Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
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RA | CP042583 | 1,766,958 | 3 bp→TGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP042583 | 1,766,958 | 0 | A | T | 99.4% | 409.3 / NA | 174 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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* | CP042583 | 1,766,959 | 0 | C | G | 99.4% | 406.6 / NA | 174 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (73/100); minor base T (0/1); total (73/101) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,766,960 | 0 | T | A | 100.0% | 413.8 / NA | 174 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base A (73/101); total (73/101) |
Only 100 of 174 total aligned reads displayed.
CTCAATGTTAAAAGGTGCAGAAACATCCAGGACATCGCTGTTATCACCTAAATAGAGATAGTAACCCACGGTATCGTTGCTACTGGCTATCGCCTTATCGTTACCGGTTATTTTATCGTTGGTAATCAAGCTGAGTTTTACACCAGCAACTTCTTTCGGGCAGCTAATTTTTAACATGCTGCTGGTTACACCGACTGCATCATCATAGGTAGAATATTTAGCTTTACCTTCAAAGACACTGGTTGGTACAGTCGGCATATTAATACTTACACTATCACCACCCGCTTCGAATTTACACGGAGATTCTGCAATATTCCCCTTAATAGTTAATGTTCCGGTATCAACGTCTGCAGCAAATACTCCAGCGCTCATAAAAAAAGAAGAAAAGACAGCGGCAGCAATAATACTACGTTTCATAATATGTTCCTTAATAAAATTTATTTTTGGTTGTTAAGAGTCTGTATCTCTTGGAAACAAATTTCTCACATCAAAAAAGTTGCCGCAATGTAAACACATTGTTTTATTGATTTAAAACAAATTAACCATT > CP042583/1766688‑1767234 ||| ctcAATGTTAAAAGGTGCAGAAACATCCAGGACATCGCTGTTATCACCTAAATAGAGATAGTAACCCACGGTATCGTTGCTACTGGCTATCGCCTTATCGTTACCGGTTATTTTATCGTTGGTAATCAACGAGAGTTTTACACCAGCAACTTCTTTCGGGCAGCTAATTTTTAACATGCTGCTGGTTACACCGACTGCATCATCATAGGTAGAATATTTAGCTTTACCTTCAAAGACACTGGTTGGTACAGTCGGCATATTAATACTTACTGAATCACCACCCGCTTCg > 2:1755374/1‑289 (MQ=255) 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Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |