Predicted mutation | ||||||
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RA | CP042583 | 1,765,961 | 3 bp→CGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP042583 | 1,765,961 | 0 | G | C | 100.0% | 627.1 / NA | 264 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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* | CP042583 | 1,765,962 | 0 | C | G | 100.0% | 623.8 / NA | 264 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base G (141/123); total (141/123) | |||||||||||
* | CP042583 | 1,765,963 | 0 | T | A | 99.6% | 624.2 / NA | 264 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/0); new base A (140/123); total (141/123) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.91e-01 |
Only 100 of 264 total aligned reads displayed.
CTTTCATTCCACCTATCATAAAATGGGTATCAAAGGTTTCTTCAGCTGCATAAGCTTCAATGCCGAGCAATAACGCTACGATTGCACTTGCAAGTGGGGTCATTCTCAACATAGGCAGCTCCTGCAATTAAATTTTGTCACTAATATAGTTGCCATGGTCATCGATAATGGTCAGATGCCAGTTATTTGCATTATTACTTTTGACATTAACACTCTGACTTTCTAAGGGGGCAATCATAATAGTTTCATAATTGACTTTGACATTATTAGCTTTGACATCGCTAATCGTCACCCAATTAGCACTGTCATTTTTTATCACCAAACCATTGCCACTGCGATTTACCAGCAATTTTTTAAATGTCGCTTTATTTACCGGAGCAATACCCGCTGGCCGGTAAAACAACTTAATTCTGTTTTGCATCGCAAACTTCAGTGCATTCTTACCTTCTTGCTCTGGACTATTTGGTGGAATATCCAGAACATTCAGATAAAAAATGCTTTCTTTATTAGTGGGCAGTTTATTCGGCATAATTTTGATTTTTACTTGCTGCCCGGAATT > CP042583/1765681‑1766239 ||| cTTTCATTCCACCTATCATAAAATGGGTATCAAAGGTTTCTTCAGCTGCATAAGCTTCAATGCCGAGCAATAACGCTACGATTGCTGATGCAAGT‑GGGTCATTCTCAACATAGGCAGCTCCTGCAATTAAATTTTGTCACTAATATAGTTGCCATGGTCATCGATAATGGTCAGATGCCAGTTATTTGCATTATTACTTTTGACATTAACACTCTGACTTTCTAAGGGGGCAATCATAATAGTTTCATAATTGACTTTGACATTATTAGCTTTGACATCCGAAATCGTc < 1:639426/289‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |