Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
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RA | CP042583 | 1,765,766 | 3 bp→TGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | CP042583 | 1,765,766 | 0 | A | T | 99.5% | 515.9 / NA | 216 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
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* | CP042583 | 1,765,767 | 0 | C | G | 99.5% | 516.7 / NA | 216 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (112/103); minor base T (1/0); total (113/103) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,765,768 | 0 | T | A | 99.1% | 513.8 / NA | 216 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (112/102); minor base G (1/1); total (113/103) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 216 total aligned reads displayed.
CTTACCGCTGGCGAAGTTATCGCTATTAATGCCTAACCGCTTGATAACTTCTCTACTTAAACATGTTTCTTGCGGGTTGTCTTTAACAATAATCTCATATTTCCCGCGCCATTGCTTATTGACATAAATATCGATGTCATACTGCCCCGGTAAGGGTTGATTATCATCAAGACGAATATTTGCAACCTGCTGGTCTTTCATTCCACCTATCATAAAATGGGTATCAAAGGTTTCTTCAGCTGCATAAGCTTCAATGCCGAGCAATAACGCTACGATTGCACTTGCAAGTGGGGTCATTCTCAACATAGGCAGCTCCTGCAATTAAATTTTGTCACTAATATAGTTGCCATGGTCATCGATAATGGTCAGATGCCAGTTATTTGCATTATTACTTTTGACATTAACACTCTGACTTTCTAAGGGGGCAATCATAATAGTTTCATAATTGACTTTGACATTATTAGCTTTGACATCGCTAATCGTCACCCAATTAGCACTGTCATTTTTTATCACCAAACCATTGCCACTGCGATTTACCAGCAATTTTTTAAATGTCGCTT > CP042583/1765487‑1766046 ||| aCCGATGGCGAATTTATCTCTCTTAATGATTAAACTCTTGATAACTTCTCTTGATAAAGATGTTTCTTGCGGGTGGTCTTTAACAATAATCGCATATCTCCCGCTCCATTGCTTAGTGACATAAATATCGATGTCATACTGCACCGGTTAGGGTTGATTATCATCAAGACGAATACTTGCAACCTGCTGGTCTTTCATTCCACCTATCATAAAATGGGTATCAAATGTTTCTTCAGCTGGATAAGCTTCAATGCCGAGCAAT‑ACGCTACTATTGCTGATGCAAGTggag < 2:306002/289‑3 (MQ=255) 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aCTTCTCTTGATAAACATGTTTCTTGCGGGTTGTCGTTAACAATAATCTCATATTTCCCGCGACATTGCTTATTGACATAAATATCGATGTCATACTGCCCCGGTAAGGGTTGATTATCATCAAGACGAATATTTGCAACCTGCTGGTCTTTCATTCCACCTATCATAAAATGGGTATCAAAGGTTTCTTCAGCTGCATAAGCTTCAATGCCGAGCAATAACGCTACGATTGCTGATGCAAGTGGGGTCATTCTCAACATAGGCAGCTCCTGCAATTAAATTTTGTCAc < 2:879746/289‑1 (MQ=255) ctcttgatAAACATGTTTCTTGCGGGTTGTCTTTAACAATAATCTCATATTTCCCGCGCCATTGCTTATTGACATAAATATCGATGTCATACTGCCCCGGTAAGGGTTGATTATCATCAAGACGAATATTTGCAACCTGCTGGTCTTTCATTCCACCTATCATAAAATGGGTATCAAAGGTTTCTTCAGCTGCATAAGCTTCAATGCCGAGCAATAACGCTACGATTGCTGATGCAAGTGGGGTCATTCTCAACATAGGCAGCTCCTGCAATTAAATTTTGTCACTAat > 1:409931/8‑289 (MQ=255) cttgatAAACATGTTTCTTGCGGGTTGTCTTTAACAATAATCTCATATTTCCCGCGCCATTGCTTATTGACATAAATATCGATGTCATACTGCCCCGGTAAGGGTTGATTATCATCAAGACGAATATTTGCAACCTGCTGGTCTTTCATTCCACCTATCATAAAATGGGTATCAAAGGTTTCTTCAGCTGCATAAGCTTCAATGCCGAGCAATAACGCTACGATTGCTGATGCAAGTGGGGTCATTCTCAACATAGGCAGCTCCTGCAATTAAATTTTGTCACTAatat > 1:1211928/6‑289 (MQ=255) 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