Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 1,746,363 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP042583 | 1,746,363 | 0 | A | T | 99.5% | 427.4 / NA | 191 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.82e-01 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,746,364 | 0 | G | C | 98.4% | 418.8 / NA | 191 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/2); new base C (91/93); total (93/98) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.94e-01 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,746,365 | 0 | C | G | 99.5% | 437.8 / NA | 191 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/1); new base G (93/97); total (93/98) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 |
Only 100 of 191 total aligned reads displayed.
GTGACCGACAGTGTGCAGGATGTGCGCAACGCCGGGATGACCAACGCCAAACCGGCTATTTTACTGATGATCCGCAAACTGCCGGAAGCCAATATTATCCAGACGGTTGACAGCATCCGGG‑CAAAATTACCGGAGTTGC‑AGGAAACCATTCCGGCGGCGATTGATCTGCAAATTGCCC‑AGGATCGCTCCCCCACCATTCGCGCCAGCCTGGAAGAAGTCGAGCAAACGCTGATT‑ATCAGCGTGGCGCTGGTGATTCTGGT‑GGTGTTTTTATTCCTGCGCAGCGGTCGCG‑CCACTATTATTCCCGCCGTTAGCGTGCCGGTTAGCCTGATTGGTACGTTTGCGGCGATGTACCTGTGCGGATTCAGTCTCAATAACCTTAGCTTAATGGCGCTCACCATCGCTACTGGTTTCGTGGTGGATGACGCCATCGTGGTGCTGGAAAACATTGCACGTCATCTGGAAGCGGGAATGAAACCGTTGCAAGCCGCACTGCAAGGTACTCGCGAAGTC‑GGTTTTACGGTGCTGAGCATGAGTCTGAGTCTGGTGGCGGTGTTCCTGCC > CP042583/1746084‑1746643 ||| gTGACCGACTCAGTGCAGGATGTGCGCAACGCCGGGATGACCAACGCCAAACCGGCTATTTTACTGATGATCCGCAAACTGCCGGAAGCCAATATTATCCAGACGGTTGACAGCATCCGGG‑CAAAATTACCGGAGTTGC‑AGGAAACCATTCCGGCGGCGATTGATCTGCAAATTGCCC‑AGGATCGCTCCCCCACCATTCGCGCCTCGCTGGAAGAAGTCGAGCAAACGCTGATT‑ATCTCGGTGCGGCTGGTGACTCTGGT‑GGGGTTTTTATTCCTTCGCTAGGGTcgc > 2:1532418/1‑288 (MQ=255) 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ggATGACCAACGCCAAACCGGCTATTTTACTGATGATCCGCAAACTGCCGGAAGCCAATATTATCCAGACGGTTGACAGCATCCGGG‑CAAAATTACCGGAGTTGC‑AGGAAACCATTCCGGCGGCGATTGATCTGCAAATTGCCC‑AGGATCGCTCCCCCACCATTCGCGCCTCGCTGGAAGAAGTCGAGCAAACGCTGATT‑ATCTCGGTGGCGCTGGTGATTCTGGT‑GGTTTTTTTATTCCTGCGCTCGGGTCGCG‑CCCCTATTATTCCCCCCGTTTCGGTGCCGtttt > 1:678494/1‑287 (MQ=255) tGACCAACGCCAAACCGGCTATTTTACTGATGATCCGCAAACTGCCGGAAGCCAATATTATCCAGACGGTTGACAGCATCCGGG‑CAAAATTACCGGAGTTGC‑AGGAAACCATTCCGGCGGCGATTGATCTGCAAATTGCCC‑AGGATCGCTCCCCCACCATTCGCGCCTCGCTGGAAGAAGTCGAGCAAACGCTGATT‑ATCTCGGTGGCGCTGGTGATTCTGGT‑GGTGTTTTTATTCCTGCGCTCGGGTCGCG‑CCACTATTATTCCCGCCGTTTCGGTGCCGGtttcgc < 1:1249600/288‑5 (MQ=255) gACCAACGCCAAACCGGCTATTTTACTGATGATCCGCAAACTGCCGGAATCCAATATTATCCAGACGGTTGACAGCATCCGGG‑CAAAATTACCGGAGTTGC‑AGGAAACCATTCCGGCGGCGATTGATATGCAAATTGCCC‑AGGATCGCTCCCCCACCATTCGCGCCTCGCTGGAAGAAGTCGAGCAAACGCTGATT‑ATCTCGGTGGCGCTGGTGATTCTGGT‑GGTGTTTTTATTCCTGCGCTCGGGTCGCG‑CCACTATTATTCCCGCCGTTTCGGTGCCGGtttcgctg < 1:1644646/289‑7 (MQ=255) 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ggtgTTTTTATTCCTGCGCTCGGTTCGCG‑CCCCTATTATTCCCGCCGTTTCGGTGCCGGTTTCGCTGATTGGTACGTTTGCGGCGATGTACCTGTGCGGATTCAGTCTCAATAACCTTTCGTTAATGGCGCTCACCATCGCTACTGGTTTCGTGGTGGATGACGCCATCGTGGTGCTGGAAAACATTGCACGTCATCTGGAAGCGGGAATGAAACCGTTGCAAGCCGCACTGGAAGGTACTCGCGAAGTC‑GGTTTTACGGTGCTGTCGATGAGTCTGTCACTGGTGGCg < 1:1675950/289‑1 (MQ=255) tgtTTTTATTCCTGCGCTCGGGTCGCG‑CCACTATTATTCCCGCCGTTTCGGTGCCGGTTTCGCTGATTGGTACGTTTGCGGCGATGTACCTGTGCGGATTCAGTCTCAATAACCTTTCGTTAATGGCGCTCACCATCGCTACTGGTTTCGTGGTGGATGACGCCATCGTGGTGCTGGAAAACATTGCACGTCATCTGGAAGCGGGAATGAAACCGTTGCAAGCCGCACTGCAAGGTACTCGCGAAGTC‑GGTTTTACGGTg < 2:563562/260‑1 (MQ=255) aTTCCTGCGCTCGGGTCGCG‑CCACTATTATTCCCGCCGTTTCGGTGCCGGTTTCGCTGATTGGTACGTTTGCGGCGATGTACCTGTGCGGATTCAGTCTCAATAACCTTTCGTTAATGGCGCTCACCATCGCTACTGGTTTCGTGGTGGATGACGCCATCGTGGTGCTGGAAAACATTGCACGTCATCTGGAAGCGGGAATGAAACCGTTGCAAGCCGCACTGCAAGGTACTCGCGAAGTC‑GGTTTTACGGTGCTGTCGATGAGTCTGTCACTGGTGGCGGTGTTCCt > 1:87163/1‑288 (MQ=255) ttCCTGCGCTCGGGTCGCG‑CCACTTTTATTCCCGCCGTTTCGGTGCCGGTTTCGCTGATTGGTACGTTTGCGGCGATGTACCTGTGCGGATTCAGTCTCAATAACCTTGCGTTAATGGCGCTAACCATCGCTACTGGTTTCGTGGTGGATGACGCCATCGTGGTGCTGGAAAACATTGCACGTCATCTGGAAGCGGGAATGAAACCGTTGCAAGCCGCACTGCAAGGTACTCGCGAAGTC‑GGTTTTACGGTGCTGTCGATGAGTCTGTCACTGGTGGCGGTGTTCCTGc < 1:1754126/289‑1 (MQ=255) tCCTGCGCTCGGGTCGCG‑CCACTATTATTCCCGCCGTTTCGGTGCCGGTTTCGCTGATTGGTACGTTTGCGGCGATGTACCTGTGCGGATTCAGTCTCAATAACCTTTCGTTAATGGCGCTCACCATCGCTACTGGTTTCGTGGTGGATGACGCCATCGTGGTGCTGGAAAACATTGCACGTCATCTGGAAGCGGGAATGAAACCGTTGCAAGCCGCACTGCAAGGTACTCGCGAAGTC‑GGTTTTACGGTGCTGTCGATGAGTCTGTCACTGGTGGCGGTGTTCCTGcc > 1:539220/1‑289 (MQ=255) ||| GTGACCGACAGTGTGCAGGATGTGCGCAACGCCGGGATGACCAACGCCAAACCGGCTATTTTACTGATGATCCGCAAACTGCCGGAAGCCAATATTATCCAGACGGTTGACAGCATCCGGG‑CAAAATTACCGGAGTTGC‑AGGAAACCATTCCGGCGGCGATTGATCTGCAAATTGCCC‑AGGATCGCTCCCCCACCATTCGCGCCAGCCTGGAAGAAGTCGAGCAAACGCTGATT‑ATCAGCGTGGCGCTGGTGATTCTGGT‑GGTGTTTTTATTCCTGCGCAGCGGTCGCG‑CCACTATTATTCCCGCCGTTAGCGTGCCGGTTAGCCTGATTGGTACGTTTGCGGCGATGTACCTGTGCGGATTCAGTCTCAATAACCTTAGCTTAATGGCGCTCACCATCGCTACTGGTTTCGTGGTGGATGACGCCATCGTGGTGCTGGAAAACATTGCACGTCATCTGGAAGCGGGAATGAAACCGTTGCAAGCCGCACTGCAAGGTACTCGCGAAGTC‑GGTTTTACGGTGCTGAGCATGAGTCTGAGTCTGGTGGCGGTGTTCCTGCC > CP042583/1746084‑1746643 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 8 ≤ ATCG/ATCG < 17 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |