| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP042583 | 1,768,559 | 3 bp→CGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | CP042583 | 1,768,559 | 0 | G | C | 99.6% | 634.8 / NA | 273 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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| * | CP042583 | 1,768,560 | 0 | C | G | 100.0% | 640.3 / NA | 273 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base G (130/143); total (130/143) | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,768,561 | 0 | T | A | 99.6% | 643.5 / NA | 273 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (130/142); minor base G (0/1); total (130/143) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
Only 100 of 274 total aligned reads displayed.
CGCATCGATCAGCGCGATGTCCTGCGGGGTGGTGACCACGACTGCACCGGTTACTGGAATGTTTTGCGCCAGCGTCAATTGAATGTCACCGGTGCCTGGCGGCATATCAAGCACCAGATAGTCGAGATCCGGCCACAAGGTTTCCTGCAACATCTGCATTAACGCCTTGCTCGCCATCGGTCCACGCCACACCATCGCATTGTCGTCAGTGACCAGATAACCAATACT‑ATTGGTTGCCAGGCCATGAGACATAATCGGTGCCATATGGGTACCGTCCGGGCTAGTTGGACGCTGATTTTC‑TGCGCCCAACATTGTTGGGATACTTGGGCCGTAGATATCGGCGTCCAGAATGCCGACTTTCGCCCCTTCTGCCGCCAGCGCCAGTGCCAGGTTTACCGCCGTGGAGCTTTTACCCACGCCGCCTTTACCGGAACTCACCGCGATAATGTTCTTCACACCGTTAATTCCCGGCTGATTCTTCACGCGTTTCAGAGTGGCTATGTTATGGCTCAGTTTCCAGTCGATAGCTTTCGCCCCGGTGATGCGCAGCAGTTCGGCGCTACATTGC > CP042583/1768280‑1768847 ||| cATCGATCAGCGCGATGTCCTGCGGGGTGGTGACCACGACTGCACCGGTTACTGGAATGTTTTGCGCCAGCGTCAATTGAATGTCACCGGTGCCTGGCGGCATATCAAGCACCAGATAGTCGAGATCCGGCCACAAGGTTTCCTGCAACATCTGCATTAACGCCTTGCTCGCCATCGGTCCACGCCACACCATCGCATTGTCGTCAGTGACCAGATAACCAATTGA‑ATTGGTTGCCAGGCCATGAGACATAATCGGTGCCATATGGGTACCGTCCGGCGAAGTTGGAc > 1:827892/1‑288 (MQ=255) 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tggtgACCACGACTGCACCGGTTACTGGAATGTTTTGCGCCAGCGTCAATTGAATGTCACCGGTGCCTGGCGGCATATCAAGCACCAGATAGTCGAGATCCGGCCACAAGGTTTCCTGCAACATCTGCATTAACGCCTTGCTCGCCATCGGTCCACGCCACACCATCGCATTGTCGTCAGTGACCAGATAACCAATTGA‑ATTGGTTGCCAGGCCATGAGACATAATCGGTGCCATATGGGTACCGTCCGGCGAAGTTGGACGCTGATTTTC‑TGCGCCCAACATTGTTgg > 1:939651/1‑289 (MQ=255) tggtgACCACGACTGCACCGGTTACTGGAATGTTTTGCGCCAGCGTCAATTGAATGTCACCGGTGCCTGGCGGCATATCAAGCACCAGATAGTCGAGATCCGGCCACAAGGTTTCCTGCAACATCTGCATTAACGCCTTGCTCGCCATCGGTCCACGCCACACCATCGCATTGTCGTCAGTGACCAGATAACCAATTGA‑ATTGGTTGCCAGGCCATGAGACATAATCGGTGCCATATGGGTACCGTCCGGCGAAGTTGGACGCTGAATTTCGTGC‑CACAACATTTTTgg > 2:896911/1‑289 (MQ=255) aCCACGACTGCACCGGTTACTGGAATGTTTTGCGCCAGCGTCAATTGAATGTCACCGGTGCCTGGCGGCATATCAAGCACCAGATAGTCGAGATCCGGCCACAAGGTTTCCTGCAACATCTGCATTAACGCCTTGCTCGCCATCGGTCCACGCCACACCATCGCATTGTCGTCAGTGACCAGATAACCAATTGA‑ATTGGTTGCCAGGCCATGAGACATAATCGGTGCCATATGGGTACCGTCCGGCGAAGTTGGACGCTGATTTTC‑TGCGCCCAACATTGTTGGGAttg > 1:1306637/1‑287 (MQ=255) 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cACGACTGCACCGGTTACTGGAATGTTTTGCGCCAGCGTCAATTGAATGTCACCGGTGCCTGGCGGCATATCAAGCACCAGATAGTCGAGATCCGGCCACAAGGTTTCCTGCAACATCTGCATTAACGCCTTGCTCGCCATCGGTCCACGCCACACCATCGCATTGTCGTCAGTGACCAGATAACCAATTGA‑ATTGGTTGCCAGGCCATGAGACATAATCGGTGCCATATGGGTACCGTCCGGCGAAGTTGGACGCTGATTTTC‑TGCGCCCAACATTGTTGGGAttgat < 1:1444241/289‑5 (MQ=255) cTGCACCGGTTACTGGAATGTTTTGCGCCAGCGTCAATTGAATGTCACCGGTGCCTGGCGGCATATCAAGCACCAGATAGTCGAGATCCGGCCACAAGGTTTCCTGCAACATCTGCATTAACGCCTTGCTCGCCATCGGTCCACGCCACACCATCGCATTGTCGTCAGTGACCAGATAACCAATTGA‑ATTGGTTGCCAGGCCATGAGACATAATCGGTGCCATATGGGTACCGTCCGGCGAAGTTGGACGCTGATTTTC‑TGCGCCCAACATTGTTGGGATTGATGGGcc < 1:160911/289‑1 (MQ=255) gTTACTGGAATGTTTTGCGCCAGCGTCAATTGAATGTCACCGGTGCCTGGCGGCATATCAAGCACCAGATAGTCGAGATCCGGCCACAAGGTTTCCTGCAACATCTGCATTAACGCCTTGCTCGCCATCGGTCCACGCCACACCATCGCATTGTCGTCAGTGACCAGATAACCAATTGA‑ATTGGTTGCCAGGCCATGAGACATAATCGGTGCCATATGGGTACCGTCCGGCGAAGTTGGACGCTGATTTTC‑TGCGCCCAACATTGTTGGGATTGATGGGCCGTAGatat > 2:139971/1‑289 (MQ=255) 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ccATATGGGTACCGTCCGGCGAAGTTGGACGCTGATTTTC‑TGCGCCCAACATTGTTGGGATTGATGGGCCGTAGATATCGGCGTCCAGAATGCCGACTTTCGCCCCTTCTGCCGCCAGCGCCAGTGCCAGGTTTACCGCCGTGGACGATTTACCCACGCCGCCTTTACCGGAACTCACCGCGATAATGTTCTTCACACCGTTAATTCCCGGCTGATTCTTCACGCGTTTCAGAGTGGCTATGTTATGCGACAGTTTCCAGTCGATAGCTTTCGCCCCGGTGATGCgcag < 2:487019/289‑1 (MQ=255) cATATGGGTACCGTCCGGCGAAGTTGGACGCTGATTTTC‑TGCGCCCAACATTGTTGGGATTGATGGGCCGTAGATATCGGCGTCCAGAATGCCGACTTTCGCCCCTTCTGCCGCCAGCGCCAGTGCCAGGTTTACCGCCGTGGACGATTTACCCACGCCGCCTTTACCGGAACTCACCGCGATAATGTTCTTCACACCGTTAATTCCCGGCTGATTCTTCACGCGTTTCAGAGTGGCTATGTTATGCGACAGTTTCCAGTCGATAGCTTTCGCCCCGGTGATGCgcag < 1:1438031/288‑1 (MQ=255) tGGGTACCGTCCGGCGAAGTTGGACGCTGATTTTC‑TGCGCCCAACATTGTTGGGATTGATGGGCCGTAGATATCGGCGTCCAGAATGCCGACTTTCGCCCCTTCTGCCGCCAGCGCCAGTGCCAGGTTTACCGCCGTGGACGATTTACCCACGCCGCCTTTACCGGAACTCACCGCGATAATGTTCTTCACACCGTTAATTCCCGGCTGATTCTTCACGCGTTTCAGAGTGGCTATGTTATGCGACAGTTTCCAGTCGATAGCTTTCGCCCCGGTGATGCGCAGCAGtt < 1:697031/289‑1 (MQ=255) gggTACCGTCCGGCGAATTGGGAGGCTGATGTTC‑TCACACAAACATGGTTGGGATTGATGGGGCGTAGATATCGGCGTCCAGAATGCCGACTTTCGCCCCTTCTGCCGCCAGCGCCAGTGCCAGGTTTACCGCCGTGGACGATTTACCCACGCCGCCTTTACCGGAACTCACCGCGATAATGTTCTTCACACCGTTAATTCCCGGCTGATTCTTCACGCGTTTCAGAGTGGCTATGTTATGCGACAGTTTCCAGTCGATAGCTTTCGCCCCGGTGATGCGCAGCAGtt < 2:1573750/288‑1 (MQ=255) gTACCGTCCGGCGAAGTTTGACGCTGATTTTC‑TGCGCCCAACATTGTTGGGATTGATGGGCCGTAGATATCGGCGTCCAGAATGCCGACTTTCGCCCCTTCTGCCGCCAGCGCCAGTGCCAGGTTTACCGCCGTGGACGATTTACCCACGCCGCCTTTACCGGAACTCACCGCGATAATGTTCTTGACCCCGGTAATTCCCGGCTTATTCTTCACGCGTTTCAGAGTAGCTATGTTATGCGCCAGGTTCCATTTGATTTCTTTCGCCCCGGGTCTGCgcaaacgtttg > 2:795976/1‑280 (MQ=255) gTACCGTCCGGCGAAGTTGGACGCTGATTTTC‑TGCGCCCAACATTGTTGGGATTGATGGGCCGTAGATATCGGCGTCCAGAATGCCGACTTTCGCCCCTTCTGCCGCCAGCGCCAGTGCCAGGTTTACCGCCGTGGACGATTTACCCACGCCGCCTTTACCGGAACTCACCGCGATAATGTTCTTCACACCGTTAATTACCGGCTGATTCTTCACGCGTTTCAGAGTGGCTATGTTATGCGACAGTTTCCAGTCGATAGCTTTCGCCCCGGTTATGCGCAGCAGTTCg > 2:1912886/1‑288 (MQ=255) gTACCGTCCGGCGAAGTTGGACGCTGATTTTC‑TGCGCCCAACATTGTTGGGATTGATGGGCCGTAGATATCGGCGTCCAGAATGCCGACTTTCGCCCCTTCTGCCGCCAGCGCCAGTGCCAGGTTTACCGCCGTGGACGATTTACCCACGCCGCCTTTACCGGAACTCACCGCGATAATGTTCTTCACACCGTTAATTACCGGCTGATTCTTCACGCGTTTCAGAGTGGCTATGTTATGCGACAGTTTCCAGTCGATAGCTTTCGCCCCGGTGATGCGCAGCAGTTCg > 1:896682/1‑288 (MQ=255) aCCGTCCGGCGAAGTTGGACGCTGATTTTC‑TGCGCCCAACATTGTTGGGATTGATGGGCCGTAGATATCGGCGTCCAGAATGCCGACTTTCGCCCCTTCTGCCGCCAGCGCCAGTGCCAGGTTTACCGCCGTGGACGATTTACCCACGCCGCCTTTACCGGAACTCACCGCGATAATGTTCTTCACACCGTTAATTCCCGGCTGATTCTTCACGCGTTTCAGAGTGGCTATGTTATGCGACAGTTTCCAGTCGATAGCTTTCGCCCCGGTGATGCGCAGCAGTTCGgcg < 2:842220/289‑1 (MQ=255) cGTCCGGCGAAGTTGGACGCTGATTTTC‑TGCGCCCAACATTGTTGGGATTGATGGGCCGTAGATATCGGCGTCCAGAATGCCGACTTTCGCCCCTTCTGCCGCCAGCGCCAGTGCCAGGTTTACCGCCGTGGACGATTTACCCACGCCGCCTTTACCGGAACTCACCGCGATAATGTTCTTCACACCGTTAATTCCCGGCTGATTCTTCACGCGTTTCAGAGTGGCTATGTTATGCGACAGTTTCCAGTCGATAGCTTTCGCCCCGGTGATGCGCAGCAGTTCGGCGCt > 1:451489/1‑289 (MQ=255) ||| CGCATCGATCAGCGCGATGTCCTGCGGGGTGGTGACCACGACTGCACCGGTTACTGGAATGTTTTGCGCCAGCGTCAATTGAATGTCACCGGTGCCTGGCGGCATATCAAGCACCAGATAGTCGAGATCCGGCCACAAGGTTTCCTGCAACATCTGCATTAACGCCTTGCTCGCCATCGGTCCACGCCACACCATCGCATTGTCGTCAGTGACCAGATAACCAATACT‑ATTGGTTGCCAGGCCATGAGACATAATCGGTGCCATATGGGTACCGTCCGGGCTAGTTGGACGCTGATTTTC‑TGCGCCCAACATTGTTGGGATACTTGGGCCGTAGATATCGGCGTCCAGAATGCCGACTTTCGCCCCTTCTGCCGCCAGCGCCAGTGCCAGGTTTACCGCCGTGGAGCTTTTACCCACGCCGCCTTTACCGGAACTCACCGCGATAATGTTCTTCACACCGTTAATTCCCGGCTGATTCTTCACGCGTTTCAGAGTGGCTATGTTATGGCTCAGTTTCCAGTCGATAGCTTTCGCCCCGGTGATGCGCAGCAGTTCGGCGCTACATTGC > CP042583/1768280‑1768847 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |