Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 1,749,168 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP042583 | 1,749,168 | 0 | A | T | 99.6% | 604.9 / NA | 257 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (130/125); minor base G (1/0); total (132/125) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,749,169 | 0 | G | C | 99.6% | 598.1 / NA | 256 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/0); new base C (131/124); total (132/124) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,749,170 | 0 | C | G | 99.6% | 596.1 / NA | 256 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); new base G (131/124); total (132/124) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 257 total aligned reads displayed.
CATTCCGGTGGGGATTATCGGTGCGATCGCCACATTGCTGTTAATGCCGAACTACACCATGCAGACGCGGCGCTTTGATCTCTCCGGATTTTTATTGCTGGCGGTTGGCATGGCGGTATTAACCCTGGCGCTGGACGGCAGTAAAGGTACAGGTTTAAGCCCGCTGACGATTGCAGGCCTGGTCGCAGTTGGCGTGGTGGCACTGGTGCTTTATCTGCTGCACGCCAGAAATAACAACCGTGCCCTGTTCAGTCTGAAACTGTTCCGTACTCGTACCTTTAGCCTGGGCCTGGCGGGGAGCTTTGCCGGACGTATTGGCAGTGGCATGTTGCCCTTTATGACACCGGTTTTCCTGCAAATTGGCCTCGGTTTCAGCCCGTTTCATGCCGGACTGATGATGATCCCGATGGTGCTTGGCAGCATGGGAATGAAGCGAATTGTGGTACAGGTGGTGAATCGCTTTGGTTATCGTCGGGTACTGGTAGCGACCACGCTGGGTCTGAGCCTG‑GTCACCCTGTTGTTTATGACTACCGCCCTGCTGGGCTGGTACTACGTTTTGCC > CP042583/1748888‑1749448 ||| ggTGGGGATTATCGGGGCGATCGCCACATTGCTGTTAATGCCGAACTACACCATGCAGACGCGGCGCTTTGATCTCTCCGGATTTTTATTGCTGGCGGTTGGCATGGCGGTATTAACCCTGGCGCTGGACGGCAGTAAAGGTACAGGTTTATCGCCGCTGACGATTGCAGGCCTGGTCGCAGTTGGCGTGGTGGCACTGGTGCTTTATCTGCTGCACGCCAGAAATAACAACCGTGCCCTGTTCAGTCTGAAACTGTTCCGTACTCGTACCTTTTCGCTGGGCCTGGCg < 1:631066/289‑1 (MQ=255) ggggATTATCGGTGCGATCGCCACATTGCTGTTAATGCCGAACTACACCATGCAGACGCGGCGCTTTGATCTCTCCGGATTTTTATTGCTGGCGGTTGGCATGGCGGTATTAACCCTGGCGCTGGACGGCAGTAAAGGTACAGGTTTATCGCCGCTGACGATTGCAGGCCTGGTCGCAGTTGGCGTGGTGGCACTGGTGCTTTATCTGCTGCACGCCAGAAATAACAACCGTGCCCTGTTCAGTCTGAAACTGTTCCGTACTCGTACCTTTTCGCTGGGCCTGGCggg < 2:773973/288‑1 (MQ=255) gggATTATCGGTGCGATCGCCACATTGCTGTTAATGCCGAACTACACCATGCAGACGCGGCGCTTTGATCTCTCCGGATTTTTATTGCTGGCGGTTGGCATGGCGGTATTAACCCTGGCGCTGGACGGCAGTAAAGGTACAGGTTTATCGCCGCTGACGATTGCAGGCCTGGTCGCAGTTGGCGTGGTGGCACTGGTGCTTTATCTGCTGCACGCCAGAAATAACAACCGTGCCCTGTTCAGTCTGAAACTGTTCCGTACTCGTACCTTTTCGCTGGGCCTGGCTGGGa > 1:1287640/1‑289 (MQ=255) ggATTATCGGTGCGATCGCCACATTGCTGTTAATGCCGAACTACACCATGCAGACGCGGCGCTTTGATCTCTCCGGATTTTTATTGCTGGCGGTTGGCATGGCGGTATTAACCCTGGCGCTGGACGGCAGTAAAGGTACAGGTTTATCGCCGCTGACGATTGCAGGCCTGGTCGCAGTTGGCGTGGTGGCACTGGTGCTTTATCTGCTGCACGCCAGAAATAACAACCGTGCCCTGTTCAGTCTGAAACTGTTCCGTACTCGTACCTTTTCGCTGGGCCTGGCGGGGAg > 1:772137/1‑289 (MQ=255) ggTGCGATCGCCACATTGCTGTTAATGCCGAACTACACCATGCAGACGCGGCGCTTTGATCTCTCCGGATTTTTATTGCTGGCGGTTGGCATGGCGGTATTAACCCTGGCGCTGGACGGCAGTAAAGGTACAGGTTTATCGCCGCTGACGATTGCAGGCCTGGTCGCAGTTGGCGTGGTGGCACTGGTGCTTTATCTGCTGCACGCCAGAAATAACAACCGTGCCCTGTTCAGTCTGAAACTGTTCCGTACTCGTACCTTTTCGCTGGGCCTGGCGGGGAGCTTTGCCg < 1:1947426/289‑1 (MQ=255) ggTGCGATCGCCACATTGCTGTTAATGCCGAACTACACCATGCAGACGCGGCGCTTTGATCTCTCCGGATTTTTATTGCTGGCGGTTGGCATGGCGGTATTAACCCTGGCGCTGGACGGCAGTAAAGGTACAGGTTTATCGCCGCTGACGATTGCAGGCCTGGTCGCAGTTGGCGTGGTGGCACTGGTGCTTTATCTGCTGCACGCCAGAAATAACAACCGTGCCCTGTTCAGTCTGAAACTGTTCCGTACTCGTACCTTTTCGCTGGGCCTGGCAGGGAGCTTTGCCg < 1:170384/289‑1 (MQ=255) gCGATCGCCACATTGCTGTTAATGCCGAACTACACCATGCAGACGCGGCGCTTTGATCTCTCCGGATTTTTATTGCTGGCGGTTGGCATGGCGGTATTAACCCTGGCGCTGGACGGCAGTAAAGGTACAGGTTTATCGCCGCTGACGATTGCAGGCCTGGTCGCAGTTGGCGTGGTGGCACTGGTGCTTTATCTGCTGCACGCCAGAAATAACAACCGTGCCCTGTTCAGTCTGAAACTGTTCCGTACTCGTACCTTTTCGCTGGGCCTGGCGGGGAGCTTTGCCGGa < 1:607521/288‑1 (MQ=255) cGATCGCCACATTGCTGTTAATGCCGAACTACACCATGCAGACGCGGCGCTTTGATCTCTCCGGATTTTTATTGCTGGCGGTTGGCATGGCGGTATTAACCCTGGCGCTGGACGGCAGTAAAGGTACAGGTTTATCGCCGCTGACGATTGCAGGCCTGGTCGCAGTTGGCGTGGTGGCACTGGTGCTTTATCTGCTGCACGCCAGAAATAACAACCGTGCCCTGTTCAGTCTGAAACTGTTCCGTACTCGTACCTTTTCGCTGGGCCTGGCGGGGAGCTTTGCCGGACg > 1:388656/1‑289 (MQ=255) cGATCGCCACATTGCTGTTAATGCCGAACTACACCATGCAGACGCGGCGCTTTGATCTCTCCGGATTTTTATTGCTGGCGGTTGGCATGGCGGTATTAACCCTGGCGCTGGACGGCAGTAAAGGTACAGGTTTATCGCCGCTGACGATTGCAGGCCTGGTCGCAGTTGGCGTGGTGGCACTGGTGCTTTATCTGCTGCACGCCAGAAATAACAACCGTGCCCTGTTCAGTCTGAAACTGTTCCGTACTCGTACCTTTTCGCTGGGCCTGGCCGGGAGGTTTgccggccg > 2:972303/1‑289 (MQ=255) cGCCACATTGCTGTTAATGCCGAACTACACCATGCAGACGCGGCGCTTTGATCTCTCCGGATTTTTATTGCTGGCGGTTGGCATGGCGGTATTAACCCTGGCGCTGGACGGCAGTAAAGGTACAGGTTTATCGCCGCTGACGATTGCAGGCCTGGTCGCAGTTGGCGTGGTGGCACTGGTGCTTTATCTGCTGCACGCCATAAATACCAACCGTGCCCTGTTCCGTCTGAAACTGTTCCGTACTCGTACCTTTTCGCTGGGCCTGGCTGGGAGCGTGTCCGGACGtttt > 2:592612/1‑289 (MQ=255) cGCCACATTGCTGTTAATGCCGAACTACACCATGCAGACGCGGCGCTTTGATCTCTCCGGATTTTTATTGCTGGCGGTTGGCATGGCGGTATTAACCCTGGCGCTGGACGGCAGTAAAGGTACAGGTTTATCGCCGCTGACGATTGCAGGCCTGGTCGCAGTTGGCGTGGTGGCACTGGTGCTTTATCTGCTGCACGCCAGAAATAACAACCGTGCCCTGTTCAGTCTGAAACTGTTCCGTACTCGTACCTTTTCGCTGGGCCTGGCGGGGAGCTTTGCCGGACGGAtt > 1:1280587/1‑289 (MQ=255) ttGCTGTTAATGCCGAACTACACCATGCAGACGCGGCGCTTTGATCTCTCCGGATTTTTATTGCTGGCGGTTGGCATGGCGGTATTAACCCTGGCGCTGGACGGCAGTAAAGGTACAGGTTTATCGCCGCTGACGATTGCAGGCCTGGTCGCAGTTGGCGTGGTGGCACTGGTGCTTTATCTGCTGCACGCCAGAAATAACAACCGTGCCCTGTTCAGTCTGAAACTGTTCCGTACTCGTACCTTTTCGCTGGGCCTGGCGGGGAGCTTTGCCGGACGTATTGGCAGTg < 2:544506/289‑1 (MQ=255) ttGCTGTTAATGCCGAACTACACCATGCAGACGCGGCGCTTTGATCTCTCCGGATTTTTATTGCTGGCGGTTGGCATGGCGGTATTAACCCTGGCGCTGGACGGCAGTAAAGGTACAGGTTTATCGCCGCTGACGATTGCAGGCCTGGTCGCAGTTGGCGTGGTGGCACTGGTGCTTTATCTGCTGCACGCCAGAAATAACAACCGTGCCCTGTTCAGTCTGAAACTGTTCCGTACTCGTACCTTTTCGCTGGGCCTGGCGGGGAGCTTTGCCGGACGTATTGGCAGTg < 1:720180/289‑1 (MQ=255) gCTGTTAATGCCGAACTACACCATGCAGACGCGGCGCTTTGATCTCTCCGGATTTTTATTGCTGGCGGTTGGCATGGCGGTATTAACCCTGGCGCTGGACGGCAGTAAAGGTACAGGTTTATCGCCGCTGACGATTGCAGGCCTGGTCGCAGTTGGCGTGGTGGCACTGGTGCTTTATCTGCTGCACGCCAGAAATAACAACCGTGCCCTGTTCAGTCTGAAACTGTTCCGTACTCGTACCTTTTCGCTGGGCCTGGCGGGGAGCTTTGCCGGACGTATTgg > 1:89043/1‑282 (MQ=255) ttAATGCCGAACTACACCATGCAGACGCGGCGCTTTGATCTCTCCGGATTTTTATTGCTGGCGGTTGGCATGGCGGTATTAACCCTGGCGCTGGACGGCAGTAAAGGTACAGGTTTATCGCCGCTGACGATTGCAGGCCTGGTCGCAGTTGGCGTGGTGGCACTGGTGCTTTATCTGCTGCACGCCAGAAATAACAACCGTGCCCTGTTCAGTCTGAAACTGTTCCGTACTCGTACCTTTTCGCTGGGCCTGGCGGGGAGCTTTGCCGGACGTAATGGCAGTGGCATGt > 1:788307/1‑289 (MQ=255) aaTGCCGAACTACACCATGCAGACGCGGCGCTTTGATCTCTCCGGATTTTTATTGCTGGCGGTTGGCATGGCGGTATTAACCCTGGCGCTGGACGGCAGTAAAGGTACAGGTTTATCGCCGCTGACGATTGCAGGCCTGGTCGCAGTTGGCGTGGTGGCACTGGTGCTTTATCTGCTGCACGCCAGAAATAACAACCGTGCCCTGTTCAGTCTGACACTGTTCCGTACTCGTACCTTTTCGCTGGGCCTGGTGGGGAGCTTGGCCTGACGGATTGGCAGTGGTATGtgt > 2:487126/1‑287 (MQ=255) 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ttCCGTACTCGTACCTTTTCGCTGGGCCTGGCGGGGAGCTTTGCCGGACGTATTGGCAGTGGCATGTTGCCCTTTATGACACCGGTTTTCCTGCAAATTGGCCTCGGTTTCTCGCCGTTTCATGCCGGACTGATGATGATCCCTATGGTGCTTGGCAGCATGGGAATGAAGCGAATTGTGGTACAGGTGGGGAATCGCTTTGGTTTTCGTCGGGTACTGGTAGCGACCACGCCGGGTCTG‑TCGTGAGTCACCCGGTTGTTTATGACGACAGCCCTGGTGGGCTGGtac > 2:1548919/1‑288 (MQ=255) ttCCGTACTCGTACCTTTTCGCTGGGCCTGGCGGGGAGCTTTGCCGGACGTATTGGCAGTGGCATGTTGCCCTTTATGACACCGGTTTTCCTGCAAATTGGCCTCGGTTTCTCGCCGTTTCATGCCGGACTGATGATGATCCCGATGGTGCTTGGCAGCATGGGAATGAAGCGAATTGTGGTACAGGTGGTGAATCGCTTTGGTTATCGTCGGGTACTGGTAGCGACCACGCt > 1:578434/1‑233 (MQ=255) ttCCGTACTCGTACCTTTTCGCTGGGCCTGGCGGGGAGCTTTGCCGGACGTATTGGCAGTGGCATGTTGCCCTTTATGACACCGGTTTTCCTGCAAATTGGCCTCGGTTTCTCGCCGTTTCATGCCGGACTGATGATGATCCCGATGGTGCTTGGCAGCATGGGAATGAAGCGAATTGTGGTACAGGTGGTGAATCGCTTTGGTTATCGTCGGGTACTGGTAGCGACCACGCTGGGTCTGTCGCTG‑GTCACCCTGTTGTTTATGACTACCGCCCTGCTGGGCTGGtact > 1:1769282/1‑289 (MQ=255) tACTCGTACCTTTTCGCTGGGCCTGGCGGGGAGCTTTGCCGGACGTATTGGCAGTGGCATGTTGCCCTTTATGACACCGGTTTTCCTGCAAATTGGCCTCGGTTTCTCGCCGTTTCATGCCGGACTGATGATGATCCCGATGGTGCTTGGCAGCATGGGAATGAAGCGAATTGTGGTACAGGTGGTGAATCGCTTTGGTTATCGTCGGGTACTGGTAGCGACCACGCTGGGTCTGTCGCTG‑GTCACCCTGTTGTTTATGACTACCGCCCTGCTGGGCTGGTACTACGtt > 1:1654644/1‑289 (MQ=255) gTACCTTTTCGCTGGGCCTGGCGGGGAGCTTTGCCGGACGTATTGGCAGTGGCATGTTGCCCTTTATGACACCGGTTTTCCTGCAAATTGGCCTCGGTTTCTCGCCGTTTCATGCCGGACTGATGATGATCCCGATGGTGCTTGGCAGCATGGGAATGAAGCGaa > 1:847055/1‑165 (MQ=255) gTACCTTTTCGCTGGGCCTGGCGGGGAGCTTTGCCGGACGTATTGGCAGTGGCATGTTGCCCTTTATGACACCGGTTTTCCTGCAAATTGGCCTCGGTTTCTCGCCGTTTCATGCCGGACTGATGATGATCCCGATGGTGCTTGGCAGCATGGGAATGAAGCGAATTGTGGTACAGGTGGTGAATCGCTTTGGTTATCGTCGGGTACTGGTAGCGACCACGCTGGGTCTGTCGCTG‑GTCACCCTGTTGTTTATGACTACCGCCCTGCTGGGCTGGTACTACGTTTTGcc > 2:1350976/1‑289 (MQ=255) ||| CATTCCGGTGGGGATTATCGGTGCGATCGCCACATTGCTGTTAATGCCGAACTACACCATGCAGACGCGGCGCTTTGATCTCTCCGGATTTTTATTGCTGGCGGTTGGCATGGCGGTATTAACCCTGGCGCTGGACGGCAGTAAAGGTACAGGTTTAAGCCCGCTGACGATTGCAGGCCTGGTCGCAGTTGGCGTGGTGGCACTGGTGCTTTATCTGCTGCACGCCAGAAATAACAACCGTGCCCTGTTCAGTCTGAAACTGTTCCGTACTCGTACCTTTAGCCTGGGCCTGGCGGGGAGCTTTGCCGGACGTATTGGCAGTGGCATGTTGCCCTTTATGACACCGGTTTTCCTGCAAATTGGCCTCGGTTTCAGCCCGTTTCATGCCGGACTGATGATGATCCCGATGGTGCTTGGCAGCATGGGAATGAAGCGAATTGTGGTACAGGTGGTGAATCGCTTTGGTTATCGTCGGGTACTGGTAGCGACCACGCTGGGTCTGAGCCTG‑GTCACCCTGTTGTTTATGACTACCGCCCTGCTGGGCTGGTACTACGTTTTGCC > CP042583/1748888‑1749448 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |