Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
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RA | CP042583 | 1,746,321 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | CP042583 | 1,746,321 | 0 | A | T | 98.0% | 443.2 / ‑5.6 | 203 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (102/93); minor base C (2/2); total (104/99) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,746,322 | 0 | G | C | 97.5% | 444.7 / NA | 203 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/4); new base C (102/94); total (104/99) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.03e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,746,323 | 0 | C | G | 99.5% | 467.7 / NA | 203 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/1); new base G (103/97); total (104/99) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.88e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.80e-01 |
Only 100 of 203 total aligned reads displayed.
CTACAACAACGGCGGCGCGGTTCGTCTGGGCGATGTGGCGACGGTGACCGACAGTGTGCAGGATGTGCGCAACGCCGGGATGACCAACGCCAAACCGGCTATTTTACTGATGATCCGCAAACTGCCGGAAGCCAATATTATCCAGACGGTTGACAGCATCCGGGCAAAATTACCGGAGTTGCAGGAAACCATTCCGGCGGCGATTGATCTGCAAATTGCCC‑AGGATCGCTCCCCCACCATTCGCGCCAGCCTGGAAGAAGTCGAGCAAACGCTGATT‑ATCAGCGT‑GGCGCTGGTGATT‑CTGGTGGTGTTTTTATTCCTGCGCAGCGGTCGCGCCACTATTATTCCCGCCGTTAGCGTGCCGGTTAGCCTGATTGGTACGTTTGCGGCGATGTACCTGTGCGGATTCAGTCTCAATAACCTTAGCTTAATGGCGCTCACCATCGCTACTGGTTTCGTGGTGGATGACGCCATCGTGGTGCTGGAAAACATTGCACGTCATCTGGAAGCGGGAATGAAACCGTTGCAAGCCGCACTGCAAGGTACTCGCGAAGTC > CP042583/1746041‑1746593 ||| tACAACAACGGCGGCGCGGTTCGTCTGGGCGATGTGGCGACGGTGACCGACTCAGTGCAGGATGTGCGCAACGCCGGGATGACCAACGCCAAACCGGCTATTTTACTGATGATCCGCAAACTGCCGGAAGCCAATATTATCCAGACGGTTGACAGCATCCGGGCAAAATTACCGGAGTTGCAGGAAACCATTCCGGCGGCGATTGATCTGCAAATTGCCC‑AGGATCGCTCCCCCACCATTCGCGCCTCGCTGGAAGAAGTCGAGCAAACGCTGATT‑ATCTCGGT‑Ggcg > 1:1909569/1‑288 (MQ=255) aacaacGGCGGCGCGGTTCGTCTGGGCGATGTGGCGACGGTGACCGACTCAGTGCAGGATGTGCGCAACGCCGGGATGACCAACGCCAAACCGGCTATTTTACTGATGATCCGCAAACTGCCGGAAGCCAATATTATCCAGACGGTTGACAGCATCCGGGCAAAATTACCGGAGTTGCAGGAAACCATTCCGGCGGCGATTGATCTGCAAATTGCCC‑AGGATCGCTCCCCCACCATTCGCGCCTCGCTGGAAGAAGTCGAGCAAACGCTGATT‑ATCTCGGT‑GGCGCTgg > 1:55752/1‑289 (MQ=255) caacGGCGGCGCGGTTCGTCTGGGCGATGTGGCGACGGTGACCGACTCAGTGCAGGATGTGCGCAACGCCGGGATGACCAACGCCAAACCGGCTATTTTACTGATGATCCGCAAACTGCCGGAAGCCAATATTATCCAGACGGTTGACAGCATCCGGGCAAAATTACCGGAGTTGCAGGAAACCATTCCGGCGGCGATTGATCTGCAAATTGCCC‑AGGATCGCTCCCCCACCATTCGCGCCTCGCCGGATGAAGTCTAGCAAACGCTGATT‑ATCTCGTT‑GGCGCTGGtt > 1:1766232/1‑288 (MQ=255) cggcggCGCGGTTCGTCTGGGCGATGTGGCGACGGTGACCGACTCAGTGCAGGATGTGCGCAACGCCGGGATGACCAACGCCAAACCGGCTATTTTACTGATGATCCGCAAACTGCCGGAAGCCAATATTATCCAGACGGTTGACAGCATCCGTGCAAAATTACCGGAGTTGCAGGAAACCATTCCGGCGGCGATTGATCTGAAAATTGCCC‑AGGATCGCTTCCCCACCATTCGCGCCTCGCTGGACGAAGTCGAGTAAAACCTGATT‑ATCTCGGT‑GGCGCCGGtcag > 2:1644646/1‑285 (MQ=255) cggcggCGCGGTTCGTCTGGGCGATGTGGCGACGGTGACCGACTCAGTGCAGGATGTGCGCAACGCCGGGATGACCAACGCCAAACCGGCTATTTTACTGATGATCCGCAAACTGCCGGAAGCCAATATTATCCAGACGGTTGACAGCATCCGGGCAAAATTACCGGAGTTGCAGGAAACCATTCCGGCGGCGATTGATCTGCAAATTGCCC‑AGGATCGCTCCCCCACCATTCGCGCCTCGCTGGAAGAAGTCGAGCAAACGCTGATT‑ATCTCGGT‑GGCGCTGGTGAt > 1:233990/1‑288 (MQ=255) cggcggCGCGGTTCGTCTGGGCGATGTGGCGACGGTGACCGACTCAGTGCAGGATGTGCGCAACGCCGGGATGACCAACGCCAAACCGGCTATTTTACTGATGATCCGCAAACTGCCGGAAGCCAATATTATCCAGACGGTTGACAGCATCCGGGCAAAATTACCGGAGTTGCAGGAAACCATTCCGGCGGCGATTGATCTGCAAATTGCCC‑AGGATCGCTCCCCCACCATTCGCCCCTCGCTGGAAGAAGTCGAGCAAACGCTGCAT‑ATCTCGGT‑GGCGCCGGTGac > 2:1356179/1‑287 (MQ=255) gcggcgCGGTTCGTCTGGGCGATGTGGCGACGGTGACCGACTCAGTGCAGGATGTGCGCAACGCCGGGATGACCAACGCCAAACCGGCTATTTTACTGATGATCCGCAAACTGCCGGAAGCCAATATTATCCAGACGGTTGACAGCATCCGGGCAAAATTACCGGAGTTGCTGGAAACCATTCCGGCGGCGATTGATCTGCAAATTGCCC‑AGGATCGCTCCCCCACCATTCGCGCCTCGCTGGAAGAAGGCGAGCAAACGCTGATT‑CTCTCGTT‑GGCGCAGGTGAGT‑cg > 2:224159/1‑288 (MQ=255) 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ggATGTGCGCAACGCCGGGATGACCAACGCCAAACCGGCTATTTTACTGATGATCCGCAAACTGCCGGAAGCCAATATTATCCAGACGGTTGACAGCATCCGGGCAAAATTACCGGAGTTGCAGGAAACCATTCCGGCGGCGATTGATCTGCAAATTGCCC‑AGGATCGCTCCCCCACCATTCGCGCCTCGCTGGAAGAAGTCGAGCAAACGCTGATT‑ATCTCGGT‑GGCCCTGGTGATT‑CTGGTGGTGTTTTTATTCCTGCGCTCGGGTCGCGCCTCTATGATGCccgcc > 2:157212/1‑289 (MQ=255) gATGTGCGCAACGCCGGGATGACCAACGCCAAACCGGCTATTTTACTGATGATCCGCAAACTGCCGGAAGCCAATATTATCCAGACGGTTGACAGCATCCGGGCAAAATTACCGGAGTTGCAGGAAACCATTCCGGCGGCGATTGATCTGCAAATTGCCC‑AGGATCGCTCCCCCACCATTCGCGCCTCGCTGGAAGAAGTCGAGCAAACGCTGATT‑ATCTCGGT‑GGCGCTGGTGATT‑CTGGTGGTGTTTTTATTCCTGCGCTCGGGTCGCGCCACTATTATTCccgcc > 2:1857358/1‑288 (MQ=255) agcgcAACCGAGGAATGAACAACGCCAATCCGGCTGTTTTACTGCTGATAGGCAAACTGCCGGAAGCCCATAGTCTCCAGACGGTTAACAGCATCCGGGCAAAATTACCGGAGTTGCAGGAAACCATTCCGGCGGCGATTGATCTGCAAATTGCCC‑AGGATCGCTCCCCCACCATTCGCGCCTCGCTGGAAGAAGTCGGGCAAACGCTGATT‑ATCTCGGT‑GGCGCTGTTGATT‑CTGGTGGTGTTTTTATTCCTGCGCTCGGGTCGCGCCACTATTATTCCCGCCGttt < 2:735005/287‑2 (MQ=255) 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cGAGCAAACGCTGATT‑ATCTCGGT‑GGCGCTGGTGATT‑CTGGTGGTGTTTTTATTCCTGCGCTCGGGTCGCGCCACTATTATTCCCGCCGTTTCGGTGCCGGTTTCGCTGATTGGTACGTTTGCGGCGATGTACCTGTGCGGATTCAGTCTCAATAACCTTTCGTTAATGGCGCTCACCATCGCTACTGGTTTCGTGGTGGATGACGCCATCGTGGTGCTGGAAAACATTGCACGTCAGCTGGACGCGGGAATGAAACCGTTGCAAGCCGCACTGCAAGGTACTccccaa > 2:903651/1‑284 (MQ=255) tGATT‑ATCTCGGT‑GGCGCTGGTGATT‑CTGGTGGTGTTTTTATTCCTGCGCTCGGGTCGCGCCACTATTATTCCCGCCGTTTCGGTGCCGGTTTCGCTGATTGGTACGTTTGCGGCGATGTACCTGTGCGGATTCAGTCTCAATAACCTTTCGTTAATGGCGCTCACCATCGCTACTGGTTTCGTGGCGGATGACGCCATCGTGGTGCTGGAAAACATTGCACGTCATCTGGAAGCGGGAATGAAACCGTTGCAAGCCGCACTGCa < 1:137613/265‑1 (MQ=255) ||| CTACAACAACGGCGGCGCGGTTCGTCTGGGCGATGTGGCGACGGTGACCGACAGTGTGCAGGATGTGCGCAACGCCGGGATGACCAACGCCAAACCGGCTATTTTACTGATGATCCGCAAACTGCCGGAAGCCAATATTATCCAGACGGTTGACAGCATCCGGGCAAAATTACCGGAGTTGCAGGAAACCATTCCGGCGGCGATTGATCTGCAAATTGCCC‑AGGATCGCTCCCCCACCATTCGCGCCAGCCTGGAAGAAGTCGAGCAAACGCTGATT‑ATCAGCGT‑GGCGCTGGTGATT‑CTGGTGGTGTTTTTATTCCTGCGCAGCGGTCGCGCCACTATTATTCCCGCCGTTAGCGTGCCGGTTAGCCTGATTGGTACGTTTGCGGCGATGTACCTGTGCGGATTCAGTCTCAATAACCTTAGCTTAATGGCGCTCACCATCGCTACTGGTTTCGTGGTGGATGACGCCATCGTGGTGCTGGAAAACATTGCACGTCATCTGGAAGCGGGAATGAAACCGTTGCAAGCCGCACTGCAAGGTACTCGCGAAGTC > CP042583/1746041‑1746593 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 8 ≤ ATCG/ATCG < 18 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |