Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 1,764,284 | 3 bp→TGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | CP042583 | 1,764,284 | 0 | A | T | 99.5% | 438.4 / NA | 187 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/1); new base T (110/75); total (110/77) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.09e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.93e-01 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,764,285 | 0 | C | G | 99.5% | 437.6 / NA | 187 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (110/76); minor base T (0/1); total (110/77) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.12e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,764,286 | 0 | T | A | 99.5% | 439.9 / NA | 187 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/1); new base A (110/76); total (110/77) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.12e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 187 total aligned reads displayed.
CCACTTAATCCCGTATTATTACTGGCAAACCCCTGATCATCAAACGTCGTACTGTTAGACATATATATTTGCCGACGAGGCGTGCTAACGTCATCACCCCAATCAAAGGGAATGCTTATAAAAATATTAAAACGTTTCTCTTCATGATGATTCTCGTCATAAGCCTGGCTTGCCGCGAGGGTATAGCTTATCCGTCGCAGGTTGTTGGAATAACTCAACTGATAATCCTTACTACTGCCGCTACGCCCCCAGTAATCTCGCCATAACGTACTTAAACTCAC‑AGACCCCCAACCTTCTGGCAAACTCTGGCTCATATTGGCGGAAAAGCTATTTTTGCGGCCAAAATCGTTCTGGTAATAATCGGCAATGTCATAGACATCGTTTTCATCACGGCGATAATTATCTTTATTGTTTGCCCAAACGTGATCGTTAAATGTCCGGTAATCACG‑GCTGC‑TATAACGCCAGGCCGCCAGACCAAAACGCGTGCTCGTTTGGCTCACAAATTTGTTGTAGGCAATTTGATAACTTTGCCCGTCAAACACATCGCCGTT > CP042583/1764009‑1764559 ||| cctgatAATCCCGTATTATTTGAGGCAAACCCCTGATCATCAAACGTCGTTGAGTTAGACATATATATTTGCCGACGAGGCGTCGAAACGTCATCACCCCAATCAAAGGGAATCGATATAAAAATATTAAAACGTTTCTCTTCATGATGATTCTCGTCATAAGCCTGGCTTGCCGCGAGGGTATAGCTTATCCGTCGCAGGTTGTTGGAATAACTCAACTGATAATCCTTACTACTGCCGCTACGCCCCCAGTAATCTCGCCATAACGTACTTAATGACAC‑AGAccccc < 1:1908791/284‑1 (MQ=255) 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cGCCATAACGTACTTAATGACAC‑AGACCCCCAACCTTCTGGCAATGACTGGCTCATATTGGCGGAAAAGCTATTTTTGCGGCCAAAATCGTTCTGGTAATAATCGGCAATGTCATAGACATCGTTTTCATCACGGCGATAATTATCTTTATTGTTTGCCCAAACGTGATCGTTAAATGTCCGGTAATCACG‑CGACG‑AATAACGCCAGGCCGCCAGACCAAAACGCGTCGATGTTTGGCTCACAAATTTGTTGTAGGCAATTTGATAACTTTGCCCGTCAAACACATCg > 1:84198/1‑288 (MQ=255) cGCCATAACGTACTTAATGACAC‑AGACCCCCAACCTTCTGGCAATGACTGGCTCATATTGGCGGAAAAGCTATTTTTGCGGCCAAAATCGTTCTGGTAATAATCGGCAATGTCATAGACATCGTTTTCATCACGGCGATAATTATCTTTATTGTTTGCCCAAACGTGATCGTTAAATGTCCGGTAATCACG‑CGACG‑AATAACGCCAGGCCGCCAGACCAAAACGCGTCGACGTTTGGCTCACAAATTTGTTGTAGGCAATTTGATAACTTTGCCCGTCAAACACATCg > 1:435214/1‑288 (MQ=255) aTACCGTACTTAATGACAC‑AGACCCCCATCCTTCTGGCAATGACTGGCTCATATTGACGGAAAAGCTATGTTTGCGGCCAAAATCGTTCTGGTAATAATCGGCAATGTCATAGACATCGTGTTCATCACGGCGATAATTATCTTTATTGTTTGCACAAACGTGATCGTTAAATGTCCGGTAATCACG‑CGACG‑AATAACGCCAGGCCGCCAGACCAAAACGCGTCGACGTTTGGCTCACAAATTTGTTGTAGGCAATTTGATAACTTTGCCCGTCAAACACATCGCCGtt < 1:1189521/289‑1 (MQ=255) tAACGTACTTAAGGACAC‑ATACCCCCATCCTTCTGGCAATGACTGGCTCATATTGGCGGAAAAGCTATTTTTGCGGCCAAAATCGTTCTGGTAATAATCGGCAATGTCATAGACATCGTTTTCATCACGGCGATAATTATCTTTATTGTTTGCCCAAACGTGATCGTTAAATGTCCGGTAATCACG‑CGACG‑AATAACGCCAGGCCGCCAGACCAAAACGCGTCGACGTTTGGCTCACAAATTTGTTGTAGGc < 2:1953057/252‑1 (MQ=255) ||| CCACTTAATCCCGTATTATTACTGGCAAACCCCTGATCATCAAACGTCGTACTGTTAGACATATATATTTGCCGACGAGGCGTGCTAACGTCATCACCCCAATCAAAGGGAATGCTTATAAAAATATTAAAACGTTTCTCTTCATGATGATTCTCGTCATAAGCCTGGCTTGCCGCGAGGGTATAGCTTATCCGTCGCAGGTTGTTGGAATAACTCAACTGATAATCCTTACTACTGCCGCTACGCCCCCAGTAATCTCGCCATAACGTACTTAAACTCAC‑AGACCCCCAACCTTCTGGCAAACTCTGGCTCATATTGGCGGAAAAGCTATTTTTGCGGCCAAAATCGTTCTGGTAATAATCGGCAATGTCATAGACATCGTTTTCATCACGGCGATAATTATCTTTATTGTTTGCCCAAACGTGATCGTTAAATGTCCGGTAATCACG‑GCTGC‑TATAACGCCAGGCCGCCAGACCAAAACGCGTGCTCGTTTGGCTCACAAATTTGTTGTAGGCAATTTGATAACTTTGCCCGTCAAACACATCGCCGTT > CP042583/1764009‑1764559 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |