Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 1,746,393 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP042583 | 1,746,393 | 0 | A | T | 98.9% | 415.9 / NA | 179 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (80/97); minor base G (1/1); total (81/98) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,746,394 | 0 | G | C | 98.9% | 411.3 / NA | 179 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (81/96); minor base T (0/2); total (81/98) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.02e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,746,395 | 0 | C | G | 100.0% | 421.9 / NA | 179 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base G (81/98); total (81/98) |
Only 100 of 179 total aligned reads displayed.
CGCCGGGATGACCAACGCCAAACCGGCTATTTTACTGATGATCCGCAAACTGCCGGAAGCCAATATTATCCAGACGGTTGACAGCATCCGGG‑CAAAATTACCGGAGTTGC‑AGGAAACCATTCCGGCGGCGATTGATCTGCAAATTGCCCAGGATCGCTCCCCCACCATTCGCGCCAGCCTGGAAGAAGTCGAGCAAACGCTGATT‑ATCAGCGTGGCGCTGGTGATTCTGGT‑GGTGTTTTTATT‑CCTGCGCAGCGGTCGCG‑CCACTATTATTCCCGCCGTTAGCGTGCCGGTTAGCCTGATTGGTACGTTTGCGGCGATGTACCTGTGCGGATTCAGTCTCAATAACCTTAGCTTAATGGCGCTCACCATCGCTACTGGTTTCGTGGTGGATGACGCCATCGTGGTGCTGGAAAACATTGCACGTCATCTGGAAGCGGGAATGAAACCGTTGCAAGCCGCACTGCAAGGTACTCGCGAAGTC‑GGTTTTACGGTGCTGAGCATGAGTCTGAGTCTGGTGGCGGTGTTCCTGCCGCTGCTGTTGATGGGCGGATTGCCGGGCCGA > CP042583/1746113‑1746674 ||| tGACCAACGCCAAACCGGCTATTTTACTGATGATCCGCAAACTGCCGGAAGCCAATATTATCCAGACGGTTGACAGCATCCGGG‑CAAAATTACCGGAGTTGC‑AGGAAACCATTCCGGCGGCGATTGATCTGCAAATTGCCCAGGATCGCTCCCCCACCATTCGCGCCTCGCTGGAAGAAGTCGAGCAAACGCTGATT‑ATCTCGGTGGCGCTGGTGATTCTGGT‑GGTGTTTTTATT‑CCTGCGCTCGGGTCGCG‑CCACTATTATTCCCGCCGTTTCGGTGCCGGtttcgc < 1:1249600/288‑5 (MQ=255) tGACCAACGCCAAACCGGCTATTTTACTGATGATCCGCAAACTGCCGGAAGCCAATATTATCCAGACGGTTGACAGCATCCGGG‑CAAAATTACCGGAGTTGC‑AGGAAACCATTCCGGCGGCGATTGATCTGCAAATTGCCCAGGATCGCTCCCCCACCATTCGCGCCTCGCTGGAAGAAGTCGAGCAAACGCTGATT‑ATCTCGGTGGCGCTGGTGATTCTGGT‑GGTGTTTTTATT‑CCTGCGCTCGGGTCGCG‑CCACTATTATTCCCGCCGTTTCGGTGCCGGtttcgc < 1:1279751/288‑5 (MQ=255) cGGCTATTTTACTGATGATCCGCAAACTGCCGGAAGCCAATATTATCCAGACGGTTGACAGCATCCGGG‑CAAAATTACCGGAGTTGC‑AGGAAACCATTCCGGCGGCGATTGATCTGCAAATTGCCCAGGATCGCTCCCCCACCATTCGCGCCTCGCTGGAAGAAGTCGAGCAAACGCTGATT‑ATCTCGGTGGCGCTGGTGATTCTGGT‑GGTGTTTTTATT‑CCTGCGCTCGGGTCGCG‑CCACTATTATTCCCGCCGTTTCGGTGCCGGTTTCGCTGATTGGTACGTTTgc < 1:388549/289‑1 (MQ=255) cGGCTATTTTACTGATGATCCGCAAACTGCCGGAAGCCAATATTATCCAGACGGTTGACAGCATCCGGG‑CAAAATTACCGGAGTTGC‑AGGAAACCATTCCGGCGGCGATTGATCTGCAAATTGCCCAGGATCGCTCCCCCACCATTCGCGCCTCGCTGGAAGAAGTCGAGCAAACGCTGATT‑ATCTCGGTGGCGCTGGTGATTCTGGT‑GGTGTTTTTATT‑CCTGCGCTCGGGTCGCG‑CCACTATTATTCCCGCCGTTTCGGTGCCGGTTTCGCTGATTGGTACGTTTgc < 1:846622/289‑1 (MQ=255) cGGCTATGTTACTGATGCACCGCAAAGTGCCGGACGCCAATATTATCCAGGCGGTTGACCGCATCCGGG‑CAAAATTACCGGAGTTGC‑AGGAAACCATTCCGGCGGCGATTGATCTGCAAATTGCCCAGGATCGCTCCCCCACCATTCGCGCCTCGCTGGAAGAAGTCGGGCAAACGCGGATT‑AGCGCGGTGGCGCTGGTGATTCTGGT‑GGTGTTTTTATT‑CCTGCGCTCGGGTCGCG‑CCACTATTATTCCCGCCGTTTCGGTGCCGGTTTCGCTGATTGGTACGTTTgc < 2:325813/289‑1 (MQ=255) gCTATTTTACTGATGATCCGCAAACTGCCGGAAGCCAATATTATCCAGACGGTTGACAGCATCCGGG‑CAAAATTACCGGAGTTGC‑AGGAAACCATTCCGGCGGCGATTGATCTGCAAATTGCCCAGGATCGCTCCCCCACCATTCGCGCCTCGCTGGAAGAAGTCGAGCAAACGCTGATT‑ATCTCGGTGGCGCTGGTGATTCTGGT‑GGTGTTTTTATT‑CCTGCGCTCGGGTCGCG‑CCACTATTATTCCCGCCGTTTCGGTGCCGGTTTCGCTGATTGGTACGTTTgcg > 1:1941323/1‑288 (MQ=255) cTATTTTACTGATGATCCGCAAACGGCCGGAAGCCAATATTATCCAGACGGTTGCCAGCATCCGGG‑CAAAATTACCGGAGTTGC‑AGGAAACCATTCCGGCGGCGATTGATCTGCAAATTGCCCAGGATCGCTCCCCCACCATTCGCTCCTCGCTGGAAGAAGTCGAGCAAACGCTGATT‑ATCTCGGTGGCGCTGGTGATTCTGGT‑GGTGTTTTTATT‑CCTGCGCTCGGGTCGCG‑CCACTATTATTCCCGCCGTTTCGGTGCCGGTTTCGCTGATTGGTACGTTTgcgg < 1:1183163/288‑1 (MQ=255) tttctgacagatCCCTAAACTGCCGGAAGCAAATATTATCCAGACGGGTGACAGCATCCGGG‑AAAAATTACCGGAGTTGC‑AGGAAACCATTCCGGCGGCGATTGATCTGCAAATTGCCCCGGATCGCTCCCCCACCATTCGCGCCTCGCTGGAAGAAGTCGAGCAAACGCTGATT‑ATCTCGGTGGCGCTGGTGATTCTGGT‑GGTGTTTTTATT‑CCTGCGCTCGGGTCGCG‑CCACTATTATTCCCGCCGTTTCGGTGCCGGTTTCGCTGATTGGTACGTTTGCGGCGATg < 2:701653/280‑1 (MQ=255) gctgatcggccGCAAACTGCCGGGAACCAATATTGTGCAGGCGGTTGTCAGGAACCGGGACAGAAGT‑CCGGGGGTGCGAGGAAA‑CATTCCGGGGGCGGATGGCGCGCAAATTGCCCAGGATCGCTCCCCCTCCATTCGCGCCTCGCGGGAAGAAGTCGAGCAAACGCTGATT‑ATCTCGGTGGCGCTGGTGATTCTGGT‑GGTGTTTTTATT‑CCTGCGCTCGGGTCGCG‑CCACTATTATTCCCGCCGTTTCGGTGCCGGTTTCGCTGATTGGTACGTTTGCGGCGATGTAc < 2:485023/280‑1 (MQ=255) aCTGATGATCCGCAAACTGCCGGAAGCCAATATTATCCAGACGGTTGACAGCATCCGGG‑CAAAATTACCGGAGTTGC‑AGGAAACCATTCCGGCGGCGATTGATCTGCAAATTGCCCAGGATCGCTCCCCCACCATTCGCGCCTCGCTGGAAGAAGTCGAGCAAACGCTGATT‑ATCTCGGTGGCGCTGGTGATTCTGGT‑GGTGTTTTTATT‑CCTGCGCTCGGGTCGCG‑CCACTATTATTCCCGCCGTTTCGGTGCCGGTTTCGCTGATTGGTACGTTTGCGGCGATGTAc < 1:15357/289‑1 (MQ=255) cTGATGATCCGCAAACTGCCGGAAGCCAATATTATCCAGACGGTTGACAGCATCCGGG‑CAAAATTACCGGAGTTGC‑AGGAAACCATTCCGGCGGCGATTGATCTGCAAATTGCCCAGGATCGCTCCCCCACCATTCGCGCCTCGCTGGAAGAAGTCGAGCAAACGCTGATT‑ATCTCGGTGGCGCTGGTGATTCTGGT‑GGTGTTTTTATT‑CCTGCGCTCGGGTCGCG‑CCACTATTATTCCCGCCGTTTCGGTGCCGGTTTCGCTGATTGGTACGTTTGCGGCGATGTAcc < 1:798686/289‑1 (MQ=255) ccGCAAACTGCCGGAAGCCAATATTATCCAGACGGTTGACAGCATCCGGG‑CAAAATTACCGGAGTTGC‑AGGAAACCATTCCGGCGGCGATTGATCTGCAAATTGCCCAGGATCGCTCCCCCACCATTCGCGCCTCGCTGGAAGAAGTCGAGCAAACGCTGATT‑ATCTCGGTGGCGCTGGTGATTCTGGT‑GGTGTTTTTATT‑CCTGCGCTCGGGTCGCG‑CCACTATTATTCCCGCCGTTTCGGTGCCGGTTTCGCTGATTGGTACGTTTGCGGCGATGTACCTGTGCGGa > 1:474845/1‑289 (MQ=255) gaaaaCGGCCGGAAGAAAATACTATCGCAACGGTTGACGGCACCCGGG‑CAAGAGAACCGGAGTTTC‑AGGGAGTCCTGCCGGCGGCGATGGATCGGGAAATGGCCCAGGCCCGCTCCCCCACCATTCGCGCGTCGCTGGAAGAAGTCGAGCAAACGCTGATT‑ATCGCGGTGGCGCTGGTGATTCTGGT‑GGGGTTTTTATG‑CCTGCGCTGGGGTCGCG‑CCACGATTATTCCCGCCGTTTCGGTGCCGGTTTCGCGGATTGGTACGTTTGCGGCGATGTACCTGTGCGGAtt < 2:1558570/287‑1 (MQ=255) aaaCTGCCGGAAGCCAATATTATCCAGACGGTTGACAGCATCCGGG‑CAAAATTACCGGAGTTGC‑AGGAAACCATTCCGGCGGCGATTGATCTGCAAATTGCCCAGGATCGCTCCCCCACCATTCGCGCCTCGCTGGAAGAAGTCGAGCAAACGCTGATT‑ATCTCGGTGGCGCTGGTGATTCTGGT‑GGTGTTTTTATT‑CCTGCGCTCGGGTCGCG‑CCACTATTATTCCCGCCGTTTCGGTGCCGGTTTCGCTGATTGGTACGTTTGCGGCGATGTACCTGTGCGGATTCa < 1:260718/289‑1 (MQ=255) aaCTGCCGGAAGCCAATATTATCCAGACGGTTGACAGCATCCGGG‑CAAAATTACCGGAGTTGC‑AGGAAACCATTCCGGCGGCGATTGATCTGCAAATTGCCCAGGATCGCTCCCCCACCATTCGCGCCTCGCTGGAAGAAGTCGAGCAAACGCTGATT‑ATCTCGGTGGCGCTGGTGATTCTGGT‑GGTGTTTTTATT‑CCTGCGCTCGGGTCGCG‑CCACTATTATTCCCGCCGTTTCGGTGCCGGTTTCGCTGATTGGTACGTTTGCGGCGATGTACCTGTGCGGATTCAg < 1:157212/289‑1 (MQ=255) aaCTGCCGGAAGCCAATATTATCCAGACGGTTGACAGCATCCGGG‑CAAAATTACCGGAGTTGC‑AGGAAACCATTCCGGCGGCGATTGATCTGCAAATTGCCCAGGATCGCTCCCCCACCATTCGCGCCTCGCTGGAAGAAGTCGAGCAAACGCTGATT‑ATCTCGGTGGCGCTGGTGATTCTGGT‑GGTGTTTTTATT‑CCTGCGCTCGGGTCGCG‑CCACTATTATTCCCGCCGTTTCGGTGCCGGTTTCGCTGATTGGTACGTTTGCGGCGATGTACCTGTGCGGATTCAg < 1:399366/289‑1 (MQ=255) aaCTGCCGGAAGCCAATATTAGCCAGACGGTTGACAGCATCCGGG‑CAAAATTACCGGTGTTGC‑AGGAAACCATTCCGGCGGCGATTGATCTGCAAATTGCCCAGGATCGCGCCCCCACCATTCGCGCCTCGCTGGAAGAATTCGAGCAAACGCTGATT‑ATCTCGGTGGCGCTGGTGTTTCTGGT‑GGTGTTTTTATT‑CCTGCGCTCGGGTCGCG‑CCACTATTATTCCCGCCGTTTCGGTGCCGGTTTCGCTGATTGGTACGTTTGCGGCGATGTACCTGTGCGGATTCAg < 1:853511/289‑1 (MQ=255) acggCCGGAATCCGATATTATCCAGACGGTGGCGAGGATCCGGG‑CAAAATTACCGGGGTTGC‑AGGAAACCATTCCGGCGGCGATAGATCTGCAAATTGCCCAGGATCGCCCCCCCACCATTCGCGCCTCGCTGGAAGAAGTCGAGCAAACGCTGATT‑ATCTCGGGGGCGCTGGTGATTCTGGT‑GGTGTTTTTATT‑CCTGCGCTCGGGTCGCG‑CCACTATTATTCCCGCCGTTTCGGTGCCGGTTTCGCTGATTGGTACGTTTGCGGCGATGTACCTGTGCGGATTCAGt < 2:197144/286‑1 (MQ=255) aCTCCCGGAAGACAATCTTATCCAGACGTGTGACCGCATCGGGG‑CAAAATTACCTGGGTTGC‑AGGAAACCATTCCGGCGGCGATTGCTCTGCAAATTGCCCAGGATCGCTCCCCCACCATTCGCGCCTCGCTGGAAGAAGTCGAGCAAACGCTGATT‑ATCTCGGTGGCGCTGGTGATTCTGGT‑GGTGTTTTTATT‑CCTGCGCTCGGGTCGCG‑CCACTATTATTCCCGCCGTTTCGGTGCCGGTTTCGCTGATTGGTACGTTTGCGGCGATGTACCTGTGCGGATTCAGt < 2:1402658/289‑1 (MQ=255) ccGGAAGCCAATATTATCCAGACGGTTGACAGCATCCGGG‑CAAAATTACCGGAGTTGC‑AGGAAACCATTCCGGCGGCGATTGATCTGCAAATTGCCCAGGATCGCTCCCCCACCATTCGCGCCTCGCTGGAAGAAGTCGAGCAAACGCTGATT‑ATCTCGGTGGCGCTGGTGATTCTGGT‑GGTGTTTTTATT‑CCTGCGCTCGGGTCGCG‑CCACTATTATTCCCGCCGTTTCGGTGCCGGTTTCGCTGATTGGTACGTTTGCGGCGATGTACCTGTGCGGATTCAGTCTCa > 1:881401/1‑289 (MQ=255) aGCCAATAGTATCCGCACGGTTGACCGCAACCGGG‑CGAACTTACCGGAGTGGC‑GGGAAACCATTCCGGCGGCGATCGATGTGCAAAGTGCCCAGGGGCGCGCCCCCTCCCTTCGCGCCTGGCTGGAAGAAGTCGAGCAAACGCTGATT‑ATCCCGGTGGCGCTGCTGATTCTGGG‑GGTGTTTTTATT‑CCTGCGCTCGGGTCGCG‑CCACTATTCTTCCCGCCGTTTCGGTGCCGGTTTCGCTGATTGGTACGTTTGCGGCGATGTACCTGTGCGGATTCAGTCTCAATAAc < 2:653887/289‑1 (MQ=255) cAATATTATCCAGACGGTTGACAGCATCCGGG‑CAAAATTACCGGAGTTGC‑AGGAAACCATTCCGGCGGCGATTGATCTGCAAATTGCCCAGGATCGCTCCCCCACCATTCGCGCCTCGCTGGAAGAAGTCGAGCAAACGCTGATT‑ATCTCGGTGGCGCTGGTGATTCTGGT‑GGTGTTTTTATT‑CCTGCGCTCGGTTCGCG‑CCACTATTATTCCCGCCGTTTCGGTGCCGGTTTCGCTGCTTGGTACGGTTGCGGCGATGTACCTCTGCGGATTAAGTCTCatatacctt > 2:1799166/1‑281 (MQ=255) atatTATCCAGACGGTTGACAGCATCCGGG‑CAAAATTACCGGAGTTGC‑AGGAAACCATTCCGGCGGCGATTGATCTGCAAATTGCCCAGGATCGCTCCCCCACCATTCGCGCCTCGCTGGAAGAAGTCGAGCAAACGCTGATT‑ATCTCGGTGGCGCTGGTGATTCTGGT‑GGTGTTTTTATT‑CCTGCGCTCGGGTCGCG‑CCACTATTATTCCCGCCGTTTCGTTGCCGGTTTCGCTTATTGGTTCGTTTGCGGCGATGTTCCGTTACGGTTTCAGTGCCAAAAAACttt > 2:902690/1‑287 (MQ=255) tCCAGACGGTTGACAGCATCCGGG‑CAAAATTACCGGAGTTGC‑AGGAAACCATTCCGGCGGCGATTGATCTGCAAATTGCCCAGGATCGCTCCCCCACCATTCGCGCCTCGCTGGAAGAAGTCGAGCAAACGCTGATT‑ATCTCGGTGGCGCTGGTGATGCTGGT‑GGTGTTTTTATT‑CCTGCGCCCGGGTCGCG‑CCACTCTTATTCCCGCCGTTTCGGTGCCGGTTTCGCTGATTGTTACGTTTGCGTCGATGTCACTGTGGGGATCCAGCTCCAACAACCTTTACTTact > 2:681557/1‑287 (MQ=255) aGACGGTTGACAGCATCCGGG‑CAAAATTACCGGAGTTGC‑AGGAAACCATTCCGGCGGCGATTGATCTGCAAATTGCCCAGGATCGCTCCCCCACCATTCGCGCCTCGCTGGAAGAAGTCGAGCAAACGCTGATT‑ATCTCGGTGGCGCTGGTGATTCTGGT‑GGTGTTTTTATT‑CCTGCGCTCGGGTCGCG‑CCACTATTATTCCCGCCGTTTCGGTGCCGGTTTCGCTGATTGGTACGTTTGCGGCGATGTACCTGTGCGGATTCAGTCTCAATAACCTTTCGTTAATGgc > 2:1578276/1‑289 (MQ=255) aCGGTTGACAGCATCCGGG‑CAAAATTACCGGAGTTGC‑AGGAAACCATTCCGGCGGCGATTGATCTGCAAATTGCCCAGGATCGCGCCCCCACCATTCGCGCCTCGCTGGAAGAAGTCGAGCAAACGCTGATT‑ATCTCGGTGGCGCTGGTGATTCTGGT‑GGTGTTTTTATT‑CCTGCGCTCGGGTCGCG‑CCACTATTATTCCCGCCGTTTCGGTGCCGGTTTCGCTGATTGGTACGTTTGCGGCGATGTACCTGTGCGGATTCAGTCTCAATAACCTTTCGTTAATGtcg > 1:1647438/1‑288 (MQ=255) tGAGAGGATCCGGG‑AAAAATTACCGGGGTGGC‑AGGAACCCATTCCGGCGGAGTTTGATCTGAAAGTTGCCCAGGATCGCTCCCCGCCCAGTCGCGCCTGGCTGGAAGAAGTCGAGCAAACGCTGATT‑ATCTCGGTGGCGCTGGTGATTCTGGT‑GGTGTTTTTATT‑CCTGCGCTCGGGTCGCG‑CCACTATTATTCCCGCCGTTTCGGTGCCGGTTTCGCTGATTGGTACGTTTGCGGCGATGTACCTGTGCGGATTCAGTCTCAATAACCTTTCGTTAATGGCGCTCAcc < 2:806783/289‑1 (MQ=255) tGACAGCATCCGGG‑CAAAATTACCGGAGTTGC‑AGGAAACCATTCCGGCGGCGATTGATCTGCAAATTGCCCAGGATCGCTCCCCCACCATTCGCGCCTCGCTGGAAGAAGTCGAGCAAACGCTGATT‑ATCTCGGTGGCGCTGGTGATTCTGGT‑GGTGTTTTTATT‑CCTGCGTTCGGGTCGCG‑CCACTATTATTCCCGCCGTTTCGGTGCCGGTTTCGCTGATTGGTACGTTTGCGGCGATGTACCTGTGCGGATTCAGTCTCAATAACCTTTCGTTAATGGCGCTCAcc > 2:227829/1‑289 (MQ=255) gCATCCGGG‑CAAAATTACCGGAGTTGC‑AGGAAACCATTCCGGCGGCGATTGATCTGCAAATTGCCCAGGATCGCTCCCCCACCATTCGCGCCTCGCTGGAAGAAGTCGAGCAAACGCTGATT‑ATCTCGGTGGCGCTGGTGATTCTGGT‑GGTGTTTTTATT‑CCTGCGCTCGGGTCGCG‑CCACTATTATTCCCGCCGTTTCGGTGCCGGTTTCGCTGATTGGTACGTTTGCGGCGATGTACCTGTGCGGATTCAGTCTCAATAACCTTTCGTTAATGGCGCTCACCATc > 1:308427/1‑287 (MQ=255) aTCCGGG‑CAAAATTACCGGAGTTGC‑AGGAAACCATTCCGGCGGCGATTGATCTGCAAATTGCCCAGGATCGCTCCCCCACCATTCGCGCCTCGCTGGAAGAAGTCGAGCAAACGCTGATT‑ATCTCGGTGGCGCCGGTGATTCTGGT‑GGTGTTTTTATT‑CCTGCGCTCGGGTTGCG‑CCACTATTATTCCCGCCGTTTCGGTGCCGGTTTCGCTGATTGGTACGTTTGCGGCGATGTCACTGTGCGGATTCAGTCTCATTATCCTTTCGTTAATGGCGCTCACCATctca > 2:214203/1‑285 (MQ=255) ccGGG‑CAAAATTACCGGAGTTGC‑AGGAAACCATTCCGGCGGCGATTGATCTGCAAATTGCCCAGGATCGCTCCCCCACCATTCGCGCCTCGCTGGAAGAAGTCGAGCAAACGCTGATT‑ATCTCGGTGGCGCTGGTGATTCTGGT‑GGTGTTTTTATT‑CCTGCGCTCGGGTCGCG‑CCACTATTATTCCCGCCGTTTCGGTGCCGGTTTCGCTGATTGGTACGTTTGCGGCGATGTACCTGTGCGGATTCAGTCTCAATAACCTTTCGTTAATGGCGCTCACCATCGCt > 1:1409153/1‑286 (MQ=255) ccGGG‑CAAAATTACCGGAGTTGC‑AGGAAACCATTCCGGCGGCGATTGATCTGCAAATTGCCCAGGATCGCTCCCCCACCATTCGCGCCTCGCTGGAAGAAGTCGAGCAAACGCTGATT‑ATCTCGGTGGCGCTGGTGATTCTGGT‑GGTGTTTTTATT‑CCTGCGCTCGGGTCGCG‑CCACTATTATTCCCGCCGTTTCGGTGCCGGTTTCGCTGATTGGTACGTTTGCGGCGATGTACCTGTGCGGATTCAGTCTCAATAACCTTTCGTTAATGGCGCTCACCATCGCt > 1:1565578/1‑286 (MQ=255) ccGGG‑CAAAATTACCGGAGTTGC‑AGGAAACCATTCCGGCGGCGATTGATCTGCAAATTGCCCAGGATCGCTCCCCCACCATTCGCGCCTCGCTGGAAGAAGTCGAGCAAACGCTGATT‑ATCTCGGTGGCGCTGGTGATTCTGGT‑GGTGTTTTTATT‑CCTGCGCTCGGGTCGCG‑CCACTATTATTCCCGCCGTTTCGGTGCCGGTTTCGCTGATTGGTACGTTCGCGGCGATGTACCTGTGCGGATTCAGTCTCAATAACCTTTCGTTAATGGCGCTCCACCTCGCt > 2:1710750/1‑286 (MQ=255) aacttcccGGCGTGGC‑AGGGAACCAGTCCGGCTGCGATTGTGCTTGCAATGGCCCCGGGTCGCTCCCCCACCGTTCGCGCCTCGCTGGACGAGGTCGGGCAAACGCTGATT‑ATCTCGGTGGCGCTGGTGATTCTGGT‑GGTGTTTTTATT‑CCTGCGCTCGGGTCGCG‑CCACTATTATTCCCGCCGTTTCGGTGCCGGTTTCGCTGATTGGTACGTTTGCGGCGATGTACCTGTGCGGATTCAGTCTCAATAACCTTTCGTTAATGGCGCTCACCATCGCTACTGGTTTCg < 2:1643462/283‑1 (MQ=255) aaaCTACGGGTGTTGC‑AGAAAACTTGTCCGGCGGCGCTTGATCGGCAAATTGCAAAGGGTCGCCACCCCACCATTGGCGCCTGGCTGGAAGAAGTCGTACAAACGCTGATT‑ATCTCGGTGGCGCTGGTGATTCTGGT‑GGTGTTTGTATT‑CCTGCGGTCGGGTCGCG‑CCACTATTATTCCCGCCGTTTCGGTGCCGGTTTCGCTGATTGGTACGTTTGCGGCGATGTACCTGTGCGGATTCAGTCTCAATAACCTTTCGTTAATGGCGCTCACCATCGCTACTGGTTTCg < 2:1471906/289‑1 (MQ=255) ataaCCGGGGTTGC‑AGGAATCCATTCCGGCGCCGATTGATCTGCAAATTGCCCAGGTTCGCTCCCCCACCATTGGCGCCTCGCTGGAAGAAGTCGGGCAAACGCTGATT‑ATCTCGGTGGCGCTGGTGATTCTGGT‑GGTGTTTTTATT‑CCTGCGCTCGGGTCGCG‑CCACTATTATTCCCGCCGTTTCGGTGCCGGTTTCGCTGATTGGTACGTTTGCGGCGATGTACCTGTGCGGATTCAGTCTCAATAACCTTTCGTTAATGGCGCTCACCATCGCTACTGGTTTCgtg < 2:1206927/286‑1 (MQ=255) ggAGTTGC‑AGGAAACCATTCCGGCGGCGATTGATCTGCAAATTGCCCAGGATCGCTCCCCCACCATTCGCGCCTCGCTGGAAGAAGTCGAGCAAACGCTGATT‑ATCTCGGTGGCGCTGGTGATTCTGGT‑GGTGTTTTTATT‑CCTGCGCTCGGGTCGCG‑CCACTATTATTCCCGCCGTTTCGGTGCCGGTTTCGCTGATTGGTACGTTTGCGGCGATGTACCTGTGCGGATTCAGTCTCAATAACCTTTCGTTAATGGCGCTCACCATCGCTACTGGTTTCGTGGTGGAt < 1:1726985/289‑1 (MQ=255) aaCCATTCCGGCGGCGATTGATCTGCAAATTGCCCAGGATCGCTCCCCCACCATTCGCGCCTCGCTGGAAGAAGTCGAGCAAACGCTGATT‑ATCTCGGTGGCGCTGGTGATTCTGGT‑GGTGTTTTTATT‑CCTGCGCTCGGGTCGCG‑CCACTATTATTCCCGCCGTTTCGGTGCCGGTTTCGCTGATTGGTACGTTTGCGGCGATGTACCTGTGCGGATTCAGTCTCAATAACCTTTCGTTAATGGCGCTCACCATCGCTACTGGTTTCGTGGTGGATGACGCCATCggg > 1:697854/1‑287 (MQ=255) tCCGGGGGCGATTGATCTGCAAATTGCCCAGGATCGCTCCCCCACCATTCGCGCCTCGCTGGAAGAAGTCGAGCAAACGCTGATT‑ATCTCGGTGGCGCTGGTGATTCTGGT‑GGTGTTTTTATT‑CCTGCGCTCGGGTCGCG‑CCACTATTATTCCCGCCGTTTCGGTGCCGGTTTCGCTGATTGGTACGTTTGCGGCGATGTACCTGTGCGGATTCAGTCTCAATAACCTTTCGTTAATGGCGCTCACCAt < 1:543035/249‑1 (MQ=255) aTTGAGCTGCAAATTGCCCAGGATCGCTCCCCCGCCTTTCGCGCCTCGCTGGAAAAGGTCGAGCAACCGCTGATT‑ATCTCGGTGGCGCTGGTGATTCTGGT‑GTTGTTTTTATT‑CCGGCGCTCGGGTCGCG‑CCACTATTATTCCCGCCGTTTCGGTGCCGGTTTCGCTGATTGGTACGTTTGCGGCGATGTACCTGTGCGGATTCAGTCTCAATAACCTTTCGTTAATGGCGCTCACCATCGCTACTGGTTTCGTGGTGGATGACGCCATCGTGGTGCTGGAAAACATTg < 2:1789725/289‑1 (MQ=255) 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ttCCCGCCGTTTCGGTGCCGGTTTCGCTGATTGGTACGTTTGCGGCGATGTACCTGTGCGGATTCAGTCTCAATAACCTTTCGTTAATGGCGCTCACCATCGCTACTGGTTTCGTGGTGGATGACGCCATCGTGGTGCTGGAAAACATTGCACGTCATCTGGAAGCGGGAATGAAACCGTTGCAAGCCGCACTGCAAGGTACTCGCGAAGTC‑GGTTTTACGGTGCTGTCGATGAGTCTGTCACTGGTGGCGGTGTTCCTGTCGCTGCGGTTGTTGGGCGGATTGCCgtg > 2:819016/1‑287 (MQ=255) cgccgTTGCGGTTCCGGTTTCGCTTATTGGTACGTTTGCTGCGATGTACCTGTGCGGATTCAGTCTCAATAGCCTTGCGTTAATGGCGCTCACCATCGCTACTGGTTTCGTGTTGGATGACGCCATCGTGGTGCTGTAAAACATTGCACGTCATCTGGAAGCGGGAATGAAACCGTTGCAAGCCGAACTGCAAGGTACTCGCTAAGTC‑GGTTTTACGGTGCTGTCGATGAGTCTGTCACTGGTGGCGGTGTTCCTGCCGCTGCTGTTGATGGGCGGATTGCCGGGCCGa < 1:1681609/289‑1 (MQ=255) ||| CGCCGGGATGACCAACGCCAAACCGGCTATTTTACTGATGATCCGCAAACTGCCGGAAGCCAATATTATCCAGACGGTTGACAGCATCCGGG‑CAAAATTACCGGAGTTGC‑AGGAAACCATTCCGGCGGCGATTGATCTGCAAATTGCCCAGGATCGCTCCCCCACCATTCGCGCCAGCCTGGAAGAAGTCGAGCAAACGCTGATT‑ATCAGCGTGGCGCTGGTGATTCTGGT‑GGTGTTTTTATT‑CCTGCGCAGCGGTCGCG‑CCACTATTATTCCCGCCGTTAGCGTGCCGGTTAGCCTGATTGGTACGTTTGCGGCGATGTACCTGTGCGGATTCAGTCTCAATAACCTTAGCTTAATGGCGCTCACCATCGCTACTGGTTTCGTGGTGGATGACGCCATCGTGGTGCTGGAAAACATTGCACGTCATCTGGAAGCGGGAATGAAACCGTTGCAAGCCGCACTGCAAGGTACTCGCGAAGTC‑GGTTTTACGGTGCTGAGCATGAGTCTGAGTCTGGTGGCGGTGTTCCTGCCGCTGCTGTTGATGGGCGGATTGCCGGGCCGA > CP042583/1746113‑1746674 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 8 ≤ ATCG/ATCG < 18 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |