGGGATGACCAACGCCAAACCGGCTATTTTACTGATGATCCGCAAACTGCCGGAAGCCAATATTATCCAGACGGTTGACAGCATCCGGG‑CAAAATTACCGGAGTTGC‑AGGAAACCATTCCGGCGGCGATTGATCTGCAAATTGCCC‑AGGATCGCTCCCCCACCATTCGCGCCTCGCTGGAAGAAGTCGAGCAAACGCTGATTATctcggt > 1:1810772/1‑284 (MQ=255) acaacaACGGCGGCGCGGTTCGTCTGGGCGATGTGGCGACGGTGACCGACTCAGTGCAGGATGTGCGCAACGCCGGGATGACCAACGCCAAACCGGCTATTTTACTGATGATCCGCAAACTGCCGGAAGCCAATATTATCCAGACGGTTGACAGCATCCGGG‑CAAAATTACCGGAGTTGC‑AGGAAACCATTCCGGCGGCGATTGATCTGCAAATTGCCC‑AGGATCGCTCCCCCACCATTCGCGCCTCGCTGGAAGAAGTCGAGCAAACGCTGATTATctcggtggc > 1:1789725/1‑278 (MQ=255) caacaaCGGCGGCGCGGTTCGTCTGGGCGATGTGGCGACGGTGACCGACTCAGTGCAGGATGTGCGCAACGCCGGGATGACCAACGCCAAACCGGCTATTTTACTGATGATCCGCAAACTGCCGGAAGCCAATATTATCCAGACGGTTGACAGCATCCGGG‑CAAAATTACCGGAGTTGC‑AGGAAACCATTCCGGCGGCGATTGATCTGCAAATTGCCC‑AGGATCGCTCCCCCACCATTCGCGCCTCGCTGGAAGAAGTCGAGCAAACGCTGATTATCTCGGTGGCGCTg > 1:1206927/1‑289 (MQ=255) aacaacGGCGGCGCGGTTCGTCTGGGCGATGTGGCGACGGTGACCGACTCAGTGCAGGATGTGCGCAACGCCGGGATGACCAACGCCAAACCGGCTATTTTACTGATGATCCGCAAACTGCCGGAAGCCAATATTATCCAGACGGTTGACAGCATCCGGG‑CAAAATTACCGGAGTTGC‑AGGAAACCATTCCGGCGGCGATTGATCTGCAAATTGCCC‑AGGATCGCTCCCCCACCATTCGCGCCTCGCTGGAAGAAGTCGAGCAAACGCTGATTATCTCGGTGGCGCTgg > 1:55752/1‑289 (MQ=255) acaacGGCGGCGCGGTTCGTCTGGGCGATGTGGCGACGGTGACCGACTCAGTGCAGGATGTGCGCAACGCCGGGATGACCAACGCCAAACCGGCTATTTTACTGATGATCCGCAAACTGCCGGAAGCCAATATTATCCAGACGGTTGACAGCATCCGGG‑CAAAATTACCGGAGTTGC‑AGGAAACCATTCCGGCGGCGATTGATCTGCAAATTGCCC‑AGGATCGCTCCCCCACCATTCGCGCCTCGCTGGAAGAAGTCGAGCAAACGCTGATTATCTCGGTGGCGCTGGt < 1:1948888/289‑1 (MQ=255) acaacGGCGGCGCGGTTCGTCGGGGCGATGTGGCGACGGTGACCGACTCAGTGCAGGCTGTGCGCAACGCCGGGATGACCAACGCCAAACCGGCTATTTTACTGATGATCCGCAAACTGCCGGAAGCCAATATTATCCAGACGGTTGACAGCATCCGGG‑CAAAATTACCGGAGTTGC‑AGGAAACCATTCCGGCGGCGATTGATCTGCAAATTGCCC‑AGGATCGCTCCCCCACCATTCGCGCCTCGCTGGAAGAAGTCGAGCAAACGCTGATTATCTCGGTGGCGCTGGt < 1:1851601/289‑1 (MQ=255) caacGGCGGCGCGGTTCGTCTGGGCGATGTGGCGACGGTGACCGACTCAGTGCAGGATGTGCGCAACGCCGGGATGACCAACGCCAAACCGGCTATTTTACTGATGATCCGCAAACTGCCGGAAGCCAATATTATCCAGACGGTTGACAGCATCCGGG‑CAAAATTACCGGAGTTGC‑AGGAAACCATTCCGGCGGCGATTGATCTGCAAATTGCCC‑AGGATCGCTCCCCCACCATTCGCGCCTCGCCGGATGAAGTCTAGCAAACGCTGATTATCTCGTTGGCGCTGGtt > 1:1766232/1‑288 (MQ=255) cggcggCGCGGTTCGTCTGGGCGATGTGGCGACGGTGACCGACTCAGTGCAGGATGTGCGCAACGCCGGGATGACCAACGCCAAACCGGCTATTTTACTGATGATCCGCAAACTGCCGGAAGCCAATATTATCCAGACGGTTGACAGCATCCGTG‑CAAAATTACCGGAGTTGC‑AGGAAACCATTCCGGCGGCGATTGATCTGAAAATTGCCC‑AGGATCGCTTCCCCACCATTCGCGCCTCGCTGGACGAAGTCGAGTAAAACCTGATTATCTCGGTGGCGCCGGtcag > 2:1644646/1‑285 (MQ=255) cggcggCGCGGTTCGTCTGGGCGATGTGGCGACGGTGACCGACTCAGTGCAGGATGTGCGCAACGCCGGGATGACCAACGCCAAACCGGCTATTTTACTGATGATCCGCAAACTGCCGGAAGCCAATATTATCCAGACGGTTGACAGCATCCGGG‑CAAAATTACCGGAGTTGC‑AGGAAACCATTCCGGCGGCGATTGATCTGCAAATTGCCC‑AGGATCGCTCCCCCACCATTCGCGCCTCGCTGGAAGAAGTCGAGCAAACGCTGATTATCTCGGTGGCGCTGGTGAt > 1:325813/1‑288 (MQ=255) gcggcgCGGTTCGTCTGGGCGATGTGGCGACGGTGACCGACTCAGTGCAGGATGTGCGCAACGCCGGGATGACCAACGCCAAACCGGCTATTTTACTGATGATCCGCAAACTGCCGGAAGCCAATATTATCCAGACGGTTGACAGCATCCGGG‑CAAAATTACCGGAGTTGC‑AGGAAACCATTCCGGCGGCGATTGATCTGCAAATTGCCC‑AGGATCGCTCCCCCACCATTCGCGCCTCGCTGGAAGAAGTCGAGCAAACGCTGATTATCTCGGTGGCGCTGGTgct > 1:1443913/1‑284 (MQ=255) gggcgGTTCGTGGGGGGGCTGGGGCGCCGGTGGCGGACTCAGTGCAGGGTGTGCGCAACGCCGGGATGCCCAACGCCAAACCGGCTATTTTACTGATGATCCGCAAACTGCCGGAAGCCAATATTATCCAGACGGTTGACAGCATCCGGG‑CAAAATTACCGGAGTTGC‑AGGAAACCATTCCGGCGGCGATTGATCTGCAAATTGCCC‑AGGATCGCTCCCCCACCATTCGCGCCTCGCTGGAAGAAGTCGAGCAAACGCTGATTATCTCGGTGGCGCTGGTGATT‑Ctgg < 2:263296/286‑1 (MQ=255) cTGGGCGATGTGGCGACGGTGACCGACTCAGTGCAGGATGTGCGCAACGCCGGGATGACCAACGCCAAACCGGCTATTTTACTGATGATCCGCAAACTGCCGGAAGCCAATATTATCCAGACGGTTGACAGCATCCGGG‑CAAAATTACCGGAGTTGC‑AGGAAACCATTCCGGCGGCGATTGATCTGCAAATTGCCC‑AGGATCGCTCCCCCACCATTCGCGCCTCGCTGGAAGAAGTCGAGCAAACGCTGATTATCTCGGTGGCGCTGGTGATT‑CTGGTGGTGTTTTTa < 1:692480/288‑1 (MQ=255) ggCGATGTGGCGACGGTGACCGACTCAGTGCAGGATGTGCGCAACGCCGGGATGACCAACGCCAAACCGGCTATTTTACTGATGATCCGCAAACTGCCGGAAGCCAATATTATCCAGACGGTTGACAGCATCCGGG‑CAAAATTACCGGAGTTGC‑AGGAAACCATTCCGGCGGCGATTGATCTGCAAATTGCCC‑AGGATCGCTCCCCCACCATTCGCGCCTCGCTGGCAGAAGTCGAGCAAACGCCGATTATCTCGGGTGCGCTGGTGTCT‑TTGGTGGTGTTGTTCtt > 2:1927758/1‑287 (MQ=255) tgtgGCGACGGTGACCGACTCAGTGCAGGATGTGCGCAACGCCGGGATGACCAACGCCAAACCGGCTATTTTACTGATGATCCGCAAACTGCCGGAAGCCAATATTATCCAGACGGTTGACAGCATCCGGG‑CAAAATTACCGGAGTTGC‑AGGAAACCATTCCGGCGGCGATTGATCTGCAACTTGCCC‑AGGATCGCTCCCCCACCATTCTCGCCTCGCTGGAAGAAGTCGAGCAAACGCTGATTATCTCTGTGGCCACCGTGATTCCTGGTgttgttatatcacagcc > 2:1833844/1‑277 (MQ=255) cGACGGTGACCGACTCAGTGCAGGATGTGCGCAACGCCGGGATGACCAACGCCAAACCGGCTATTTTACTGATGATCCGCAAACTGCCGGAAGCCAATATTATCCAGACGGTTGACAGCATCCGGG‑CAAAATTACCGGAGTTGC‑AGGAAACCATTCCGGCGGCGATTGATCTGCAAATTGCCC‑AGGATCGCTCCCCCACCATTCGCGCCTCGCTGGAAGAAGTCGAGCAAACGCTGATTATCTAGGTGTCGCTGGGGATT‑TTGGTGTTGGTGTTATTCTTgcgctgggg > 2:1803129/1‑284 (MQ=255) gTGACCGACTCAGTGCAGGATGTGCGCAACGCCGGGATGACCAACGCCAAACCGGCTATTTTACTGATGATCCGCAAACTGCCGGAAGCCAATATTATCCAGACGGTTGACAGCATCCGGG‑CAAAATTACCGGAGTTGC‑AGGAAACCATTCCGGCGGCGATTGATCTGCAAATTGCCC‑AGGATCGCTCCCCCACCATTCGCGCCTCGCTGGAAGAAGTCGAGCAAACGCTGATTATCTCGGTGGCGCTGGTGATT‑Ctggtgg < 1:984112/262‑1 (MQ=255) gTGACCGACTCAGTGCAGGATGTGCGCAACGCCGGGATGACCAACGCCAAACCGGCTATTTTACTGATGATCCGCAAACTGCCGGAAGCCAATATTATCCAGACGGTTGACAGCATCCGGG‑CAAAATTACCGGAGTTGC‑AGGAAACCATTCCGGCGGCGATTGATCTGCAAATTGCCC‑AGGATCGCTCCCCCACCATTCGCGCCTCGCTGGAAGAAGTCGAGCAAACGCTGATTATCTCGGTGGCGCTGGTGATT‑Ctggtgg > 2:984112/1‑262 (MQ=255) gaccaactcagtgCAGGATGTGCGCAACGCCGGGATGACCAACGCCAAGCCGGCTATTTTACTGATGATCCGCAAACTGCCGGAAGCCAATATTATCCAGACGGTTGACAGCATCCGGG‑CAAAATTACCGGAGTTGC‑AGGAAACCATTCCGGCGGCGATTGATCTGCAAATTGCCC‑AGGATCGCTCCCCCACCATTCGCGCCTCGCTGGAAGAAGTCGAGCAAACGCTGATTATCTCGGTGGCGCTGGTGATT‑CTGGTGGTGTTTTTATTCCTGCGCTCGGGTCgcgc < 2:260590/278‑1 (MQ=255) gACCGACTCAGTGCAGGATGTGCGCAACGCCGGGATGACCAACGCCAAACCGGCTATTTTACTGATGATCCGCAAACTGCCGGAAGCCAATATTATCCAGACGGTTGACAGCATCCGGG‑CAAAATTACCGGAGTTGC‑AGGAAACCATTCCGGCGGCGATTGATCTGCAAATTGCCC‑AGGATCGCTCCCCCACCATTCGCGCCTCGCTGGAAGAAGTCGAGCAAACGCTGATTATCTCGGTGGCGCTGGTGATT‑CTGGTGGTGTTTTTATTCCTGCGCTCGGGTCgcgc < 2:922369/288‑1 (MQ=255) gATGTGCGCAACGCCGGGATGACCAACGCCAAACCGGCTATTTTACTGATGATCCGCAAACTGCCGGAAGCCAATATTATCCAGACGGTTGACAGCATCCGGG‑CAAAATTACCGGAGTTGC‑AGGAAACCATTCCGGCGGCGATTGATCTGCAAATTGCCC‑AGGATCGCTCCCCCACCATTCGCGCCTCGCTGGAAGAAGTCGAGCAAACGCTGATTATCTCGGTGGCGCTGGTGATT‑CTGGTGGTGTTTTTATTCCTGCGCTCGGGTCGCGCCACTATTATTCccgcc > 2:1857358/1‑288 (MQ=255) gATGTGCGCAACGCCGGGATGACCAACGCCAAACCGGCTATTTTACTGATGATCCGCAAACTGCCGGAAGCCAATATTATCCAGACGGTTGACAGCATCCGGG‑CAAAATTACCGGAGTTGC‑AGGAAACCATTCCGGCGGCGATTGATCTGCAAATTGCCC‑AGGATCGCTCCCCCACCATTCGCGCCTCGCTGGAAGAAGTCAAGCAAACGCTGATTATCTCGGTGGCGCTGGTGGTT‑CTGGTGGTGTTTTTATTCCTGCTCTCGGGTCGCGCCCGTATTATTCccgccg > 2:1527064/1‑289 (MQ=255) gtgCGCAACGCCGGGATGACCAACGCCAAACCGGCTATTTTACTGATGATCCGCAAACTGCCGGAAGCCAATATTATCCAGACGGTTGACAGCATCCGGG‑CAAAATTACCGGAGTTGC‑AGGAAACCATTCCGGCGGCGATTGATCTGCAAATTGCCC‑AGGATCGCTCCCCCTCCATTCGCGCCTCGCTGGAAGAAGTCGAGCAAACGCTGCTTATCTCGGTGGCGCGGGTGATT‑CTGGTGGTGTTTTGATTCCTGCGCTCGGGTCGCGCCAACATTATCCTCGCCGttt > 2:224468/1‑288 (MQ=255) gcgcAACGCCGGGATGACCAACGCCAAACCGGCTATTTTACTGATGATCCGCAAACTGCCGGAAGCCAATATTATCCAGACGGTTGACAGCATCCGGG‑CAAAATTACCGGAGTTGC‑AGGAAACCATTCCGGCGGCGATTGATCTGCAAATTGCCC‑AGGATCGCTCCCCCACCATTCGCGCCTCGCTGGAAGAAGTCGAGCAAACGCTGATTATCTCGGTGGCGCTGGTGATT‑CTGGTGGTGTTTTTATTCCTGCGGTCGGGTCGCGCCAATATTATTCCCGCCGtttcg > 1:309704/1‑286 (MQ=255) gcgcAACGCCGGGATGACCAACGCCAAACCGGCTATTTTACTGATGATCCGCAAACTGCCGGAAGCCAATATTATCCAGACGGTTGACAGCATCCGGG‑CAAAATTACCGGAGTTGC‑AGGAAACCATTCCGGCGGCGATTGATCTGCAAATTGCCC‑AGGATCGCTCCCCCACCATTCGCGCCTCGCTGGAAGAAGTCGAGCAAACGCTGATTATCTCGGTGGCGCTGGTGATT‑CTGGTGGTGTTTTTATTCCTGCGCTCGGGTCGCGCCACTATTATTCCCGCCGtttcg > 1:1649893/1‑286 (MQ=255) gcgcAACGCCGGGATGACCAACGCCAAACCGGCTATTTTACTGATGATCCGCAAACTGCCGGAAGCCAATATTATCCAGACGGTTGACAGCATCCGGG‑CAAAATTACCGGAGTTGC‑AGGAAACCATTCCGGCGGCGATTGATCTGCAAATTGCCC‑AGGATCGCTCCCCCACCATTCGCGCCTCGCTGGAAGAAGTCGAGCAAACGCTGATTATCTCGGTGGCGCTGGTGATT‑CTGGTGGTGTTTTTATTCCTGCGCTCGGGTCGCGCCACTATTATTCCCGCCGtttcg > 1:806408/1‑286 (MQ=255) gcgcAACGCCGGGATGACCAACGCCAAACCGGCTATTTTACTGATGATCCGCAAACTGCCGGAAGCCAATATTATCCAGACGGTTGACAGCATCCGGG‑CAAAATTACCGGAGTTGC‑AGGAAACCATTCCGGCGGCGATTGATCTGCAAATTGCCC‑AGGATCGCTCCCCCACCATTCGCGCCTCGCTGGAAGAAGTCGAGCAAACGCTGATTATCTCGGTGGCGCTGGTGATT‑CTGGTGGTGTTTTTATTCCTGCGCTCGGGTCGCGCCACTATTATTCCCGCCGtttcg > 1:652249/1‑286 (MQ=255) 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ttCGCGCCTCGCTGGAAGAAGTCGAGCAAACGCTGATTATCTCGGTGGCGCTGGTGATT‑CTGGTGGTGTTTTTATTCCTGCGCTCGGGTCGCGCCACTATTATTCCCGCCGTTTCGGTGCCGGTTTCGCTGATTGGTACGTTTGCGGCGATGTACCTGTGCGGATTCAGTCTCAATAACCTTTCGTTAATGGCGCTCACCATCGCTACTGGTTTCGTGGTGGATTACGCCATCGTGGTGCTGGTAAACATTGCACGTCCTCTGGAAGCGGGAATGAAACCGTTTCAAg > 1:467618/1‑288 (MQ=255) ttCGCGCCTCGCTGGAAGAAGTCGAGCAAACGCTGATTATCTCGGTGGCGCTGGTGATT‑CTGGTGGTGTTTTTATTCCTGCGCTCGGGTCGCGCCACTATTATTCCCGCCGTTTCGGTGCCGGTTTCGCTGATTGGTACGTTTGCGGCGATGTACCTGTGCGGATTCAGTCTCAATAACCTTTCGTTAATGGCGCTCACCATCGCTACTGGTTTCGTGGTGGATGACGCCATCGTGGTGCTGGACAACATTTCACGTCATCTGGCAGCGGGAATGAAACCGTTGCCAg > 2:864308/1‑288 (MQ=255) ttCGCGCCTCGCTGGAAGAAGTCGAGCAAACGCTGATTATCTCGGTGGCGCTGGTGATT‑CTGGTGGTGTTTTTATTCCTGCGCTCGGGTCGCGCCACTATTATTCCCGCCGTTTCGGTGCCGGTTTCGCTGATTGGTACGTTTGCGGCGATGTACCTGTGCGGATTCAGTCTCAATAACCTTTCGTTAATGGCGCTCACCATCGCTACTGGTTTCGTGGTGGATGACGCCATCGTGGTGCTGGAAAACATTGCACGTCATCTGGAAGCGGGAATGAAACCGTTGCAAg > 1:253673/1‑288 (MQ=255) ttCGCGCCTCGCTGGAAGAAGTCGAGCAAACGCTGATTATCTCGGTGGCGCTGGTGATT‑CTGGTGGTGTTTTTATTCCTGCGCTCGGGTCGCGCCACTATTATTCCCGCCGTTTCGGTGCCGGTTTCGCTGATTGGTACGTTTGCGGCGATGTACCTGTGCGGATTCAGTCTCAATAACCTTTCGTTAATGGCGCTCACCATCGCTACTGGTTTCGTGGTGGATGACGCCATCGTGGTGCTGGAAAACATTGCACGTCATCTGGAAGCGGGAATGAAACCGTTGCAAg > 1:81007/1‑288 (MQ=255) ttCGCGCCTCGCTGGAAGAAGTCGAGCAAACGCTGATTATCTCGGTGGCGCTGGTGATT‑CTGGTGGTGTTTTTATTCCTGCGCTCGGGTCGCGCCACTATTATTCCCGCCGTTTCGGTGCCGGTTTCGCTGATTGGTACGTTTGCGGCGATGTACCTGTGCGGATTCAGTCTCAATAACCTTTCGTTAATGGCGCTCACCATCGCTACTGGTTTCGTGGTGGATGACGCCATCGTGGTGCTGGAAAACATTGCACGTCATCTGGAAGCGGGAATGAAACCGTTGCAAg > 1:1740813/1‑288 (MQ=255) ttCGCGCCTCGCTGGAAGAAGTCGAGCAAACGCTGATTATCTCGGTGGCGCTGGTGATT‑CTGGTGGTGTTTTTATTCCTGCGCTCGGGTCGCGCCACTATTATTCCCGCCGTTTCGGTGCCGGCTTCGCTGATTGGTACGTTTGCGGCGATGTACCTGTGCGGCTTCAGTCTCAATAACCTTTCGTTAATTGCTCTCACCATCGCTCCTGGTTGCGGGGTTGATTACGCTACCGTGGTCTGGGACAACATTGCACGTCATCTGGAAGTGGGAATGAACCCGttcgaatc > 2:1675950/1‑283 (MQ=255) ||| CCGCTGAATATCAGCCGTTGATTATTCACTACAACAACGGCGGCGCGGTTCGTCTGGGCGATGTGGCGACGGTGACCGACAGTGTGCAGGATGTGCGCAACGCCGGGATGACCAACGCCAAACCGGCTATTTTACTGATGATCCGCAAACTGCCGGAAGCCAATATTATCCAGACGGTTGACAGCATCCGGG‑CAAAATTACCGGAGTTGC‑AGGAAACCATTCCGGCGGCGATTGATCTGCAAATTGCCC‑AGGATCGCTCCCCCACCATTCGCGCCAGCCTGGAAGAAGTCGAGCAAACGCTGATTATCAGCGTGGCGCTGGTGATT‑CTGGTGGTGTTTTTATTCCTGCGCAGCGGTCGCGCCACTATTATTCCCGCCGTTAGCGTGCCGGTTAGCCTGATTGGTACGTTTGCGGCGATGTACCTGTGCGGATTCAGTCTCAATAACCTTAGCTTAATGGCGCTCACCATCGCTACTGGTTTCGTGGTGGATGACGCCATCGTGGTGCTGGAAAACATTGCACGTCATCTGGAAGCGGGAATGAAACCGTTGCAAGC > CP042583/1746013‑1746568 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 8 ≤ ATCG/ATCG < 18 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |