Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 1,764,458 | 6 bp→CGACGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP042583 | 1,764,458 | 0 | G | C | 95.8% | 522.2 / ‑3.8 | 239 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (5/5); new base C (113/116); total (118/121) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,764,459 | 0 | C | G | 97.0% | 521.8 / ‑6.1 | 239 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (4/3); new base G (112/118); total (118/121) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.17e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,764,460 | 0 | T | A | 98.3% | 538.7 / NA | 239 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (2/2); new base A (113/118); total (118/121) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,764,461 | 0 | G | C | 97.5% | 541.8 / NA | 239 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (3/3); new base C (113/117); total (118/121) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,764,462 | 0 | C | G | 97.0% | 528.9 / ‑4.5 | 239 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (3/4); new base G (113/117); total (118/121) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,764,463 | 0 | T | A | 99.6% | 559.5 / ‑4.0 | 239 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (117/121); minor base . (1/0); total (118/121) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.94e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.43e-01 |
Only 100 of 239 total aligned reads displayed.
TATAGCTTATCCGTCGCAGGTTGTTGGAATAACTCAACTGATAATCCTTACTACTGCCGCTACGCCCCCAGTAATCTCGCCATAACGTACTTAAACTCACAGACCCCCAACCTTCTGGCAAACTCTGGCTCATATTGGCGGAAAAGCTATTTTTGCGGCCAAAATCGTTCTGGTAATAATCGGCAATGTCATAGACATCGTTTTCATCACGGCGATAATTATCTTTATTGTTTGCCCAAACGTGA‑TCGTTAAATGTCCGGTAATCACGGCTGC‑TA‑TAACGCCAGGCCGCCAGACCAAAACGCGTGCTCGTTTGGCTCACAAATTTGTTGTAGGCAATTTGATAACTTTGCCCGTCAAACACATCGCCGTTGTCTTGTTTACTATGGCTCTTAGTGGCATCGACGGAAATGGCACCAATGCGTGTATTCCAGCCAGCCCCCAAAGTAAACGCGTAATAATTATTCGCGACCATGCTGCCACCATACAGCGTCAATAAATTATTAAAACCATACTGATAACCCGCCTGGACAAAATCACTTTGTTT > CP042583/1764190‑1764733 ||||||| aTCCGTCGCAGGTTGTTGGAATAACTCAACTGATAATCCTTACTACTGCCGCTACGCCCCCAGTAATCTCGCCATAACGTACTTAATGACACAGACCCCCAACCTTCTGGCAATGACTGGCTCATATTGGCGGAAAAGCTATTTTTGCGGCCAAAATCGTTCTGGTAATAATCGGCAATGTCATAGACATCGTTTTCATCACGGCGATAATTATCTTTATTGTTTGCCCAAACGTGA‑TCGTTAAATGTCCGGTAATCACGCGACG‑AA‑TAACGCCAGGCCGCCAGACCaa > 2:160751/1‑289 (MQ=255) aTCCGTCGCAGGTTGTTGGAATAACTCAACTGATAATCCTTACTACTGCCGCTACGCCCCCAGTAATCTCGCCATAACGTACTTAATGACACAGACCCCCAACCTTCTGGCAATGACTGGCTCATATTGGCGGAAAAGCTATTTTTGCGGCCAAAATCGTTCTGGTAATAATCGGCAATGTCATAGACATCGTTTTCATCACGGAGATAATTATCTTTATTGTTTTCCCAAACGTGA‑TCGTTAAATGTCCGGTAATCAC‑GCGAC‑AATTAACGCAAGGCAGCAAGACCaa > 2:1091832/1‑289 (MQ=255) tCCGTCGCAGGTTGTTGGAATAACTCAACTGATAATCCTTACTACTGCCGCTACGCCCCCAGTAATCTCGCCATAACGTACTTAATGACACAGACCCCCAACCTTCTGGCAATGACTGGCTCATATTGGCGGAAAAGCTATTTTTGCGGCCAAAATCGTTCTGGTAATAATCGGCAATGTCATAGACATCGTTTTCATCACGGCGATAATTATCTTTATTGTTTGCCCAAACGTGA‑TCGTTAAATGTCCGGTAATCACGCGACG‑AA‑TAACGCCAGGCCGCCAGACCaaa > 2:1370665/1‑289 (MQ=255) tCCGTCGCAGGTTGTTGGAATAACTCAACTGATAATCCTTACTACTGCCGCTACGCCCCCAGTAATCTCGCCATAACGTACTTAATGACACAGACCCCCAACCTTCTGGCAATGACTGGCTCATATTGGCGGAAAAGCTATTTTTGCGGCCAAAATCGTTCTGGTAATAATCGGCAATGTCATAGACATCGTTTTCATCACGGCGATAATTATCTTTATTGTTTGCCCAAACGTGA‑TCGTTAAATGTCCGGTAATCACGCGACG‑AA‑TAACGCCAGGCCGCCAGACCaaa > 2:1785906/1‑289 (MQ=255) tCCGTCGCAGGTTGTTGGAATAACTCAACTGATAATCCTTACTACTGCCGCTACGCCCCCAGTAATCTCGCCATAACGTACTTAATGACACAGACCCCCAACCTTCTGGCAATGACTGGCTCATATTGGCGGAAAAGCTATTTTTGCGGCCAAAATCGTTCTGGTAATAATCGGCAATGTCATAGACATCGTTTTCATCACGGCGATAATTATCTTTATTGTTTGCCCAAACGTGA‑TCGTTAAATGTCCGGTAATCACGCGACG‑AA‑TAACGCCAGGCCGCCAGACCaaa > 2:1769849/1‑289 (MQ=255) tCCGTCGCAGGTTGTTGGAATAACTCAACTGATAATCCTTACTACTGCCGCTACGCCCCCAGTAATCTCGCCATAACGTACTTAATGACACAGACCCCCAACCTTCTGGCAATGACTGGCTCATATTGGCGGAAAAGCTATTTTTGCGGCCAAAATCGTTCTGGTAATAATCGGCAATGTCATAGACATCGTTTTCATCACGGCGATAATTATCTTTATTGTTTGCCCAAACGTGA‑TCGTTAAATGTCCGGTAATCACGCGACG‑AA‑TAACGCCAGGCCGCCAGACCaaa > 1:1296047/1‑289 (MQ=255) tCCGTCGCAGGTTGTTGGAATAACTCAACTGATAATCCTTACTACTGCCGCTACGCCCCCAGTAATCTCGCCATAACGTACTTAATGACACAGACCCCCAACCGTCTGGCAATGACTGGCTCATATTGGCGGAAAAGCTATTTTTGCGGCCAAAATCGTTCTGGTACTAATCGGCAATGTCATAGACACCGTTTTCATCACGGCGATAATTACCTTTATTGTTTGCCCAAACGTGA‑TCGTTAAATGTCCGGTACTCACGCCACG‑AA‑TAACTCCAGGCCGCCAGGCCaaa > 2:1465387/1‑289 (MQ=255) 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cAACTGATAATCCTTACTACTGCCGCTACGCCCCCAGTAATCTCGCCATAACGTACTTAATGACACAGACCCCCAACCTTCTGGCAATGACTGGCTCATATTGGCGGAAAAGCTATTTTTGCGGCCAAAATCGTTCTGGTAATAATCGGCAATGTCATAGACATCGTTTTCATCACGGCGATAATTATCTTTATTGTTTGCCCAAACGTGA‑TCGTTAAATGTCCGGTAATCACGCGACG‑AA‑TAACGCCAGGCCGCCAGACCAAAACGCGTCGACGTTTGGCTCACAAAt < 1:1211097/289‑1 (MQ=255) aTAATCCTTACTACTGCCGCTACGCCCCCAGTAATCTCGCCATAACGTACTTAATGACACAGACCCCCAACCTTCTGGCAATGACTGGCTCATATTGGCGGAAAAGCTATTTTTGCGGCCAAAATCGTTCTGGTAATAATCGGCAATGTCATAGACATCGTTTTCATCACGGCGATAATTATCTTTATTGTTTACCCAAACGTTA‑TCGTTAAATGTCCGGTAATCACGCGACG‑AA‑TAACGCCAGGCCTCCAGACCAAAACGCGTCGACGTTTGTCTCCCAAATttgttg > 1:1808103/1‑289 (MQ=255) aaTCCTTACTACTGCCGCTACGCCCCCAGTAATCTCGCCATAACGTACTTAATGACACAGACCCCCAACCTTCTGGCAATGACTGGCTCATATTGGCGGAAAAGCTATTTTTGCGGCCAAAATCGTTCTGGTAATAATCGGCAATGTCATAGACATCGTTTTCATCACGGCGATAATTATCTTTATTGTTTGCCCAAACGTGA‑TCGTTAAATGTCCGGTAATCACGCGACG‑AA‑TAACGCCAGGCCGCCAGACCAAAACGCGTCGACGTTTGGCTCACAAATTTGTTGTa < 1:494352/289‑1 (MQ=255) ctactGCCGCTACGCCCCCAGTAATCTCGCCATAACGTACTTAATGACACAGACCCCCAACCTTCTGGCAATGACTGGCTCATATTGGCGGAAAAGCTATTTTTGCGGCCAAAATCGTTCTGGTAATAATCGGCAATGTCATAGACATCGTTTTCATCACGGCGATAATTATCTTTATTGTTTGCCCAAACGTGA‑TCGTTAAATGTCCGGTAATCACGCGACG‑AA‑TAACGCCAGGCCGCCAGACCAAAACGCGTCGACGTTTGGCTCACAAATTTGTTGTAGGCAAttt > 1:959730/1‑289 (MQ=255) tGCCGCTACGCCCCCAGTAATCTCGCCATAACGTACTTAATGACACAGACCCCCAACCTTCTGGCAATGACTGGCTCATATTGGCGGAAAAGCTATTTTTGCGGCCAAAATCGTTCTGGTAATAATCGGCAATGTCATAGACATCGTTTTCATCACGGCGATAATTATCTTTATTGTTTGCCCAAACGTGA‑TCGTTAAATGTCCGGTAATCACGCGACG‑AA‑TAACGCCAGGCCGCCAGACCAAAACGCGTCGACGTTTGGCTCACAAATTTGTTGTAGGCAATTTGATa > 2:701625/1‑289 (MQ=255) ccGCTACGCCCCCAGTAATCTCGCCATAACGTACTTAATGACACAGACCCCCAACCTTCTGGCAATGACTGGCTCATATTGGCGGAAAAGCTATTTTTGCGGCCAAAATCGTTCTGGTAATAATCGGCAATGTCATAGACATCGTTTTCATCACGGCGATAATTATCTTTATTGTTTGCCCAAACGTGA‑TCGTTAAATGTCCGGTAATCACGCGACG‑AA‑TAACGCCAGGCCGCCAGACCAAAACGCGTCGACGTTTGGCTCACAAATTTGTTGTAGGCAATTTGATa > 1:214862/1‑287 (MQ=255) ccGCTACGCCCCCAGTAATCTCGCCATAACGTACTTAATGACACAGACCCCCAACCTTCTGGCAATGACTGGCTCATATTGGCGGAAAAGCTATTTTTGCGGCCAAAATCGTTCTGGTAATAATCGGCAATGTCATAGACATCGTTTTCATCACGGCGATAATTATCTTTATTGTTTGCCCAAACGTGA‑TCGTTAAATGTCCGGTAATCACGCGACG‑AA‑TAACGCCAGGCCGCCAGACCAAAACGCGTCGACGTTTGGCTCACAAATTTGTTGTAGGCAATTTGATa > 1:778794/1‑287 (MQ=255) ccGCTACGCCCCCAGTAATCTCGCCATAACGTACTTAATGACACAGACCCCCAACCTTCTGGCAATGACTGGCTCATATTGGCGGAAAAGCTATTTTTGCGGCCAAAATCGTTCTGGTAATAATCGGCAATGTCATAGACATCGTTTTCATCACGGCGATAATTATCTTTATTGTTTGCCCAAACGTGA‑TCGTTAAATGTCCGGTAATCACGCGACG‑AA‑TAACGCCAGGCCGCCAGACCAAAACGCGTCGACGTTTGGCCCACAAATTTTTTGTACGCAATTTGATa > 2:1700356/1‑287 (MQ=255) tcggcgccAGTAATCACGCCATAACGTACTTAATGACACAGACCCCCACGCTTCTGGCAATGACTGGCTCATATTGGCGGAAAAGCTATTTTTGCGGCCAAAATCGTTCTGGTAATAATCGGGAATGTCATAGACATCGTTTTCATCACGGCGATAATTATCTTTATTGTTTGCCCAAACGTGA‑TCGTTAAATGTCCGGTAATCACGCGACG‑AA‑TAACGCCAGGCCGCCAGACCAAAACGCGTCGACGTTTGGCTCACAAATTTGTTGTAGGCAATTTGATAACTTTGc < 2:1120904/283‑1 (MQ=255) aCGCCCCCAGTAATCTCGCCATAACGTACTTAATGACACAGACCCCCAACCTTCTGGCAATGACTGGCTCATATTGGCGGAAAAGCTATTTTTGCGGCCAAAATCGTTCTGGTAATAATCGGCAATGTCATAGACATCGTTTTCATCACGGCGATAATTATCTTTATTGTTTGCCCAACCGTGA‑TCGTTAAATGTCCGGTAATCACACGACG‑AA‑CAACGCCAGGCCGCCAGACCAAAACGCGTCGACGTTTAGCTCACAAATTTGTTGTAGGCAAGTTGATAACTTTg > 1:1652571/1‑288 (MQ=255) cccccAGTAATCTCGCAATAACGTACTTAATGACACAGACCCCCAACCTTCTGGCAATGACTGGCTCATATTGGCGGAAAAGCTATTTTTGCGGCCCAAATCGTTCTGGTAATAATCGGCAATGTCATAGACATCGTTTTCATCAAGGCGATAATTACCTTTATTGTTTGCCCAAACGTGA‑TCGTTAAATGTCCGGTAATCACGCGACG‑AA‑TACCGCCAGGCCGCCAGACCAAAACGCGTCGACGTTTGGCTCACACATTTGTTGCAGGCAATTTGATAAATTTGccc > 1:1028270/1‑288 (MQ=255) aaTCTCGCCATAACGTACTTAATGACACAGACCCCCAACCTTCTGGCAATGACTGGCTCATATTGGCGGAAAAGCTATTTTTGCGGCCAAAATCGTTCTGGTAATAATCGGCAATGTCATAGACATCGTTTTCATCACGGCGATAATTATCTTTATTGTTTGCCCAAACGTGA‑TCGTTAAATGTCCGGTAATCACGCGACG‑AA‑TAACGCCAGGCCGCCAGACCAAAACGCGTCGACGTTTGGCTCACAAATTTGTTGTAGGCAATTTGATAACTTTGCCCGTCAAaca < 1:609179/288‑1 (MQ=255) tctcGCCATAACGTACTTAATGACACAGACCCCCAACCTTCTGGCAATGACTGGCTCATATTGGCGGAAAAGCTATTTTTGCGGCCAAAATCGTTCTGGTAATAATCGGCAATGTCATAGACATCGTTTTCATCACGGCGATAATTATCTTTATTGTTTGCCCAAACGTGA‑TCGTTAAATGTCCGGTAATCACGCGACG‑AA‑TAACGCCAGGCCGCCAGACCAAAACGCGTCGACGTTTGGCTCACAAATTTGTTGTAGGCAATTTGATAACTTTGCCCGTCAAAcaca > 2:272870/1‑288 (MQ=255) cGCCATAACGTACTTAATGACACAGACCCCCAACCTTCTGGCAATGACTGGCTCATATTGGCGGAAAAGCTATTTTTGCGGCCAAAATCGTTCTGGTAATAATCGGCAATGTCATAGACATCGTTTTCATCACGGCGATAATTATCTTTATTGTTTGCCCAAACGTGA‑TCGTTAAATGTCCGGTAATCACGCGACG‑AA‑TAACGCCAGGCCGCCAGACCAAAACGCGTCGACGTTTGGCTCACAAATTTGTTGTAGGCAATTTGATAACTTTGCCCGTCAAACACATCg > 1:435214/1‑288 (MQ=255) aTACCGTACTTAATGACACAGACCCCCATCCTTCTGGCAATGACTGGCTCATATTGACGGAAAAGCTATGTTTGCGGCCAAAATCGTTCTGGTAATAATCGGCAATGTCATAGACATCGTGTTCATCACGGCGATAATTATCTTTATTGTTTGCACAAACGTGA‑TCGTTAAATGTCCGGTAATCACGCGACG‑AA‑TAACGCCAGGCCGCCAGACCAAAACGCGTCGACGTTTGGCTCACAAATTTGTTGTAGGCAATTTGATAACTTTGCCCGTCAAACACATCGCCGtt < 1:1189521/289‑1 (MQ=255) 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cGATAATTATCTTTATTGTTTGCACAAACGTGA‑TCGTTAAATGTCCGGTAATCACGCGACG‑AA‑TAACGCCAGGCCGCCAGACCAAAACGCGTCGACGTTTGGCTCACAAATTTGTTGTAGGCAATTTGATAACTTTGCCCGTCAAACACATCGCCGTTGTCTTGTTTCCTATGCGACTTAGTGGCATCGACGGAAATGGCACCAATGCGTGTATTCCAGCCAGCCCCCAAAGTAAACGCGTAATAATTATTCGCGACCATCGAGCAACAATACAGCGTCAATACattat > 1:1902947/1‑289 (MQ=255) gATAATTATCTTTATTGTTTGCCCAAACGTGA‑TCGTTAAATGTCCGGTAATCACGCGACG‑AA‑TAACTCCAGGCCGCCAGACCAAAACGCGTCGACGTTTGGCTCACAAATTTGTTGTAGGCAATTTGATAACTTTGCCCGTCAAACACATCGCCGTTGTCTTGTTTACTATGCGACTTAGTGGCATCGACGGAAATGGCACCAATGCGTGTATTCCAGCCAGCCCCCAAAGTAAACGCGTAATAATTATTCGCGACCATCGAGCCACCATACAGCGTCAATAAattat < 1:1365209/288‑1 (MQ=255) gATAATTATCTTTATTGTTTGCCCAAACGTGA‑TCGTTAAATGTCCGGTAATCACGCGACG‑AA‑TAACGCCAGGCCGCCAGACCAAAACGCGTCGACGTTTGGCTCACAAATTTGTTGTAGGCAATTTGATAACTTTGCCCGTCAAACACATCGCCGTTGTCTTGTTTACTATGCGACTTAGTGGCATCGACGGAAATGGCACCAATGCGTGTATTCCAGCCAGCCCCCAAAGTAAACGCGTAATAATTATTCGCGACCATCGAGCCACCATACAGCGTCAATAAattat < 1:1791936/288‑1 (MQ=255) 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tGCCCAAACGTGA‑TCGTTAAATGTCCGGTAATCACGCGACG‑AA‑TAACGCCAGGCCGCCAGACCAAAACGCGTCGACGTTTGGCTCACAAATTTGTTGTAGGCAATTTGATAACTTTGCCCGTCAAACACATCGCCGATGTCTTGTTTACTATGCGACTTAGTGGCATCGACGGAAATGGCACCAATGCGTGTATTCCAGCCAGCCCCCAAAGTAAACGCGTCATAATTCTTCCGGACCACAGACCCACCATACACACTAAGTAAAATAGTAAAACCATCTTGACAAcc > 2:1026826/1‑288 (MQ=255) tctctAAAGGTCCGATATTCACGCGACC‑AA‑TAACGCCCGGCCGCCAGCCCAACACGCGTCGACGTGTGGCTCAAAAATTTGTTGTAGACAATTTGATAACTTTGCCCGTAAAACACATCGCCGTTGTCTTGTTTACTATGCGACTTAGTGGCATCGACGGAAATGGCACCAATGCGTGTATTCCAGCCAGCCCCCAAAGTAAACGCGTAATAATTATTCGCGACCATCGAGCCACCATACAGCGTCAATAAATTATTAAAACCATACTGATAACCCGCCTGGACAAAAt < 2:80938/285‑1 (MQ=255) tCCGGTAATCACGCGACG‑AA‑TAACGCCAGGCCGCCAGACCAAAACGCGTCGACGTTTGGCTCACAAATTTGTTGTAGGCAATTTGATAACTTTGCCCGTCAAACACATCGCCGTTGTCTTGTTTACTATGCGACTTAGTGGCATCGACGGAAATGGCACCAATGCGTGTATTCCAGCCCGCCCCCAAAGTAAAAGCGTAATAATTATTCGCGACCATCGAGCCACCATAAAGCGTCAACAAATTATTAAAACCACACTGATAACCCACCCGAAAAAAATTAAtttgttt > 2:1341913/1‑289 (MQ=255) ||||||| TATAGCTTATCCGTCGCAGGTTGTTGGAATAACTCAACTGATAATCCTTACTACTGCCGCTACGCCCCCAGTAATCTCGCCATAACGTACTTAAACTCACAGACCCCCAACCTTCTGGCAAACTCTGGCTCATATTGGCGGAAAAGCTATTTTTGCGGCCAAAATCGTTCTGGTAATAATCGGCAATGTCATAGACATCGTTTTCATCACGGCGATAATTATCTTTATTGTTTGCCCAAACGTGA‑TCGTTAAATGTCCGGTAATCACGGCTGC‑TA‑TAACGCCAGGCCGCCAGACCAAAACGCGTGCTCGTTTGGCTCACAAATTTGTTGTAGGCAATTTGATAACTTTGCCCGTCAAACACATCGCCGTTGTCTTGTTTACTATGGCTCTTAGTGGCATCGACGGAAATGGCACCAATGCGTGTATTCCAGCCAGCCCCCAAAGTAAACGCGTAATAATTATTCGCGACCATGCTGCCACCATACAGCGTCAATAAATTATTAAAACCATACTGATAACCCGCCTGGACAAAATCACTTTGTTT > CP042583/1764190‑1764733 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |