Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
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RA | CP042583 | 1,761,923 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | CP042583 | 1,761,923 | 0 | A | T | 99.6% | 597.6 / NA | 252 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.46e-01 | |||||||||||
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* | CP042583 | 1,761,924 | 0 | G | C | 99.6% | 593.9 / NA | 252 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/0); new base C (111/140); total (112/140) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.44e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,761,925 | 0 | C | G | 99.6% | 590.9 / NA | 252 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (112/139); minor base A (0/1); total (112/140) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 |
Only 100 of 252 total aligned reads displayed.
TTATCTTCAGCCCAGGATGATTCTTAAATCAGCTATTTCCGCTGACTCTCTGCTCGCTAAGGATGCTTTTAGGGCATCCTTTCATTTACACTTTTTACGAAATCATGGGATCACTAACAAAATATCGCTTGTCAGTTATATTGTATGGCAGGAAAGATATGCGACTGATATTACAGATCCCCAAAGTGGAGAGTTTATGACCATTAAAAATAAGATGTTGCTGGGTGCGCTTTTGCTGGTTACCAGTGCCGCCTGGGCCGCACCAGCCACCGCGGGTAGCACCAATACCAGCGGAATTTCTAAGTATGAGTTAAGTAGTTTCATTGCTGACTTTAAGCATTTCAAACCAGGGGACACCGTACCAGAAATGTACCGTACCGATGAGTACAACATTAAGCAGTGGCAGTTGCGTAACCTGCCCGCGCCTGATGCCGGGACGCACTGGACCTATATGGGTGGCGCGTACGTGTTGATCAGCGACACCGACGGTAAAATCATTAAAGCCTACGACGGTGAGATTTTTTATCATCGCTAAAAAAAGCCCCCTCATCATGA > CP042583/1761646‑1762200 ||| ttATCTTCAGCCCAGGATGATTCTTAAATCAGCTATTTCCGCTGACTCTCTGCTCGCTAAGGATGCTTTTAGGGCATCCTTTCATTTACACTTTTTACGAAATCATGGGATCACTAACAAAATATCGCTTGTCAGTTATATTGTATGGCAGGAAAGATATGCGACTGATATTACAGATCCCCAAAGTGGAGAGTTTATGACCATTAAAAATAAGATGTTGCTGGGTGCGCTTTTGCTGGTTACCAGTGCCGCCTGGGCCGCACCAGCCACCGCGGGTTCGACCAATAcc < 2:1732441/289‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |