| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP042583 | 1,767,478 | 3 bp→CGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | CP042583 | 1,767,478 | 0 | G | C | 99.4% | 419.9 / NA | 178 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.12e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,767,479 | 0 | C | G | 99.4% | 418.0 / NA | 178 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (104/73); minor base A (0/1); total (104/74) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.16e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,767,480 | 0 | T | A | 100.0% | 425.7 / NA | 178 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base A (104/74); total (104/74) | |||||||||||
Only 100 of 178 total aligned reads displayed.
TTGTTTTATTGATTTAAAACAAATTAACCATTGCAATATAAATACAAAAAATATTTAAGAGTATTAACTATTTATCGCATCTATCAATTAATGTAGATTTATGTAAATGGTATTGTTGATATCAATAAAAAAGCCGAAATCATTTATATAAATGATTTCGGCTTTCTAAATGCAATTAAAATCAGGTTGCCAAATTAATCGTAGCGATTTAACACGATTCGACGTTTGCTATCGCTACCTGCAACAACCACTTCTGTCGTTACACCTTTGACGGGGCTAGAAAACAGATGACGGGTGTCAACATTATACGTTAACTGACCACAATGCTGTTGAGGTTGACCATTAACCATAGCCATACTGCATGTTGGGGGACTGATCCTGCCATTAATCGCTAATGTGGCAGTCTCACTAGAGAATGCGGGAGAAGCCAATCCATAGGCAAGAAAAATAATTCCACTCAGCCAATACTTATTCATTGAACGTTATCCCTGTAGTAAAGGTTATGCCTGGATAGAATGAGTGCATAACAAACTATAGCTGTACATCCACTACACAGCC > CP042583/1767203‑1767760 ||| ttGTTTTATTGATTTAAAACAAATTAACCATTGCAATATAAATACAAAAAATATTTAAGAGTATTAACTATTTATCGCATCTATCAATTAATGTAGATTTATGTAAATGGTATTGTTGATATCAATAAAAAAGCCGAAATCATTTATATAAATGATTTCGGCTTTCTAAATGCAATTAAAATCAGGTTGCCAAATTAATCGTAGCGATTTAACACGATTCGACGTTTGCTATCGCTACCTGCAACAACCACTTCTGTCGTTACACCTTTGACGGGCGAAGAAAACAGAt > 2:1745834/1‑289 (MQ=255) 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Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |