| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 1,746,405 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 1,746,405 | 0 | A | T | 100.0% | 418.4 / NA | 178 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); new base T (84/94); total (84/94) | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,746,406 | 0 | G | C | 99.4% | 409.5 / NA | 178 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); new base C (84/93); total (84/94) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,746,407 | 0 | C | G | 98.9% | 407.6 / NA | 178 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/1); new base G (83/93); total (84/94) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 178 total aligned reads displayed.
CGGCTATTTTACTGATGATCCGCAAACTGCCGGAAGCCAATATTATCCAGACGGTTGACAGCATCCGGG‑CAAAATTACCGGAGTTGC‑AGGAAACCATTCCGGCGGCGATTGATCTGCAAATTGCCC‑AGGATCGCTCCCCCACCATTCGCGCCAGCCTGGAAGAAGTCGAGCAAACGCTGATTATCAGCGTGGCGCTGGTGATTCTGGT‑GGTGTTTTTATTCCTGCGCAGCGGTCGCG‑CCACTATTATTCCCGCCGTTAGCGTGCCGGTTAGCCTGATTGGTACGTTTGCGGCGATGTACCTGTGCGGATTCAGTCTCAATAACCTTAGCTTAATGGCGCTCACCATCGCTACTGGTTTCGTGGTGGATGACGCCATCGTGGTGCTGGAAAACATTGCACGTCATCTGGAAGCGGGAATGAAACCGTTGCAAGCCGCACTGCAAGGTACTCGCGAAGTC‑GGTTTTACGGTGCTGAGCATGAGTCTGAGTCTGGTGGCGGTGTTCCTGCCGCTGCTGTTGATGGGCGGATTGCCGGGCCGACTGTTA > CP042583/1746136‑1746680 ||| cGGCTATTTTACTGATGATCCGCAAACTGCCGGAAGCCAATATTATCCAGACGGTTGACAGCATCCGGG‑CAAAATTACCGGAGTTGC‑AGGAAACCATTCCGGCGGCGATTGATCTGCAAATTGCCC‑AGGATCGCTCCCCCACCATTCGCGCCTCGCTGGAAGAAGTCGAGCAAACGCTGATTATCTCGGTGGCGCTGGTGATTCTGGT‑GGTGTTTTTATTCCTGCGCTCGGGTCGCG‑CCACTATTATTCCCGCCGTTTCGGTGCCGGTTTCGCTGATTGGTACGTTTgc < 1:846622/289‑1 (MQ=255)cGGCTATTTTACTGATGATCCGCAAACTGCCGGAAGCCAATATTATCCAGACGGTTGACAGCATCCGGG‑CAAAATTACCGGAGTTGC‑AGGAAACCATTCCGGCGGCGATTGATCTGCAAATTGCCC‑AGGATCGCTCCCCCACCATTCGCGCCTCGCTGGAAGAAGTCGAGCAAACGCTGATTATCTCGGTGGCGCTGGTGATTCTGGT‑GGTGTTTTTATTCCTGCGCTCGGGTCGCG‑CCACTATTATTCCCGCCGTTTCGGTGCCGGTTTCGCTGATTGGTACGTTTgc < 1:388549/289‑1 (MQ=255)cGGCTATGTTACTGATGCACCGCAAAGTGCCGGACGCCAATATTATCCAGGCGGTTGACCGCATCCGGG‑CAAAATTACCGGAGTTGC‑AGGAAACCATTCCGGCGGCGATTGATCTGCAAATTGCCC‑AGGATCGCTCCCCCACCATTCGCGCCTCGCTGGAAGAAGTCGGGCAAACGCGGATTAGCGCGGTGGCGCTGGTGATTCTGGT‑GGTGTTTTTATTCCTGCGCTCGGGTCGCG‑CCACTATTATTCCCGCCGTTTCGGTGCCGGTTTCGCTGATTGGTACGTTTgc < 2:325813/289‑1 (MQ=255) cTATTTTACTGATGATCCGCAAACGGCCGGAAGCCAATATTATCCAGACGGTTGCCAGCATCCGGG‑CAAAATTACCGGAGTTGC‑AGGAAACCATTCCGGCGGCGATTGATCTGCAAATTGCCC‑AGGATCGCTCCCCCACCATTCGCTCCTCGCTGGAAGAAGTCGAGCAAACGCTGATTATCTCGGTGGCGCTGGTGATTCTGGT‑GGTGTTTTTATTCCTGCGCTCGGGTCGCG‑CCACTATTATTCCCGCCGTTTCGGTGCCGGTTTCGCTGATTGGTACGTTTgcgg < 1:1183163/288‑1 (MQ=255) tttctgacagatCCCTAAACTGCCGGAAGCAAATATTATCCAGACGGGTGACAGCATCCGGG‑AAAAATTACCGGAGTTGC‑AGGAAACCATTCCGGCGGCGATTGATCTGCAAATTGCCC‑CGGATCGCTCCCCCACCATTCGCGCCTCGCTGGAAGAAGTCGAGCAAACGCTGATTATCTCGGTGGCGCTGGTGATTCTGGT‑GGTGTTTTTATTCCTGCGCTCGGGTCGCG‑CCACTATTATTCCCGCCGTTTCGGTGCCGGTTTCGCTGATTGGTACGTTTGCGGCGATg < 2:701653/280‑1 (MQ=255) gctgatcggccGCAAACTGCCGGGAACCAATATTGTGCAGGCGGTTGTCAGGAACCGGGACAGAAGT‑CCGGGGGTGCGAGGAAA‑CATTCCGGGGGCGGATGGCGCGCAAATTGCCC‑AGGATCGCTCCCCCTCCATTCGCGCCTCGCGGGAAGAAGTCGAGCAAACGCTGATTATCTCGGTGGCGCTGGTGATTCTGGT‑GGTGTTTTTATTCCTGCGCTCGGGTCGCG‑CCACTATTATTCCCGCCGTTTCGGTGCCGGTTTCGCTGATTGGTACGTTTGCGGCGATGTAc < 2:485023/280‑1 (MQ=255) aCTGATGATCCGCAAACTGCCGGAAGCCAATATTATCCAGACGGTTGACAGCATCCGGG‑CAAAATTACCGGAGTTGC‑AGGAAACCATTCCGGCGGCGATTGATCTGCAAATTGCCC‑AGGATCGCTCCCCCACCATTCGCGCCTCGCTGGAAGAAGTCGAGCAAACGCTGATTATCTCGGTGGCGCTGGTGATTCTGGT‑GGTGTTTTTATTCCTGCGCTCGGGTCGCG‑CCACTATTATTCCCGCCGTTTCGGTGCCGGTTTCGCTGATTGGTACGTTTGCGGCGATGTAc < 1:23143/289‑1 (MQ=255) cTGTTGATCCGCAAACATCCGGAAGCCAATATTATCCAGACGGTTGACAGCAGCCGGG‑CAAAAGAAACGGGTTTTG‑AGGAAACCATGCCGGCGGCGATTGA‑GTGTAAAATGCCCAAGGAGCCCTCCCCCACCATTCGCGCCTCGCTGGAAGAGGTCGAGCAAACGCGGATTATCTCGGTGGCGCTGGTGATTCTGGT‑GGTGTTTTTAATCCTGCGCTCGGGTCGCG‑CCACTATTATTCCCGCCGTTTCGGTGCCGGTTTCGCTGATTGGTACGTTGGCGGCGATGTAcc < 2:351137/289‑1 (MQ=255) ccGCAAACTGCCGGAAGCCAATATTATCCAGACGGTTGACAGCATCCGGG‑CAAAATTACCGGAGTTGC‑AGGAAACCATTCCGGCGGCGATTGATCTGCAAATTGCCC‑AGGATCGCTCCCCCACCATTCGCGCCTCGCTGGAAGAAGTCGAGCAAACGCTGATTATCTCGGTGGCGCTGGTGATTCTGGT‑GGTGTTTTTATTCCTGCGCTCGGGTCGCG‑CCACTATTATTCCCGCCGTTTCGGTGCCGGTTTCGCTGATTGGTACGTTTGCGGCGATGTACCTGTGCGGa > 1:474845/1‑289 (MQ=255) gaaaaCGGCCGGAAGAAAATACTATCGCAACGGTTGACGGCACCCGGG‑CAAGAGAACCGGAGTTTC‑AGGGAGTCCTGCCGGCGGCGATGGATCGGGAAATGGCCC‑AGGCCCGCTCCCCCACCATTCGCGCGTCGCTGGAAGAAGTCGAGCAAACGCTGATTATCGCGGTGGCGCTGGTGATTCTGGT‑GGGGTTTTTATGCCTGCGCTGGGGTCGCG‑CCACGATTATTCCCGCCGTTTCGGTGCCGGTTTCGCGGATTGGTACGTTTGCGGCGATGTACCTGTGCGGAtt < 2:1558570/287‑1 (MQ=255) 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aaCTGCCGGAAGCCAATATTAGCCAGACGGTTGACAGCATCCGGG‑CAAAATTACCGGTGTTGC‑AGGAAACCATTCCGGCGGCGATTGATCTGCAAATTGCCC‑AGGATCGCGCCCCCACCATTCGCGCCTCGCTGGAAGAATTCGAGCAAACGCTGATTATCTCGGTGGCGCTGGTGTTTCTGGT‑GGTGTTTTTATTCCTGCGCTCGGGTCGCG‑CCACTATTATTCCCGCCGTTTCGGTGCCGGTTTCGCTGATTGGTACGTTTGCGGCGATGTACCTGTGCGGATTCAg < 1:853511/289‑1 (MQ=255) aCTCCCGGAAGACAATCTTATCCAGACGTGTGACCGCATCGGGG‑CAAAATTACCTGGGTTGC‑AGGAAACCATTCCGGCGGCGATTGCTCTGCAAATTGCCC‑AGGATCGCTCCCCCACCATTCGCGCCTCGCTGGAAGAAGTCGAGCAAACGCTGATTATCTCGGTGGCGCTGGTGATTCTGGT‑GGTGTTTTTATTCCTGCGCTCGGGTCGCG‑CCACTATTATTCCCGCCGTTTCGGTGCCGGTTTCGCTGATTGGTACGTTTGCGGCGATGTACCTGTGCGGATTCAGt < 2:1402658/289‑1 (MQ=255) caacatttacCCAGGCGGTTGAGAGCATCCGGG‑CAAACTTGCCGGGGTTGC‑AGGAAACCATCCCGGCGGCGATTGATCTGCAAATTGCCC‑AGGATCGCTCCCCCACCATTCGCGCCTCGCTGGAAGAAGTCGAGCAAACGCTGATTATCTCGGTGGCGCTGGTGATTCTGGT‑GGTGTTTTTATTCCTGCGCTCGGGTCGCG‑CCACTATTATTCCCGCCGTTTCGGTGCCGGTTTCGCTGATTGGTACGTTTGCGGCGATGTACCTGTGCGGATTCAGTCTCAATAACCt < 2:1189813/283‑1 (MQ=255) cAATATTATCCAGACGGTTGACAGCATCCGGG‑CAAAATTACCGGAGTTGC‑AGGAAACCATTCCGGCGGCGATTGATCTGCAAATTGCCC‑AGGATCGCTCCCCCACCATTCGCGCCTCGCTGGAAGAAGTCGAGCAAACGCTGATTATCTCGGTGGCGCTGGTGATTCTGGT‑GGTGTTTTTATTCCTGCGCTCGGTTCGCG‑CCACTATTATTCCCGCCGTTTCGGTGCCGGTTTCGCTGCTTGGTACGGTTGCGGCGATGTACCTCTGCGGATTAAGTCTCatatacctt > 2:1799166/1‑281 (MQ=255) atatTATCCAGACGGTTGACAGCATCCGGG‑CAAAATTACCGGAGTTGC‑AGGAAACCATTCCGGCGGCGATTGATCTGCAAATTGCCC‑AGGATCGCTCCCCCACCATTCGCGCCTCGCTGGAAGAAGTCGAGCAAACGCTGATTATCTCGGTGGCGCTGGTGATTCTGGT‑GGTGTTTTTATTCCTGCGCTCGGGTCGCG‑CCACTATTATTCCCGCCGTTTCGTTGCCGGTTTCGCTTATTGGTTCGTTTGCGGCGATGTTCCGTTACGGTTTCAGTGCCAAAAAACttt > 2:902690/1‑287 (MQ=255) tCCAGACGGTTGACAGCATCCGGG‑CAAAATTACCGGAGTTGC‑AGGAAACCATTCCGGCGGCGATTGATCTGCAAATTGCCC‑AGGATCGCTCCCCCACCATTCGCGCCTCGCTGGAAGAAGTCGAGCAAACGCTGATTATCTCGGTGGCGCTGGTGATGCTGGT‑GGTGTTTTTATTCCTGCGCCCGGGTCGCG‑CCACTCTTATTCCCGCCGTTTCGGTGCCGGTTTCGCTGATTGTTACGTTTGCGTCGATGTCACTGTGGGGATCCAGCTCCAACAACCTTTACTTact > 2:681557/1‑287 (MQ=255) 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tGACAGCATCCGGG‑CAAAATTACCGGAGTTGC‑AGGAAACCATTCCGGCGGCGATTGATCTGCAAAGTGCCC‑AGGATCGCTCCCCCACCATTCGCGCCTCGCTGGAAGAAGTCGAGCAAACGCTGATTATCTCGGTGGCGCTGGTGATTCTGGT‑GGTGTTTTTATTCCTGCGCTCGGGTCGCG‑CCACTATTATTCCCGCCGTTTCGGTGCCGGTTTCGCTGATTGGTACGTTTGCGGCGATGTACCTGTGCGGATTCAGTCTCAATAACCTTTCGTTAATGGCGCTCAc < 1:199747/288‑1 (MQ=255) gCATCCGGG‑CAAAATTACCGGAGTTGC‑AGGAAACCATTCCGGCGGCGATTGATCTGCAAATTGCCC‑AGGATCGCTCCCCCACCATTCGCGCCTCGCTGGAAGAAGTCGAGCAAACGCTGATTATCTCGGTGGCGCTGGTGATTCTGGT‑GGTGTTTTTATTCCTGCGCTCGGGTCGCG‑CCACTATTATTCCCGCCGTTTCGGTGCCGGTTTCGCTGATTGGTACGTTTGCGGCGATGTACCTGTGCGGATTCAGTCTCAATAACCTTTCGTTAATGGCGCTCACCATc > 1:308427/1‑287 (MQ=255) aTCCGGG‑CAAAATTACCGGAGTTGC‑AGGAAACCATTCCGGCGGCGATTGATCTGCAAATTGCCC‑AGGATCGCTCCCCCACCATTCGCGCCTCGCTGGAAGAAGTCGAGCAAACGCTGATTATCTCGGTGGCGCTGGTGATTCTGGT‑GGTGTTTTTATTCCTGCGCTCGGGTCGCG‑CCACTATTATTCCCGCCGTTTCGGTGCCGGTTTCGCTGATTGGTACGTTTGCGGCGATGTACCTGTGCGGATTCAGTCTCAATAACCTTTCGTTAATGGCGCTCACCATCGCt > 1:1582908/1‑288 (MQ=255) 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gccgtttcggTGCCGGTTTCGCTGATTGGTACGTTTGCGGCGATGTACCTGTGCGGATTCAGTCTCAATAACCTTTCGTTAATGGCGCTCACCATCGCTACTGGTTTCGTGGTGGATGACGCCATCGTGGTGCTGGAAAACATTGCACGTCATCTGGAAGCGGGAATGAAACCGTTGCAAGCCGCACTGCAAGGTACTCGCGAAGTC‑GGTTTTACGGTGCTGTCGATGAGTCTGTCACTGGTGGCGGTGTTCCTGCCGCTGCTGTTGATGGGCGGATTGCCGGGCCg > 1:1365100/10‑287 (MQ=255) gccgtttcggTGCCGGTTTCGCTGATTGGTACGTTTGCGGCGATGTACCTGTGCGGATTCAGTCTCAATAACCTTTCGTTAATGGCGCTCACCATCGCTACTGGTTTCGTGGTGGATGACGCCATCGTGGTGCTGGAAAACATTGCACGTCATCTGGAAGCGGGAATGAAACCGTTGCAAGCCGCACTGCAAGGTACTCGCGAAGTC‑GGTTTTACGGTGCTGTCGATGAGTCTGTCACTGGTGGCGGTGTTCCTGCCGCTGCTGTTGATGGGCGGATTGCCGGGCCGa > 2:721064/10‑288 (MQ=255) ||| CGGCTATTTTACTGATGATCCGCAAACTGCCGGAAGCCAATATTATCCAGACGGTTGACAGCATCCGGG‑CAAAATTACCGGAGTTGC‑AGGAAACCATTCCGGCGGCGATTGATCTGCAAATTGCCC‑AGGATCGCTCCCCCACCATTCGCGCCAGCCTGGAAGAAGTCGAGCAAACGCTGATTATCAGCGTGGCGCTGGTGATTCTGGT‑GGTGTTTTTATTCCTGCGCAGCGGTCGCG‑CCACTATTATTCCCGCCGTTAGCGTGCCGGTTAGCCTGATTGGTACGTTTGCGGCGATGTACCTGTGCGGATTCAGTCTCAATAACCTTAGCTTAATGGCGCTCACCATCGCTACTGGTTTCGTGGTGGATGACGCCATCGTGGTGCTGGAAAACATTGCACGTCATCTGGAAGCGGGAATGAAACCGTTGCAAGCCGCACTGCAAGGTACTCGCGAAGTC‑GGTTTTACGGTGCTGAGCATGAGTCTGAGTCTGGTGGCGGTGTTCCTGCCGCTGCTGTTGATGGGCGGATTGCCGGGCCGACTGTTA > CP042583/1746136‑1746680 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 8 ≤ ATCG/ATCG < 18 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |