Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 1,764,311 | 3 bp→TGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP042583 | 1,764,311 | 0 | A | T | 99.0% | 467.5 / NA | 201 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/2); new base T (125/74); total (125/76) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.42e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,764,312 | 0 | C | G | 99.5% | 468.8 / NA | 201 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (125/75); minor base T (0/1); total (125/76) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.78e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.93e-01 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,764,313 | 0 | T | A | 100.0% | 473.7 / NA | 201 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base A (125/76); total (125/76) |
Only 100 of 201 total aligned reads displayed.
GGCAAACCCCTGATCATCAAACGTCGTACTGTTAGACATATATATTTGCCGACGAGGCGTGCTAACGTCATCACCCCAATCAAAGGGAATGCTTATAAAAATATTAAAACGTTTCTCTTCATGATGATTCTCGTCATAAGCCTGGCTTGCCGCGAGGGTATAGCTTATCCGTCGCAGGTTGTTGGAATAACTCAACTGATAATCCTTACTACTGCCGCTACGCCCCCAGTAATCTCGCCATAACGTACTTAAACTCACAGACCCCCAACCTTCTGGCAAACTCTGGCTCATATTGGCGGAAAAGCTATTTTTGCGGCCAAAATCGTTCTGGTAATAATCGGCAATGTCATAGACATCGTTTTCATCACGGCGATAATTATCTTTATTGTTTGCCCAAACGTGATCGTTAAATGTCCGGTAATCACG‑GCTGCTA‑TAACGCCAGGCCGCCAGACCAAAACGCGTGCTCGTTTGGCTCACAAATTTGTTGTAGGCAATTTGATAACTTTGCCCGTCAAACACATCGCCGTTGTCTTGTTTACTATGGCTCTTAGTGGCATCGAC > CP042583/1764032‑1764592 ||| ggCAAACCCCTGATCATCAAACGTCGTTGAGTTAGACATATATATTTGCCGACGAGGCGTCGAAACGTCATCACCCCAATCAAAGGGAATCGATATAAAAATATTAAAACGTTTCTCTTCATGATGATTCTCGTCATAAGCCTGGCTTGCCGCGAGGGTATAGCTTATCCGTCGCAGGTTGTTGGAATAACTCAACTGATAATCCTTACTACTGCCGCTACGCCCCCAGTAATCTCGCCATAACGTACTTAATGACACAGACCCCCAACCTTCTGGCAATGACTGGCt < 1:778817/288‑1 (MQ=255) 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cTGGCAATGACTGGCTCATATTGGCGGAAAAGCTATTTTTGCGGCCAAAATCGTTCTGGTAATAATCGGCAATGTCATAGACATCGTTTTCATCACGGCGATAATTATCTTTATTGTTTGCCCAAACGTGATCGTTAAATGTCCGGTAATCACG‑CGACGAA‑TAACGCCAGGCCGCCAGACCAAAACGCGTCGACGTTTGGCTCACAAATTTGTTGTAGGc < 2:132648/220‑1 (MQ=255) cTGGCAATGACTGGCTCATATTGGCGGAAAAGCTATTTTTGCGGCCAAAATCGTTCTGGTAATAATCGGCAATGTCATAGACATCGTTTTCATCACGGCGATAATTATCTTTATTGTTTGCCCAAACGTGATCGTTAAATGTCCGGTAATCACG‑CGACGAA‑TAACGCCAGGCCGCCAGACCAAAACGCGTCGACGTTTGGCTCACAAATTTGTTGTAGGCAATTTGATAACTTTGCCCGTCAAACACATCGCCGTTGTCTTGTTTACTATGCGACTTAGTGGCATCGAc > 2:119157/1‑289 (MQ=255) cTGGCAATGACTGGCTCATATTGGCGGAAAAGCTATTTTTGCGGCCAAAATCGCTCTGGTAATAATCGGCAATGTCATGGACATCGTTTTCATCACGGCGATAATCATCTTTATTGTTTGCCCAAACTTAATCGTTAAATGTCCGGAAATCACG‑CGACGAA‑TAACGCCAGGTCGCCAGACCACAACGCGTCGACGTTTGGCTTACAAATTTGTTTTAGGCAATTTGATTACTTTGCCCTTCACACACATCGCCGTTGTCTTTTTTACTGTCGCACTTAGATGCATCgc > 2:1922528/1‑287 (MQ=255) ||| GGCAAACCCCTGATCATCAAACGTCGTACTGTTAGACATATATATTTGCCGACGAGGCGTGCTAACGTCATCACCCCAATCAAAGGGAATGCTTATAAAAATATTAAAACGTTTCTCTTCATGATGATTCTCGTCATAAGCCTGGCTTGCCGCGAGGGTATAGCTTATCCGTCGCAGGTTGTTGGAATAACTCAACTGATAATCCTTACTACTGCCGCTACGCCCCCAGTAATCTCGCCATAACGTACTTAAACTCACAGACCCCCAACCTTCTGGCAAACTCTGGCTCATATTGGCGGAAAAGCTATTTTTGCGGCCAAAATCGTTCTGGTAATAATCGGCAATGTCATAGACATCGTTTTCATCACGGCGATAATTATCTTTATTGTTTGCCCAAACGTGATCGTTAAATGTCCGGTAATCACG‑GCTGCTA‑TAACGCCAGGCCGCCAGACCAAAACGCGTGCTCGTTTGGCTCACAAATTTGTTGTAGGCAATTTGATAACTTTGCCCGTCAAACACATCGCCGTTGTCTTGTTTACTATGGCTCTTAGTGGCATCGAC > CP042583/1764032‑1764592 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |