| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP042583 | 1,768,787 | 3 bp→CGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | CP042583 | 1,768,787 | 0 | G | C | 99.2% | 573.8 / NA | 247 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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| * | CP042583 | 1,768,788 | 0 | C | G | 99.2% | 567.1 / NA | 247 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/2); new base G (125/119); total (126/121) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.41e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,768,789 | 0 | T | A | 99.2% | 578.8 / NA | 247 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (125/119); minor base C (1/1); total (126/121) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 247 total aligned reads displayed.
TTGGTTGCCAGGCCATGAGACATAATCGGTGCCATATGGGTACCGTCCGGGCTAGTTGGACGCTGATTTTCTGCGCCCAACATTGTTGGGATACTTGGGCCGTAGATATCGGCGTCCAGAATGCCGACTTTCGCCCCTTCTGCCGCCAGCGCCAGTGCCAGGTTTACCGCCGTGGAGCTTTTACCCACGCCGCCTTTACCGGAACTCACCGCGATAATGTTCTTCACACCGTTAATTCCCGGCTGATTCTTCACGCGTTTCAGAGTGGCTATGTTATGGCTCAG‑TTTCCAGTCGATAGCTTTCGCCCCGGTGATGCGCAGCAGTTCGGCGCTACATTGCTCTTTTAACTCTTCGAACGCGCTATGCCAGACAAACGGCATAACCAGTTCCACATGCAACGTGTCGTCCATCCAGGCGACATGGTGCAACGCTTTCAGCGTGGTGAGGTTATGCTTCAGGGTTGGGTGCTGAAAATTGGCCAGTGTCCCGGCGACCATTGCGCGCAAGGCTTCTGGACTTTTGGCCTGGGATTGTTCGTTCATCCCGACTCCTTTTTTGTA > CP042583/1768509‑1769068 ||| gTTGCCAGGCCATGAGACATAATCGGTGCCATATGGGTACCGTCCGGCGAAGTTGGACGCTGATTTTCTGCGCCCAACATTGTTGGGATTGATGGGCCGTAGATATCGGCGTCCAGAATGCCGACTTTCGCCCCTTCTGCCGCCAGCGCCAGTGCCAGGTTTACCGCCGTGGACGATTTACCCACGCCGCCTTTACCGGAACTCACCGCGATAATGTTCTTCACACCGTTAATTCCCGGCTGATTCTTCACGCGTTTCAGAGTGGCTATGTTATGCGACAG‑TTTCCAg > 2:1253511/1‑288 (MQ=255) 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gCTATGTTATGCGACAG‑TTTCCAGTCGATAGCTTTCGCCCCGGTGATGCGCAGCAGTTCGGCGCTACATTGCTCTTTTAACTCTTCGAACGCGCTATGCCAGACAAACGGCATAACCAGTTCCACATGCAACGTGTCGTCCATCCAGGCGACATGGTGCAACGCTTTCAGCGTGGTGAGGTTATGCTTCAGGGTTGGGTGCTGAAAATTGGCCAGTGTCCCGGCGACCATTGCGCGCAAGGCTTCTGGTGATTTGGCCTGGGATTGTTCGTTCATCCCGACTCCttttt > 1:861026/1‑289 (MQ=255) cTATGTTATGCGACAG‑TTTCCAGTCGATAGCTTTCGCCCCGGTGATGCGCAGCAGTTCGGCGCTACATTGCTCTTTTAACTCTTCGAACGCGCTATGCCAGACAAACGGCATAACCAGTTCCACATGCAACGTGTCGTCCATCCAGGCGACATGGTGCACCGCTTTCAGCGTGGTGTGGTTATGCTTCAGGGTTTGGTGCTGAAAATTTGCCAGTGTCCCGGCGACCATTGCGCGCAAGGCTTCTGGTGATTTGGCCGGTGATTGTTCGTGCATCCTGTCCTCtttttt > 2:92200/1‑289 (MQ=255) cTATGTTATGCGACAG‑TTTCCAGTCGATAGCTTTCGCCCCGGTGATGCGCAGCAGTTCGGCGCTACATTGCTCTTTTAACTCTTCGAACGCGCTATGCCAGACAAACGGCATAACCAGTTCCACATGCAACGTGTCGTCCATCCAGGCGACATGGTGCAACGCTTTCAGCGTGGTGAGGTTATGCTTCAGGGTTGGGTGCTGAAAATTGGCCAGTGTCCCGGCGACCATTTCGCGCAAGGCTTCTGGTGATTTGGCCTGGGATTGTTCGTTCATCCCGACTCCtttttt > 1:101221/1‑289 (MQ=255) aTGTTAT‑GCGCAGTTTTCCAGTTGATACCGTTTGCCCCGGTGATGCGCGGCAGTTCGGCGCTACATTGCTCTGTTAACTCTTCGAACGCGCTATGCCAGACAAACGGCATAACCAGTTCCACATGCAACGTGTCGTCCATCCAGGCGACATGGTGCAACGCGTTCAGCGTGGTGAGGTTATGCTTCAGGGTTGGGTGCTGAAAATTGGCCAGTGTCCCGGCGACCATTGCGCGCAAGGCTTCTGGTGATTTGGCCTGGGATTGTTCGTTCATCCCGACTCCTTTTTTGt < 2:729813/289‑1 (MQ=255) tGTTATGGGACAG‑TTTCCGGTCGTTAGCTTTCGCCCCGGTGATGCGCAGCAGTTCGGCGCTACATTGCTCTTTTAACTCTTCGAACGCGCTATGCCAGACAAACGGCATAACCAGTTCCACATGCAACGTGTCGTCCATCCAGGCGACATGGTGCAACGCTTTCAGCGTGGTGAGGTTATGCTTCAGGGTTGGGTGCTGAAAATTGGCCAGTGTCCCGGCGACCATTGCGCGCAAGGCTTCTGGTGATTTGGCCTGGGATTGTTCGTTCATCCCGACTCCTTTTTTGta < 2:1918168/289‑1 (MQ=255) tGTTATGCGACAG‑TTTCCAGTCGATAGCTTTCGCCCCGGTGATGCGCAGCAGTTCGGCGCTACATTGCTCTTTTAACTCTTCGAACGCGCTATGCCAGACAAACGGCATAACCAGTTCCACATGCAACGTGTCGTCCATCCAGGCGACATGGTGCAACGCTTTCAGCGTGGTGAGGTTATGCTTCAGGGTTGGGTGCTGAAAATTGGCCAGTGTCCCGGCGACCATTGCGCGCAAGGCTTCTGGTGATTTGGCCTGGGATTGTTCGTTCATCCCGACTCCTTTTTTGta < 2:445309/289‑1 (MQ=255) ||| TTGGTTGCCAGGCCATGAGACATAATCGGTGCCATATGGGTACCGTCCGGGCTAGTTGGACGCTGATTTTCTGCGCCCAACATTGTTGGGATACTTGGGCCGTAGATATCGGCGTCCAGAATGCCGACTTTCGCCCCTTCTGCCGCCAGCGCCAGTGCCAGGTTTACCGCCGTGGAGCTTTTACCCACGCCGCCTTTACCGGAACTCACCGCGATAATGTTCTTCACACCGTTAATTCCCGGCTGATTCTTCACGCGTTTCAGAGTGGCTATGTTATGGCTCAG‑TTTCCAGTCGATAGCTTTCGCCCCGGTGATGCGCAGCAGTTCGGCGCTACATTGCTCTTTTAACTCTTCGAACGCGCTATGCCAGACAAACGGCATAACCAGTTCCACATGCAACGTGTCGTCCATCCAGGCGACATGGTGCAACGCTTTCAGCGTGGTGAGGTTATGCTTCAGGGTTGGGTGCTGAAAATTGGCCAGTGTCCCGGCGACCATTGCGCGCAAGGCTTCTGGACTTTTGGCCTGGGATTGTTCGTTCATCCCGACTCCTTTTTTGTA > CP042583/1768509‑1769068 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |