Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 1,768,505 | 3 bp→TGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | CP042583 | 1,768,505 | 0 | A | T | 99.3% | 686.8 / NA | 294 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/1); major base T (137/154); minor base G (2/0); total (139/155) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.24e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,768,506 | 0 | C | G | 99.3% | 688.3 / NA | 294 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (138/154); minor base T (1/1); total (139/155) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.97e-01 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,768,507 | 0 | T | A | 99.3% | 681.0 / NA | 294 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/2); new base A (138/152); total (139/155) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.00e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.91e-01 |
Only 100 of 294 total aligned reads displayed.
GACAATACCGAGCACCGGAACCTCGACTTTCTCGAACATCACAATGCCTTTTTTCGCATCGATCAGCGCGATGTCCTGCGGGGTGGTGACCACGACTGCACCGGTTACTGGAATGTTTTGCGCCAGCGTCAATTGAATGTCACCGGTGCCTGGCGGCATATCAAGCACCAGATAGTCGAGATCCGGCCACAAGGTTTCCTGCAACATCTGCATTAACGCCTTGCTCGCCATCGGTCCACGCCACACCATCGCATTGTCGTCAGTGACCAGATAACCAATACT‑ATTGGTTGCCAGGCCATGAGACATAATCGGTGCCATATGGGTACCGTCCGGGCTAGTTGGACGCTGATTTTCTGCGCCCAACATTGTTGGGATACTTGGGCCGTAGATATCGGCGTCCAGAATGCCGACTTTCGCCCCTTCTGCCGCCAGCGCCAGTGCCAGGTTTACCGCCGTGGAGCTTTTACCCACGCCGCCTTTACCGGAACTCACCGCGATAATGTTCTTCACACCGTTAATTCCCGGCTGATTCTTCACGCGTTTCAGAGTGGCTATGTTATG > CP042583/1768226‑1768786 ||| gACAATACCGAGCACCGGAACCTCGACTTTCTCGAACATCACAATGCCTTTTTTCGCATCGATCAGCGCGATGTCCTGCGGGGTGGTGACCACGACTGCACCGGTTACTGGAATGTTTTGCGCCAGCGTCAATTGAATGTCACCGGTTCCTGGCGGCATATCAAGCACCAGATAGTCGAGATCCGGCCACACTGTTTCCTGCAACATCTGCATTAACGCCTTGCTCGCCATCGGTCCACGCCCAACCATCGCATTGGCGTCAGTTCCGAGATAAGCAATTGA‑ATTGGtt > 2:365882/1‑289 (MQ=255) 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cTTTTTTCGCATCGATCAGCGCGATGTCCTGCGGGGTGGTGACCACGACTGCACCGGTTACTGGAATGTTTTGCGCCAGCGTCAATTGAATGTCACCGGTGCCTGGCGGCATATCAAGCACCAGATAGTCGAGATCCGGCCACAAGGTTTCCTGCAACATCTGCATTAACGCCTTGCCCGCCATCGGTCCACGCCACACCATCGCATTGTCGTCAGTGACCAGATAACCAATTGA‑ATTGGTTGCCAGGCCATGAGACATACACGGTGCCATATGGGTACCGTGCggcga > 2:395385/1‑286 (MQ=255) cATCGATCAGCGCGATGTCCTGCGGGGTGGTGACCACGACTGCACCGGTTACTGGAATGTTTTGCGCCAGCGTCAATTGAATGTCACCGGTGCCTGGCGGCATATCAAGCACCAGATAGTCGAGATCCGGCCACAAGGTTTCCTGCAACATCTGCATTAACGCCTTGCTCGCCCTCGGTCCACGCCACACCATCGCATTGTCGTCAGTGACCAGATAACCAATTGA‑ATTGGTTGCCAGGCCATGAGACATAATCGGTGCCATATGGGTACCGTCCGGCGAAGTTGGAc > 1:999974/1‑288 (MQ=255) cATCGATCAGCGCGATGTCCTGCGGGGTGGTGACCACGACTGCACCGGTTACTGGAATGTTTTGCGCCAGCGTCAATTGAATGTCACCGGTGCCTGGCGGCATATCAAGCACCAGATAGTCGAGATCCGGCCACAAGGTTTCCTGCAACATCTGCATTAACGCCTTGCTCGCCATCGGTCCACGCCACACCATCGCATTGTCGTCAGTGACCAGATAACCAATTGA‑ATTGGTTGCCAGGCCATGAGACATAATCGGTGCCATATGGGTACCGTCCGGCGAAGTTGGAc > 1:827892/1‑288 (MQ=255) 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ccAGATAACCAATTGA‑ATTGGTTGCCAGGCCATGAGACATAATCGGTGCCATATGGGTACCGTCCGGCGAAGTTGGACGCTGATTTTCTGCGCCCAACATTGTTGGGATTGATGGGCCGTAGATATCGGCGTCCAGAATGCCGACTTTCGCCCCTTCTGCCGCCAGCGCCAGTGCCAGGTTTACCGCCGTGGACGATTTACCCACGCCGCCTTTACCGGAACTCACCGCGATAATGTTCTTCACACCGTTAATTCCCGGCTGATTCTTCACGCGTTTCAGAGTGGCTa < 1:1458861/288‑1 (MQ=255) ccAGATAACCAATTGA‑ATTGGTTGCCAGGCCATGAGACATAATCGGTGCCATATGGGTACCGTCCGGCGAAGTTGGACGCTGATTTTCTGCGCCCAACATTGTTGGGATTGATGGGCCGTAGATATCGGCGTCCAGAATGCCGACTTTCGCCCCTTCTGCCGCCAGCGCCAGTGCCAGGTTTACCGCCGTGGACGATTTACCCACGCCGCCTTTACCGGAACTCACCGCGATAATGTTCTTCACACCGTTAATTCCCGGCTGATTCTTCACGCGTTTCAGAGTGGCTAt > 1:729813/1‑289 (MQ=255) ||| GACAATACCGAGCACCGGAACCTCGACTTTCTCGAACATCACAATGCCTTTTTTCGCATCGATCAGCGCGATGTCCTGCGGGGTGGTGACCACGACTGCACCGGTTACTGGAATGTTTTGCGCCAGCGTCAATTGAATGTCACCGGTGCCTGGCGGCATATCAAGCACCAGATAGTCGAGATCCGGCCACAAGGTTTCCTGCAACATCTGCATTAACGCCTTGCTCGCCATCGGTCCACGCCACACCATCGCATTGTCGTCAGTGACCAGATAACCAATACT‑ATTGGTTGCCAGGCCATGAGACATAATCGGTGCCATATGGGTACCGTCCGGGCTAGTTGGACGCTGATTTTCTGCGCCCAACATTGTTGGGATACTTGGGCCGTAGATATCGGCGTCCAGAATGCCGACTTTCGCCCCTTCTGCCGCCAGCGCCAGTGCCAGGTTTACCGCCGTGGAGCTTTTACCCACGCCGCCTTTACCGGAACTCACCGCGATAATGTTCTTCACACCGTTAATTCCCGGCTGATTCTTCACGCGTTTCAGAGTGGCTATGTTATG > CP042583/1768226‑1768786 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |