| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 1,749,045 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 1,749,045 | 0 | A | T | 99.6% | 564.2 / NA | 243 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (131/111); minor base C (1/0); total (132/111) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.90e-01 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,749,046 | 0 | G | C | 98.8% | 550.9 / NA | 243 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); major base C (129/109); minor base T (3/0); total (132/111) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.54e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,749,047 | 0 | C | G | 99.6% | 571.0 / NA | 243 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); new base G (131/111); total (132/111) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 243 total aligned reads displayed.
GCAATATATGGCGGCGATGACCTTTGTCACGTTACCCGGTCAGGTCGGTCCGCTGCTCGGTCCGGCGCTCGGCGGTCTGCTGGTGGAGTACGCAAGCT‑GGCACTGGATCTTTTTGATCAACATTCCGGTGGGGATTATCGGTGCGATCGCCACATTGCTGTTAATGCCGAACTACACCATGCAGACGCGGCGCTTTGATCTCTCCGGATTTTTATTGCTGGCGGTTGGCATGGCGGTATTAACCCTGGCGCTGGACGGCAGTAAAGGTACAGGTTTAAGCCCGCTGACGATTGCAG‑GCCTGGTCGCAGTTGGCGTGGTGGCACTGGTGCTTTATCTGCTGCACGCCAGAAATAACAACCGTGCCCTGTTCAGTCTGAAACTGTTCCGTACTCGTACCTTTAGCCTGGGCCTGGCGGGGAGCTTTGCCGGACGTATTGGCAGTGGCATGTTGCCCTTTATGACACCGGTTTTCCTGCAAATTGGCCTCGGTTTCAGCCCGTTTCATGCCGGACTGATGATGATCCCGATGGTGCTTGGCAGCATGGGAATGAAGCGAAT > CP042583/1748768‑1749325 ||| gCAATCTAGGGCGGCGATGGCCTTTGTCACGTTACCCGGTCAGGTCGGTCCGCTGCTCGGTCCGGCGCTCGGCGGTCTGCTGGTGGAGTACGCATCGT‑GGCACTGGATCTTTTTGATCAACATTCCGGTGGGGATTATCGGTGCGATCGCCACATTGCTGTTAATGCCGAACTACACCATGCAGACGCGGCGCTTTGATCTCTCCGGATTTTTATTGCTGGCGGTTGGCATGGCGGTATTAACCCTGGCGCTGGACGGCAGTAAAGGTACAGGTTTATCGCCGCTGAc < 1:345568/288‑1 (MQ=255)gCAATATATGGCGGCGATGACCTTTGTCACGTTACCCGGTCAGGTCGGTCCGCTGCTCGGTCCGGCGCTCGGCGGTCTGCTGGTGGAGTACGCATCGT‑GGCACTGGATCTTTTTGATCAACATTCCGGTGGGGATTATCGGTGCGATCGCCACATTGCTGTTAATGCCGAACTACACCATGCAGACGCGGCGCTTTGATCTCTCCGGATTTTTATTGCTGGCGGTTGGCATGGCGGTATTAACCCTGGCGCTGGACGGCAGTAAAGGTACAGGTTTATCGCCGCTGAc < 1:1360531/288‑1 (MQ=255) ggcggcGATGACCTTTGTCACGTTACCCGGTCAGGTCGGTCCGCTGCTCGGTCCGGCGCTCGGCGGTCTGCTGGTGGAGTACGCATCGT‑GGCACTGGATCTTTTTGATCAACATTCCGGTGGGGATTATCGGTGCGATCGCCACATTGCTGTTAATGCCGAACTACACCATGCAGACGCGGCGCTTTGATCTCTCCGGATTTTTATTGCTGGCGGTTGGCATGGCGGTATTAACCCTGGCGCTGGACGGCAGTAAAGGTACAGGTTTATCGCCGCTGACGATTGCAg‑g > 1:1149906/1‑288 (MQ=255) gcggcgATGACCTTTGTCACGTTACCCGGTCAGGTCGGTCCGCTGCTCGGTCCGGCGCTCGGCGGTCTGCTGGTGGAGTACGCATCGT‑GGCACTGGATCTTTTTGATCAACATTCCGGTGGGGATTATCGGTGCGATCGCCACATTGCTGTTAATGCCGAACTACACCATGCAGACGCGGCGCTTTGATCTCTCCGGATTTTTATTGCTGGCGGTTGGCATGGCGGTATTAACCCTGGCGCTGGACGGCAGTAAAGGTACAGGTTTATCGCCGCTGACGATTGCAg‑g > 1:1704707/1‑287 (MQ=255) gcggcgATGACCTTTGTCACGTTACCCGGTCAGGTCGGTCCGCTGCTCGGTCCGGCGCTCGGCGGTCTGCTGGTGGAGTACGCATCGT‑GGCACTGGATCTTTTTGATCAACATTCCGGTGGGGATTATCGGTGCGATCGCCACATTGCTGTTAATGCCGAACTACACCATGCAGACGCGGCGCTTTGATCTCTCCGGATTTTTATTGCTGGCGGTTGGCATGGCGGTATTAACCCTGGCGCTGGACGGCAGTAAAGGTACAGGTTTATCGCCGCTGACGATTGCAG‑Gc < 1:1676914/288‑1 (MQ=255) ggcgATGACCTTTGTCACGTTACCCGGTCAGGTCGGTCCGCTGCTCGGTCCGGCGCTCGGCGGTCTGCTGGTGGAGTACGCATCGT‑GGCACTGGATCTTTTTGATCAACATTCCGGTGGGGATTATCGGTGCGATCGCCACATTGCTGTTAATGCCGAACTACACCATGCAGACGCGGCGCTTTGATCTCTCCGGATTTTTATTGCTGGCGGTTGGCATGGCGGTATTAACCCTGGCGCTGGACGGCAGTAAAGGTACAGGTTTATCGCCGCTGACGATTGCAG‑GCCTg > 1:421538/1‑289 (MQ=255) cgATGACCTTTGTCACGTTACCCGGTCAGGTCGGTCCGCTGCTCGGTCCGGCGCTCGGCGGTCTGCTGGTGGAGTACGCATCGT‑GGCACTGGATCTTTTTGATCAACATTCCGGTGGGGATTATCGGTGCGATCGCCACATTGCTGTTAATGCCGAACTACACCATGCAGACGCGGCGCTTTGATCTCTCCGGATTTTTATTGCTGGCGGTTGGCCTGGCGGTATTAACCCTGGCGCTGGACGGCAGTAAAGGTACAGGTTTTTCGCCGCCGACGATTGCCT‑GCCTgg > 2:1947426/1‑288 (MQ=255) cgATGACCTTTGTCACGTTACCCGGTCAGGTCGGTCCGCTGCTCGGTCCGGCGCTCGGCGGTCTGCTGGTGGAGTACGCATCGT‑GGCACTGGATCTTTTTGATCAACATTCCGGTGGGGATTATCGGTGCGATCGCCACATTGCTGTTAATGCCGAACTACACCATGCAGACGCGGCGCTTTGATCTCTCCGGATTTTTATTGCTGGCGGTTGGCATGGCGGTATTAACCCTGGCGCTGGACGGCAGTCAAGGGACAGGTTTATCGCCTCCGACGATTGCAG‑GCCggg > 2:1587017/1‑288 (MQ=255) cgATGACCTTTGTCACGTTACCCGGTCAGGTCGGTCCGCTGCTCGGTCCGGCGCTCGGCGGTCTGCTGGTGGAGTACGCATCGT‑GGCACTGGATCTTTTTGATCAACATTCCGGTGGGGATTATCGGTGCGATCGCCACATTGCTGTTAATGCCGAACTACACCATGCAGACGCGGCGCTTTGATCTCTCCGGATTTTTATTGCTGGCGGTTGGCATGGCGGTATTAACCCTGGCGCTGGACGGCAGTAAAGGTACAGGTTTATCGCCGCTGAc < 2:565190/274‑1 (MQ=255) aTGACCTTTGTCACGTTACCCGGTCAGGTCGGTCCGCTGCTCGGTCCGGCGCTCGGCGGTCTGCTGGTGGAGTACGCATCGT‑GGCACTGGATCTTTTTGATCAACATTCCGGTGGGGATTATCGGTGCGATCGCCACATTGCTGTTAATGCCGAACTACACCATGCAGACGCGGCGCTTTGATCTCTCCGGATTTTTATTGCTGGCGGTTGGCATGGCGGTATTAACCCTGGCGCTGGACGGCAGTAAAGGTACAGGTTTATCGCCGCTGACGATTGCAG‑GCCTGGTc > 1:235243/1‑288 (MQ=255) aTGACCTTTGTCACGTTACCCGGTCAGGTCGGTCCGCTGCTCGGTCCGGCGCTCGGCGGTCTGCTGGTGGAGTACGCATCGT‑GGCACTGGATCTTTTTGATCAACATTCCGGTGGGGATTATCGGTGCGATCGCCACATTGCTGTTAATGCCGAACTACACCATGCAGACGCGGCGCTTTGATCTCTCCGGATTTTTATTGCTGGCGGTTGGCATGGCGGTATTAACCCTGGCGCTGGACGGCAGTAAAGGTACAGGTTTATCGCCGCTGACGATTGCAG‑GCCTGGTCg > 2:720180/1‑289 (MQ=255) cccGTTACCCGGTAGGGGCGGTCCGCTGCTCGGTCCGGCGCTCGGCGGTCGGCTGGTGGAGTACGCATCGT‑GGCACTGGATCTTTTTGATCAACATTCCGGTGGGGATTATCGGTGCGATCGCCACATTGCTGTTAATGCCGAACTACACCATGCAGACGCGGCGCTTTGATCTCTCCGGATTTTTATTGCTGGCGGTTGGCATGGCGGTATTAACCCTGGCGCTGGACGGCAGTAAAGGTACAGGTTTATCGCCGCTGACGATTGCAG‑GCCTGGTCGCAGTTGGCgt < 2:953742/286‑1 (MQ=255) cGTTACCCGGTCAGGTCGGTCCGCTGCTCGGTCCGGCGCTCGGCGGTCTGCTGGTGGAGTACGCATCGT‑GGCACTGGATCTTTTTGATCAACATTCCGGTGGGGATTATCGGTGCGATCGCCACATTGCTGTTAATGCCGAACTACACCATGCAGACGCGGCGCTTTGATCTCTCCGGATTTTTATTGCTGGCGGTTGGCATGGCGGTATTAACCCTGGCGCTGGACGGCAGTAAAGGTACAGGTTTATCGCCGCTGACGATTGCAG‑GCCTGGTCGCAGTTGGCgtggt < 1:1286310/289‑1 (MQ=255) cGTTACCCGGTCAGGTCGGTCCGCTGCTCGGTCCGGCGCCCGGCGGTCTGCTGGTGGAGTACGCATCGT‑GGCACTGGATCTTTTTGATCAACATTCCGGTGGGGATTATCGGTGCGATCGCCACATTGCTGTTAATGCCGAATTATAACATGCAGACGACGCGCTTTGATCTCTCCGGATTTGTATTGGTGGCGGTCGGCCTGGCGGTATTAACCCTGGCGCGGGCTGGCAGTAAGGGTACAGGTTTATCGCCGTTTACG‑TTGTAGTGCCTGGTGGCAGATggggaggc > 2:892784/1‑283 (MQ=255) ttACCCGGTCAGGTCGGTCCGCTGCTCGGTCCGGCGCTCGGCGGTCTGCTGGTGGAGTACGCATCGT‑GGCACTGGATCTTTTTGATCAACATTCCGGTGGGGATTATCGGTGCGATCGCCACATTGCTGTTAATGCCGAACTACACCATGCAGACGCGGCGCTTTGATCTCTCCGGATTTTTATTGCTGGCGGTTGGCATGGCGGTATTAACCCTGGCGCTGGACGGCAGTAAAGGTACAGGTTTATCGCCGCTGACGATTGCAG‑GCCTGGTCGCAGTTGGCGtggtgg > 2:763758/1‑289 (MQ=255) aCCCGGTCAGGTCGGTCCGCTGCTCGGTCCGGCGCTCGGCGGTCTGCTGGTGGAGTACGCATCGT‑GGCACTGGATCTTTTTGATCAACATTCCGGTGGGGATTATCGGTGCGATCGCCACATTGCTGTTAATGCCGAACTACACCATGCAGACGCGGCGCTTTGATCTCTCCGGATTTTTATTGCTGGCGGTTGGCATGGCGGTATTAACCCTGGCGCTGGACGGCAGTAAAGGTACAGGTTTATCGCCGCTGACGATTGCAG‑GCCTGGTCGCAGTTGGCGTGGTGGCa < 2:776069/289‑1 (MQ=255) 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ggTCCGGCGCTCGGCGGTCTGCTGGTGGAGTACGCATCGT‑GGCACTGGATCTTTTTGATCAACATTCCGGTGGGGATTATCGGTGCGATCGCCACATTGCTGTTAATGCCGAACTACACCATGCAGACGCGGCGCTTTGATCTCTCCGGATTTTTATTGCTGGCGGTTGGCATGGCGGTATTAACCCTGGCGCTGGACGGCAGTAAAGGTACAGGTTTATCGCCGCTGACGATTGCAG‑GCCTGGTCGCAGTTGGCGTGGTGGCCGTGGTGCCTTATCTGCTGCACGcgc > 2:417561/1‑287 (MQ=255) ggTCCGGCGCTCGGCGGTCTGCTGGTGGAGTACGCATCGT‑GGCACTGGATCTTTTTGATCAACATTCCGGTGGGGATTATCGGTGCGATCGCCACATTGCTGTTAATGCCGAACTACACCATGCAGACGCGGCGCTTTGATCTCTCCGGATTTTTATTGCTGGCGGTTGGCATGGCGGTATTAACCCTGGCGCTGGACGGCAGTAAAGGTACAGGTTTATCGCCGCTGACGATTGCAG‑GCCTGGTCGCAGTTGGCGTGGTGGCACTGGTGCTTTATCTGCTGCACGCCa < 1:1455171/289‑1 (MQ=255) gtgcgggggtaggctgGTGGAGGACGC‑AGCTGGGCACTGGGTCTTTTTGATCAACATTCCGGTGGGGATTATCGGTGCGATCGCCACATTGCTGTTAATGCCGAACTACACCATGCAGACGCGGCGCTTTGATCTCTCCGGATTTTTATTGCTGGCGGTTGGCATGGCGGTATTAACCCTGGCGCTGGACGGCAGTAAAGGTACAGGTTTATCGCCGCTGACGATTGCAG‑GCCTGGTCGCAGTTGGCGTGGTGGCACTGGTGCTTTATCTGCTGCACGCCAGAAATaa < 2:1356218/276‑1 (MQ=255) gcTCGGCGGTCTGCTGGTGGAGTACGCATCGT‑GGCACTGGATCTTTTTGATCAACATTCCGGTGGGGATTATCGGTGCGATCGCCACATTGCTGTTAATGCCGAACTACACCATGCAGACGCGGCGCTTTGATCTCTCCGGATTTTTATTGCTGGCGGTTGGCATGGCGGTATTAACCCTGGCGCTGGACGGCAGTAAAGGTACAGGTTTATCGCCGCTGACGATTGCAG‑GCCTGGTCGCAGTTGGCGTGGTGGCACTGGTGCTTTATCTGCTGCACGCCAGAAATaa < 1:919336/288‑1 (MQ=255) gcTCGGCGGTCTGCTGGTGGAGTACGCATCGT‑GGCACTGGATCTTTTTGATCAACATTCCGGTGGGGATTATCGGTGCGATCGCCACATTGCTGTTAATGCCGAACTACACCATGCAGACGCGGCGCTTTGATCTCTCCGGATTTTTATTGCTGGCGGTTGGCATGGCGGTATTAACCCTGGCGCTGGACGGCAGTAAAGGTACAGGTTTATCGCCGCTGACGATTGCAG‑GCCTGGTCGCAGTTGGCGTGGTGGCACTGGTGCTTTATCTGCTGCACGCCAGAAATaa < 1:140907/288‑1 (MQ=255) ggcggTCTGCTGGTGGAGTACGCATCGT‑GGCACTGGATCTTTTTGATCAACATTCCGGTGGGGATTATCGGTGCGATCGCCACATTGCTGTTAATGCCGAACTACACCATGCAGACGCGGCGCTTTGATCTCTCCGGATTTTTATTGCTGGCGGTTGGCATTGCGGGATTAACCCTGGCGCTGGACGGCAGTAAAGGTACAGGTTTATCGCCGCTGACGATTGCAG‑GCCTGGTCGCAGTGTGCGTGGTGGCACTGGTGCTTTTTCTGCTGCACGCCAGAAATAACAAcc > 1:517206/1‑289 (MQ=255) ggcggTCTGCTGGTGGAGTACGCATCGT‑GGCACTGGATCTTTTTGATCAACATTCCGGTGGGGATTATCGGTGCGATCGCCACATTGCTGTTAATGCCGAACTACACCATGCAGACGCGGCGCTTTGATCTCTCCGGATTTTTATTGCTGGCGGTTGGCATGGCGGTATTAACCCTGGCGCTGGACGGCAGTAAAGGTACAGGTTTATCGCCGCTGACGATTGCAG‑GCCTGGTCGCAGTTGGCGTGGTGGCACTGGTGCTTTATCTGCTGCACGCCAGAAATAACAAcc < 1:1766183/289‑1 (MQ=255) ggcggTCTGCTGGTGGAGTACGCATCGT‑GGCACTGGATCTTTTTGATCAACATTCCGGTGGGGATTATCGGTGCGATCGCCACATTGCTGTTAATGCCGAACTACACCATGCAGACGCGGCGCTTTGATCTCTCCGGATTTTTATTGCTGGCGGTTGGCATGGCGGTATTAACCCTGGCGCTGGACGGCAGTAAAGGTACAGGTTTATCGCCGCTGACGATTGCAG‑GCCTGGTCGCAGTTGGCGTGGTGGCACTGGTGCTTTATCTGCTGCACGCCAGAAATAACAAcc < 1:563694/289‑1 (MQ=255) ggcggTCTGCTGGTGGAGTACGCATCGT‑GGCACTGGATCTTTTTGATCAACATTCCGGTGGGGATTATCGGTGCGATCGCCACATTGCTGTTAATGCCGAACTACACCATGCAGACGCGGCGCTTTGATCTCTCCGGATTTTTATTGCTGGCGGTTGGCATGGCGGTATTAACCCTGGCGCTGCACGGCAGTAAAGGTACAGGTTTATCGCCGCTGACGATTGCAG‑GCCTGGTCGCAGTTGGCGTGTTGGCACTGGTTCTTTATCTGCTCCACCCACGAAATcaccac > 2:1848282/1‑288 (MQ=255) 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aaGGTACAGGTTTATCGCCGCTGACGATTGCAG‑GCCTGGTCGCAGTTGGCGTGGTGGCACTGGTGCTTTATCTGCTGCACGCCAGAAATAACAACCGTGCCCTGTTCAGTCTGAAACTGTTCCGTACTCGTACCTTTTCGCTGGGCCTGGCGGGGAGCTTTGCCGGACGTATTGGCAGTGGCATGTTGCCCTTTATGACACCGGTTTTCCTGCAAATTGGCCTCGGTTTCTCGCCGTTTCATGCCGGACTGATGATGATCCCGATGGTGCTTGGCAGCATGGGAATGaa > 1:268778/1‑289 (MQ=255) aaGGTACAGGTTTATCGCCGCTGACGATTGCAG‑GCCTGGTCGCAGTTGGCGTGGTGGCACTGGTGCTTTATCTGCTGCACGCCAGAAATAACAACCGTGCCCTGTTCAGTCTGAAACTGTTCCGTACTCGTACCTTTTCGCTGGGCCTGGCGGGGAGCTTTGCCGGACGTATTGGCAGTGGCATGTTGCCCTTTATGACACCGGTTTTCCTGCAAATTGGCCTCGGTTTCTCGCCGTTTCATGCCGGACTGATGATGATCCCGATGGTGCTTGGCAGCATGGGAATGaa > 2:539791/1‑289 (MQ=255) tACAGGTTTATCGCCGCTGACGATTGCAG‑GCCTGGTCGCAGTTGGCGTGGTGGCACTGGTGCTTTATCTGCTGCACGCCAGAAATAACAACCGTGCCCTGTTCAGTCTGAAACTGTTCCGTACTCGTACCTTTTCGCTGGGCCTGGCGGGGAGCTTTGCCGGACGTATTGGCAGTGGCATGTTGCCCTTTATGACACCGGTTTTCCTGCAAATTGGCCTCGGTTTCTCGCCGTTTCATGCCGGACTGATGATGATCCCGATGGTGCTTGGCAGCATGGGAATGAAGCg < 1:1816366/288‑1 (MQ=255) cAGGTTTATCGCCGCTGACGATTGCAG‑GCCTGGTCGCAGTTGGCGTGGTGGCACTGGTGCTTTATCTGCTGCACGCCAGAAATAACAACCGTGCCCTGTTCAGTCTGAAACTGTTCCGTACTCGTACCTTTTCGCTGGGCCTGGCGGGGAGCTTTGCCGGACGTATTGGCAGTGGCATGTTGCCCTTTATGACACCGGTTTTCCTGCAAATTGGCCTCGGTTTCTCGCCGTTTCATGCCGGACTGATGATGATCCCGATGGTGCTTGGCAGCATGGGAATGAAGCGAAt > 1:1217323/1‑289 (MQ=255) ||| GCAATATATGGCGGCGATGACCTTTGTCACGTTACCCGGTCAGGTCGGTCCGCTGCTCGGTCCGGCGCTCGGCGGTCTGCTGGTGGAGTACGCAAGCT‑GGCACTGGATCTTTTTGATCAACATTCCGGTGGGGATTATCGGTGCGATCGCCACATTGCTGTTAATGCCGAACTACACCATGCAGACGCGGCGCTTTGATCTCTCCGGATTTTTATTGCTGGCGGTTGGCATGGCGGTATTAACCCTGGCGCTGGACGGCAGTAAAGGTACAGGTTTAAGCCCGCTGACGATTGCAG‑GCCTGGTCGCAGTTGGCGTGGTGGCACTGGTGCTTTATCTGCTGCACGCCAGAAATAACAACCGTGCCCTGTTCAGTCTGAAACTGTTCCGTACTCGTACCTTTAGCCTGGGCCTGGCGGGGAGCTTTGCCGGACGTATTGGCAGTGGCATGTTGCCCTTTATGACACCGGTTTTCCTGCAAATTGGCCTCGGTTTCAGCCCGTTTCATGCCGGACTGATGATGATCCCGATGGTGCTTGGCAGCATGGGAATGAAGCGAAT > CP042583/1748768‑1749325 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |