| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 1,756,002 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 1,756,002 | 0 | A | T | 99.4% | 371.7 / NA | 160 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/0); new base T (83/76); total (84/76) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,756,003 | 0 | G | C | 98.8% | 368.2 / NA | 160 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/1); new base C (83/75); total (84/76) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,756,004 | 0 | C | G | 99.4% | 369.7 / NA | 160 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); new base G (83/76); total (84/76) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 | |||||||||||
Only 100 of 160 total aligned reads displayed.
GTTGAACTGGCACAAACCGACCCGAATCGCTGCGCCGTCCTGTGCGCTAACCTTGGCGGCGACACAGACACCATCGGTGCTATGGCGACGGCAATTTGCGGCGCGTTGCATGGCGTTAACGCTATCGATCCTGCGTTAAAGGCGGAACTGGATGCGGTAAATCAGCTTGATTTCAACCGCTATGCCACAGCGCTGGCGAAATATCGTCAACAACGGGAGGCGGTATGAGCGGCGCTCGATTACACACGCTGCTGCCTGAATTAACCACGCGTCAGAGCGTGATGGTCGTCGGCGCGGCGGTCATTGACGTGATCGCCGACGCTTATGCCCTCCCCTGGCGTGGGTGCGATATCGAACTGAAACAGCAGAGCGTTAACGTTGGCGGCTGCGCACTGAATATTGCCGTGGCGTTAAAGCGCCTCGGCATCGAAGCGGGTAATGCCTTGCCGCTCGGTCAGGGCGTGTGGGCGGAGATGATTCGCAACCGGATGGCAAAAGAGGGCTTAATCAGCCTGATCGATAACGCCGAAGGTGATAACGGCTGGTGTCTGGCGCTG > CP042583/1755727‑1756283 ||| gTTGAACTGGCACAAACCGACCCGAATCGCTGCGCCGTCCTGTGCGCTAACCTTGGCGGCGACACAGACACCATCGGTGCTATGGCGACGGCAATTTGCGGCGCGTTGCATGGCGTTAACGCTATCGATCCTGCGTTAAAGGCGGAACTGGATGCGGTAAATCAGCTTGATTTCAACCGCTATGCCACAGCGCTGGCGAAATATCGTCAACAACGGGAGGCGGTATGAGCGGCGCTCGATTACACACGCTGCTGCCTGAATTAACCACGCGTCAGTCGGTGATGgtcg > 1:288768/1‑288 (MQ=255)gTTGAACTGGCACAAACCGACCCGAATCGCTGCGCCGTCCTGTGCGCTAACCTTGGCGGCGACACAGACACCATCGGTGCTATGGCGACGGCAATTTGCGGCGCGTTGCATGGCGTTAACGCTATCGATCCTGCGTTAAAGGCGGAACTGGATGCGGTAAATCAGCTTGATTTCAACCGCTATGCCACAGCGCTGGCGAAATATCGTCAACAACGGGAGGCGGTATGAGCGGCGCCCGATTACACACCCTGCCGCCCGAATTAACCACGCCTC‑GAGCggttcggtgcg > 2:1808315/1‑278 (MQ=255) aCTGGCACAAACCGACCCGAATCGCTGCGCCGTCCTGTGCGCTAACCTTGGCGGCGACACAGACACCATCGGTGCTATGGCGACGGCAATTTGCGGCGCGTTGCATGGCGTTAACGCTATCGATCCTGCGTTAAAGGCGGAACTGGATGCGGTAAATCAGCTTGATTTCAACCGCTATGCCACAGCGCTGGCGAAATATCGTCAACAACGGGAGGCGGTATGAGCGGCGCTCGATTACACACGCTGCTGCCTGAATTAACCACGCGGCAGTCGGTGATGGTCGTcggc > 1:1591814/1‑288 (MQ=255) cacaAACCGACCCGAATCGCTGCGCCGTCCTGTGCGCTAACCTTGGCGGCGACACAGACACCATCGGTGCTATGGCGACGGCAATTTGCGGCGCGTTGCATGGCGTTAACGCTATCGATCCTGCGTTAAAGGCGGAACTGGATGCGGTAAATCAGCTTGATTTCAACCGCTATGCCACCGCGCTGGCGACATATCGTCAACAACGGGAGGCGGTATGAGCGGCGCCCGACTACACCCGCGTCCTCCCGACCTAACCACGCGCCAGTCGGTGACTTTCGTcggcgcggcg > 2:1922021/1‑289 (MQ=255) 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cGAACCGCGGGGCCGTCCTGGGCCCTAACCTTGGCGGCGACACAGACACCATCGGGGCTATGGCGACGGCAATTTGCGGCGCGTTGCATGGCGTTAACGCTATCGATCCTGCGTTAAAGGCGGAACTGGATGCGGTAAATCAGCTTGATTTCAACCGCTATGCCACAGCGCTGGCGAAATATCGTCAACAACGGGAGGCGGTATGAGCGGCGCTCGATTACACACGCTGCTGCCTGAATTAACCACGCGTCAGTCGGTGATGGTCGTCGGCGCGGCGGTCATTGACGTg < 2:1017773/289‑1 (MQ=255) gCTGCGCCGTCCTGTGCGCTAACCTTGGCGGCGACACAGACACCATCGGTGCTATGGCGACGGCAATTTGCGGCGCGTTGCATGGCGTTAACGCTATCGATCCTGCGTTAAAGGCGGAACTGGATGCGGTAAATCAGCTTGATTTCAACCGCTATGCCACAGCGCTGGCGAAATATCGTCAACAACGGGAGGCGGTATGAGCGGCGCTCGATTACACACGCTGCTGCCTGAATTAACCACGCGTCAGTCGGTGATGGTCGTCGGCGCGGCGGTCATTGACGTGATCGcc < 1:1391602/289‑1 (MQ=255) cTGCGCCGTCCTGTGCGCTAACCTTGGCGGCGACACAGACACCATCGGTGCTATGGCGACGGCAATTTGCGGCGCGTTGCATGGCGTTAACGCTATCGATCCTGCGTTAAAGGCGGAACTGGATGCGGTAAATCAGCTTGATTTCAACCGCTATGCCACAGCGCTGGCGAAATATCGTCAACAACGGGAGGCGGTATGAGCGGCGCTCGATTACACACGCTGCTGCCTGAATTAACCACGCGTCAGTCGGGGATGGTCGTCGGCGCGGCGGTCATTGACGTGATCGCCg > 1:56823/1‑289 (MQ=255) 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tgtgCGCTAACCTTGGCGGCGACACAGACACCATCGGTGCTATGGCGACGGCAATTTGCGGCGCGTTGCATGGCGTTAACGCTATCGATCCTGCGTTAAAGGCGGAACTGGATGCGGTAAATCAGCTTGATTTCAACCGCTATGCCACAGCGCTGGCGAAATATCGTCAACAACGGGAGGCGGTATGAGCGGCGCTCGATTACACACGCTGCTGCCTGAATTAACCACGCGTCAGTCGGTGATGGTCGTCGGCGCGGCGGTCATTGACGTGATCGCCGACGCTTATGcc < 1:815399/289‑1 (MQ=255) tgtgCGCTAACCTTGGCGGCGACACAGACACCATCGGTGCTATGGCGACGGCAATTTGCGGCGCGTTGCATGGCGTTAACGCTATCGATCCTGCGTTAAAGGCGGAACTGGATGCGGTAAATCAGCTTGATTTCAACCGCTATGCCACAGCGCTGGCGAAATATCGTCAACAACGGGAGGCGGTATGAGCGGCGCTCGATTACACACGCTGCTGCCTGAATTAACCACGCGTCAGTCGGTGATGGTCGTCGGCGCGGCGGTCATTGACGTGATCGCCGACGCTTATGcc < 2:766150/289‑1 (MQ=255) tAACCTTGGCGGCGACACAGACACCATCGGTGCTATGGCGACGGCAATTTGCGGCGCGTTGCATGGCGTTAACGCTATCGATCCTGCGTTAAAGGCGGAACTGGATGCGGTAAATCAGCTTGATTTCAACCGCTATGCCACAGCGCTGGCGAAATATCGTCAACAACGGGAGGCGGTATGAGCGGCGCTCGATTACACACGCTGCTGCCTGAATTAACCACGCGTCAGTCGGTGATGGTCGTCGGCGCGGCGGTCATTGACGTGATCGCCGACGCTTATGCCCTcc > 1:1202075/1‑286 (MQ=255) aCCTTGGCGGCGACACAGACACCATCGGTGCTATGGCGACGGCAATTTGCGGCGCGTTGCATGGCGTTAACGCTATCGATCCTGCGTTAAAGGCGGAACTGGATGCGGTAAATCAGCTTGATTTCAACCGCTATGCCACAGCGCTGGCGAAATATCGTCAACAACGGGAGGCGGTATGAGCGGCGCTCGATTACACACGCTGCTGCCTGAATTAACCACGCGTCAGTCGGTGATGGTCGTCGGCGCGGCGGTCATTGACTTGATCGCCGGCGACTATGCCCTccccgg > 2:610665/1‑286 (MQ=255) aCCTTGGCGGCGACACAGACACCATCGGTGCTATGGCGACGGCAATTTGCGGCGCGTTGCATGGCGTTAACGCTATCGATCCTGCGTTAAAGGCGGAACTGGATGCGGTAAATCAGCTTGATTTCAACCGCTATGCCACAGCGCTGGCGAAATATCGTCAACAACGGGAGGCGGTATGAGCGGCGCTCGATTACACACGCTGCTGCCTGAATTAACCACGCGTCAGTCGGTGATGGTCGTCGGCGCGGCGGTCATTGACGTGATCGCCGACGCTTATGCCCTCCCCTg > 1:731555/1‑288 (MQ=255) aCCTTGGCGGCGACACAGACACCATCGGTGCTATGGCGACGGCAATTTGCGGCGCGTTGCATGGCGTTAACGCTATCGATCCTGCGTTAAAGGCGGAACTGGATGCGGTAAATCAGCTTGATTTCAACCGCTATGCCACAGCGCTGGCGAAATATCGTCAACAACGGGAGGCGGTATGAGCGGCGCTCGATTACACACGCTGCTGCCTGAATTAACCACGCGTCAGTCGGTGATGGGCGGCGGCGCGGCGGGCATTGCCGTTAACGCCCGCGCTTATGCCCTCCCCTg > 2:289052/1‑288 (MQ=255) 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gcggcgACACAGACACCATCGGTGCTATGGCGACGGCAATTTGCGGCGCGTTGCATGGCGTTAACGCTATCGATCCTGCGTTAAAGGCGGAACTGGATGCGGTAAATCAGCTTGATTTCAACCGCTATGCCACAGCGCTGGCGAAATATCGTCAACAACGGGAGGCGGTATGAGCGGCGCTCGATTACACACGCTGCTGCCTGAATTAACCACGCGTCAGTCGGTGATGGTCGTCGGCGCGGCGGTCATTGACGTGATCGCCGACGCTTATGCCCTCCCCTGGCGTggg > 1:543863/1‑289 (MQ=255) acacAGCCCCCATCGGTGCTATGGCGACGGCAATTTGCGGCGCGTTGCATGGCGTTAACGCTATCGATCCTGCGTTAAAGGCGGAACTGGATGCGGTAAATCAGCTTGATTTCAACCGCTATGCCACCGCGCTGGCGAAATATCGTCAACAACGGGAGGCGGTATGAGCGGCGCTCGATTACACACTCTGCTGCCTGACGTAACCATGCGTCAGTCGGTGATGGTCGTCGGCGCTGCGGGCATTTACGTGATCTACTCACCGTATGACCCTCCCTGGCGTGGGTggggt > 2:1306538/1‑285 (MQ=255) cacCATCGGTGCTATGGCGACGGCAATTTGCGGCGCGTTGCATGGCGTTAACGCTATCGATCCTGCGTTAAAGGCGGAACTGGATGCGGTAAATCAGCTTGATTTCAACCGCTATGCCACAGCGCTGGCGAAATATCGTCAACAACGGGAGGCGGTATGAGCGGCGCTCGATTACACACGCTGCTGCCTGAATTAACCACGCGTCAGTCGGTGATGGTCGTCGGCGCGGCGGTCATTGACGTGATCGCCGACGCTTATGCCCTCCCCTGGCGTGGGTGCGATATCg < 1:1931172/286‑1 (MQ=255) 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tCGGTGCTATGGCGACGGCAATTTGCGGCGCGTTGCATGGCGTTAACGCTATCGATCCTGCGTTAAAGGCGGAACTGGATGCGGTAAATCAGCTTGATTTCAACCGCTATGCCACAGCGCTGGCGAAATATCGTCAACAACGGGAGGCGGTATGAGCGGCGCTCGATTACACACGCTGCTGCCTGAATTAACCACGCGTCAGTCGGTGATGGTCGTCGGCGCGGCGGTCATTGACGTGATCGCCGACGCTTATGCCCTCCCCTGGCGTGGGTGCGATATCGAACTGaa > 1:1600243/1‑288 (MQ=255) tATGGCGACGGCAATTTGCGGCGCGTTGCATGGCGTTAACGCTATCGATCCTGCGTTAAAGGCGGAACTGGATGCGGTAAATCAGCTTGATTTCAACCGCTATGCCACAGCGCTGGCGAAATATCGTCAACAACGGGAGGCGGTATGAGCGGCGCTCGATTACACACGCTGCTGCCTGAATTAACCACGCGTCAGTCGGTGATGGTCGTCGGCGCGGCGGTCATTGACGTGATCGCCGACGCTTATGCCCTCCCCTGGCGTGGGTGCGATATCGAACTGAAAcagcag < 1:889398/288‑1 (MQ=255) aTGGCGACGGCAATTTGCGGCGCGTTGCATGGCGTTAACGCTATCGATCCTGCGTTAAAGGCGGAACTGGATGCGGTAAATCAGCTTGATTTCAACCGCTATGCCACAGCGCTGGCGAAATATCGTCAACAACGGGAGGCGGTATGAGCGGCGCTCGATTACACACGCTGCTGCCTGAATTAACCACGCGTCAGTCGGTGATGGTCGTCGGCGCGGCGGTCATTGACGTGATCGCCGACGc > 1:1420629/1‑241 (MQ=255) 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aTTAACCACGCGTCAGTCGGTGATGGTCGTCGGCGCGGCGGTCATTGACGTGATCGCCGACGCTTATGCCCTCCCCTGGCGTGGGTGCGATATCGAACTGAAACAGCAGAGCGTTAACGTTGGCGGCTGCGCACTGAATATTGCCGTGGCGTTAAAGCGCCTCGGCATCGAAGCGGGTAATGCCTTGCCGCTCGGTCAGGGCGTGTGGGCGGAGATGATTCGCAACCGGATGGCAAAAGAGGGCTTAATCACCCGGATCGATAACGCAGCAGGTGATAACGGCTGgt > 2:1465941/1‑287 (MQ=255) gcgTCAGTCGGTGATGGTCGTCGGCGCGGCGGTCATTGACGTGATCGCCGACGCTTATGCCCTCCCCTGGCGTGGGTGCGATATCGAACTGAAACAGCAGAGCGTTAACGTTGGCGGCTGCGCACTGAATATTGCCGTGGCGTTAAAGCGCCTCGGCATCGAAGCGGGTAATTCCTTGCCGCTCGGTCAGGGCGTGTGGGCGGAGATGATTCGCCACCGGATGGCAAAAGAGGGCTTAATCAGCCTGATCCGACAGGCCGAAAGGGATAACGGGCGGtggctggccgtg > 2:9651/1‑285 (MQ=255) gcgTCAGTCGGTGATGGTCGTCGGCGCGGCGGTCATTGACGTGATCGCCGACGCTTATGCCCTCCCCTGGCGTGGGTGCGATATCGAACTGAAACAGCAGAGCGTTAACGTTGGCGGCTGCGCACTGAATATTGCCGTGGCGTTAAAGCGCCTCGGCATCGAAGCGGGTAATGCCTTGCCGCTCGGTCAGGGCGTGTGGGCGGAGATGATTCGCAACCGGATGGCAAAAGAGGGCTTAATCAGCCTGATCGATAACGCCGAAGGTGATAACGGCTGGTGTCTGGCGCTg > 1:190214/1‑289 (MQ=255) ||| GTTGAACTGGCACAAACCGACCCGAATCGCTGCGCCGTCCTGTGCGCTAACCTTGGCGGCGACACAGACACCATCGGTGCTATGGCGACGGCAATTTGCGGCGCGTTGCATGGCGTTAACGCTATCGATCCTGCGTTAAAGGCGGAACTGGATGCGGTAAATCAGCTTGATTTCAACCGCTATGCCACAGCGCTGGCGAAATATCGTCAACAACGGGAGGCGGTATGAGCGGCGCTCGATTACACACGCTGCTGCCTGAATTAACCACGCGTCAGAGCGTGATGGTCGTCGGCGCGGCGGTCATTGACGTGATCGCCGACGCTTATGCCCTCCCCTGGCGTGGGTGCGATATCGAACTGAAACAGCAGAGCGTTAACGTTGGCGGCTGCGCACTGAATATTGCCGTGGCGTTAAAGCGCCTCGGCATCGAAGCGGGTAATGCCTTGCCGCTCGGTCAGGGCGTGTGGGCGGAGATGATTCGCAACCGGATGGCAAAAGAGGGCTTAATCAGCCTGATCGATAACGCCGAAGGTGATAACGGCTGGTGTCTGGCGCTG > CP042583/1755727‑1756283 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 8 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |