Predicted mutation | ||||||
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RA | CP042583 | 1,768,601 | 3 bp→TGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP042583 | 1,768,601 | 0 | A | T | 99.6% | 652.7 / NA | 275 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.73e-01 | |||||||||||
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* | CP042583 | 1,768,602 | 0 | C | G | 100.0% | 649.0 / NA | 275 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base G (130/145); total (130/145) | |||||||||||
* | CP042583 | 1,768,603 | 0 | T | A | 98.9% | 636.6 / NA | 275 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (129/141); minor base G (0/3); total (130/145) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.50e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 275 total aligned reads displayed.
CTGCACCGGTTACTGGAATGTTTTGCGCCAGCGTCAATTGAATGTCACCGGTGCCTGGCGGCATATCAAGCACCAGATAGTCGAGATCCGGCCACAAGGTTTCCTGCAACATCTGCATTAACGCCTTGCTCGCCATCGGTCCACGCCACACCATCGCATTGTCGTCAGTGACCAGATAACCAATACTATTGGTTGCCAGGCCATGAGACATAATCGGTGCCATATGGGTACCGTCCGGGCTAGTTGGACGCTGATTTTCTGCGCCCAACATTGTTGGGATACTTGGGCCGTAGATATCGGCGTCCAGAATGCCGACTTTCGCCCCTTCTGCCGCCAGCGCCAGTGCCAGGTTTACCGCCGTGGAGCTTTTACCCACGCCGCCTTTACCGGAACTCACCGCGATAATGTTCTTCACACCGTTAATTCCCGGCTGATTCTTCACGCGTTTCAGAGTGGCTATGTTATGGCTCAGTTTCCAGTCGATAGCTTTCGCCCCGGTGATGCGCAGCAGTTCGGCGCTACATTGCTCTTTTAACTCTTCGAACGCGCTATGCCAGACAA > CP042583/1768321‑1768881 ||| cTGGAATGTTTTCGGCCAGCGGAAATTGAATGTCACCGGTGCTGGGCGGCATATCAAGAACCAGATAGTCGAGATCCGGCCACAAGGTTTCCTGCAACATCTGCATTAACGCCTTGCTCGCCATCGGTCCACGCCACACCATCGCATTGTCGTCAGTGACCAGATAACCAATTGAATTGGTTGCCAGGCCATGAGACATAATCGGTGCCATATGGGTACCGTCCGGCGAAGTTGGACGCTGATTTTCTGCGCCCAACATTGTTGGGATTGATGGGCCGTAGATATCGGc < 2:827892/289‑1 (MQ=255) 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cccAACATTGTTGGGATTGATGGGCCGTAGATATCGGCGTCCAGAATGCCGACTTTCGCCCCTTCTGCCGCCAGCGCCAGTGCCAGGTTTACCGCCGTGGACGATTTACCCACGCCGCCTTTACCGGAACTCACCGCGCTAATGTTCTTCACACCGTTAATTCCCGGCTGCTTCTTCACGCGTTTCAGAGTGGCTATGTTATGCGATAGTTTCCATTCGATAGCTTTCGCTCCGGTGATGCTCAGCAGTTCGGCCCTACATTCCTCTCTTACCCCTTCGAAcgctcact > 2:1757134/1‑284 (MQ=255) tgttgGGATTGATGGGCCGTAGATATCGGCGTCCAGAATGCCGACTTTCGCCCCTTCTGCCGCCAGCGCCAGTGCCAGGTTTACCGCCGTGGACGATTTACCCACGCCGCCTTTACCGGAACTCACCGCGATAATGTTCTTCACACCGTTAATTCCCGGCTGATTCTTCACGCGTTTCTGAGTGGCTATGTTATGCGACAGTTTCCAGTCGCTAGCTTTCGCCCCGGCGATGCGCAGCAGTTCGGCGCAACATTGCTCTTTTAACTCTTCGAACGCGCTATGCCAGACa > 1:1605980/1‑289 (MQ=255) gttgGGATTGATGGGCCTTAGATACCGGCGTCCAGAATGCCGACTTTCGCCCCTTCTGCCGCCAGCGCCAGTGCCAGGTTTACCGCCGTGGACGATTTACCCACGCCGCCTTTACCGGAACTCACCGCGATAATGTTCTTCACACCGTTAATTCCCGGCTGATTCTTCACGCGTTTCAGAGTGGCTATGTTATGCGACAGTTTCCAGTCGATAGCTTTCGCCCCGGTGATGCGCAGCAGTTCGGCGCTACATTGCTCTTTTAACTCTTCGAACGCGCTATGCCAGACaa < 2:1641112/289‑1 (MQ=255) ||| CTGCACCGGTTACTGGAATGTTTTGCGCCAGCGTCAATTGAATGTCACCGGTGCCTGGCGGCATATCAAGCACCAGATAGTCGAGATCCGGCCACAAGGTTTCCTGCAACATCTGCATTAACGCCTTGCTCGCCATCGGTCCACGCCACACCATCGCATTGTCGTCAGTGACCAGATAACCAATACTATTGGTTGCCAGGCCATGAGACATAATCGGTGCCATATGGGTACCGTCCGGGCTAGTTGGACGCTGATTTTCTGCGCCCAACATTGTTGGGATACTTGGGCCGTAGATATCGGCGTCCAGAATGCCGACTTTCGCCCCTTCTGCCGCCAGCGCCAGTGCCAGGTTTACCGCCGTGGAGCTTTTACCCACGCCGCCTTTACCGGAACTCACCGCGATAATGTTCTTCACACCGTTAATTCCCGGCTGATTCTTCACGCGTTTCAGAGTGGCTATGTTATGGCTCAGTTTCCAGTCGATAGCTTTCGCCCCGGTGATGCGCAGCAGTTCGGCGCTACATTGCTCTTTTAACTCTTCGAACGCGCTATGCCAGACAA > CP042583/1768321‑1768881 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |